Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001282620.2

Sequence Length

2095 nt

GC Content

0.5594

ACAUCACCGUCUAAUCUCUGCUGUGAAGUGGAAGCGCGAGAAGGAGGGAGCGUCUCAUGACGGAGGGUGUGAAGACGCUAGGCUGGACGAAGCAGAAAGGCGGGUGUCACUGGGGACGUUCUGAGGGUGCUGGGGAGUCAGGGAAGAGCACCAUCGUCAAGCAGAUGAAGAUCAUCCACGAGGAUGGCUACUCCGAGGAGGAAUGCCGGCAGUACCGGGCGGUUGUCUACAGCAACACCAUCCAGUCCAUCAUGGCCAUUGUCAAAGCCAUGGGCAACCUGCAGAUCGACUUUGCCGACCCCUCCAGAGCGGACGACGCCAGGCAGCUAUUUGCACUGUCCUGCACCGCCGAGGAGCAAGGCGUGCUCCCUGAUGACCUGUCCGGCGUCAUCCGGAGGCUCUGGGCUGACCAUGGUGUGCAGGCCUGCUUUGGCCGCUCAAGGGAAUACCAGCUCAACGACUCAGCUGCCUACUACCUGAACGACCUGGAGCGUAUUGCACAGAGUGACUACAUCCCCACACAGCAAGAUGUGCUACGGACCCGCGUAAAGACCACGGGGAUCGUGGAGACACACUUCACCUUCAAGGACCUACACUUCAAGAUGUUUGAUGUGGGUGGUCAGCGGUCUGAGCGGAAGAAGUGGAUCCACUGCUUUGAGGGCGUCACAGCCAUCAUCUUCUGCGUAGCCUUGAGCGCCUAUGACUUGGUGCUAGCUGAGGACGAGGAGAUGAACCGCAUGCAUGAGAGCAUGAAGCUAUUCGAUAGCAUCUGCAACAACAAGUGGUUCACAGACACGUCCAUCAUCCUCUUCCUCAACAAGAAGGACCUGUUUGAGGAGAAGAUCACACACAGUCCCCUGACCAUCUGCUUCCCUGAGUACACAGGGGCCAACAAAUAUGAUGAGGCAGCCAGCUACAUCCAGAGUAAGUUUGAGGACCUGAAUAAGCGCAAAGACACCAAGGAGAUCUACACGCACUUCACGUGCGCCACCGACACCAAGAACGUGCAGUUCGUGUUUGACGCCGUCACCGAUGUCAUCAUCAAGAACAACCUGAAGGACUGCGGCCUCUUCUGAGGGGCAGCGGGGCCUGGCGGGAUGGGCCACCGCCGACUUUGUACCCCCCAACCCCUGAGGAAGAUGGGGGCAAGAAGAUCACGCUCCCCGCCUGUUCCCCCGCCGCUUUUCUCCUCUUUCCUCUCUUUGUUCUCAGCUCCCCCUGUCCCCUCAGCUCCAGACGUAGGGGAGGGGUUGCCACAGGCCUCCCUGUUUGAAGCCUGCCCUUGUCUGAGAUGCUGGUAAUGGCCAUGGUACCCCCUUCUGGGCAUCUGUUCUGGUUUUUAACCAUUGUCUUGUUCUGUGAUGAGGGGAGGGGGGCACAUGCUGAGUCUCCCAAGGCUGCGUCUGGAGGGGCCCCUGCUUCUCCAGCCUGGACCCCCAGCUUUGCCCAACACCAGCCCCUGCCCCAGCCCAAGUCCAAAUGUUUACAGGGAGCCUCCUGCCCAGUCCCCCAACCCCAGCCGCUCGGAGGCCCCAAAGGAAAAAGCACAAGAAGCGUGAGACGCCACCAUUCCUGGAAACCACAGUCCACCUGCUCAUUCUCGUAGCUUUUUAAAAAAAUGAAAGUAAAGGAAAAAAAAAAAACUGCAAAUCUAGAAAACUUUUUAGAGAAAAACUAUUUAAAACUGUCAGAUCCUGACCAGCAAGCCCCCCCCCAGCCCCCCUUCCAAGUGACUCCGUGCCUUGAGUGUGUCUGCGUGUUUACACCCGUCCCUCUGCUGGCCGCCCCCGUGCGAGCGGCACCCCUGCCCUGCCCUCCACAGAAUUGGGUUCCAAGGGCUGUUCCAGACAACUGCCAACGUCACUGAGGGCCCUGCCCCAGCGGCCCUGGCCCCAGGCUCUAUUAACCUAAAAUGUAGCUCCCUAGCGCUAACCUAGGAACCGCCGCUGCCUGCUGGGGGGCCACGCCCCUCAUGCCCUUGUCCCAGGCCCGGGGCCUUCAGCGUUGAACACUUCCUUGCUUUUUUCACAUGUUUUAUGGAAUUGUUCACCUGGUUUGAAAUAAUAAAAUGUAGAAAGAAAAAAAAUACCGAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-742.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -779.82

