Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001283010.1
Sequence Length
4691 nt
GC Content
0.6280
AGUCAGCCCUGCUGCCAGCCAGUGCCGGGUGCUGGGGACUCAGGGAGGCCCGCCGGGACCACUGCGGGACAGUGAGCCGAGCAGAAGCUGGAACGCAGGAGAGGAAGGAGAGGGGGCGGUCAGGGCUCUCAGGAGCCGGGUCCUGGGCAAGGCGCAGCCGUUUUCAAAUUUUCAGGAAAGCGGUCGGCUCACACUCGAGCAGUAAAAAGAUGCCUCUGGGGAGGAGGCCCGUGCAGCUCUCCGGGCAAUGGUGGUGGCUCGGCCUAGAGAGGCGGUAGUGGAACGCAGACCCUGGUGGGGGAAUGACAUCAAGGGAGGAGACGGGCGGGACCCCAGAUUUCUGCCUGUGGGCGAUGGAAGUGAGGUUCACUGGCCAGCGGAGCCGGACACAGAACGCGCAAAACGCCGUGUAGGCCUGGAGGAGCCGAAGAGCAGGCGGACCCCCUCCGCGGGGGAACAGUUUCCGCCGGGAGCACAAAGCAACGGACCGGAAGUGGGGGGCGGAAGUGCAGUGGGCUCAGCGCCGACUGCGCGCCUCUGCCCGCGAAAACUCUGAGCUGGCUGACAGCUGGGGACGGGUGGCGGCCCUCGACUGGAGUCGGUUGAGUUCCUGAGGGACCCCGGUUCUGGAAGGUUCGCCGCGGAGACAAAAGGUGAAUGGCAUCCUGGAGAGCCCUACGGGUACAGGGAAGACGCUGUGCCUGCUGUGCACCACGCUGGCCUGGCGAGAACACCUCCGAGACGGCAUCUCUGCCCGCAAGAUUGCCGAGAGGGCGCAAGGAGAGCUUUUCCCGGAUCGGGCCUUGUCAUCCUGGGGCAACGCUGCUGCUGCUGCUGGAGACCCCAUAGCUUGCUACACGGACAUCCCAAAGAUUAUUUACGCCUCCAGGACCCACUCGCAACUCACACAGGUCAUCAACGAGCUUCGGAACACCUCCUACCGGCCUAAGGUGUGUGUGCUGGGCUCCCGGGAGCAGCUGUGCAUCCAUCCUGAGGUGAAGAAACAAGAGAGUAACCAUCUACAGAUCCACUUGUGCCGUAAGAAGGUGGCAAGUCGCUCCUGUCAUUUCUACAACAACGUAGAAGAAAAAAGCCUGGAGCAGGAGCUGGCCAGCCCCAUCCUGGACAUUGAGGACUUGGUCAAGAGCGGAAGCAAGCACAGGGUGUGCCCUUACUACCUGUCCCGGAACCUGAAGCAGCAAGCCGACAUCAUAUUCAUGCCGUACAAUUACUUGUUGGAUGCCAAGAGCCGCAGAGCACACAACAUUGACCUGAAGGGGACAGUCGUGAUCUUUGACGAAGCUCACAACGUGGAGAAGAUGUGUGAAGAAUCGGCAUCCUUUGACCUGACUCCCCAUGACCUGGCUUCAGGACUGGACGUCAUAGACCAGGUGCUGGAGGAGCAGACCAAGGCAGCGCAGCAGGGUGAGCCCCACCCGGAGUUCAGCGCGGACUCCCCCAGCCCAGGGCUGAACAUGGAGCUGGAAGACAUUGCAAAGCUGAAGAUGAUCCUGCUGCGCCUGGAGGGGGCCAUCGAUGCUGUUGAGCUGCCUGGAGACGACAGCGGUGUCACCAAGCCAGGGAGCUACAUCUUUGAGCUGUUUGCUGAAGCCCAGAUCACGUUUCAGACCAAGGGCUGCAUCCUGGACUCGCUGGACCAGAUCAUCCAGCACCUGGCAGGACGUGCUGGAGUGUUCACCAACACGGCCGGACUGCAGAAGCUGGCGGACAUUAUCCAGAUUGUGUUCAGUGUGGACCCCUCCGAGGGCAGCCCUGGUUCCCCAGCAGGGCUGGGGGCCUUACAGUCCUAUAAGGUGCACAUCCAUCCUGAUGCUGGUCACCGGAGGACGGCUCAGCGGUCUGAUGCCUGGAGCACCACUGCAGCCAGAAAGCGAGGGAAGGUGCUGAGCUACUGGUGCUUCAGUCCCGGCCACAGCAUGCACGAGCUGGUCCGCCAGGGCGUCCGCUCCCUCAUCCUUACCAGCGGCACGCUGGCCCCGGUGUCCUCCUUUGCUCUGGAGAUGCAGAUCCCUUUCCCAGUCUGCCUGGAGAACCCACACAUCAUCGACAAGCACCAGAUCUGGGUGGGGGUCGUCCCCAGAGGCCCCGAUGGAGCCCAGUUGAGCUCCGCGUUUGACAGACGGUUUUCCGAGGAGUGCUUAUCCUCCCUGGGGAAGGCUCUGGGCAACAUCGCCCGCGUGGUGCCCUAUGGGCUCCUGAUCUUCUUCCCUUCCUAUCCUGUCAUGGAGAAGAGCCUGGAGUUCUGGCGGGCCCGCGACUUGGCCAGGAAGAUGGAGGCGCUGAAGCCGCUGUUUGUGGAGCCCAGGAGCAAAGGCAGCUUCUCCGAGACCAUCAGUGCUUACUAUGCAAGGGUUGCCGCCCCUGGGUCCACCGGCGCCACCUUCCUGGCGGUCUGCCGGGGCAAGGCCAGCGAGGGGCUGGACUUCUCAGACACGAAUGGCCGUGGUGUGAUUGUCACGGGCCUCCCGUACCCCCCACGCAUGGACCCCCGGGUUGUCCUCAAGAUGCAGUUCCUGGAUGAGAUGAAGGGCCAGGGUGGGGCUGGGGGCCAGUUCCUCUCUGGGCAGGAGUGGUACCGGCAGCAGGCGUCCAGGGCUGUGAACCAGGCCAUCGGGCGAGUGAUCCGGCACCGCCAGGACUACGGAGCUGUCUUCCUCUGUGACCACAGGUUCGCCUUUGCCGACGCAAGAGCCCAACUGCCCUCCUGGGUGCGUCCCCACGUCAGGGUGUAUGACAACUUUGGCCAUGUCAUCCGAGACGUGGCCCAGUUCUUCCGUGUUGCCGAGCGAACUAUGCCAGCGCCGGCCCCCCGGGCUACAGCACCCAGUGUGCGUGGAGAAGAUGCUGUCAGCGAGGCCAAGUCGCCUGGCCCCUUCUUCUCCACCAGGAAAGCUAAGAGUCUGGACCUGCAUGUCCCCAGCCUGAAGCAGAGGUCCUCAGGGUCACCAGCUGCCGGGGACCCCGAGAGUAGCCUGUGUGUGGAGUAUGAGCAGGAGCCAGUUCCUGCCCGGCAGAGGCCCAGGGGGCUGCUGGCCGCCCUGGAGCACAGCGAACAGCGGGCGGGGAGCCCUGGCGAGGAGCAGGCCCACAGCUGCUCCACCCUGUCCCUCCUGUCUGAGAAGAGGCCGGCAGAAGAACCGCGAGGAGGGAGGAAGAAGAUCCGGCUGGUCAGCCACCCGGAGGAGCCCGUGGCUGGUGCACAGACGGACAGGGCCAAGCUCUUCAUGGUGGCCGUGAAGCAGGAGUUGAGCCAAGCCAACUUUGCCACCUUCACCCAGGCCCUGCAGGACUACAAGGGUUCCGAUGACUUCGCCGCCCUGGCCGCCUGUCUCGGCCCCCUCUUUGCUGAGGACCCCAAGAAGCACAACCUGCUCCAAGGCUUCUACCAGUUUGUGCGGCCCCACCAUAAGCAGCAGUUUGAGGAGGUCUGUAUCCAGCUGACAGGACGAGGCUGUGGCUAUCGGCCUGAGCACAGCAUUCCCCGAAGGCAGCGGGCACAGCCGGUCCUGGACCCCACUGGAAGAACGGCGCCGGAUCCCAAGCUGACCGUGUCCACGGCUGCAGCCCAGCAGCUGGACCCCCAAGAGCACCUGAACCAGGGCAGGCCCCACCUGUCGCCCAGGCCACCCCCAACAGGAGACCCUGGCAGCCAACCACAGUGGGGGUCUGGAGUGCCCAGAGCAGGGAAGCAGGGCCAGCACGCCGUGAGCGCCUACCUGGCUGAUGCCCGCAGGGCCCUGGGGUCCGCGGGCUGUAGCCAACUCUUGGCAGCGCUGACAGCCUAUAAGCAAGACGACGACCUCGACAAGGUGCUGGCUGUGUUGGCCGCCCUGACCACUGCAAAGCCAGAGGACUUCCCCCUGCUGCACAGGUUCAGCAUGUUUGUGCGUCCACACCACAAGCAGCGCUUCUCACAGACGUGCACAGACCUGACCGGCCGGCCCUACCCGGGCAUGGAGCCACCGGGACCCCAGGAGGAGAGGCUUGCCGUGCCUCCUGUGCUUACCCACAGGGCUCCCCAACCAGGCCCCUCACGGUCCGAGAAGACCGGGAAGACCCAGAGCAAGAUCUCGUCCUUCCUUAGACAGAGGCCAGCAGGGACUGUGGGGGCGGGCGGUGAGGAUGCAGGUCCCAGCCAGUCCUCAGGACCUCCCCACGGGCCUGCAGCAUCUGAGUGGGGCCUCUAGGAUGUGCCCAGCCUGCCACACCGCCUCCAGGAAGCAGAGCGUCAUGCAGGUCUUCUGGCCAGAGCCCCAGUGAGUGCCCACGGAGGCCCCCAGCACACCCAACGUGGCUUGAUCACCUGCCUGUCCAGCUCUGGUGGGCCAAGAACCCACCCAACAGAAUAGGCCAGCCCAUGCCAGCCGGCUUGGCCCGCUGCAGGCCUCAGGCAGGCGGGGCCCAUGGUUGGUCCCUGCGGUGGGACCGGAUCUGGGCCUGCCUCUGAGAAGCCCUGAGCUACCUUGGGGUCUGGGGUGGGUUUCUGGGAAAGUGCUUCCCCAGAACUUCCCUGGCUCCUGGCCUGUGAGUGGUGCCACAGGGGCACCCCAGCUGAGCCCCUCACCGGGAAGGAGGAGACCCCCGUGGGCACGUGUCCACUUUUAAUCAGGGGACAGGGCUCUCUAAUAAAGCUGCUGGCAGUGCCCAGGACGGUGAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-2091.