Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001282206.2
Sequence Length
1625 nt
GC Content
0.5852
GUGGGCAGCCGGCGGGCUCCGAGGCCGUGAGCGCAAAGCCUCAGGCCCCGGCUCCCUCCUGAGCUGCGCCGUGCCAGGCCGCCCGCCGGGAUGCAGUGGGCCGUGGGCCGGCGGUGGGCGUGGGCCGCGCUGCUCCUGGCUGUCGCAGCGGUGCUGACCCAGGUCGUCUGGCUCUGGCUGGGUACGCAGAGCUUCGUCUUCCAGCGCGAAGAGAUAGCGCAGUUGGCGCGGCAGUACGCUGGGCUGGACCACGAGCUGGCCUUCUCUCGUCUGAUCGUGGAGCUGCGGCGGCUGCACCCAGGCCACGUGCUGCCCGACGAGGAGCUGCAGUGGGUGUUCGUGAAUGCGGGUGGCUGGAUGGGCGCCAUGUGCCUUCUGCACGCCUCGCUGUCCGAGGCGCUACUGGGCUGAGAUCUCGGAUACCAUCAUCUCUGGCACCUUCCACCAGUGGAGAGAGGGCACCACCAAAAGUGAGGUCUUCUACCCAGGGGAGACGGUAGUACACGGGCCUGGUGAGGCAACAGCUGUGGAGUGGGGGCCAAACACAUGGAUGGUGGAGUACGGCCGGGGCGUCAUCCCAUCCACCCUGGCCUUCGCGCUGGCCGACACUGUCUUCAGCACCCAGGACUUCCUCACCCUCUUCUAUACUCUUCGCUCCUAUGCUCGGGGCCUCCGGCUUGAGCUCACCACCUACCUCUUUGGCCAGGACCCUUGACCAGCCAGGCCUGAAGGAAGACCUGCGGAUAGACAGGAGCGGGCAGGCCCGCACAUAUCCACUUGCUGGAGCCCAUGUUUACAGACAGGGACAUACACCAUGCAGAUCCUGAGUUCCUGCUGUAUGAGCAGGGAUAUCCAUGCUUAUGUAUCCAAACACAGAGACCCAUGGGAACAAAUGAGACACAUAUAGAUACUGAGACCUGUGUGUACAGUAGGACCAUGCACUCACACCCAUCUGGAGAGGGAGCCCCCGGUAUACCAAGGGAGCCAGUUGUGUUCAGACACACACAUCACAGCUUGACUCACUAACUGAGGCCUUUCCAUAGCUCCACAGCUUCCCACCUCCUCCCCACCAAACCGGGGUUCUAGAGUUAAGGAUGGGGGAGGGUAUUAUACUGCCUCAGUCUGACUCCUCAACCCAGCAGCAAUUUGAGGGGAUGAGGGGGAAGAGGAGCUGCCUUUUGGAGGCCCCCUUCACCUGCAGCUAUGAUGCCCUUCCCCUUCUCCCCUGUCCUCACCAUAUGCCUUAUCCCCAUUCUACUCCCCUGCUAUGCAAGUGCCCCUGUGGCUUGUCCCCAACCCCCUCAGCAACAAAGCUCAGCUGGGGAACGAGAGUAAUUUGAAGAAUGCUUGAAGUCAGCGUCUUCCAUUCCAGAAAGACCCCCAUUCUUCCUUUGGGGGUAUGAUGUGGAAGCUGGUUUCAGCCCAGGACCCACCACUGAGGAGAGGAUCUAGACAGGUGGGCCUAAUUCCAAGGGGCCCUUCCUGGCCUGGAGAAGGCCUUUUACACACACACAACACAUACACACACACACACACACACACAUAUCACAGUUUUCACACAGCCCCUGCUGCAUUCUCUGUCCAUCUGUCUGUUUCUAUUAAUAAAGAUUUGUUGAUCUGUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-647.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -674.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 552.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((.(((..(((.((((.((((.((...)))))))))).)))..))).)).).)))))(((......))).((((((.(.....).))))))(((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((.(((((.((((...)))).(.((((((.((((((.((((((((....((((..(((((((.....((((.((..(......)..)).))))(((((((((.(((.((((.((((((...(((........)))...)))))).((.((....)).))..)))).)))))))))))).)))))))..))))...((((.((.((.((.(.((((((.(((.(((((.....((((.....))))((((((.....))))))(((((((.((((((((...((...))...))))).)))...((((.((..(((..(((((((..(((.....)))..)))))))..))))))))).)))))))...((((((..(.(((((..((((...((((((((((..........(((.(((((.((.(((((((.(((.....(((.......)))....))).)))))))))...(((((........)))))....))))).))).......))))))))))...))).)