Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001282585.1
Sequence Length
2008 nt
GC Content
0.6614
ACUUAGAGCCGAGUGGGACAAAGCCUGGGGCUGGGCGGGGGCCAUGGCGCUGCCAUCCCGAAUCCUGCUUUGGAAACUUGUGCUUCUGCAGAGCUCUGCUGUUCUCCUGCACUCAGGGUCCUCGGUACCCGCCGCUGCUGGCAGCUCCGUGGUGUCCGAGUCCGCGGUGAGCUGGGAGGCGGGCGCCCGGGCGGUGCUGCGCUGCCAGAGCCCGCGCAUGGUGUGGACCCAGGACCGGCUGCACGACCGCCAGCGCGUGCUCCACUGGGACCUGCGCGGCCCCGGGGGUGGCCCCGCGCGGCGCCUGCUGGACUUGUACUCGGCGGGCGAGCAGCGCGUGUACGAGGCGCGGGACCGCGGCCGCCUGGAGCUCUCGGCCUCGGCCUUCGACGACGGCAACUUCUCGCUGCUCAUCCGCGCGGUGGAGGAGACGGACGCGGGGCUGUACACCUGCAACCUGCACCAUCACUACUGCCACCUCUACGAGAGCCUGGCCGUCCGCCUGGAGGUCACCGACGGCCCCCCGGCCACCCCCGCCUACUGGGACGGCGAGAAGGAGGUGCUGGCGGUGGCGCGCGGCGCACCCGCGCUUCUGACCUGCGUGAACCGCGGGCACGUGUGGACCGACCGGCACGUGGAGGAGGCUCAACAGGUGGUGCACUGGGACCGGCAGCCGCCCGGGGUCCCGCACGACCGCGCGGACCGCCUGCUGGACCUCUACGCGUCGGGCGAGCGCCGCGCCUACGGGCCCCUUUUUCUGCGCGACCGCGUGGCUGUGGGCGCGGAUGCCUUUGAGCGCGGUGACUUCUCACUGCGUAUCGAGCCGCUGGAGGUCGCCGACGAGGGCACCUACUCCUGCCACCUGCACCACCAUUACUGUGGCCUGCACGAACGCCGCGUCUUCCACCUGACGGUCGCCGAACCCCACGCGGAGCCGCCCCCCCGGGGCUCUCCGGGCAACGGCUCCAGCCACAGCGGCGCCCCAGGCCCAGACCCCACACUGGCGCGCGGCCACAACGUCAUCAAUGUCAUCGUCCCCGAGAGCCGAGCCCACUUCUUCCAGCAGCUGGGCUACGUGCUGGCCACGCUGCUGCUCUUCAUCCUGCUACUGGUCACUGUCCUCCUGGCCGCCCGCAGGCGCCGCGGAGGCUACGAAUACUCGGACCAGAAGUCGGGAAAGUCAAAGGGGAAGGAUGUUAACUUGGCGGAGUUCGCUGUGGCUGCAGGGGACCAGAUGCUUUACAGGAGUGAGGACAUCCAGCUAGCCUCCUCUCCUCCCACAGAUUACAAAAACAACAUCCUGAAGGAGAGGGCGGAGCUGGCCCACAGCCCCCUGCCUGCCAAGUACAUCGACCUAGACAAAGACCCUUCUGGGCUCUGCCCGCUGGGGGCCUGAAGACAUUCCUGGAGGACACUCCCAUCAGAACCUGGCAGCCCCAAAACUGGGGUCAGCCUCAGGGCAGGAGUCCCACUCCUCCAGGGCUCUGCUCGUCCGGGGCUGGGAGAUGUUCCUGGAGGAGGACACUCCCAUCAGAACUUGGCAGCCUUGAAGUUGGGGUCAGCCUCGGCAGGAGUCCCACUCCUCCUGGGGUGCUGCCUGCCACCGAGAGCUCCCCCACCUGUACCACCAUGUGGGACUCCAGGCACCAUCUGUUCUCCCCAGGGACCUGCUGACUUGAAUGCCAGCCCUUGCUCCUCUGUGUUGCUUUGGGCCACCUGGGGCUGCACCCCCUGCCCUUUCUCUGCCCCAUCCCUACCCUAGCCUUGCUCUCAGCCACCUUGAUAGUCACUGGGCUCCCUGUGACUUCUGACCCUGACACCCCUCCCUUGGACUCUGCCUGGGCUGGAGUCUAGGGCUGGGGCUACAUUUGGCUUCUGUACUGGCUGAGGACAGGGGAGGGAGUGAAGUUGGUUUGGGGUGGCCUGUGUUGCCACUCUCAGCACCCCACAUUUGCAUCUGCUGGUGGACCUGCCACCAUCACAAUAAAGUCCCCAUCUGAUUUUUAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-942.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -975.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 612.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((....((((((........(((((.(((.((((((((((((.(((((((..(((((......)))))......((((....(.(((((......))))))..))))...(((((....).))))((....))))))))).)))))).......(.(((((((((.((...(((((((((.((((((((.((((((((.(((((((.(((((.(((((.(....(((......))).....))))))))))).))))...))).)...))))))).))(((((((((..(((((((.(((((((((........)))))))))((((((((.(.((.((((((.(((((..((..((....)).)))))))))))))(((.((...)).))).))..).))))))))..)))))))((((.((.(..((..(((((........)))))..))..).)).))))....)))))))))......)))))).)))))))))..)).)))))).)))))))))).))).)))))))))))(((((.(((((..((.((((((((.((((((((((((.((.((((((.(((..........))).))))))...((((((..((((((.((.((((((((.((......(((((((((.(((((((..((((.((..((((((((((......))).))))).))((((.(((........))).)))).(((((((((((((((.((.........((((....)))))))))))))))))).)))..(((((((((((((....))))))))).)))))).))))..)))).)))..(..((((........))))