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -2160.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 1540.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((((..((((((((((...(((((..((((.(((.(((....(((((.(.(((((....(((((.((((.((((..(((((.(((((((((...((..(((((((((((.............(((..((((((((((.......(((((.........)).)))..((((...(((((((((((.(((((..((.(((((((.((((.((((.(((.(((((((.((((..(((((..(((((((((((........((((((((((.((.((.(((.((((((........))).))))...(((..(((((....(((((((((((((((.(.........(((((..(((((...((((((.(((((((((((((..(.((((((((..((((.(((.((((....)))).)))))))..............((((((.(((((((((((.(((((((.(((.....))).)))))))...)))))))........(((.(((((.....))))).)))..((((....))))(((((((....)))))))(((((...))))))))).))))))..))))))))(..(((((.....((((.(((..((((((((.((....(((((((((.(....).)))))))))(((((...((.(((((..(((((((..(...((((.((.(((.((((((((((((....))).....))))....))))))))..)).))))...)..))))))).))((((((..(((.((....)).)).)..).))))).))).))...)))))....................)))))))))).))).))))...........))).))..))..)))))).....))))).)))))))).))))).)))))).))))))(((((((.(((.(((..((.((.((.(((......(((((.(((((......)))...))..)))))))).)).)).))..)))))).)))))))....((((((......))))))........((((...)))).)))))))))..(((((((........))))..)))....(((((((.((.((..((((((((((((((.....(((...((..(.(((...((((((((((.(((.......))).)).((((....)))).(((((((..(((((((((((..(((...((((.(((....))).)))).)))..))))).))..))))(((.(((.......))))))........)))))))......(((.(((((((..((((((((....(((.....)))..)).))))))..))).))))))).(((.((((((((((((.((((.(((((..((((.((.(((((.(((.....((((((((.(......).))).)))))....((((.((....))..)))).)))))))).))))))..)))))))))..))))))...)))))))))....((((....))))....(((((((((......)))))).))))))))))).....))).)..))...)))...)))))).))))))))..)).((((((........)))))).((((((.(((((((.(((........))).)))((((((((((.((..(((((((((.....((((.((((....)))).))))....))))((((...))))(((.(((((((...)))))))))).....(((((....((((((((((......)))).))..))))..)))))(((((((((.(((..(((((((.(((....)))..))))...)))..)))...))))))))).))))).)).)))).)))))).((((........)))))))))))))))).)))))))))))))))...((((((...)))))))))).)).)))))))))).(((((.(((...(((((((..((((((((((.((..((............))..)).))...))).))))).)))))))))).)))))((((((((((..((((((....(((((.((...(((.....)))...)).)))))((((.(((((...))))))))).))))))..))))).(((..(((((((((((((((((((.((((((((((((((((..