Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001282480.1
Sequence Length
3897 nt
GC Content
0.3777
AGACUGCUGUGCUAGCAAUCAGCAAGACUCCGUGGGCGUAGGACCCUCCGAGCCAGGAAUACUAUGACAAAGGAGAUUACAUCAUUAGAGAGGGCGAGGAAGGAAGUACCUUUUUCAUUUUGGCAAAAGGAAAGGUCCUCCACUUUGGACAGAUAAAGGAGCUUCUACCAGUAGAGUCCCAUGCAAUUCUGUUUGAACACUGGCUUUGGAGUGGAGGCCACAGGACCCCCUAAGAAAUAAUAACUUCUUAGUGAUGUUAUGUAAAAGUAACACAGAGCACAGAAGGCCAUGAUCAACCACAGCUGAUAAAAACACUGCAGAAAGGAGAAUACUUUGGAGAAAAAGCUCUUAUCAGUGAUGAUGUCAGGUCAGCUAACAUUAUUGCUGAAGAAAAUGAUGUUGCAUGCCUGGUUAUAGAUCGAGAAACAUUCAACCAAACUGUCGGUACAUUUGAAGAGCUGCAAAAAUACCUUGAAGGAUAUGUGGCAAACCUGAACCGUGAUGAUGAAAAAAGACAUGCGAAGCGGUCCAUGUCUAACUGGAAGCUGUCCAAAGCACUCUCUCUGGAAAUGAUUCAGCUGAAGGAGAAGGUGGCCAGAUUUUCCUCAUCAUCCCCAUUCCAGAACCUUGAGAUUAUUGCAACACUGGGCGUUGGUGGGUUCGGAAGAGUUGAGCUUGUUAAAGUAAAAAAUGAGAAUGUUGCUUUUGCUAUGAAGUGUAUAAGGAAGAAGCACAUAGUUGACACCAAGCAGCAGGAGCAUGUCUACUCAGAGAAGAGGAUCCUAGAGGAGCUGUGCUCUCCAUUCAUUGUGAAAUUAUAUCGUACUUUCAAGGACAAUAAGUAUGUAUACAUGCUUCUGGAGGCCUGCUUAGGUGGGGAGCUCUGGAGUAUAUUAAGGGACAGAGGCAGCUUUGAUGAACCCACCUCCAAAUUCUGCGUUGCUUGUGUGACAGAAGCAUUUGAUUACCUGCAUCGACUAGGUAUUAUCUACAGAGACUUGAAACCAGAAAACUUAAUUCUAGAUGCUGAGGGUUACCUUAAAUUGGUUGACUUUGGAUUUGCGAAGAAAAUAGGGUCUGGACAGAAAACAUGGACAUUCUGUGGGACUCCAGAAUAUGUAGCUCCUGAAGUCAUUCUCAACAAGGGACAUGACUUCAGUGUGGAUUUCUGGUCACUGGGAAUUCUAGUGUAUGAGCUCCUAACGGGCAACCCACCCUUUUCUGGGGUUGACCAAAUGAUGACCUACAAUUUGAUUCUCAAAGGAAUUGAAAAAAUGGAUUUUCCCAGGAAGAUAACACGACGACCUGAGGAUUUGAUUCGGAGGCUUUGCAGGCAAAAUCCAACAGAAAGGCUGGGAAAUCUGAAGAAUGGAAUAAAUGACAUUAAGAAACACAGGUGGUUAAAUGGUUUUAAUUGGGAGGGACUGAAAGCACGGAGCCUUCCAUCACCUUUGCAAAGAGAGCUCAAGGGACCCAUAGAUCACAGCUACUUUGACAAAUAUCCUCCUGAAAAGGGAAUGCCUCCAGAUGAGCUAUCAGGCUGGGAUAAAGACUUCUGACAGAAGAAAAGUUGAUUACUGCCUGUACUCUACAGAAGAGGACCUCAAGGAUCAAUAAUCCAACACAUUAUUUUCUUUUCAGAGUAUUAUAAUAUCUUUGGAAGACCAUUAGGGAAAAGAAAUUCCUGCACAAUGGGAAGAGGAGAAUGGUGUGGAUAUGGUUCUGAGUUAUAGUGUCUUAUUUAGAUGCUGUGAAUUAUUGAUGUAUUACAUUAUUUGCUUUUCUCAACUGCUAGAGGCUACCCCAUUUUCCUUUCCACAAUCAGAGCCAUUUUUGUUAAAGUGGCAGUUUUUUCUGCAAUCUAUUGUUCCAUUCCAAUCAUAUCCUUCUCGUUUGAGUACUACUAACGUUUAAAAAGGGUCUUGCCCUUGAAUAACUAAGUCAUACAAAUAGAAGGAAAAACAAUGGUGAAUUUUGGAGAGCUCCCCAGCUCUCAGCAACUUCAUAUAAGCAUGGUGGUAUCUUAAAAUGGUGGUUUGCAGAAACCAUGGUAGCCAACAGAACCUCCUGACUUUCACCUGCUUUUAACCUGAAAAUAUAUUAAUACGCCUCUGACAUGAGUCCAGGGAGAGGCAAGAUUGAGCAAUAGUCAGUGGCACCAUUUCCUAAAGUAACUGAAUCAAUCAAUCCAGUCAGGUAAUUAUUUUCUAUUGGGGAACUUAGAAAAAAAAGUAAAGCAAGAAAUAUUUUCUCUCCUUUAUGAUCAGUGAUACCUUAGAGACUUUUCGAAAGUCCUUGUUAAAGAUAGUUACAAUGUGUGGUUAAAUGAUGCUAAAAUAUUUUCACAACCAGAGUAGAAAACGUGCUGGAACAAAAUUGCGAAGGCUUUUGCCUCCCAGUAAAUAGAAAGGAAAAUAUAUUCUAGUAGGUAAGACUGCUGACUCUUUGAAAAUCUGAGGUAUUUUGAAAAAUUCUGUGAUAGUUGCUAUUAAUAAACCAAAAUUGUAUAGAAUCAUCGUUAAUUUUUAAUAUAAAUCCCAUUGACAAAUGUUGAUGCACUGUAGUCACUGCUGAGUUAAUAGCGCUUUUUAAAGACAUCUGAGUCAUGGAUGUGUUUAUAAAUUUAGAUUGUUAAGACAGGCAAGCCACCAGAAAAGUGAUAGGAUUUCAGAAGUAAAAGGGACAACAGCAUCCCUCCUAUCCCUUCCUUGCACUCUCCCAAAUAAUAAGUAGGAUAGUUUCAAUAGCAUGGGACCUAGUACCUAAGAACUUCACUGGUGAAUGGUUGUAUGUAUUGACCAUGAUCAUUCCCUUACCCUCCUUCCAAAAUGAAUGAGAAGCAGAGACUUUUCUGUAUUUUUUAAAUCUAGCAGAGUAAAAAUACUGUAUAAGUUCCGGGAUUAUUCAAGCUUCUGGUUAUAUUUUCAUAUGUUAAUGUUCUAUGUCAAAAGGAACCUCUACCCAGUCCCCACUCAUAAUUUCAUCAUCCAGAAAAAAGCCAGCUAUAUGCUUCCUUAAUGAGUUAAGCUAGAUAAGUGAAGCCCAAUCCAGAAAGGUGCAUCCUUAACAAAUUAGAUUUCCACAUUUAUAAUCCUUUUGCUGAACCAAAGAGUUUUUGUUUCCUGGAGCUGUAUUUUUAAAGAUUAUGUAUUGUACAUAGAAUAAUCAUUUUUAAUAGGAUUGACAUAACCUGCUUAAAGAAUUUCUAAGAGUUUUUAAAGAUUUUUAUUUGAAUUUGGUUGGUUUGUACUGUAUGUUUUUCCAUGUAUAUAUUUUUAAAUUUCCAACCUAUAAAGAUAGAAAAUUUAUGUAUUGGGUGGAUAUUAGAACUAUACAGUUAUAAUAGGAAUGAUAUUCUCAAAGCAGAUCAAUAGUUGUAAUUUUUAAAACCCUACAUAUAUAGAAAUAACCAAGUUAGAGUACUACAGGUUUAUUUUUCCUGUGAUUGACCAUGUCAAUGUGUUAUCCUCCCAUGUGAUUUUUUAUUGUUUCCUUAGAGUACUUUAAAAGAUGAAGAAAUGAGAGACUGAACCAUUGAAUAAUCCCAACUCCACCAUUUCCUAACUGAGUGACUCUGGGAAAGUGAUUUAGCUUUUUUGAGUACUAGCUUUCUCAUUCAUAGAAAAAGGCAGAGUAAAGUAAUAUUUACUUAGAGGUUUGUUUCAGGGAUUAAGUUAUGUAGAGAGUCUUUUGCCCGGUAUCUGUGAAAUAACCAUUGCUGCAUAGACGGGAGCUACUGUUACUGUCUCUAUUAAAAUUAAAGGGGCCUUAAUAACCAUUUAGUCCUGAAUCUUAUGUAUCAUUGGUAUCUGUAUGCAGAAUUGUACUUAUCAAAUCCAGUAUCUGUCUUUUUUUUCUUUUAAAUCAUGAAGUAAAAAUGAUUGACCAAAAACUUCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-997.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1076.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 796.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...............((((((.....(((.(((((((...(((...)))..)))((.....))......((((((............(((((.((((((((((.....(((((((((...))).))))))....((((........))))......((((((((.(((.(.(((((((((((((..(((((((...((((.((.((((((((((.((....((((....(((((((........)))))))((.((((((......))))))))..........((((((..((..(..(((((((.........(.((((...((((...(((((((.(...(((((((.(((((((((((((.((.....)).)))))))))))))..........((((.(((.((.(........).))...))).))))((((.(((....))))))))))))))((....((((((...))).)))...))..........(((....))).....(((((((.((.....)))))))))..........).)))))))...)))))))).)......)))))))..)..))..))))))......))))......)))))))))))).))...........(((((.(.(((.(..((((((((((..(((((((.((((....)))).......((..((((.((((((.((.............)).))))))))))..))..(((((((((((((((((((((.(((..((((.(.((..(((....))).)).).)))).(((.....)))..........((((((...........))))))))).))))))))))).....)))))).)))).....(((((...............))))).)))))))..))))))))))..)...))).).)))))..))))))))))))))).....((((((.......))))))....((((((((...((...(((...........(((((((.((((((....))))......(((..(((((......)))))..))))).))))))).........))).))))))))))....((((((......((..((((((((((((((.....)))).)))))))))).))....)))))).....))).)))))).)))).))))))))...(((...)))...(((((((((((((..((.(((((((.((.....(((((((((....))))))))).....))..((((((((((((((((.......(((((((((((((((((((..(((((..(((.....(((..(((.....))))))....(((.(((((((((((..((....(((((((....((((((..((((.......(((((((..(((......)))..)))))))((.((((.((.......))..)))))).)))).)))))).((((((((((((((....(((.(((((((((((.((((...((((...))))))))((((....((.((((((.(((.((((((((....(((.....)))((((.....))))...((((.((((((...((((...(((((((((((((((((((((((....))).))))))))..(((((.(((((......)))))....))))).....)))))))))))))))).))))))))))(((((((((((.....))))))))))).....((((((...))))))...))))))))...))).))))))))