Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001282871.2
Sequence Length
2830 nt
GC Content
0.4823
CUGGUGCUGGUGGAACCCCUGCACAGAGACGGACACAGGAUGAGCUCUAAGUACCCGCGGUCUGUCCGGCGCUGCCUGCCCCUCUGGGCCCUAACACUGGAAGCAGCUCUCAUUCUCCUCUUCUAUUUUUUUACCCACUAUGACGCUUCCUUAGAGGAUCAAAAGGGGCUCGUGGCAUCCUAUCAAGUUGGCCAAGAUCUGACCGUGAUGGCGGCCAUUGGCUUGGGCUUCCUCACCUCGAGUUUCCGGAGACACAGCUGGAGCAGUGUGGCCUUCAACCUCUUCAUGCUGGCGCUUGGUGUGCAGUGGGCAAUCCUGCUGGACGGCUUCCUGAGCCAGUUCCCUUCUGGGAAGGUGGUCAUCACACUGUUCAGUAUUCGGCUGGCCACCAUGAGUGCUUUGUCGGUGCUGAUCUCAGUGGAUGCUGUCUUGGGGAAGGUCAACUUGGCGCAGUUGGUGGUGAUGGUGCUGGUGGAGGUGACAGCUUUAGGCAACCUGAGGAUGGUCAUCAGUAAUAUCUUCAACACAGACUACCACAUGAACAUGAUGCACAUCUACGUGUUCGCAGCCUAUUUUGGGCUGUCUGUGGCCUGGUGCCUGCCAAAGCCUCUACCCGAGGGAACGGAGGAUAAAGAUCAGACAGCAACGAUACCCAGUUUGUCUGCCAUGCUGGGCGCCCUCUUCUUGUGGAUGUUCUGGCCAAGUUUCAACUCUGCUCUGCUGAGAAGUCCAAUCGAAAGGAAGAAUGCCGUGUUCAACACCUACUAUGCUGUAGCAGUCAGCGUGGUGACAGCCAUCUCAGGGUCAUCCUUGGCUCACCCCCAAGGGAAGAUCAGCAAGACUUAUGUGCACAGUGCGGUGUUGGCAGGAGGCGUGGCUGUGGGUACCUCGUGUCACCUGAUCCCUUCUCCGUGGCUUGCCAUGGUGCUGGGUCUUGUGGCUGGGCUGAUCUCCGUCGGGGGAGCCAAGUACCUGCCGGGGUGUUGUAACCGAGUGCUGGGGAUUCCCCACAGCUCCAUCAUGGGCUACAACUUCAGCUUGCUGGGUCUGCUUGGAGAGAUCAUCUACAUUGUGCUGCUGGUGCUUGAUACCGUCGGAGCCGGCAAUGGCAUGUCACUCGGCUGGAACCUGGCUGUAAAAAUGGCUGAAGCAGGUGAUGAGGAGCUGAUGCGUUUGGACGUGUCUCAGAGAAAUCAUGGAGGCGCUGCGGUUCCUACCGGUUCUUGGAUGCCUUCUACAGAGACAACCAUAGCCCCAAAUUAUAGGGAUCACAUAUCAGUGGUUUCCUCAUUUGGCUGUUGGAUUUUAAGCAAAAGCAUCCAAGAAAAACAAGGCCUGUUCAAAAACAAGACAACUUCCUCUCACUGUUGCCUGCAUUUGUACGUGAGAAACGCUCAUGACAGCAAAGUCUCCAAUGUUCGCGCAGGCACUGGAGUCAGAGAAAAUGGAGUUGAAUCCUUUCUCUGCCACUCUUUGAGGAGAAUCUCACCAUUUAUUAUGCACUGUAGAAUACAACAAUAAAAUACAGCCAUGUACCACAUAACAACAUCUUGGUAAACAACAGACUGCAUAUAUGAUGGUGGUCAUCCAGUAAGCUAAGGUUAAUUUAUUAUUAUUCCUUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGUAGUCUUACUCUGUCACCCAGGCUAGAGUGCAAUGGCACCAUCUUGGCUCACUGCAACCUCUACCUCCUGGGUUCAAGCAAAUCUCCUGCCUCAGCCUCCAAAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCCACCACAUCUGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAAAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGAUCUCAAACUCCUGACCUCAAGUGAUCUGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGAACCACAGGCCUGAGCCACUGUGCCCAGCCUUGUUUGCUUUUUUAACAGAUAACAGUGUGCUCAUAGAAACUGCUUUGACAUGACUGCAAUCAUGUGCUUCAUAGAAACUUAAUUAGAUUAUACCACUAGAGUCUUCAGAUUUUUAUACUUUUUUUUUUUGAAACGGAGUCUCACUCUGUCACCAGGCUGGAGUGCAGUGCCGCAAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCCAGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGAAUUACAAGUGCGCACUACCACACCCAGCUAAUUUUUGCAUUUUUACUUGACAGGGUUUCACCAUGUUGGCUAGGAUAGUUUCACCAGGAUCUCUUGGCCUCAUGAUCAGCCUGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCGUGCCCAGCCUAUACUUCCCUUUUUGAAUACCAUUUGGUGUUUUGAAGAAUUAACAGCUUUGUGAACGUGGCAGUGCUUGUGAUUCAGGCUUCCAUUGAGACCAAGGGGAGAACCUGGUUGCAGGACAAACAGACGGACAGCGUGUGGCAGUGUUUAAAUGCUCUUCUGAAGGCUGAUACGACAGCUCUCUGUGCACUGAUUGCAUAUGCAUCCCAAGAUUAUAUUAUUGUUUUCUACUGCUAUGUGUCACACUUUGCCAAACAGGAUGUGGAAAAUGAAUAAGCGGUUUUCUUAGGCACUUCUUAACAGACAAUUGGUCAAAAUGAACUCCAUUGCUUAAGAAACACAUAAACACCAUUUAGUCACUGAACAUAGCUAUAUGUAUGGUUGUUACUAUGGGAAAUCUUGUUUUGCCAAUUUUCUUUGAAAAUUCUGGCAGACCAAGGUUCUUUUUGUUUACAUAAUACUUGAAAAAUAAAAAUGAACAAGCUAACAAACUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-928.77 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -986.66