Frequency: 0.0000

Diversity: 573.97

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..............((((.((...((((((..(((((..((((((((((.((((....))))..(((((((((.((((.((((........(((..((((((((.((((((((((.(.(((((((.(.(((((((.....((((...(((.((((........)))).((.((((((....)))))))).(((...(((((...(.((((((...((((((((((((((..((.(((....(((........)))....)))....))..))))))))).))...)))...)))))).).))))).))).(((.((((((.(((((.((((.((((.(((.(((.((.....)).))).))))))).....))))..))))).)))))).)))(((((((((((((((....((((((...(((((((((.(((((((..(((......(((((.........))))).......))).....(((((..((.....)).))).))..((((((((((.((((......)))).((((......))))........)))))).)))).(((.((((.(((..(((((.(.((........)).).))))).))))))))))))))))).))))))(((.((((....)))).)))(((.(((......))).)))......(((((((((((((((((........))))))(((((((((((((((((((((((((.((..((...(((.((.(((((...))))).)))))..)).)).)))))))).(((((.((((.((.................)).)))).)))))(((((((((......(.((((((((((((..((((..((((((......))))))...........((((.(((.....))).))))))))....)))..)))...(((....(((((((.((.....((.(.((....(((((.....))))).....))).))..((((.....)))))).)))).)))..)))..((((....))))..............)))))).).((((....))))(((.((((((.(.((((((...(((....)))((((((....((((((..((....))....))))))...)))).))......)))))).)...)))))).)))))))))))).....))))))))))))))))).(((((.((((((((((((((((((.((((.(((.......(((((....)))))......))).)))))))))).)).)))(((....)))..(((.(((......))).))).....(((((...)))))..(((.........)))))))))).)))))................)))))))))))((((((((((....)))))))))).((((....))))....)))..))))))((....))..)))))))...((...........)))))))))))))....))))....)))))))).)))))))))))).....(((((((((.(((((((((.(((....(((....)))........))))))..)))...))).)).))))))).................((((.................(((((((....)))))))................(((((((...)))).))).....................)))).)))))).)).))))))...))))))))))).))))))))).))))))...(((((.((((.((((.((((((......(((((((((...........))))....)))))((((...))))...((((..(((.(((.((((...))))))).)))..))))....((((.((((.......)))).)))).(((((.(....))))))....))))))))..)).))))))))).(((((....(((.........)))..))))))))).)))))...))))))...))(((((((((((...((((.(((((........)))))...))))....)))).)))))))..........)))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

..............((((.((.,.((((((..(((((..(((((((((,{((({....||}|{{(((((((((.((((.((((.,.,,...(({..((((((((.(((((({((({,..,,,(,(((.(((((((.,...(((,.,,(({((({({((,,{,,||(({{{.{{((((....)))))},..,(({..(((((...{,{(({((,..|(((((((((((,...((.{((((({.((({{{{.((((((...,......))))))|||||,,.,|....,}...)))))|,..|||||.,,,.(((.((((((.(((((.{,,{.((((.(((.(((.((.....)).))).))))))).....)},,..))))).)))))).)))}||||,|||}}||||...}}}}|||||.((((......))))({(,..((.....}||||{....,..,,}))))},,..,.}}}},.,,.,{{{,,|{|,.,})).}}}.||{.(({{((((((.((((......)))).((((......)))}........)))))).)))),,.},,.}},,,}||}}.,))|.,,.,,}}|||{..}})))))))}))}|||||{|,(({|((|{((({{({{(((,...}})}.,,.(({.(((,.....})).}}}||||}|||{{{{((((((((({{........))))))(((((((((((((((((((((((((.((..{{...(((.((.(((((...))))).)))))..}}.)).)))))))).(((((.((((.((.................)).)))).)))))(((((((((,.....{.((((((.{,{{{..((((,.{(((((......)))))}...........((((.(((.....))).))))||}},...}}},}.}},,,||.....{{{{,.{{{{.....{|.,.,|,.,.(({((,..,,||}|}.....|,|,|...{{{{,,,..)))))))))||,|}},|},..,{{|{||..}}}}..{......,},,.)))))),)|((((....))))|((.((((((.{.((((((..{(((....)))((((((....((((((.,{(,...))..,.))))))...)))).))...,..)))))).}...)))))).)))))))))))).....))))))))))))))))).{((({.(((((((({{{{((((({.((((,,(({.((...(((((....)))))...}}.))).)))))))))){||{|,(((({{.{((((,((,..,({{....)))...},,...})))}.}},}))).,}}}}......,.},))))))))}))|||{,...{{,{.,,....||||||||}||((((((((((....)))))))))).,{{|,...})))}|}}},...,,}}))}}...})},,}})}}}}.,,|,...,,,,....|||,||||||.||...,|,,,....,,,,,}},}),,)))))))))...}}{{{{{{{{{.{||{|{{||.|||,,,.,||....}}),.......})))}}.,)))..,}}}.}}.||||||}........,,,,}}...|},............,.,...(((((((....)))))))................{{(((((...)))))}}),...}}},,)))}})),})}}))}}.)))))).)).))))))..,)}))))))))).))))))))).))),)).,.{((((.((((.({((.((((((......(((((((((...........))))....))))){(({...}}}}...((((..(((.(((.((((...))))))).)))..))))....((((.((((.......)))).)))}.(((((.{....})))))....))))))))..)).)))))))))}))}}}}}..((({{.{,{...)))..))))))))).)))))...))))))...))(((((((((((,{{((((.,,{{{.,,,....,},,),},,,})}}},)))).)))))))..........)))).