Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001282869.2

Sequence Length

2660 nt

GC Content

0.4805

CUGGUGCUGGUGGAACCCCUGCACAGAGACGGACACAGGAUGAGCUCUAAGUACCCGCGGUCUGUCCGGCGCUGCCUGCCCCUCUGGGCCCUAACACUGGAAGCAGCUCUCAUUCUCCUCUUCUAUUUUUUUACCCACUAUGACGCUUCCUUAGAGGAUCAAAAGGGGCUCGUGGCAUCCUAUCAAGUUGGCCAAGAUCUGACCGUGAUGGCGGCCAUUGGCUUGGGCUUCCUCACCUCGAGUUUCCGGAGACACAGCUGGAGCAGUGUGGCCUUCAACCUCUUCAUGCUGGCGCUUGGUGUGCAGUGGGCAAUCCUGCUGGACGGCUUCCUGAGCCAGUUCCCUUCUGGGAAGGUGGUCAUCACACUGUUCAGUAUUCGGCUGGCCACCAUGAGUGCUUUGUCGGUGCUGAUCUCAGUGGAUGCUGUCUUGGGGAAGGUCAACUUGGCGCAGUUGGUGGUGAUGGUGCUGGUGGAGGUGACAGCUUUAGGCAACCUGAGGAUGGUCAUCAGUAAUAUCUUCAACACAGACUACCACAUGAACAUGAUGCACAUCUACGUGUUCGCAGCCUAUUUUGGGCUGUCUGUGGCCUGGUGCCUGCCAAAGCCUCUACCCGAGGGAACGGAGGAUAAAGAUCAGACAGCAACGAUACCCAGUUUGUCUGCCAUGCUGGGCGCCCUCUUCUUGUGGAUGUUCUGGCCAAGUUUCAACUCUGCUCUGCUGAGAAGUCCAAUCGAAAGGAAGAAUGCCGUGUUCAACACCUACUAUGCUGUAGCAGUCAGCGUGGUGACAGCCAUCUCAGGGUCAUCCUUGGCUCACCCCCAAGGGAAGAUCAGCAAGACUUAUGUGCACAGUGCGGUGUUGGCAGGAGGCGUGGCUGUGGGUACCUCGUGUCACCUGAUCCCUUCUCCGUGGCUUGCCAUGGUGCUGGGUCUUGUGGCUGGGCUGAUCUCCGUCGGGGGAGCCAAGUACCUGCCGGGGUGUUGUAACCGAGUGCUGGGGAUUCCCCACAGCUCCAUCAUGGGCUACAACUUCAGCUUGCUGGGUCUGCUUGGAGAGAUCAUCUACAUUGUGCUGCUGGUGCUUGAUACCGUCGGAGCCGGCAAUGGCAUUUUCCUCAUUUGGCUGUUGGAUUUUAAGCAAAAGCAUCCAAGAAAAACAAGGCCUGUUCAAAAACAAGACAACUUCCUCUCACUGUUGCCUGCAUUUGUACGUGAGAAACGCUCAUGACAGCAAAGUCUCCAAUGUUCGCGCAGGCACUGGAGUCAGAGAAAAUGGAGUUGAAUCCUUUCUCUGCCACUCUUUGAGGAGAAUCUCACCAUUUAUUAUGCACUGUAGAAUACAACAAUAAAAUACAGCCAUGUACCACAUAACAACAUCUUGGUAAACAACAGACUGCAUAUAUGAUGGUGGUCAUCCAGUAAGCUAAGGUUAAUUUAUUAUUAUUCCUUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGUAGUCUUACUCUGUCACCCAGGCUAGAGUGCAAUGGCACCAUCUUGGCUCACUGCAACCUCUACCUCCUGGGUUCAAGCAAAUCUCCUGCCUCAGCCUCCAAAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCCACCACAUCUGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAAAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGAUCUCAAACUCCUGACCUCAAGUGAUCUGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGAACCACAGGCCUGAGCCACUGUGCCCAGCCUUGUUUGCUUUUUUAACAGAUAACAGUGUGCUCAUAGAAACUGCUUUGACAUGACUGCAAUCAUGUGCUUCAUAGAAACUUAAUUAGAUUAUACCACUAGAGUCUUCAGAUUUUUAUACUUUUUUUUUUUGAAACGGAGUCUCACUCUGUCACCAGGCUGGAGUGCAGUGCCGCAAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCCAGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGAAUUACAAGUGCGCACUACCACACCCAGCUAAUUUUUGCAUUUUUACUUGACAGGGUUUCACCAUGUUGGCUAGGAUAGUUUCACCAGGAUCUCUUGGCCUCAUGAUCAGCCUGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCGUGCCCAGCCUAUACUUCCCUUUUUGAAUACCAUUUGGUGUUUUGAAGAAUUAACAGCUUUGUGAACGUGGCAGUGCUUGUGAUUCAGGCUUCCAUUGAGACCAAGGGGAGAACCUGGUUGCAGGACAAACAGACGGACAGCGUGUGGCAGUGUUUAAAUGCUCUUCUGAAGGCUGAUACGACAGCUCUCUGUGCACUGAUUGCAUAUGCAUCCCAAGAUUAUAUUAUUGUUUUCUACUGCUAUGUGUCACACUUUGCCAAACAGGAUGUGGAAAAUGAAUAAGCGGUUUUCUUAGGCACUUCUUAACAGACAAUUGGUCAAAAUGAACUCCAUUGCUUAAGAAACACAUAAACACCAUUUAGUCACUGAACAUAGCUAUAUGUAUGGUUGUUACUAUGGGAAAUCUUGUUUUGCCAAUUUUCUUUGAAAAUUCUGGCAGACCAAGGUUCUUUUUGUUUACAUAAUACUUGAAAAAUAAAAAUGAACAAGCUAACAAACUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-862.57 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -915.41