Frequency: 0.0000
Diversity: 720.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((.((.(..(((((((((.......(((((.((((..((((((((((((..(((((((((((((((.((((((.((..((((((....((((((..(..................................)..)))))))))).))..))..))))))..((((.(((((.((((((..((((((...(((((((((.((.((((.........)))).))))))......(((((.(((((((((((((((.((.((........))))))))).))))((((.....))))((.((((..(((....)))..)))).))..((((.(((((....)))))..))))((((.(((((.(((((((.((((.(((.((.....)))))..)))))))))))...))))))))).)))))).)))))))))).))))))..((((((..(((.((((((.(((((((((....((...(((((.((((((((((...........)))))))).(((((..........(((((((...........)))))))((((((((...)))))))))))))....)))))))))....))))))))).((((.(..(((((((....(((((.(((((.((((.((((((.((.....)).))))))............(((((((.(((..((((((....((((.((...((((((.((((((...((..(((.....((((.((((((((((((((((((((.......))))))))))....((....((((......((((((((.((((..(.(((.(((((((...((....))(((...)))((((((.((((.........)))).))))))(((.(((((..((.(((..(.((((((....)))))).)..)))))..)))))))))))))))))).).))))))))))))..))))..))))))))).))))).))(((((((....))).))))))).)).)))))).....))))))..)).))))..))))))..))).)))))))))))))))))))))((((((.(((...(((((((((...((((.((((((.(.(((..(((((((((.......((((((.(((((.(((((((((.((.((..((((((((((((((.((....))...)))))))..((((....)))).(((((((((((........((((...((((((((..((((...(((((((((......)))).))))).))))))))).))).))))........)))))))))))...........)))))))..))...)).).))))).......(((((((...((.((((((((...(((......)))....))))..)))).)).)))))))..(((((((((((((..(((......)))))))))))..)))))....(((((...((((((((...(((((((((((................))))).....(((((.............)))))..........))))))...)))))))))).)))...((((.((((.((((.....))))..)))))))).....................((((((...))))))...((..(((((((.(((((((((.(((..(((...))).))).))))..)))))...))))))).)).....))).))))).)))))).......)))))))).)..))).)((((....(((((.(((((............)))))..)))))))))...........((.((((..(........).)))).))...)))))).)))).)))..)).))))..(((.(((((...(((((((....)))..)))).))))))))((((.((......((((((..(((((((.(((.((......)).)))))).))))..))).))).......))))))((((..(((..........((((((....)))))).........)))..)))).(((((((...)))))))....((((.((((((((((((((......))))..))))))..))))))))....))))))))).)))))))).))))..........(((..((......))..))))))))).)))..))))))...............)))))).))))).))))((((..((((((((....(((....)))..)))))))).))))....(((......))).((.((((((((((((..(((.((((.....)))))))))))))..........((((..(((((((....))))))).))))........)))))).))....))))))))(((((((.(((((((((.(((....))).)))))..)))))))))))..........)))))))..)))))..)))))))...)))))))))..(((((......))))))))))))))..).)).)))..)).((((((((..(((....)))..)))((((((((...(((((.((((.....)))).)))))...)).....))))))((((((((((...........(((.....)))..((((.....))))))))))))))......((((((((...........