Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001284275.2
Sequence Length
1515 nt
GC Content
0.4957
AAGCAAGUGUCAGGGCUCACCAACCAUGCAAGGACAGGGCAGGAGAAGAGGAACCUGCAAAGGCUGGUUUUGGAGACCCCGAGUCAGAACAUCUUCUUCUCCCCUGUGAGUGUCUCCACUUCCCUGGCCAUGCUCUCCCUUGGGGCCCACUCAGUCACCAAGACCCAGAUUCUCCAGGGCCUGGGCUUCAACCUCACACACACACCAGAGUCUGCCAUCCACCAGGGCUUCCAGCACCUGGUUCACUCACUGACUGUUCCCAGCAAAGACCUGACCUUGAAGAUGGGAAGUGCCCUCUUCGUCAAGAAGGAGCUGCAGCUGCAGGCAAAUUUCUUGGGCAAUGUCAAGAGGCUGUAUGAAGCAGAAGUCUUUUCUACAGAUUUCUCCAACCCCUCCAUUGCCCAGGCGAGGAUCAACAGCCAUGUGAAAAAGAAGACCCAAGGGAAGGUUGUAGACAUAAUCCAAGGCCUUGACCUUCUGACGGCCAUGGUUCUGGUGAACCACAUUUUCUUUAAAGCCAAGUGGGAGAAGCCCUUUCACCCUGAAUAUACAAGAAAGAACUUCCCAUUCCUGGUGGGCGAGCAGGUCACUGUGCAUGUCCCCAUGAUGCACCAGAAAGAGCAGUUCGCUUUUGGGGUGGAUACAGAGCUGAACUGCUUUGUGCUGCAGAUGGAUUACAAGGGAGAUGCCGUGGCCUUCUUUGUCCUCCCUAGCAAGGGCAAGAUGAGGCAACUGGAACAGGCCUUGUCAGCCAGAACACUGAGAAAGUGGAGCCACUCACUCCAGAAAAGGUGGAUAGAGGUGUUCAUCCCCAGAUUUUCCAUUUCUGCCUCCUACAAUCUGGAAACCAUCCUCCCGAAGAUGGGCAUCCAAAAUGUCUUUGACAAAAAUGCUGAUUUUUCUGGAAUUGCAAAGAGAGACUCCCUGCAGGUUUCUAAAGCAACCCACAAGGCUGUGCUGGAUGUCAGUGAAGAGGGCACUGAGGCCACAGCAGCUACCACCACCAAGUUCAUAGUCCGAUCGAAGGAUGGCCCCUCUUACUUCACUGUCUCCUUCAAUAGGACCUUCCUGAUGAUGAUUACAAAUAAAGCCACAGACGGUAUUCUCUUUCUAGGGAAAGUGGAAAAUCCCACUAAAUCCUAGGUGGGAAAUGGCCUGUUAACUGAUGGCACAUUGCUAAUGCACAAGAAAUAACAAACCACAUCCCUCUUUCUGUUCUGAGGGUGCAUUUGACCCCAGUGGAGCUGGAUUCGCUGGCAGGGAUGCCACUUCCAAGGCUCAAUCACCAAACCAUCAACAGGGACCCCAGUCACAAGCCAACACCCAUUAACCCCAGUCAGUGCCCUUUUCCACAAAUUCUCCCAGGUAACUAGCUUCAUGGGAUGUUGCUGGGUUACCAUAUUUCCAUUCCUUGGGGCUCCCAGGAAUGGAAAUACGCCAACCCAGGUUAGGCACCUCUAUUGCAGAAUUACAAUAACACAUUCAAUAAAACUAAAAUAUGAAUUCAUCUGUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-497.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -524.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 354.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((...((((((.(((.((....(((((((((((((..(((((((((((.(((....)))(((..(((((.....))))).)))....))))))))))))))(((((((.((((((((....(((((((((((((((((..(.(((((((((...................(((((...(((((((.............((((((((((.(((.((.(((((((((...))).))))))....((((((.(((((((..((.......((((...(((((.(((.....))))))))))))(((((...((((....)))).....)))))(((((((((....((((..((.((..(.((((((((.......))))))))))))).))))))))))))).))..)))...)))).)).))))...(((((...(((((...((((((....)))))).....)))))..))))))).)))...))))))))))..((((.................))))..))))))).....)))))....................(((((((....((((((((.(.((.((((((((.........))))).)))...)).).))))))))..)))))))..(((((((......))))))))))).)).))).)..))))))))).).)))))))....(((((((........)))))))((((((((..(((...)))))))))))...(((....)))...)))))))).)))))))((((((..(((.((.((((((((...(((....)))....)))))))))).)))....))))))..(((((........)))))..........)))))))).))....)).)))...))))))..))))...((.(((....((((((((.(((((((((.((((..(((((((((((((.((..(((((((((((((((((((.......)))..................((((.((.((((((.(((...............))))))))).)).))))...((((.(((((............((((((((((((.(((((..(((((((..(((((......)))))...))))))).)))))...))).))...))).))))....(((....)))..........((((...((.(((((..........)))))))..))))...((((((((......))))))))..((((((((........)))...))).))....))))).))))(((....))).........................))))))))))))).)))..))..)))..))))..))))))..)))).)))).(((((((..(.(((((((((((((.(((...)))))))))))))))).)..))))))).))))).))).....)))))..............(((((..............)))))...))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((,{,({.,((,,,..}},|||.|||,.{(((((((..(((((((((((.(((,...}}){{({{(({((....,))))},)))....)))))))))))))}(((((((.((((((((....(((((((((((((((((..{.(((((((({,....,{.{,,.{......{{|||.,,(((((((...{,{,,.....(((((((((((((,.,{.(((((((((...))).))))))....{{{{((.((({{,{},||...,,{{(,,(,,,(((((.(((.....))))))))}|||{((((..{((((....)))),}...})))|(((((((((....((((,,({.,{..{.((((((((.......)))))))),,,,,.))))))))))))}})),,))}.,,}))).)}.))))....,,.,.,,||||),..}}||}}))}}.....{{{.((((|||....,,,}}.)))).))),)))))))..{{,,.,,,.......,,....))))}.))))))).,,{,|||||,........{,,....,}}}((({{{{.}},|{((((((.(.((.((((((((.........)))))}}))...)).).))))))}}}})))))))..(((((((......))))))))))).)).))).,..))))))))).),}))))))....(((((((........)))))))((((((((..(((...)))))))))))...(((....))).).)))))))).)))))))((((((..(((.((.((((((((...(((....)))....)))))))))).)))....))))))..{({{{.,,,.,,,|||}|((({......{(((...)}))...}}}}}.}}}}})},))}..|||{..{({...})),.)))}|||}|||,.((((.((((..(((((((((((({.({..(((((((((((((((((((....,.,{{{..........,}},....((((.,{.((((((.(((...............))))))))).},.))))..,((((.(((((............((((((((((((.(((((..(((((((..(((((......)))))...))))))).))))}.,,}}).))...))).))))....{((....))}..........,,.....{,.{((((..........)))))}}..,},},,,{|||(((({,,{{.,}}}}|||,,|,||||||}..}}}..)))}}.,.,.,.....))))).))))(((....)))....,,...................)))))))))))))},))..}}..,,)}})}),.,,)))))..)))).)))).(((((((..(.(((((((((((({,(((...)))))))))))))))).)..))))))),},,))}}))},,,|}|}.,,....,,.......,{{{,..............})))}....,}}}}..
Back