Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001284290.2
Sequence Length
1761 nt
GC Content
0.5588
AGACGGUGGCCGAGCGGGGGACCGGGAAGCAUGGCCCGGGGGUCGGCGGUUGCCUGGGCGGCGCUCGGGCCGUUGUUGUGGGGCUGCGCGCUGGGGCUGCAGGGCGGGAUGCUGUACCCCCAGGAGAGCCCGUCGCGGGAGUGCAAGGAGCUGGACGGCCUCUGGAGCUUCCGCGCCGACUUCUCUGACAACCGACGCCGGGGCUUCGAGGAGCAGUGGUACCGGCGGCCGCUGUGGGAGUCAGGCCCCACCGUGGACAUGCCAGUUCCCUCCAGCUUCAAUGACAUCAGCCAGGACUGGCGUCUGCGGCAUUUUGUCGGCUGGGUGUGGUACGAACGGGAGGUGAUCCUGCCGGAGCGAUGGACCCAGGACCUGCGCACAAGAGUGGUGCUGAGGAUUGGCAGUGCCCAUUCCUAUGCCAUCGUGUGGGUGAAUGGGGUCGACACGCUAGAGCAUGAGGGGGGCUACCUCCCCUUCGAGGCCGACAUCAGCAACCUGGUCCAGGUGCAGCUGACUGCACAGACGUCACUGGGGCCUGUGUCUGACUUCUACACACUCCCUGUGGGGAUCCGCACUGUGGCUGUCACCAAGAGCCAGUUCCUCAUCAAUGGGAAACCUUUCUAUUUCCACGGUGUCAACAAGCAUGAGGAUGCGGACAUCCGAGGGAAGGGCUUCGACUGGCCGCUGCUGGUGAAGGACUUCAACCUGCUUCGCUGGCUUGGUGCCAACGCUUUCCGUACCAGCCACUACCCCUAUGCAGAGGAAGUGAUGCAGAUGUGUGACCGCUAUGGGAUUGUGGUCAUCGAUGAGUGUCCCGGCGUGGGCCUGGCGCUGCCGCAGUUCUUCAACAACGUUUCUCUGCAUCACCACAUGCAGGUGAUGGAAGAAGUGGUGCGUAGGGACAAGAACCACCCCGCGGUCGUGAUGUGGUCUGUGGCCAACGAGCCUGCGUCCCACCUAGAAUCUGCUGGCUACUACUUGAAGAUGGUGAUCGCUCACACCAAAUCCUUGGACCCCUCCCGGCCUGUGACCUUUGUGAGCAACUCUAACUAUGCAGCAGACAAGGGGGCUCCGUAUGUGGAUGUGAUCUGUUUGAACAGCUACUACUCUUGGUAUCACGACUACGGGCACCUGGAGUUGAUUCAGCUGCAGCUGGCCACCCAGUUUGAGAACUGGUAUAAGAAGUAUCAGAAGCCCAUUAUUCAGAGCGAGUAUGGAGCAGAAACGAUUGCAGGGUUUCACCAGGAUCCACCUCUGAUGUUCACUGAAGAGUACCAGAAAAGUCUGCUAGAGCAGUACCAUCUGGGUCUGGAUCAAAAACGCAGAAAAUACGUGGUUGGAGAGCUCAUUUGGAAUUUUGCCGAUUUCAUGACUGAACAGUCACCGACGAGAGUGCUGGGGAAUAAAAAGGGGAUCUUCACUCGGCAGAGACAACCAAAAAGUGCAGCGUUCCUUUUGCGAGAGAGAUACUGGAAGAUUGCCAAUGAAACCAGGUAUCCCCACUCAGUAGCCAAGUCACAAUGUUUGGAAAACAGCCUGUUUACUUGAGCAAGACUGAUACCACCUGCGUGUCCCUUCCUCCCCGAGUCAGGGCGACUUCCACAGCAGCAGAACAAGUGCCUCCUGGACUGUUCACGGCAGACCAGAACGUUUCUGGCCUGGGUUUUGUGGUCAUCUAUUCUAGCAGGGAACACUAAAGGUGGAAAUAAAAGAUUUUCUAUUAUGGAAAUAAAGAGUUGGCAUGAAAGUGGCUACUGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-663.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -695.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 533.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((.((((((((.((...(((((((((((.((((.(.........).)))).))))))))(((((((.((((((((...((((((.(((((.........))))).))))))(((((..((.(((((((((...(((.(((....))).)))...))))))))).))..)))))......((.((((((((((((((((((((..((((...(((((((((((((((((((((((((((..(((.((..((((((..(((...(((...........))).)))))))))(((((..(((....((((((((((((((((.((((.((((((((..(((.((..((((.(.(((((...((((((((....((.((((....((((.(((......))).))))..)))))))))))))).....))))).)..)))).........)).))).)))))))).))))..))).)))))....(((((...))))).))))))))))).)))))))))))))))))......))))))))))).......(((((....)))))..))))))))).......)))))))))))...((((((((...)))))))).((.(((((((..((..(....)..))..)))).))).))((((..((((.((((((....))))))))))