Frequency: 0.0000

Diversity: 843.97

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((..(((.((.(..(((((((((.......(((((.((((..((((((((((((..(((((((..(((((..((((((.((..((((((....((((((..(..................................)..)))))))))).))..))..))))))..)))))...(((((((.(..((((((...(((((((((.((.((((.........)))).))))))......(((((.(((((((((((((((.((.((........))))))))).))))((((.....))))((.((((..(((....)))..)))).))..((((.(((((....)))))..))))((((.(((((.(((((((.((((.(((.((.....)))))..)))))))))))...))))))))).)))))).)))))))))).))))))..).))))))).((((((((((((((((((....((...(((((.((((((((((...........)))))))).(((((..........(((((((...........)))))))((((((((...)))))))))))))....)))))))))....))))))))).((((((((((.((((.((((((((.(((((.((((.((((((.((.....)).))))))............(((((((.(((..((((((....((((.((...((((((.((((((...((..(((.....((((.((((((((((((((((((((.......))))))))))....((....((((......((((((((.((((..(.(((.(((((((...((....))(((...)))((((((.((((.........)))).))))))(((.(((((..((.(((..(.((((((....)))))).)..)))))..)))))))))))))))))).).))))))))))))..))))..))))))))).))))).))(((((((....))).))))))).)).)))))).....))))))..)).))))..))))))..))).))))))))))))))))))))).))).)).)).)))..((((....))))..))))))).....(((...........)))....((((((((((((((.((((.......(((((((((.....((((((.......(((((((...((.((((((((...(((......)))....))))..)))).)).)))))))..(((((((((((((..(((......)))))))))))..)))))..))))))....((((((((...(((((((((((................))))).....(((((.............)))))..........))))))...))))))))..........(((....)))...............))))))))).......)))).))))))))).))))).....(((((((((.....))).))))))....)))))))))(((..((.(((((((((((.((((.(((..((((........((((.((((((..(....)..))))))(((((((((((..(((.(((((.(((((............)))))..))))).)))....(((((((.((.((((((.....((((.((((...((((((((..(((....(((((.......(((.(((((...(((((((....)))..)))).))))))))((((.((......((((((..(((((((.(((.((......)).)))))).))))..))).))).......))))))((((..(((..........((((((....)))))).........)))..)))).(((((((...)))))))....((((.((((((((((((((......))))..))))))..))))))))...(((((...(((.......)))...))))).)))))(((((((.......(((....))).......)))))))......)))...))))))))))))))))...((((..((((((((....(((....)))..)))))))).))))....(((......))).......((.((((((..(((.((((.....)))))))))))))))........((((..(((((((....))))))).))))......)))))).)).)))))))..))))))))))).))))......))))..))).)))))))....))))))))))....))).)))))))..)))))..)))))))...)))))))))..(((((......))))))))))))))..).)).)))..)).((((((((..(((....)))..)))((((((((...(((((.((((.....)))).)))))...)).....))))))((((((((((...........(((.....)))..((((.....))))))))))))))......((((((((...........(((((....))))))))).))))....)))))...((((.(((((((((((((...))))))..))))))).))))(((((((((((((.((.......))..))))))))).))))