..))))))))))........(((.(......).))))).)))))))).)).)))))).......))))))(((((((....((((((....))))))...))))))).(((.....)))(((((((((((((((..((((..((.(((((((..(((.((((.((((.((.(((.(((((.((((.((((((........(((((((..(((((.....)))))..))))))).(((((((((((((.((((((...(.(((((((((.(((....))))))).))))))..(((....))))))))).)).)))))..(((...(((....(((((..(((((((((((((......))))(((((((....((((((((((....)))))).))))..((((((.(((.(((((((..(((.................)))..)))).))).))))))))).......)))))))))))))))))))))..))).)))..((((((....))).)))((((.....)))).)))))).....((((.((......)).)))).....(((.((((((....))))))..)))....((.((((((...)))))))).)))))).))))...))))).))))).))((((((((.((((((((...(((........)))..((((.((((.(((((..((((((((((((((...((((((....)))))))).))))))...))).))).))))).))((.((((...)))).)))).))))......)))))))))))))))).)).)))))))...))).))....)).))..))))..).))))))))...))))))..((((((..(((.((((.((..(((.(((((..(((((((.(((....(((((....((.((((((.((....)).))))))))...........((((..(((((((((((((....)).)))))))))))..)))).......)))))...)))..)))).)))..))))).))))).))))..)))..))))))))))))).))))))).))))))))))...)))))...((.((((((.....)))))).)).......)))))..)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{,((({,.{({,(((((......,(((({((({{(((((({{{(({((,(((({,(((({,{,.,,||,|},.....{(((....{,(((((......))))},..)))}.|||(({{{,{{|{||||(,.{{{|.,}})))).}))}))}},}}}}|.{{(((((({,((,,,(((((((((.((((((((.(((((((,.(((((((.(((((.(((((((.,.{(,,....}},),}}}.,})))))))))).)))}..,))).,...)))))))})|(((((((((,{(((((((.(((((((((........)))))))))((((((((.(,({.((((((.(((({{{(,{{((....}}.}}})}))))))))|||,{|,.,}},))).,,..}.))))))))..)))))))|{((.((.(..((..(((((........)))))..)).,).)).))},....))))))))}......)))))).)))))))))..}),)}}}}).}))))})}})})))})))}}||..,,|||{.|(((((,,((.(((((({(,((({{(((((((,{{.,|||||}{,,,,.,,,{||.},}.))))))}},((((((..((((((.((.((((((((.((...,,,(((((((({.{(((.{(((((({,{{{{({((((((((......))).))))),}}||||||,{,.,...||||||||||,((((((((((((((({((.........((((....)))))))))))))))))).}}}..{{(((((((((((....))))))))).)))}||{}||||{|||}{||,..,..||||.....,,,}})}..,}))))))))......||({{.|.,,.....}}})).)))))))).)).)))))).,,....}))})}(((((((....((((({....})))))...))))))).||{....,)))((((((((((((((...((((..((.((({(((..{{{.(({{.{((({((.((({(((((,((((.((((((........(((((((..(((((.....)))))..))))))).,{{{{,(((((((.((((((...(.(((((((({{(((....))))))).))))),..(({....})))))))).)).)))))..(((...(({....(((((..((((((((({({..,,...|}}}(((((((....((((((((((....)))))).))))..((((({{(((.(((((((..(((.................)))..)))).))).))))))))).....,,)))))))))))))))))))))..))).)))..{({(((...,))),)),||{|...,,)))).}))}))..,..{((({({...|}}),.}}}}..,{,(((.((((((....))))))..)))..}})|,{|||||...,})))))),)))))).)))).}}}))))}|||}|,}}((((((((.(((((({|,,,|||........|||..((({.{{{(,(((((..((((((((((((((...((((((....))))))}).))))))...))).))).))))}.}}(..((((...)))).,))),)))).}}},,)))))))))))))))).}|,})))}}}...)}).)),...)).))..))))..}.)))))))}.,,))))))..{{||||..|||}||||,|,}||{{.||||{.|({{{|{{,{{|,,,,{(((|.,..{{.((((((.((....)).))))))}}.,,,,,,},..((((.,(((((((((({((....}}.}))))))))))..)))).,.....}))))...)),..)))})))}.,)))))}))),)})))),.))),,))))))))},)))}})))})),)))))}))))...}}}||...{|.((((((.....)))))).},.......))))),.)},}.,}}},)).
Back