Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001282157.1
Sequence Length
1669 nt
GC Content
0.5159
AAAUCGAUCUUGGCCUCGGAAGAAAAAGAACAAAGAAUCGCUGGCAACUUGCGCGUCGCGUCGCUGCAGCCACGCAGUGCGUGGAUUCAGCCGCUUUGGCCGUGCCCGUUGCAUGCCGGGAAACGCAGUUCGCGAGCCCCGGAUACGUCGACAAUAGAUGACGGGGCUCACGUUGUACGUUCACAUCAGGUCCCGGCCCGCCGGAACCUGGGCGAUCCACGAUGCCGAGUUUGCCACGCUGCGACAGCCCAUAGGCUUGCCCCCCCGGGCAUUCGGGUGGACUACGAACACAAACUGAAGCCCUAGGACUUGUCGCCCGUUUGCGCUCUCGCCGAGGCACAGGCUGCUCGCGGACCACCCUGCUCCGAAAACUAAGCUGUCCACUGCCAAGGAGAUCAUCCAGCACUUUAAGGGCUGCCCUGCGGACCUAGUGGUGUGUGACGGGGCUCCUGAUGGCUCUGAACAUUGCUACACAUGUCCUGAAGCCAGGGGGCUGCUUUGUGGCCAAGAUAUUCCGAGGCCGGGAUGUGACGCUCCUCUACAGCCAGCUGCAGGUCUUCUUCUCCAGCGUGCUGUGUGCCAAGCCCAGGAGCAGCCGGAACUCUAGCAUCGAGGCCUUCGCUGUCUGUCAGGGCUAUGACCCUCCCGAGGGCUUCAUCCCGGACCUGAGCAAACCCCUGCUGGACCAUUCUUACGACCCAGAUUUCAACCAGCUGGAUGGUCCCACCCGCAUCAUUGUGCCUUUUGUGACCUGUGGGGACCUGAGCUCCUAUGAUUCGGACCGCAGUUACCCACUGGACCUAGAGGGCGGCUCAGAGUACAAGUACACUCCACCCACACAGCCCCCCAUCUCGCCACCAUACCAGGAGGCCUGCACGUUGAAGAGGAAGGGGCAGCUGGCCAAGGAGAUCCGCCCCCAGGACUGCCCCAUCAGCAGAGUGGACACGUUUCCCCAGCCCCUGGCCGCCCCUCAGUGCCACACCCUGCUGGCCCCUGAGAUGGAAGACAAUGAAAUGAGUUGUUCACCUUAACCCAUUACGCUGGCAAACUGAUACAACUCAGAAACUGCUCAAUGUCAGGAAAACCGGAACUUGUUGAUGAACUUGUUUUCAAAAUAUCAUCUCAUCAACGAGGCCUGGACAAACAAGCCCUGAGGAGGGAUCUGCAACAACCCUGAAGACAACAAGGAAAGAAACCAUGAAAGUCUGUCUGUACUGCAGUGGGAAUUCUUGAGUGAGGUCUUACCUCUUCUUUAAACCUCUUCAGGAGUGUCCUGAUUAUGUCCAGAAUUUUCCCUAAAGGCAGGGAUUCUUAACCUGGAUAGAAGCCAGGGGUAACCAUGAACUUGAUGGAAGAAAAUGUUACAUCUUUAUUUUCAGCAAUGAAACUGAAAUUUAGCCUUACUCCCAAGUUAUAAAUGCUGGCAACAAAUCACAGUAGUAAAAGCAGUACCUGGGAUUUUCCCACCAAUACAAACCAGUUACAGCAACUGUAAUGUAACAUAAAAAGGGCAUCUUGAAGUAUUGUUCAUAUUUGUCACCUCUUGGAAUGAUAGCAGAUCCUGUAAGUUGAUGUAUUAAUUAAAAAGCCCAUAUAUUACUGCAUCUCAAUUUUGUUUCAAUUUAAUAUAUAGUAAUAAUUGUAAUUCAAUGUAAUUGGCUUCCAUUGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-550.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -580.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 510.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((((((((((........((((((..((((((((((((((.((((((((.((((((......))))))))((((((..(((....((((.((((.....))))))))(..((((.....((.((((((((....((((.......)))).)))))))).)).....))))..)..(((((.((((....)))).)))))))))))))))))))))))).))))))....))))((((((...(((((((((....))))....((((((.((.(((...((..(((..(((...((......(((......)))......))..))).)))..)).))).)).))))))..((((.........((........))...)))).((((.((.((((...(((.((((...)))).))))))).)).))))((((((...((.((((..........))))))...)))))))))))...))))))))))))..........)))))))))))))))(((...(((((.....(((((((((...(((((((((.((((((((((((((.........((((..((..(.((((((((...((((((((((......((((......)))).....))))))))))............((((......))))