((.(((.(((......(((((.........)))))))).)))..))..)))))).....(((((((((((....))))(((((.((((((.((...((((((((....((.....))..(((.......))).)))))))))).)))))))))))))))))).(((((((.((((((((((((.......(((((.....))))).(((((((((((.((..((((((((........)))).))))...(((((.((.((((((.((((.(.((((..((((((.....((((...((((.(((..(((.(((((...((.((((((((((((((.(((.((((((((((..(.(((.(((((((.(((((.((.((.(((.....))).))....((((.(((......))))))).((..(((((((........))))))).))...))..)))))))))))......).))))..))))))..((((((((((((((......))).....)))((((..(((((((((......))))))))).))))..((((.(..((((.(((...........)))))))..).)))).....))))))))(.((.((((((((((.(..((((((((.......))).)))))..).)))))))))))).).......))))...))).)))...)))))))))))...))...))))))))...))))))))))).)))))))))).).))..)))))))).)).))))).(((((.(((((((((((((((((....((((((((((((...)))).)))))).))...))......))))))))))...)))))..(((((((........)))))))..)))))...)).)))))))))))...))))))))....)))).))))))).))))))))))((((.(((....))).))))))))))))))))..))))).))..)))...)))))...((((((((((...)))))))).))((((((.((...)))))))).....)))))).)))))..)))).)..)))).(((((..(((.....)))..))))).))))))).))).)))).((((......))))..........((((((.(((...............))).)))))))))))))))))..))..........))))).)))).(((((....((((((..(((((((.((....((((..................))))...)).))))))).)))))).......)))))...)))).)))...)))).)))))))))).))))))))))).)))..))....))))))....).)).))))).....((((((.....)))))))))).)))).))))).........(((((((.(((..(((...))).))).((.((((..(((.((.((..((((.(((((((((((.((.(((((...((((((((..((((((.(((((....)))))))))))..))))))......))..))))).)).))............(((.....))).....))))))))).))))..)))).)))..)))).))..))))).)).)))))))))))....))).))).((.((((((((.((....)))))))))))))))))))))....((......))..((((((((.((((.....))))..((((((...(((...((((((((...((....))...))))))).)....)))....))))))((....(((((((.(.(((((......)))))(((((..(.(((......))).)..))))).....((((.((..(((((..(((((((((.((....(((((((...(((....))).)))))))...))))))))))).))))).)).)))).).)))))))...))(((.((((.(((((((.....((((.(((....((((((..((.((((((..((.(((((..(((((.(((......))))).))).................))))).))..)))))).))....))))))(((((.......)))))...........((((((((..........))).)))))..))).))))....))))))).)))).)))))))))))))))))))))..))))...))))))).)).)))))..((((((((....))))))))((((((.((((..((.....)).))))))))))....)))))))).)))))))))...(.((((((.....)))))).)(((((((((((((.((.....))..)))..((((((((((....)))))).........))))...))))))