Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001282694.2
Sequence Length
1963 nt
GC Content
0.4529
AGACCAGGUUUAUCCACUGUGCUGGGGACUCCCAAGCCAGCACUGGCUCAUACUGAUUCAUUUUGAUCUCUGCUAAUACCAGAGUCCUGCGUGGCAGAGCCAUUGGCACCAGAAAUUACAAGUACGUAAAGAGAACAUGGCCAAGCGAGUUGCCAUUGUGGGAGCUGGGGUCAGCGGCCUGGCCUCCAUCAAGUGCUGUCUGGAAGAAGGACUGGAGCCCACCUGCUUUGAGAGGAGCGAUGACCUUGGGGGGCUGUGGAGAUUCACCACCAAAGUCUGCAGUGUAACAAAAUGCUCAGAUUCUGCUGUCUCUGGCCAAUGGGAGGUGGUCACUAUGCAUGAAGAGAAGCAAGAGUCAGCCAUCUUUGAUGCUGUCAUGGUCUGCACUGGCUUUCUUACUAAUCCUUAUUUGCCACUGGAUUCCUUUCCAGGUAUUAAUGCCUUUAAAGGCCAGUACUUUCAUAGCCGGCAAUAUAAGCAUCCAGAUAUAUUUAAGGACAAGAGAGUCCUUGUGAUUGGAAUGGGAAAUUCUGGCACAGACAUUGCUGUGGAGGCCAGCCACCUGGCGGAAAAGGUGUUCCUCAGCACCACCGGAGGGGGAUGGGUGAUCAGCCGAAUCUUUGACUCGGGCUACCCAUGGGACAUGGUGUUCAUGACACGCUUUCAGAACAUGUUGAGAAAUUCCCUCCCAACCCCAAUUGUGACUUGGUUGAUGGAGCGAAAGAUAAACAACUGGCUCAAUCAUGCAAAUUACGGCUUAAUACCAGAAGACAGGACUCAGCUGAAAGAGUUUGUGCUAAAUGAUGAGCUCCCAGGACGCAUCAUCACUGGGAAAGUGUUCAUCAGGCCAAGCAUAAAAGAGGUAAAGGAAAACUCUGUCAUAUUUAACAAUACUUCAAAGGAAGAGCCUAUUGACAUCAUUGUCUUUGCCACUGGAUACACAUUUGCUUUCCCCUUCCUUGAUGAGUCUGUAGUGAAAGUUGAAGAUGGCCAGGCCUCACUGUACAAGUAUAUCUUCCCUGCACAUCUGCAAAAGCCAACCCUGGCCAUUAUUGGCCUCAUCAAACCCUUGGGCUCCAUGAUACCUACAGGAGAAACACAAGCUCGGUGGGCUGUUCGAGUCCUGAAAGGUGUAAAUAAGUUACCACCACCAAGUGUCAUGAUAGAGGAAAUUAAUGCAAGGAAAGAAAACAAGCCCAGUUGGUUUGGCUUGUGCUACUGCAAGGCUUUACAAUCAGAUUAUAUCACAUACAUAGAUGAACUCCUGACCUAUAUCAAUGCAAAACCCAACCUGUUCUCUAUGCUCCUAACGGAUCCACAUCUGGCUCUGACCGUCUUCUUUGGCCCAUGCUCACCAUACCAGUUCCGCUUGACUGGCCCAGGAAAAUGGGAAGGAGCCAGAAAUGCCAUCAUGACCCAGUGGGACCGAACAUUCAAGGUCAUCAAAGCUCGAGUUGUACAAGAGUCUCCAUCUCCCUUUGAAAGUUUUCUUAAAGUCUUUAGCUUUCUGGCUUUGCUUGUGGCUAUUUUUCUGAUUUUCCUAUAAGUAAAAGAUCUCCUAAAUGGAAGAUGCACAGAGUAGAUUUACAAUGCUCCAAUUCCUCUCUUACAGCAAUAUUGCCUUCACAGUUAUAAACUGUAUUCAAAUAGUAAAGGCCACCCUCUCGCUUCCCUGGCUGGCCCCAGGGCUACCACUGGUAUUCCUGAGCCUCUCCCAGCUCCACUUCUAAUGCUAGAGAAUGAUAACUAAGACUUCUGUGCAUUUGAAGGUUGUUGGAAAGUUACAGGUUCAUUUUAGAAAGAAAGCUGUUCUUGACAGCACUCUGAGCCAUCAUACCUCUUUCCCAUAUAAACUAUUUUCACAGAUCUCAACUAAAACCCCUUACUUCACAAAUGAUUGUGUUGUGCUGAAAUGGUGCUCUUAUAGUACUGGCUUAUUAAAAGUAAAAAAUAAACCUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-579.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -615.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 518.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((.....(((((((((....))...)))))))(((((((....((((......)))).((((((....(((....)))..))))))((((((.((((((((((((((.(((.((...(((((((((((((.((.....))))))).((((..(((((((..((((((.((((((((((..((((.((((((...(((((((((((((((.((((((((....))))).........))))))))((((.......))))...((((((.(((((......))))))))))).(((.(.((.((((..((.(((((((((.(((.(((..........)))..)))..))))))))).))...)))).)).).))).((((....................))))(((((......))))).........(((....)))))))).)))))...(((((.(((.....(((((((.((((....(((((......))))))))).)))).)))....)))))))).)))))).)))))))))))))))))((((........)))))))))))))).))))((((((((((((((.(((........(((((((((((((((..(((((((.(((((((..((((((((..((((((......))))))..(((.(((((((((.............)))))..)))).)))..........((((.........((........))......))))....((((((((((((.(..(((((((((.....((((((((((((((((.......)).))))))....))))))))