Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001282693.2
Sequence Length
2152 nt
GC Content
0.4484
AGACCAGGUUUAUCCACUGUGCUGGGGACUCCCAAGCCAGCACUGGCUCAUACUGAUUCAUUUUGAUCUCUGCUAAUACCAGAGUCCUGCGUGGCAGAGCCAUUGGCACCAGAAAUUACAAGUACGUAAAGAGAACAUGGCCAAGCGAGUUGCCAUUGUGGGAGCUGGGGUCAGCGGCCUGGCCUCCAUCAAGUGCUGUCUGGAAGAAGGACUGGAGCCCACCUGCUUUGAGAGGAGCGAUGACCUUGGGGGGCUGUGGAGAUUCACCGAACAUGUUGAAGAAGGCAGAGCCAGUCUCUACAAGUCUGUGGUUUCCAACAGCUGCAAGGAGAUGUCUUGUUACUCAGACUUUCCAUUCCCAGAAGAUUAUCCAAACUAUGUGCCAAAUUCUCAAUUCCUGGAAUAUCUCAAAAUGUAUGCAAACCACUUUGACCUUCUGAAACACAUUCAAUUCAAGACCAAAGUCUGCAGUGUAACAAAAUGCUCAGAUUCUGCUGUCUCUGGCCAAUGGGAGGUGGUCACUAUGCAUGAAGAGAAGCAAGAGUCAGCCAUCUUUGAUGCUGUCAUGGUCUGCACUGGCUUUCUUACUAAUCCUUAUUUGCCACUGGAUUCCUUUCCAGGUAUUAAUGCCUUUAAAGGCCAGUACUUUCAUAGCCGGCAAUAUAAGCAUCCAGAUAUAUUUAAGGACAAGAGAGUCCUUGUGAUUGGAAUGGGAAAUUCUGGCACAGACAUUGCUGUGGAGGCCAGCCACCUGGCGGAAAAGGUGUUCCUCAGCACCACCGGAGGGGGAUGGGUGAUCAGCCGAAUCUUUGACUCGGGCUACCCAUGGGACAUGGUGUUCAUGACACGCUUUCAGAACAUGUUGAGAAAUUCCCUCCCAACCCCAAUUGUGACUUGGUUGAUGGAGCGAAAGAUAAACAACUGGCUCAAUCAUGCAAAUUACGGCUUAAUACCAGAAGACAGGACUCAGCUGAAAGAGUUUGUGCUAAAUGAUGAGCUCCCAGGACGCAUCAUCACUGGGAAAGUGUUCAUCAGGCCAAGCAUAAAAGAGGUAAAGGAAAACUCUGUCAUAUUUAACAAUACUUCAAAGGAAGAGCCUAUUGACAUCAUUGUCUUUGCCACUGGAUACACAUUUGCUUUCCCCUUCCUUGAUGAGUCUGUAGUGAAAGUUGAAGAUGGCCAGGCCUCACUGUACAAGUAUAUCUUCCCUGCACAUCUGCAAAAGCCAACCCUGGCCAUUAUUGGCCUCAUCAAACCCUUGGGCUCCAUGAUACCUACAGGAGAAACACAAGCUCGGUGGGCUGUUCGAGUCCUGAAAGGUGUAAAUAAGUUACCACCACCAAGUGUCAUGAUAGAGGAAAUUAAUGCAAGGAAAGAAAACAAGCCCAGUUGGUUUGGCUUGUGCUACUGCAAGGCUUUACAAUCAGAUUAUAUCACAUACAUAGAUGAACUCCUGACCUAUAUCAAUGCAAAACCCAACCUGUUCUCUAUGCUCCUAACGGAUCCACAUCUGGCUCUGACCGUCUUCUUUGGCCCAUGCUCACCAUACCAGUUCCGCUUGACUGGCCCAGGAAAAUGGGAAGGAGCCAGAAAUGCCAUCAUGACCCAGUGGGACCGAACAUUCAAGGUCAUCAAAGCUCGAGUUGUACAAGAGUCUCCAUCUCCCUUUGAAAGUUUUCUUAAAGUCUUUAGCUUUCUGGCUUUGCUUGUGGCUAUUUUUCUGAUUUUCCUAUAAGUAAAAGAUCUCCUAAAUGGAAGAUGCACAGAGUAGAUUUACAAUGCUCCAAUUCCUCUCUUACAGCAAUAUUGCCUUCACAGUUAUAAACUGUAUUCAAAUAGUAAAGGCCACCCUCUCGCUUCCCUGGCUGGCCCCAGGGCUACCACUGGUAUUCCUGAGCCUCUCCCAGCUCCACUUCUAAUGCUAGAGAAUGAUAACUAAGACUUCUGUGCAUUUGAAGGUUGUUGGAAAGUUACAGGUUCAUUUUAGAAAGAAAGCUGUUCUUGACAGCACUCUGAGCCAUCAUACCUCUUUCCCAUAUAAACUAUUUUCACAGAUCUCAACUAAAACCCCUUACUUCACAAAUGAUUGUGUUGUGCUGAAAUGGUGCUCUUAUAGUACUGGCUUAUUAAAAGUAAAAAAUAAACCUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-622.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -666.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 440.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((.....(((((((((....))...)))))))(((((((....((((......)))).((((((....(((....)))..))))))((((((.((((((((((((((.(((.((...(((((((((((((.((.....))))))).((((..(((((((..((((((.((((((((((..((((((.(((.((((.(((..(((...)))))).)))).)))..)))(((((.(((.(((((((((((((((.(((.((.(.(((.((.((.(((...)))..)))).))).))).))))))))).))))))....(((((.((((........)))))))))...)))..))).))))).......(((((((..((((((.((((.......((((...(((((((...((((((((..((...((((.....))))..(((((((((.((((((.(((((......))))))))))).))..)))).))).....))))))))))...)))))))...)))).((........)).((((..((((((......(((.((..((((....................))))(((((......)))))(((((...((((....)))).))))).......)).)))......)))))).)))).....(((((((......))))))).....))))))))))....)))))))......))))))))))))))))((((........)))))))))))))).))))((((((((((((((.(((........(((((((((((((((..(((((((.(((((((..((((((((..((((((......))))))..(((.(((((((((.............)))))..)))).)))..........((((.........