..)))))))))))).)))))))).))))))).)).)).)).))))....)))))))))))....))).)))))).)))))).))))))))))).))))))).)....)))).)))))..)))))))...(((((((((((((......((((((.......(((((((((.....)))))))))..((((((((.(((........))))))...)))))....................((.((((.((..(((((((..((((((........(((.((......))..)))((((((((.(((.......(((((..(((((((...............)))))))...((((.....))))..........((((....)))).........)))))......))))))))))).((((..(((((((((((((((((....((((....((.(((....)))))...)))).......((((((.((((((((((.((((((((....((((((...))))))...))))))......))))))))))))))))))...........))))))).)))))))))))))).))))))....(((.((((((.(((((((((((((.....((.(((......))).)).))))).)))))........(((((.((((.(....))))))))))..(((((.(...(((((((.........)))))))....).)))))((((....))))..(((.((((((..(..(((.....)))..)..)))))))))....))))))))).)))...(((((.....))))).....................................)))))))..)).))))..))...(((...)))))))))....)))))..))))))))............(((((....)))))...)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((((((((((.(((..(((.((((.((((.((...)))))))))).)))..))).}).).)))))(((,.,,,,}||.((({((|{{{{.{|{||||||({(((((((({{(((({,((((((({{.(((((((((.{(((({(({{..,))}),|,{(((((,|{|(((.((((((((,,.,((((..(((((((..{{{(((({,,..,....}}).,))}),|,(((((((((.(((.((((.((((((.,.(((........))).,.)))))),((,({..,,))}}}..)))).)))))))))))).)))))))..)))).{{{(((((({(,((..(((((((((.(({.((((((...}))))}}}})).)|||,||}..}})))}})}|||{{((((((((((,..((...||..,}}}}}.||}.|,{(((,{,..|||,,(((((((..(((.....)))..)))))))..}||||||||..||}|||.,.,((((,{{({(((({..,((({{,(((((((((({,.......{((({((((({({.(((((((,({(.....{{{.......))),,..))).}|})}}},|.{{{{|{|}}},.,,,||{.|,,|||}},}.,,,......,}}}}}}}}}}...}}|.}||))}}},|||}}|.}}},},},,}|.||},...|)}|}}|.},}.,}.)))))))))))...,))).)})))).)))))).)))))))))}}.))))))).,...,)))),,))))}.})))}}|...(((({(((((((,......{{{{{{....||.|||||||||}},,,||||}||,,..||,|||||,{((.,......},,,,,...}})))}..,...,{,,...,,,,,,{{.{{{{.{{..||{{{{|..|{{{||........|||.|,,,....})}.)}}(({{{{{{{(({.......(((((,,(((((((...............))))))).).|||,.....}}|||,,.......{{{|....))))......{,,}}|||,.....}}}))))}}}}.{{{{..{((({((((((((((((,{{,((((....{{.{{{,,,,|||,|,,.}||}.....,,{{|||{,||||||((((.(({(((((,...{{|{{|,..)))))}...))))}),,,,,,)))))))))))))))}}),.,,,,,,.,.}}))))}.}}}))})))}}))),))))}}..{.{{{.(({{{{.{((((((((((((.....((.(((......))).)).))))),,))))........(((({,((({,(....})))))))))..{((((.{...(((((((.........)))))))....}.))))}{{{{,...))))..||{.|||{||.,{..(((..,,.})}|||,,)))))}|}}....}}}}})|||.}}}...(((((.....))))).....................................}}}}}}}..}}.}})}..,,...{{||,,,,)))),}},..,)))))}}))))))),.....,,{{{{,,,,,|,,,,)))})..,)).
Back