Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001282482.1
Sequence Length
3684 nt
GC Content
0.3727
AGACUGCUGUGCUAGCAAUCAGCAAGACUCCGUGGGCGUAGGACCCUCCGAGCCAGGAAUACUAUGACAAAGGAGAUUACAUCAUUAGAGAGGGCGAGGAAGGAAGUACCUUUUUCAUUUUGGCAAAAGGAAAGGUAAAAGUAACACAGAGCACAGAAGGCCAUGAUCAACCACAGCUGAUAAAAACACUGCAGAAAGGAGAAUACUUUGGAGAAAAAGCUCUUAUCAGUGAUGAUGUCAGGUCAGCUAACAUUAUUGCUGAAGAAAAUGAUGUUGCAUGCCUGGUUAUAGAUCGAGAAACAUUCAACCAAACUGUCGGUACAUUUGAAGAGCUGCAAAAAUACCUUGAAGGAUAUGUGGCAAACCUGAACCGUGAUGAUGAAAAAAGACAUGCGAAGCGGUCCAUGUCUAACUGGAAGCUGUCCAAAGCACUCUCUCUGGAAAUGAUUCAGCUGAAGGAGAAGGUUAAAGUAAAAAAUGAGAAUGUUGCUUUUGCUAUGAAGUGUAUAAGGAAGAAGCACAUAGUUGACACCAAGCAGCAGGAGCAUGUCUACUCAGAGAAGAGGAUCCUAGAGGAGCUGUGCUCUCCAUUCAUUGUGAAAUUAUAUCGUACUUUCAAGGACAAUAAGUAUGUAUACAUGCUUCUGGAGGCCUGCUUAGGUGGGGAGCUCUGGAGUAUAUUAAGGGACAGAGGCAGCUUUGAUGAACCCACCUCCAAAUUCUGCGUUGCUUGUGUGACAGAAGCAUUUGAUUACCUGCAUCGACUAGGUAUUAUCUACAGAGACUUGAAACCAGAAAACUUAAUUCUAGAUGCUGAGGGUUACCUUAAAUUGGUUGACUUUGGAUUUGCGAAGAAAAUAGGGUCUGGACAGAAAACAUGGACAUUCUGUGGGACUCCAGAAUAUGUAGCUCCUGAAGUCAUUCUCAACAAGGGACAUGACUUCAGUGUGGAUUUCUGGUCACUGGGAAUUCUAGUGUAUGAGCUCCUAACGGGCAACCCACCCUUUUCUGGGGUUGACCAAAUGAUGACCUACAAUUUGAUUCUCAAAGGAAUUGAAAAAAUGGAUUUUCCCAGGAAGAUAACACGACGACCUGAGGAUUUGAUUCGGAGGCUUUGCAGGCAAAAUCCAACAGAAAGGCUGGGAAAUCUGAAGAAUGGAAUAAAUGACAUUAAGAAACACAGGUGGUUAAAUGGUUUUAAUUGGGAGGGACUGAAAGCACGGAGCCUUCCAUCACCUUUGCAAAGAGAGCUCAAGGGACCCAUAGAUCACAGCUACUUUGACAAAUAUCCUCCUGAAAAGGGAAUGCCUCCAGAUGAGCUAUCAGGCUGGGAUAAAGACUUCUGACAGAAGAAAAGUUGAUUACUGCCUGUACUCUACAGAAGAGGACCUCAAGGAUCAAUAAUCCAACACAUUAUUUUCUUUUCAGAGUAUUAUAAUAUCUUUGGAAGACCAUUAGGGAAAAGAAAUUCCUGCACAAUGGGAAGAGGAGAAUGGUGUGGAUAUGGUUCUGAGUUAUAGUGUCUUAUUUAGAUGCUGUGAAUUAUUGAUGUAUUACAUUAUUUGCUUUUCUCAACUGCUAGAGGCUACCCCAUUUUCCUUUCCACAAUCAGAGCCAUUUUUGUUAAAGUGGCAGUUUUUUCUGCAAUCUAUUGUUCCAUUCCAAUCAUAUCCUUCUCGUUUGAGUACUACUAACGUUUAAAAAGGGUCUUGCCCUUGAAUAACUAAGUCAUACAAAUAGAAGGAAAAACAAUGGUGAAUUUUGGAGAGCUCCCCAGCUCUCAGCAACUUCAUAUAAGCAUGGUGGUAUCUUAAAAUGGUGGUUUGCAGAAACCAUGGUAGCCAACAGAACCUCCUGACUUUCACCUGCUUUUAACCUGAAAAUAUAUUAAUACGCCUCUGACAUGAGUCCAGGGAGAGGCAAGAUUGAGCAAUAGUCAGUGGCACCAUUUCCUAAAGUAACUGAAUCAAUCAAUCCAGUCAGGUAAUUAUUUUCUAUUGGGGAACUUAGAAAAAAAAGUAAAGCAAGAAAUAUUUUCUCUCCUUUAUGAUCAGUGAUACCUUAGAGACUUUUCGAAAGUCCUUGUUAAAGAUAGUUACAAUGUGUGGUUAAAUGAUGCUAAAAUAUUUUCACAACCAGAGUAGAAAACGUGCUGGAACAAAAUUGCGAAGGCUUUUGCCUCCCAGUAAAUAGAAAGGAAAAUAUAUUCUAGUAGGUAAGACUGCUGACUCUUUGAAAAUCUGAGGUAUUUUGAAAAAUUCUGUGAUAGUUGCUAUUAAUAAACCAAAAUUGUAUAGAAUCAUCGUUAAUUUUUAAUAUAAAUCCCAUUGACAAAUGUUGAUGCACUGUAGUCACUGCUGAGUUAAUAGCGCUUUUUAAAGACAUCUGAGUCAUGGAUGUGUUUAUAAAUUUAGAUUGUUAAGACAGGCAAGCCACCAGAAAAGUGAUAGGAUUUCAGAAGUAAAAGGGACAACAGCAUCCCUCCUAUCCCUUCCUUGCACUCUCCCAAAUAAUAAGUAGGAUAGUUUCAAUAGCAUGGGACCUAGUACCUAAGAACUUCACUGGUGAAUGGUUGUAUGUAUUGACCAUGAUCAUUCCCUUACCCUCCUUCCAAAAUGAAUGAGAAGCAGAGACUUUUCUGUAUUUUUUAAAUCUAGCAGAGUAAAAAUACUGUAUAAGUUCCGGGAUUAUUCAAGCUUCUGGUUAUAUUUUCAUAUGUUAAUGUUCUAUGUCAAAAGGAACCUCUACCCAGUCCCCACUCAUAAUUUCAUCAUCCAGAAAAAAGCCAGCUAUAUGCUUCCUUAAUGAGUUAAGCUAGAUAAGUGAAGCCCAAUCCAGAAAGGUGCAUCCUUAACAAAUUAGAUUUCCACAUUUAUAAUCCUUUUGCUGAACCAAAGAGUUUUUGUUUCCUGGAGCUGUAUUUUUAAAGAUUAUGUAUUGUACAUAGAAUAAUCAUUUUUAAUAGGAUUGACAUAACCUGCUUAAAGAAUUUCUAAGAGUUUUUAAAGAUUUUUAUUUGAAUUUGGUUGGUUUGUACUGUAUGUUUUUCCAUGUAUAUAUUUUUAAAUUUCCAACCUAUAAAGAUAGAAAAUUUAUGUAUUGGGUGGAUAUUAGAACUAUACAGUUAUAAUAGGAAUGAUAUUCUCAAAGCAGAUCAAUAGUUGUAAUUUUUAAAACCCUACAUAUAUAGAAAUAACCAAGUUAGAGUACUACAGGUUUAUUUUUCCUGUGAUUGACCAUGUCAAUGUGUUAUCCUCCCAUGUGAUUUUUUAUUGUUUCCUUAGAGUACUUUAAAAGAUGAAGAAAUGAGAGACUGAACCAUUGAAUAAUCCCAACUCCACCAUUUCCUAACUGAGUGACUCUGGGAAAGUGAUUUAGCUUUUUUGAGUACUAGCUUUCUCAUUCAUAGAAAAAGGCAGAGUAAAGUAAUAUUUACUUAGAGGUUUGUUUCAGGGAUUAAGUUAUGUAGAGAGUCUUUUGCCCGGUAUCUGUGAAAUAACCAUUGCUGCAUAGACGGGAGCUACUGUUACUGUCUCUAUUAAAAUUAAAGGGGCCUUAAUAACCAUUUAGUCCUGAAUCUUAUGUAUCAUUGGUAUCUGUAUGCAGAAUUGUACUUAUCAAAUCCAGUAUCUGUCUUUUUUUUCUUUUAAAUCAUGAAGUAAAAAUGAUUGACCAAAAACUUCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-920.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -995.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 866.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...............((((((.....(((.(((((((...(((...)))..)))((.....))......((((((............(((((.((((((((((.....(((((((((...))).))))))...(((((((((((((.....((......((..(((((..((.(((((((.........(.((((...((((...(((((((.(...(((((((.(((((((((((((.((.....)).)))))))))))))..........((((.(((.((.(........).))...))).))))((((.(((....))))))))))))))((....((((((...))).)))...))..........(((....))).....(((((((.((.....)))))))))..........).)))))))...)))))))).)......)))))))..))....)))))..))......))....))))))))))))).....((((...........))))........(((((((((((((((((((((.(((..((((.(.((..(((....))).)).).)))).(((.....)))..........((((((...........))))))))).))))))))))).....)))))).)))).((((...(((.((.((((((((...........)))))))).))))).))))...(((((.((.((((((.((.....((((..(((((((.(((((((((..(((.((((((....)))..))).)))((((.......))))......(((((....))))).....(((..(((((......)))))..))).((((((..((((((..........)))))).))))))(((((......((..((((((((((((((.....)))).)))))))))).))....)))))((((.(((((.....(((......))).......((((((((...........)))))).)).(((((((.((.....(((((((((....))))))))).....))..((((((((((((((((.......(((((((((((((((((((..(((((..(((.....(((..(((.....))))))....(((.(((((((((((..((....(((((((....((((((..((((.......(((((((..(((......)))..)))))))((.((((.((.......))..)))))).)))).)))))).((((((((((((((....(((.(((((((((((.((((...((((...))))))))((((....((.((((((.(((.((((((((....(((.....)))((((.....))))...((((.((((((...((((...(((((((((((((((((((((((....))).))))))))..(((((.(((((......)))))....))))).....)))))))))))))))).))))))))))(((((((((((.....))))))))))).....((((((...))))))...))))))))...))).))))))))..)))).))))))))......)))))).....)))))))))))))).)))))))......))..)))))))))))...)))..(((((((.(((((.((...(((...