........))))))))))))....))))..).)))..............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,(({((((,(((,,,(((,,(((((({,(((((((((,((((,..{(((({.((.....}|))))}.|.(((..((,(((....)))})..))).(((((((((((,{.(((((((((..(((((({,.{|||||((((((((({..{(((({.(((((((((..........))))))))),,({{{......}|||{{{,....,.{(((((.(((((.({((((((,,({(((((((,{((,,,((,((((,(((((((..,,.(((((((.((((..(((((.((((((((,,,,.....}}}||||||,,,..((((((((((........}))))})))}((((...(({,{((,,{{{||((,,((,,(((,(((..{(((.....((({....||||}}}|,||||||,,||,(((,,,,..{.|||(,,(({((,,,.,||}||,.}.{{{((({||{|{|((......|...{{,((((,{.({(((((((((.(((((((.(((.....))).)))))))...})))))),}......{((.(((((.....))))).)))..((((....))))(((((((....)))))))(((((...)))))})))})))))}..})))),)))))}}}}}....,||||,|{|}.|||{{,,,.||}}..(((((((((.(....).)))))))))}}}}|..})))}}}||}}}||}|||..}}}},||(,({.{{{.||||||||{,{.....,|||....})))},..))))))))..,,.,,),.)))))))),)).})).})}})}.|{,||,,||,||{{,{{{.,...))}})))..}}..,,,||....,},............,))))))))))})),.}}||..{.{{{,,,{|||......||,}},}||.....}))),.,|)))))..|))))}}))))|.))}))){(((((((,,,.|||.}}|.{{((((((((.....,{....,.,,...}}))).)}}....{{{|{{{((.......))},})))))(((((((,...,((((((......)))))),......{(((((((.((((((((((((((((((((((((.,..{{{{{{{.{(({{..(,(({,,,((,(({,(((({{((({{{{|,,..,|||,..(({...(((...|||{{{{|||,{{{,......|||.||,{({,....,})}.(((((((..{((((((((((..(((...((((.(((....))).)))).)))..))))).))..)))|{(,,(((.......))))))},.....,)))))))...,..(((.(((((((..((((((((....(((.....)))..)).))))))..))).))))))).{{|{((((((((((((.((((.(((((..((((.((.(((((.(((.{{..((((((((.(......).))).)))))..,,((((.(,....}}..)))).)))))))).))))))..)))))))))..))))))...))))))))).,,,{{{,...,))))..,.(((((((((......)))))).))))))))))}..}},},),)},,)}}}))|,{,|}||||{||}}||||{,|},((((((,..,.,,.}|||||.{(({{(,(,,(({({(({.{{,,...,,}})))|||||{,|||,||..|||||{(((.....|||{,|||{.,,,)))),}))}....)))}||||}}}))))||||(((((((...)))))))|||,,,..{{{{{.,,,|||,,.(((({{{{{.|},|{||,,|,}}.{|||||(((((,(,({(((.{((((((({((({{{.,|,{{||||...||...,....,),))),))).}))))})))))),|||||||,((((........))))||||}}}})))){|||||}|||{{.|||{,.{(((((...)))))|{{||{||,,|||||...,{(((((.(((...(((((((..(((((((((,.((..((............))..)}.)},.}})).))))).)))))))))).))))))||{|{(,{({{(({({...|,||||||{{,,....,||}|}|{{{(({(((({......,,)))},),))))))))}}}||||..,,,,)}}||{{(((.((((,.,(((((((.,.(((((((({,,,,(....,.|....))}}}}}},,{.}}}}}}).,,,)))))))}},|...(((((((({.,{{.