(((((....))))))))).))))....)))))...((((.(((((((((((((...))))))..))))))).))))(((((((((((((.((.......))..))))))))).))))..))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,,,,((((((((((((.((.(,(,(((((((.,.((..,.{(,...}}},,)}..,)))))))||||(((((..((((((.{{{,((((({....((((((.,...,,,,..........................,,)}.))))))}))).)).})}..))))))..))))|{{{(((((((.(,,((((((...(((((((((.((.(((({......,,)})).))))))......{((((.((((({(((((((((,((,(({,....,.}||}}}}}}.||||((,{..{,{((.(((((((....))))))).))||}|,.,.}.}|||,|((((....)))))},}}|,((((.(((((.((((((,{((((.(({{((.....)))))..)))))))))))...))))))))),)))))).)))))))))).)))))).,),))))))).}}}|{|||{((((({((({{(.{({(((((,..}}|||||,|,,}}},,.....,,}))}},.{,{||||.,,},...(((((((.,,......,.))))))){(((((((...))))))))}}|||{...||{|||||,....}||||||,|{{|||{..{((.(({{.{(((((((.(((({,(((,.((((((.((.....)).))))))...........,(((((((.(((..((((((....((((.((...((((((.((((((...{{..(({.....{{((.((((((((((((((((((((.......)))))))))|,,.,{{....{.{|||....((((((((.((((,.{.((,{(((((((...,,....||{((,,,|}}{(({((.{{{{,,.,,...,)))),}))))},({.(((((..((.(((..(.((((((....)))))).)..)))))..)))))}}})))))))))).).))))))))))))..}},,..})))))))).))))).}}(((((((....))).))))))}.}}.)))))).....,)))))..)).))))..))))))..))).))))))))))))))))))))).))).}}.)).))),,((({|,..}}))..,}},)}}))||||,.((((((((.......((((((.(((((.(((.,,,,(({{,,|,{{,,((((,{(((((((((({{.,.,{{(((|||,,((({..,.}))).(((((((((((.{{,,..,(({,,,,({{{((((..((((...(((((((((......)))))))))).))))))))))))}.))),.,,...,.))))))))))}..,,,,,|,,||||,,,,,}}},{.|,.,,{||||.....|,{((((((...(({,((((((,...,||}}}},})))....}}}}..,}}}.,},))))))},.(((((((((((((..(((......)))))))))))..))))}..}}||}}....{(((((((...(((((((((({...,,...........}|||}...|||{{{{.............)))),..,.}}}}..))))))...)))))))),..})},,,{(((.((((.{(((.....))))..))))))))...............}}}})))))))),..)))).}}.,||,,(((((((.(((((((((.((({.({,...,))},)).))))..)))))...))))))).,.,}}..))).))))).)))))).......)))))))).,..)))))))),,)))}{(((.(((((............)))))..)))))))))))))))}{{{{(((,,(((.((((.,...,...||....,,,},)))).}}}.||,,.,)).(((((.(({(((((...(((((((....))}.,)))).))))).{((((,,{(.......,)),,))}}}.(((((.,.{((((((((({{{.((({..((((((((.((((..,{,{({.,,,.....{{.........,,},|||(((((((...................,}},(((((((...)))))))....((((.((((((((((((((......))))..))))))..)))))))).((((((({.......{{((({,,{{{{{.,,,..,,,.((((.(((((((((((((,{{(,.,{{((...{(({,,,,,,,|{{........}},|||({{,....((((..((((((((..{.(((....))).,)))))))).))))...,|||,|,...})).......((.((((((..{((.((((.....))))))}))))))}}........{{((..(((((((....))))))).)))),,.....}))).})))...))))}.))))))))))))).)))),|..,})))..,.))))))))))))))..{||||{{{..((.(((.....))),))...,))))}...}))...))))))}|||{......}})}},)))))))))))))))))}}})}|{,....|,...,,...{{((((((((({.({.{{{{.{{,,...}}.,,..,)),,.)))))))))}}..))))))))))}},.))))){(((((..{(.(((,,(({{,...,}}...)))))))))))))).......{(((((((.,,,...,,,.(((((....)))))))))}})))))).)))))...((((.(((((((((((((...))))))..))))))).))))(((((((((((((.((.......))..))))))))).))))..))))})}.....
Back