..)))).))))))))......)))))).....)))))))))))))).)))))))......))..)))))))))))...)))..(((((((.(((((.((...(((...(((....((((((...))))))....)))..))).)).)))))))))))).....(((((((.......(((((((....)))))))..........((.(((((.(((((.........((.(((((((....))))))).))......(((......)))....)))))))))).)).(((((.......(((((..((((((..(.((....)))..))))))...))))).......)))).).))))))).))))))))..))))))))...)))))..))))))..)))))))))..))))))).............((((((..(((((...)))))...))))))..((((.(((((((((((...((((((((((((.(((((..((...(((......(.(((((...(((.............))).))))).)......)))...))..))))).((((.(.((((....)))).))))).........((((......))))(((((......))))))))).)))))))))))))))))))))))...(((((((.((((((................))))))))))))))))))))..................(((((((....)))))))....((((...))))((..((((((((..(((.((((.((((((.......)))))).)))).)))....).)))))))..))))..)))).))))))))).(((((((..............((((........))))))))))))))))))))).)))))........((((..((((.(((((((((.((((.((((...((((.............))))...)))).))))))))))....))).)))).))))..)))))).....(((((((((((((((.(((((....((((((((....(((...)))..)))))))).....)))))..((((((((((((.....(((((..................(((((.........))))).......(((((....(((((..(((((((.......(((((..(((((....(((((((((...(((...)))...)))).))))).....((((.((((.....))))..((((...((((...........))))..))))..(((.((((.....)))).))))))))))))..)))))......((((((...))))))....((((((.......(((((.(((((......(((.((((((((....)))))))).))).....(((((.((((((((((((((((..((.(((((.((((.((((((...((((((...((((.((((.....(((((...)))))....))))))))..)))))).)))))).........)))).)))))...))..))))))))(((..((((.............))))..))).......)))))))).))))).((((((.........))))))((((((...)))))))))))))))).....))))))(((((..(((((....))).))..))))))))))))..))))).)))))))))))))))))))))).....(((((.........)).)))((((.((((((((......)))))))))))).)).)).)))))))))))((((((((((((((((((......))))))........(((((((.((((........((((((....)))))).....)))).)))))))((((.((.(((((((((((((.(((.(((((..((((((.(((....)))))))))..)))))......))))))))..)).)))))).)).)))).((((....))))...(((((..........)))))))))))))))))..........)))).))).....)))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,.{(({(,....,||,{||}},..{{({(,{{(((.,,({,...|}|..}}}.}}}...},,,,...{(((((............(((((.((((((((((.....((((((((,...,}).))))))....((((........))))......((((((((.((,{(.(((((((((((((..(((((((...((((.((.((((((((((.((....{{({....(((((((........))))))),|.((((((......))))))},..,.......((((((..((..(..(((((((.........{.((({..,((((...(((((((.{...{((((({.((((({((({{{(,((,,..,|},||||||||}}}}}....,,}}}||||||{{{|{(|{,,...,{,|,,......,,,,|||....,.,,}}},,,||||,}},}}|{|}...{{|{({...))).)))}}}))...,.,,.,{(((..,,|||.....,,,|||{,|,.}}}})|||}}}}}...,}),,}}).)))))))...)))))))).,......)))))))..)..))..))))))......}}))......)))))))))))).))...........(((((.(.(((.,..((((((((((..(((((((.((((....)))).......,,..((({{((((((.(({{{.....}}},.)..))))))))))..||..(((((((((((((((((((((.,,({{,{,{..,||..,{,..,,|||{|...})))),{,{,,...,})},..,{{{.(((((((...........)))))))))}))))))))))).....)))))).)))).....