((........))......))))....((((((((((((.(..(((((((((.....((((((((((((((((.......)).))))))....))))))))....(((((....((.((((((((.......(((((............((((....)))).......)))))......)))))))).))...........)))))..(((....((((((((((.((((((....(((.(((((..((((....(((.....)))........))))..))))).)))..((((....)))))))))).)).))))))))......)))((((.((.......))))))...)))))))))..).))))....))))))))...(((((((.....))).)))).....))))))))((((((((......((((..((.......((((((.....))))))((((.(((....))))))).......((((....((((.........)))).....))))......))..))))............))))))))..(((....)))......(((((((((..((((.(((((.((((((.((................)).))...)))).))))).))))...))))))))).....))))))).)))).)))((((..........)))).....)))))))))))...)))))))))))))))))))))...))))))))...)))))))).)))))))...)))).)))))).(((((((((....(((.(((.(.....((((((.....)).)))).....(((((.........)))))................(((....)))....((((((...))))))..............(((((.((............)).))))).(((((.((((...)))).)))))........(((((..(.((((.((((((((((...............))))).))))).)))))..)))))..).))).)))......)))))))))..((((((...))))))....)))))))....................................................(((..(((((....)))))..))).......((((((.....)))))).((((.....)))).....)))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((((((((.....(((((((({...,))...)))))))(((((({....(({{,.....)))),((((({..,{(((....))).}))))))|(((({.(((((((((((,{{.(((.((...(((((((((((((,({.....}}))))).((((..(((((((.,{({((,{((((((((((,,{({(((.(((.((((.(((..(((...)))))).)))).))).,}))(((((.((({((((((((((((((,{(((.({,(.(((.({,((.(((...)))..)))).))).))).))))))))),,)))))....(((((.((((.{.....,)))))))))..,))),.,)).))))).......((((((({{((((({,(((({(({...((((...(((((((...((((((({..{{...((((.....})))..,{{((((((.((((((.(((((......))))))))))).))..)))).})}.....))))))))))...)))))))...)))}{({.{{((,((((((,,..,({{.,.}}}},)),}}},.})})))}}}},.......(((((((((({((((,..{{{{|,,||(((,,..,||||..}}))))}))),}..........))))).)))))..))))}.......(((((((......))))))).....)))))))))),}}.)))))))....,})}}))))))))))))){{{{........})}}}}}))))))).))))((((((((((((((.(((........(((((((((((((((.,(((((((.(((((((.{((((((((..,,,,{,.....{|||}||......,||.||||......,((((.{((,.((({.((((.|............}.)))).})))..)}}.}}}}|||,,....,,......((((((((((((.(..(((((((((.....(((((((((((((({{.......}}.))))))....)))))))){{,.((({{....{(.((((((((.......(((((..........,.((((....}}}}.......)))))....,.)))))))).}}{..........})))}.,||,....((((((((((.((((((....{((.(((((,.((((....,{({,...,,),,,.....)))),.))))).)),..((((....)))))))))).))}})))))))..,..,})}((((.{{.......})))))...)))))))))..).)))),...})))))))...(((((({.....))),,))).....))))))))|{{{{(({......{(({..(,......,((((((.,...}}})))||||}|((....))}}}}}.......{{{(,...{{{{.......,,||}|,,...}}}}......,}..}}}}...........,))))))))}.(((....)))..,...(((((((((..((((.(((((.((((((.((...........}....)).))...)))).))))).))))...)))))))))..,}.))))))).)))).)))((((..........)))).....))))))))))}...)))))))))))))))))))))...))))))))...))))),}}.)))))))...}))}.})))),.{(({{{{{{..,.,||,|}}||},..,((((((.....))}}))).,..,((({{,,.......}}}}}....,,..}},}....(({....)))....((((({...})))))..............(((((.((............)).))))),{((({.{{{{.,,)))).}}}||{{{{{,{.(((((..{.((((.{(((({({((,,.............))))},))))}.))))}..)))))..}}....)))}}},..}}}}}}|||..((((((...))))))..,,))))))}......................,,,,,,.,.,||..................{((..(((({....}))))..))).,},,,,|{((((.....)))))),{{{{.....}))).....)))))))).....
Back