....(((((....((.((((((((.......(((((............((((....)))).......)))))......)))))))).))...........)))))..(((....((((((((((.((((((....(((.(((((..((((....(((.....)))........))))..))))).)))..((((....)))))))))).)).))))))))......)))((((.((.......))))))...)))))))))..).))))....))))))))...(((((((.....))).)))).....))))))))((((((((......((((..((.......((((((.....))))))((((.(((....))))))).......((((....((((.........)))).....))))......))..))))............))))))))..(((....)))......(((((((((..((((.(((((.((((((.((................)).))...)))).))))).))))...))))))))).....))))))).)))).)))((((..........)))).....)))))))))))...)))))))))))))))))))))...))))))))...)))))))).)))))))...)))).)))))).(((((((((....(((.(((.(.....((((((.....)).)))).....(((((.........)))))................(((....)))....((((((...))))))..............(((((.((............)).))))).(((((.((((...)))).)))))........(((((..(.((((.((((((((((...............))))).))))).)))))..)))))..).))).)))......)))))))))..((((((...))))))....)))))))....................................................(((..(((((....)))))..))).......((((((.....)))))).((((.....)))).....)))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((((((((.....((((((((,...,))..,))))}}}{(((((,....({{{,.....))}}{((((({..,,(((....))).}))))))||{{{,.((({((({{{{,{,.,{(.({,.,{(((({{{{((((,{{..,,,||||||,.((((.,((((((({{((((({({((((((({,{,((((,({((({,,,({((({{((({{{||,|||,||||.,}}}})))}.....,,})))))))){{((,,,....}||},,.((((((.(((((......))))))))))).||,,||||}||||}.,{{((((((((({(((,(,,.{,,{,,{|{||}..|||{{||||||,,||||,..)})},)),}}}},}|{||}}}}},.....,.{,,{,,,||||(((({..,{{,|,,||(({....,||||..,})))))))).)}}}}...{{{||,||,,,,,,{{(((((.{{{,..,((((((......)))))))}).))))},))....}}}))))}.)))))|,|||||||||||||||}}.,||}}},,,..,||||||,,,,)))})),,((((((((((((((.(((........(((((((((((((((.,(((((((.(((((((.{((((((((..,,,,{,.....{|||}||......,||.||||......,((((.{((,.((({.((((.|............}.)))).})))..)}}.}}}}|||,,....,,......((((((((((((.(..(((((((((.....(((((((((((((({{.......}}.))))))....)))))))){{,.((({{....{(.((((((((.......(((((..........,.((((....}}}}.......)))))....,.)))))))).}}{..........})))}.,||,....((((((((((.((((((....{((.(((((,.((((....,{({,...,,),,,.....)))),.))))).)),..((((....)))))))))).))}})))))))..,..,})}((((.{{.......})))))...)))))))))..).)))),...})))))))...(((((({.....))),,))).....))))))))|{{{{(({......{(({..(,......,((((((.,...}}})))||||}|((....))}}}}}.......{{{(,...{{{{.......,,||}|,,...}}}}......,}..}}}}...........,))))))))}.(((....)))..,...(((((((((..((((.(((((.((((((.((...........}....)).))...)))).))))).))))...)))))))))..,}.))))))).)))).)))((((..........)))).....))))))))))}...))))))))))))))))))))).,,|}}}}}}}...}}))},||,|}}}})),|{||||{||||,.,,{{,,,,||..,..}}}}}})}}},.,((((((.....))}}))).,...(((((.........)))))....}},.))}},}}}|||,,..))),...((((({...})))))...,..,}}}}...|||||.||,,,,,.......})})))))}||{||,|,||,}})))),))}||{{{{{{{.(((((..{.((((.{(((({({((,,.............))))},))))}.))))}..)))))..}}....)))|}},..,,,,,,|||..((((((...))))))..}}))})))}.......,,,,,..........,,,,,,.,.,||..................{{(..(((({....}))))..))).,},,.}||||||.....}))})),||{{.....}))).....)))))))).....
Back