(((((...............))))).)))))))..)))))))))).,}...,}}.).)))))..)))))))))))))),.,{{,((((((.......)))))),,},{{{{{{{{...{{..,(((,,....,...,(((((((.((((((...,||}}.....,||{..|||{{......)))))..,,},),})))))|,{{,,....}},.,,))))))})||,.|{({{{.,|.,.,{..((((((((((((((.....)))).)))))))))).})},,}))))))},..}))),,))))).)))).))))))))...(((...)))...(((((((((((((..((.((((((({{(.....(((((((((....))))))))).....))..{(((((((((((((((.......(((((((((((((((((((..(((((,.{((.....{((..({{.....)))|||....{({.(((((((((((..((....,(((((,....((((((..{{((.,.....(((((((..(((......)))..))))))).,.((((,((.......})..)))))}.)}}}.)))))).((((((((((((((.,,.((,{(((((((((((.((((...({((...}})))))){(((....((.((((((.(((.((((((((.,,.,.{...{{|||{{{{..,,.))))...(((,,((((((...((((,.,((((((((((((((((((((,((....,,).))))))},..(((({.(((({......)))))....,))))..,}))))))))))))))))).))))))))))(((((((((((.....))))))))))).....((((((...)))))),,.))))))))...))).))))))))..)))}.})))))))......))))))..,,.)))))))))))))).))}}))),),...))..)))))))))))...}}}..(((((((.(((((.{({..(((...(((....((((((...))))))....))),.))).,),)))))))))))).....{((((((.......(((((((....)))))))......,,,,{,.{((((.(((({.........((.(((((((....))))))).))......(((......)))....}))))))))).},.,((((.......(((({..((((((..(.{{....))}..))))))...})))).......)))).,.))))))).))))))))..)))))))),..}))))..))))))..)))))))))..))))))}.,,..........((((((..(((({...}))))...))))))..((({.(((((((((((...((((((((((((.(((((..((...(((......(.(((((...{((,.......,,.,.)}}.))))).)......}))...))..))))}.((((.(.((((....))))},)))).........(({,......))))(((((......))))))))).)))))))))))))))))))})))...,((((((.((((((................))))))))))))))))))))...,,,,,......,,..(((((((....))))))|,.,{{{{|,|,,|||{|,.|{{||||{,,,{{.((((.((((((......,)))))).)))).})}....}.}}))))}.,},)),.)))).))))))))).(((((({.............,((((........))))))))))))))))))))).)))))........,,,(,,{(({.{,,(((((,{((((.((((...((((...{,...,,...))))...)))).))))))))))....}}}...}},}}}},.)))))}.....(((((((((((((.(.(((((..,.((((((((....(((...)))..)))))))).,...)))))..((((((((((((.....(((((,,,,......,,|,....(((((.,.....,.))))).....,.(((((....(((((..{((((((,,,....,{{{,..(((({....(((((((((...(((...)))...)))).))))).....((((.((((.....))))..{{{{...((({...........}}}}..}}}}..{{{.{{{{,...,)))).)}})))))))))..}||||{{{{,{{,({({...,|||||{{{.((((((.......((((,,(((((......(((.((((((((....)))))))).})).....(((((.{((((((((((((({(,.((,(((({.{{{{.((((((...((((({,,.(((,,((((...,.(((({...})))).}..)))))))).})))))).)))))},,||||,,.}}}},||}}}.,,,,..)})))))},|{,,||||,,...........}))),,)))}.,,,}})))))))}.))))).((((((.........)))))){(((((...)))))))))))))))).....))))))|||||.,||.,,..,,,)}.})}}))))})))))))..))))).)))))))))))))))))))))).....{{,,,,,,......,}||}}((((.{(((((((......))))))),)))).,,.))}))))))))))){(((((((((((({{{((,,,...}))))),...,,..(((((((.((((...,....((((({....}))))).....)))).)))))))|{({.((.(((((((((((((.(((.{((((..((((((.{{{....}}}))))))..}}})),,....))))))))..))},))))).)).)))}.{(((....)))}..,|||||.,........}))}))))))))))))}.........,|||}.}},....,)))))}.............
Back