Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001282584.2
Sequence Length
1990 nt
GC Content
0.6457
GGAGAGAGACUUAGAGCCGAGUGGGACAAAGCCUGGGGCUGGGCGGGGGCCAUGGCGCUGCCAUCCCGAAUCCUGCUUUGGAAACUUGUGCUUCUGCAGAGCUCUGCUGUUCUCCUGCACUCAGCGGUGGAGGAGACGGACGCGGGGCUGUACACCUGCAACCUGCACCAUCACUACUGCCACCUCUACGAGAGCCUGGCCGUCCGCCUGGAGGUCACCGACGGCCCCCCGGCCACCCCCGCCUACUGGGACGGCGAGAAGGAGGUGCUGGCGGUGGCGCGCGGCGCACCCGCGCUUCUGACCUGCGUGAACCGCGGGCACGUGUGGACCGACCGGCACGUGGAGGAGGCUCAACAGGUGGUGCACUGGGACCGGCAGCCGCCCGGGGUCCCGCACGACCGCGCGGACCGCCUGCUGGACCUCUACGCGUCGGGCGAGCGCCGCGCCUACGGGCCCCUUUUUCUGCGCGACCGCGUGGCUGUGGGCGCGGAUGCCUUUGAGCGCGGUGACUUCUCACUGCGUAUCGAGCCGCUGGAGGUCGCCGACGAGGGCACCUACUCCUGCCACCUGCACCACCAUUACUGUGGCCUGCACGAACGCCGCGUCUUCCACCUGACGGUCGCCGAACCCCACGCGGAGCCGCCCCCCCGGGGCUCUCCGGGCAACGGCUCCAGCCACAGCGGCGCCCCAGGCCCAGACCCCACACUGGCGCGCGGCCACAACGUCAUCAAUGUCAUCGUCCCCGAGAGCCGAGCCCACUUCUUCCAGCAGCUGGGCUACGUGCUGGCCACGCUGCUGCUCUUCAUCCUGCUACUGGUCACUGUCCUCCUGGCCGCCCGCAGGCGCCGCGGAGGCUACGAAUACUCGGACCAGAAGUCGGGAAAGUCAAAGGGGAAGGAUGUUAACUUGGCGGAGUUCGCUGUGGCUGCAGGGGACCAGAUGCUUUACAGGAGUGAGGACAUCCAGCUAGAUUACAAAAACAACAUCCUGAAGGAGAGGGCGGAGCUGGCCCACAGCCCCCUGCCUGCCAAGUACAUCGACCUAGACAAAGGGUUCCGGAAGGAGAACUGCAAAUAGGGAGGCCCUGGGCUCCUGGCUGGGCCAGCAGCUGCACCUCUCCUGUCUGUGCUCCUCGGGGCAUCUCCUGAUGCUCCGGGGCUCACCCCCCUUCCAGCGGCUGGUCCCGCUUUCCUGGAAUUUGGCCUGGGCGUAUGCAGAGGCCGCCUCCACACCCCUCUCCCAGGGGCUUGGUGGCAGCAUAGCCCCCACCCCUGCGGCCUUUGCUCACGGGUGGCCCUGCCCACCCCUGGCACAACCAAAAUCCCACUGAUGCCCAUCAUGCCCUCAGACCCUUCUGGGCUCUGCCCGCUGGGGGCCUGAAGACAUUCCUGGAGGACACUCCCAUCAGAACCUGGCAGCCCCAAAACUGGGGUCAGCCUCAGGGCAGGAGUCCCACUCCUCCAGGGCUCUGCUCGUCGGGGGCUGGGAGAUGUUCCUGGAGGAGGACACUCCCAUCAGAACUUGGCAGCCUUGAAGUUGGGGUCAGCCUCGGCAGGAGUCCCACUCCUCCUGGGGUGCUGCCUGCCACCGAGAGCUCCCCCACCUGUACCACCAUGUGGGACUCCAGGCACCAUCUGUUCUCCCCAGGGACCUGCUGACUUGAAUGCCAGCCCUUGCUCCUCUGUGUUGCUUUGGGCCACCUGGGGCUGCACCCCUUGCCCUUUCUCUGCCCCAUCCCUACCCUAGCCUUGCUCUCAGCCACCUUGAUAGUCACUGGGCUCCCUGUGACUUCUGACCCUGACACCCCUCCCUUGGACUCUGCCUGGGCUGGAGUCUAGGGCUGGGGCUACAUUUGGCUUCUGUACUGGCUGAGGACAGGGGAGGGAGUGAAGUUGGUUUGGGGUGGCCUGUGUUGCCACUCUCAGCACCCCACAUUUGCAUCUGCUGGUGGACCUGCCACCAUCACAAUAAAGUCCCCAUCUGAUUUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-915.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -947.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 340.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..(.((((((((((((((((((((...(((.((((.(((((((((.(((((((((((((.(((((..(((......))).............((((....))))...((((((.((((....)))).)))))).((..(((((........)))))..))(((((((((......(((.((((((((...(((.(((.((((((.((...(((((((.((((((((..(((..(((........)))..))).....)).)).)))).)))))))((((((.....))))))...((.((((((.....)))))))))).)))))).).))))).)))))))).)))......))))))))).)))))..))))).)))).((((.((((.......((((((..(((.((((.(((........))).)))).)))))))))...)))))))).........(((.(((((((((((.((((.((..((((((((((((((((((....))))))))).))))...(((((.(((((.(((((..((((........))))..)((((((((.......))))..))))((.....))((((........)))))))).)).)))))).))((((..(((((...))))).))))))))).))))))))))))).)))))))((((((((.(((..(((....(((..(((((((((((.((.((((.((((((.(((((((((((................((((((..(((((.....)))))..))))))))))))..(((((((.((((((...(.(((((((((.(((....))))))).))))))