(((((((((........................))))))))).....(((....)))((((((((.(.((.(((((...(((.(.(((........))).).)))...))))).)).).)))))))).))).))))).)..))...))))...))))))............(((.((......)).)))..)))))))).))))))))).)))))))))..)))))...))).(((((((((((.(((((((....((((.............(((((((((..((((((((.((((........)))).(((((.((.((.(.((......(((((((((((..((...(((......))).))..))).)))))))).....))))).)).)))))....((((..(((((((((((...(((((...))))).....)))))))))))..))))...........)))))).))((((....(((..((((((((....((((((((((.((((...((((.....).)))...))))...)))))....(((((...))))).))))).....))))))))..)))...)))).(((((((.....(((((......)))))........)))))))...)))))))))..))))....)))))))..(((((((.........))))))).........((((..((((.(((......................)))...))))..)))).......))))).))))))..........((((..((.((((((((((((...((((((((.........((((....((((......))))....(((((((....))..)))))((((...))))...(((((......)))))...)))).))))))))))).........................((((((....))))))......))))))))).))..)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,.(((((((((((((((........{{{{{{..{{((((((((((((.(((((({(,(((((,..{{{{||,,,)))|||,,,},||{...,((({,((((.....))))))))||.((((.,...((.((((((((....((((.......)))).)))))))).))...,.))))..,..(((((.((((....)))).)))))))))}}}},))))))))))}}})))).,,.}}}}{(((((...((({{((((,,..||||.{{((((((,.,...,..}}}...}}}}}}}}}{{((,{.{({,((,.{,.,(|{{.{.,.,,}}))).)))}||},,,|{{|,||||,}|||||||.......{((({(.{{..(({{{((({.,{.{||,|({((...{((||{((...}))),})}.,,)))})}})},}}}|)))))..||||..}}.}}}..))}..,,}.))))}),}))),}}))))}))))))),,,.......))))))))))))))){{{,.,(((((.,.,,(((((((((.,.{{(((({{{.{{(({{({||{(((...{{{{{.||{{{(((.((..(((.......}}}.|||,.|}}||||.||,|||}}.,|{{{{{,{,,||||{,|..|||,,|{{,(((((,......,{{{(((((({((.........||........,,,}.))}))))}}.....|||,,,,|||((((((((.(.((.(((((...(((.(.(((........))).).)))...))))).)).).))))))))||}},}|{|{........})}}....}}}}})},,..,...,..(((.((......)).)))..}}}})})).))))))}||,||}}}|||}..}||}}..,)},.{||{{{{||||,||,{((({{{.((((.{{{.........((({{{|||..,,,{{{{|,|||||...,}),)))}.|||||}||}|..{,||,|,...(((((((((((..,,...(((......))).,,..))).)))))))).....))))),.,|))|)),...((((..(((((((((((...(({{,...,}}}).....)))))))))))..)))).......,}}|})}|))}))|.||.,......,||||||||,..,||||,{{{{,.((({,..{{({,....|,}}},,,)}}),..}})}}{{{.(((((...})))),}},,,...}})))))))),})})}}}}}|,.(((((((.....(((((......)))))........)))))))...}}))))|}}..}},|.,{{{||,,||{,{,....({{{.,,.{{{{.(((((....}}}}},))))},.}}}}.}}.,}}}}}))}}.....{((((,..........))))},,....))))},)}||||,...,,,,..,{{{,,,..,{((((((({,,.,|||,|||||,,,......((((,...{(((......)))}....{((((((....))..))))){(((...)))).,,{{(({,,,.|,}}},....}}}}...||||||}}}},...,...,||,..,,,.......|,||||,,,,}|||,,...,,,)}}}})))),}},.,}},.
Back