(((....((((((...))))))....)))..))).)).)))))))))))).....(((((((.......(((((((....)))))))..........((.(((((.(((((.........((.(((((((....))))))).))......(((......)))....)))))))))).)).(((((.......(((((..((((((..(.((....)))..))))))...))))).......)))).).))))))).))))))))..))))))))...)))))..))))))..)))))))))..))))))).............((((((..(((((...)))))...))))))..((((.(((((((((((...((((((((((((.(((((..((...(((......(.(((((...(((.............))).))))).)......)))...))..))))).((((.(.((((....)))).))))).........((((......))))(((((......))))))))).)))))))))))))))))))))))...(((((((.((((((................))))))))))))))))))))...............))))).))))....)))))))))..))))))).))))...((((((((..(((.((((.((((((.......)))))).)))).)))....).)))))))..)).)))))).)))))))....(((((((..............((((........))))))))))))))))))))).)))))........((((..((((.(((((((((.((((.((((...((((.............))))...)))).))))))))))....))).)))).))))..)))))).....(((((((((((((((.(((((....((((((((....(((...)))..)))))))).....)))))..((((((((((((.....(((((..................(((((.........))))).......(((((....(((((..(((((((.......(((((..(((((....(((((((((...(((...)))...)))).))))).....((((.((((.....))))..((((...((((...........))))..))))..(((.((((.....)))).))))))))))))..)))))......((((((...))))))....((((((.......(((((.(((((......(((.((((((((....)))))))).))).....(((((.((((((((((((((((..((.(((((.((((.((((((...((((((...((((.((((.....(((((...)))))....))))))))..)))))).)))))).........)))).)))))...))..))))))))(((..((((.............))))..))).......)))))))).))))).((((((.........))))))((((((...)))))))))))))))).....))))))(((((..(((((....))).))..))))))))))))..))))).)))))))))))))))))))))).....(((((.........)).)))((((.((((((((......)))))))))))).)).)).)))))))))))((((((((((((((((((......))))))........(((((((.((((........((((((....)))))).....)))).)))))))((((.((.(((((((((((((.(((.(((((..((((((.(((....)))))))))..)))))......))))))))..)).)))))).)).)))).((((....))))...(((((..........)))))))))))))))))..........)))).))).....)))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,.{(({(,.....||,,||}},..{(({(,{{(((,,,({,...|||..}}}.}}}...}},,,...{(((((............(((((.((((((((((...{{((((((({.,,,|.,.})))))}}}||||,,,{{,,{{.{{{{(({{{...((,.{{{((..({.(((((((.........{.((({..,((((...(((((((.{...{((((({.((((({((({{{(,((,,..,|},||||||||}}}}}....,,}}}||||||{{{|{(|{,,...,{,|,,,.....,,,,|||....,.,,}}},,,||||,}},}}|{||...{{|{({...))).)))}}}))...,.,,.,{(((..,,|||.....,,,|||{,|,.}}}})|||}}}}}...,}),,}}).)))))))...)))))))).,......)))))))..})....)))),..,,......,,,,..}}}||||||||||.,...((((...........}},}....,,.,|||{{{{{||||||||||{{|,|.(((...,..}}}..{{{..,.)}|.}}}}))))).,,{,,...,}),,..{{((.(((((((...........)))))))))))}}||||||||{,..{||||||,||||{({{({{{(((.{{.{{{{,{{{..{,,,,....))))),},.,)))),))}}...{((((.((.((((((.((.{,..((({..(((((((.(((((((((,{(((,,,{{({.,,{||,.,|||.,||({,...,,...|||{{{{{.{{{(((,,,|||},.....