..(((....))))))))).)).)))))........)))))..))))...)))))).)).))....)))))))))..((((((((.((((.....((.(((((.......((((((((...................((((((((((((.(((((((((..(((....(((((((...........((((.....((..((((....))))..)).....))))..)))...))))....))))))))))))..)))).))))))))))))).)))((((((((((((....))))))))))))))))).))......)))).)))))))))))....)))..)))))))))))(((..(((((((((((.......(((((.....)))))...(((((..((...))..)))))...)))))))))))..))).))))))))))))))))).)))..........(((......(((((.(((.((((((((.......(((((...))))))))))))).)))........((((.((......)).)))).....(((.((((((....))))))..)))...)))))))))))))))))......))))))((..((.((((((((((((..((((((((.((((((((...(((........)))..((((.((((.(((((..((((((((((((((...((((((....)))))))).))))))...))).))).))))).))((.((((...)))).)))).))))......))))))))))))))))..((((.(......).))))....((..(.....)..))....(((.((...((((..((((((..(((.((((.((..(((.(((((..(((((((.(((....(((((....((.((((((.((....)).))))))))...........((((..(((((((((((((....)).)))))))))))..)))).......)))))...)))..)))).)))..))))).))))).))))..)))..))))))))))..)).))).)))))))).))))))....))...((.((((((.....)))))).)).....))))).)..)))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((,.(.((((((((((({((((((({...(((.((((.(((((((((((((((((((((((.(((((..{((......))}......,{{...,||||{(({{{{({({((((((.((((....)))).)))))),||..|||||}}}.,...,}))),...(((((((((......(((.((((((((...(((.(((.((((((.{(...(((((((.((((((((,.(((..(((.,......)))..))).....)).)).)))).)))))))((((((.....))))))...{(.((((((.....)))))))}}).)))))).).))))).)))))))).)))......))))))))).}))))..)))))},))).((((.((((.......((((((..(((.((((.(((,.....,.))).)))).))))))))),,.)))))))).........(((.(((((((((((.((((.((..((((((((((((((((((....))))))))).)))),{((((((.(((((.(((((..((((........))))..)(((({{{(,,.....))))..)))){{.....}}((((........)))))))).)),,))))).)}||((..(((((...))))).}})}))))).))))))))))))).)))))))(((((((({(((..(((....(((..(((((((((,({((.(({{.{,((((.(((((((((((.{{{.....,,,...,((((((.,(((((.....)))))..))))))))))}}..(((((((.((((((...(.(((((((({{(((....))))))).))))),..(({....})))))))).)).)))))........))))),.))))...,,}))),)).,,.,,.)))))))))..((((((((.{(((....{((.(((((,......(({{{(((................,,.((((((((((((.(((((((({,(((((...((((.((........,..(((......||},{(((....))))..}}.....,,)).))))...)))),...})})))))))))..)))).))))))))))))}.)))((((((((((((....))))))))))))})))).}},,....)))}.)))))))))))....)))..)))))))))))(((..(((((((((((.......{{{{,.....|||||..,((,(({.,,...))}.))))),,,)))))))))))..))).))))))))))))))))).)))..........|||,,}},{(({{{.(((.((((((((.......(((((...))))))))))))).))).,...,,.{{(((({,..||||,.}},}..,,,(((.((((((....))))))..)))...))}},))}))}}}}})),,,,,,))))))|{..{{.((((((((((((..((((((((.((((((((...{{{...,....|||..((((.({((.(((((..(((((((((((({(...((((((....))))))}}.))))))...))).))).))))).}}{,.((((...)))).}))).)))).,,,..))))))))))))))))..((((.{......).))))....((.,{...{,|..||...,|||,||..}||||.,|(((((..(((.{(((.{{,{(((.(((((..(((((((.(((....(((((....({.((((((.((....)).))))))}}.......,...((((..(((((((((((((....)).)))))))))))..)))).......)))))...)))..)))),}))..))))).)))}),))))..)))..)))))|||},..,..))).)))))))).))))}}....||...,{.((((((.....)))))).},.....})))).}..)))........
Back