((({{{{,,||,,,,|,,,(((((.((((((.((...((((((({,,..,,.....},..(((.......))).)))))))))).)))))))))))))))})),|)))))))))})}}|)})))))},,}}{{{|{},}}}))}))}|{{{,{,,,,,.|,.,|||||{}|,(((...{{.(((((...)))))}}....)))))))))})).},)))}}}}}}}}..}},,)))}.,,,))}}).}}}}..|||)))))))))))))|..|})))))))))))))))))}}}}}}|{{.,(((({(,((((({((.((.(((.....))).))....((((.(((......))))))).||,,{((((((........))))))).}}...)),,})))}}))))|,,||.}}}||}}.,}}}}}},}|||||,|||||{{|||{||||||||{.,|.,,,,,..(((((((((......))))))))).})))}}}|||||,,||||}|||.,},.,}}}}}}))}|||||,|}}}|||.,,|||||}..,},}}||||,|,.||}}}.||||((,({{{....,,)))),)).))))))))))).(((({....,,...,,))))).)))}...))))))))){{...(((.(((({(((.(((((.((.......,)}))))).))).)..)))).))).,}}.}.....{({{{{|,,,.}))))))))))))..))),}}}|}))|}}}|,((({.(((((.(({{.((.{.{{(((({|(((((((((((,.|.(((((((........))))))).{{{.{{..((((((((((.{.{(.(((((((.|.....,,{{.|(,((((.((({(....(({(((((({,,((((((..(((((((...(((((.{(.{......).})..))))).)))))))..)))))).((((((,,(((((((.((...)))))))}},},..))))))...((((..{{{{{.|..|.(((((..(((.....)))..))))),,,,})))))}..)))).((((......)))).......,..((.,..,(({,{,...|||||||,.{{{{|,{|({({|||,.||,{{{((....))))}.)),)),)}))}||.}|}}}.((((((..(((((((.((....((((..,............,..))))...)).))))))).)))))),,((((((((.......((((((((.||||..(((....{.(((({.{(((((......)))))))))).,.....))).{(((...,,|((((((.....))))}}||,},})},..}}|,..,,)).},.}))))).))).....))))))))}|||||}|.|,}|,}}|||||,.,||{.(((((((((((,({.(((((((...((((((..((((((.(((((....)))))))))))..))))))..{{{{|,.{|,|||.,,,))}}.....}}}}}{({.....}))...}))))))))),))))))))),,.})),}),}},}..,))),),}},))))))))).)))).((((((..(((((((((((.(,.........{{|{.,,)),}}.}))))))))))...))))))..,.))))))))).}.)))))).))))..}).)))...,(((((((.,.((....))...))))))).}.....,}.)))))))))))..)){((((||.|.{((((......))))|(((((,||.,((,.....})),,},}))))}....((((.((..(((((..(((((((((.((....(((((((...(((....))).)))))))...))))))))))).))))).)).)))).}.|||||}|,,.{{.{.{{{|,.{{{{({....{{||||,,.}}..)}}),)},...,))}}))}},,}))}}{{{{|{{......((((((((((.{|,((((((.((.(((((.(((((({,.....,,(((((|,|||||||((((((.......)))))}...,|},...((((((((...,......))),})))).)))))})))(((((..{(((((((((((.((((((((((......))))))}})))))))))))))))))))..,,,,|))))))).))))))))))))).(((.(((((((,{.....}},)))))))...))).,,((({{,.{{|{{({(.((,{{|{,.{{||,..))).,.)),)))))}))),})}.}||}}|.,.}),)))))))))).(((((.(({......))))))))))))))},.......)))),),)),))}}})))).})}),}..............
Back