}||{,.||||{,..,,.})))}..,,,.|{{|||,|{(((({..........)))))),)}}}}}(((({.,{.,,{{..((((((((((((((.....)))).)))))))))).})|,|,)))))|{((,(((({..||}}}}}...,}},}}}....|(||{{{{{,{,{,.....})))))).}}.{(((((({{(.....(((((((((....))))))))).....)}..{(((((((((((((((.......(((((((((((((((((((..(((((,.{((.....{({..{{{.....)))}}|....{({.(((((((((((..((....,(((((,....((((((..{{((.,.....(((((((..(((......)))..))))))).,.((((,((.......})..)))))}.)}}}.)))))).((((((((((((((.,,.((,{(((((((((((.((((...({((...}})))))){(((....((.((((((.(((.((((((((.,,.,.{...{{|||{{{{..,,.))))...(((,,((((((...((((,.,((((((((((((((((((((,((....,,).))))))},..(((({.(((({......)))))....,))))..,}))))))))))))))))).))))))))))(((((((((((.....))))))))))).....((((((...)))))),,.))))))))...))).))))))))..)))}.})))))))......))))))..,,.)))))))))))))).))}}))),),...))..)))))))))))...}}}..(((((((.(((((.{({..(((...(((....((((((...))))))....))),.))).,),)))))))))))).....{((((((.......(((((((....)))))))......,,,,{,.{((((.(((({.........((.(((((((....))))))).))......(((......)))....}))))))))).},.,((((.......(((((..((((((..(.{{....))}..))))))...})))).......)))).,.))))))).))))))))..)))))))),..}))))..))))))..)))))))))..))))))}.,,..........((((((..(((({...}))))...))))))..((({.(((((((((((...((((((((((((.(((((..((...(((......(.(((((...{((,.......,,.,.)}}.))))).)......}))...))..))))}.((((.(.((((....))))},)))).........(({,......))))(((((......))))))))).)))))))))))))))))))})))...,((((((.((((((................)))))))))))))))))))).....,......,,.}}}}},}}}}....)))))))))..))))))).}})|,..{{{{{|||,.|{{.((((.((((((......,)))))).)))).,}}....}.}))))},..)).)))))).))))))),,,.{{||||..}}}},}}}},..{((((........))))),}},},)))))))))).)))))........,,,(,,{(({.,,,(((((,{((((.((((...((((...{,...,,...))))...)))).))))))))))....}}}...}},}}}},.)))))}.....(((((((((((((.(.(((((..,.((((((((....(((...)))..)))))))).,...)))))..((((((((((((.....(((((,,,,......,,|,....(((((.,.....,.))))).....,.(((((....(((((..{((((((,,,....,{{{,..(((({....(((((((((...(((...)))...)))).))))).....((((.((((.....))))..{{{{...((({...........}}}}..}}}}..{{{.{{{{,...,)))).)}})))))))))..}||||{{{{,{{,({({...,|||||{{{.((((((.......((((,,(((((......(((.((((((((....)))))))).})).....(((((.{((((((((((((({(,.((,(((({.{{{{.((((((...((((({,,.(((,,((((...,.(((({...})))).}..)))))))).})))))).)))))},,||||,,.}}}},||}}}.,,,,..)})))))},|{,,||||,,...........}))),,)))}.,,,}})))))))}.))))).((((((.........)))))){(((((...)))))))))))))))).....))))))|||||.,||.,,..,,,)}.})}}))))})))))))..))))).)))))))))))))))))))))).....{{,,,,,,......,}||}}((((.{(((((((......))))))),)))).,,.))}))))))))))){(((((((((((({{{((,,,...}))))),...,,..(((((((.((((...,....((((({....}))))).....)))).)))))))|{({.((.(((((((((((((.(((.{((((..((((((.{{{....}}}))))))..}}})),,....))))))))..))},))))).)).)))}.{(((....)))}..,|||||.,........}))}))))))))))))}.,.......,|||}.}},....,)))))}.............
Back