..))))........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,{{{{{{{((({(({({,{((((((((,.,,,,.(((((,((((..{{{{(({{{((({,(((({{({,(((((..((((({.,||||((({,....((((({,|,..,.,{....,.,...................,|||.}}}}}}}}}),)).})}..))))))..|||}|((((((((((.(,,((((((...(((((((((.((.((((,......,,)})).))))))......{((((.((((({(((((((((,((,(({,....,.}|||}}}}}.||||((,{..{,{((.(((((((....))))))).))||}|,.,.}.}|||,|((((....)))))},)}},{{{{.|{|||.((((((,{((((.(({{((.....)))))..)))))))))))...))))))))),)))))).))))}))))).)))))).,),))))))).))}|{|||,((((((((({,(,{(,{((((,..|||||||{{{,}},,,.....,}}))))}.{{{{|{|.,,,...,(((((((.,,......,.)))))))|(((((((...))))))))}}}}}|{|.||||}}|||,,..|||||||}|,{|(({,{((({({....,{{((((.((((,{({{,.((((((.((.....)).)))))).........,.{(((((((.{((..((((((....{(({.((...(((({(.((((((,,,((..(({.,..,((((,(({(((((((((((((((((.......)))))))))|{,.,{{.,,,{.{(||....((((((((.((((,.{.((,{(((((((...,,....||{((,,,|}}{(({((.{{{{,,.,,...,)))),}))))},({.(((((..((.(((..(.((((((....)))))).)..)))))..)))))}}})))))))))).).))))))))))))..}},,..})))))))).}))}|,||{{(((((...,))),}}))))}.,,.})))}}.....,}))))..)}.}))}..))))))..})}.)))))))}}}}}}}))}})))||||{{,.|||.}},|{|||},,,|||},,}}}}}}}.}}})}}},})))}},)),)))}..,|||{{{{{{{{{{{,,,||,,.|..,|,,{|||||,....,{{{{{.....,.{((((((...((,,(((((({...{||,,,,,,))}....}}}}..,})}.,).))))))),.(((((((((((((..(((......)))))))))))..)))))..)))))},...{(((((((...(((((((((({...,............}}||}...||{{{{{.............))))}..,.}}}}..))))))...)))))))},,.}}},,,{(({.{{{{.{{{{.....}})}..)))))))),,........,,,.}}}},,,}),))))).}))),.)))))).,||{{||.|||||{||{.||||,{|},,..))}}}},})}|,,}}))),,.|}}}|}},,,,{,,.....,,|||((((((..(....)..)))))),{{,||||||||,,||.{((((.(((((............)))))..)))))}))}}}}}))}{{{{((({{((({((({..,,{{.{{{{...{|{{||||,,,||,.|||,.|)}.,{{{{,((,(((((...(((((((....)}}.,)))).))))),|{((({,,{......,|))||}}||||((({{|{.{({{{{{{||,|||{(({,.||,,{|||,||{{..,,,{{{,,,,.....{{,,,.......,},||||{{{{{{..,...............,,}},(((((((...)))))))....((((.((((((((((((((......))))..))))))..)))))))).,,(((((,..{{,..,,,{{|||,{,||}||...|||,(((({(,,,,,,,((({,,.,|,..|,||,}}||||}......}||...,,,,}))}}}||||},...{(((..((((((((..{.(((....))).,)))))))).))))}},}}}}}}},..|}}...,,..((.((((((..{((.((((.....))))))}))))))}}........{(((..(((((((....))))))).)))),......})}}.))))...)))),.))))))))))))),))}},,..}}))}.,},}))))))),}}})),,||||||,,..||.{||}}}}}},)}))}..}))))),..,))}},)))),,|((((......)))))})))))))),,)}))}))},,))}||.,.,{{..,,,...,|||{{|||(({,((,{{{,,{{{{...||.,...,))}..))))}}}))},,,}))))))|||{{{{||||,,{{{,,..,(,(,,..{|||....|},...,})))))))))))),......{{{{((((.,{,...||,.(((((....)))))})))},))}}}}.))))}...((((.(((((((((((((...))))))..))))))).))))(((((((((((((.((.......))..))))))))).))))..))}},},.....