..))))...((((.(((((((((.(((((...........)))))))))......(((......))).))))).))))((..((((((((.........))))))))..))))).)))))))))).))...(((...))))))))))).)))))))..((((.(.(((((((.......))))))).)))))((((.(((((((........((((.(((((.......)))))...))))........))))))).))))...(..((((((((........(((((((.((((....)))).((((....)))).(((((((((((((.(.......((((((..(((((((((((..........(((((.(((....((((((((((((.((((...(((((...(((((.(((.((.((....)))).))).)))))......))))).((((((....))))))......(((((((.....)))))))..((((((.((((.....)))))))).))..)))))))))))....)))))..)))))).))((((.((((...(((..((..(((((...((((((....)))).))..)))))..))...)))..)))))))).....))))))))))).)))))).(((((((.....)))))))(((((....)))))......).)).))))))........)))))))))))).))))))))..).........(.((((..((((..(..(......)..)..))))..))))).)))...)).))).))))).)))....(((((.((...............((((.(((((....))))).).)))...((((((..((((((((...(((((......))).))...((((((.(((.(((((.((.((....)))))))))....(((.((((((...)))))).))).)))))))))..............)))).))))...)))))).........((((((......))))))...)).)))))........))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((({.,((.(((.(((((({((((((((((((.((((.(.{....,}.).)))).)))))))))||))|({((((((.(.{.((((((.(((((.{.....,.))))).))))))|.|))))),.|||(((,((.({((((,,({{..}}|{||}{{{|||||}|||.||..,,,,,.......}}.}}},||||}||||}||,,{((((((((((((((..(((((((.{((((((((((.(((.((((((((((((,,({{...(((...........))).}))))))))(((((({.((((((.((.((.(((((((((..(.((((((((((..{.(((,..((((.{.(((((...((((((((....{,,(((({,..((((.(((,...,,))).)))).,)))))))))))))).....))))).,..)))).,.))).|{((((((....)))))))|{(((((({{,,(((({,,{,,(((((,((((({{{{{.}}}},)}}.,,.}})}|))})),|}|,}}}}..})..,,...(((((.((((..((((({...{((((.{.....,.)))))..(((((({...{({(({{,,......}},}}..|||,||..,,.,,))))))))))))),.))))))))).,)))))))}.{((|||{|((((((((((.{........}.))))))))))..})})))).)))))))))).)..))))).))))....)).)).)))))).}))))))..((((((((.........))))))))......))))))))).).)))))))}},},.)))))))||{,|.....|,,({((,(,((({{{{...,,,,))})))),))))}((((.(((((((..,.....((((.(((((.......)))))...)))).....,..))))))).)))).......))))))).))))))},|,.,,{.((({....})}).)))..)))))),)))))))))))))).)).{{,..((((((..(((((((((((,,,(((((..(({(({((({,,.((||,{(({{{({{{,,..,|||,{,,,{{{{,,|||,||,||,,},)))}{|}|{|,|||{{...})))),}||{|||,,..))}))),}....(((((((.....)))))))..(((((,,((((.....)))))))).)).,||||,,,},},,,|}}}},,..}}}|||.|||{{{.((({,.{{{...{{..(((((...{{((((....)))).}}..)))))..||,..||....,||}}}}.....})))))))))).)))))}.,||..{{,((((({{{{,.{((((....))))}...,,....}}}}||||{,.......{{,|{|||||,{||}}}}))}....|,.....}}|,||,,|||||||},},.,,,.)},.||}))}||}},}|.,|{...||.||},})))).,|{(((.(((((((,{{{.{((({,..,}})),..})}..))))).))...))))}..((((((..((((((((...{{(((......))).}}...((((({.{{{.((((,,((.((....)))))))))....(((.((((({...}))))).))),)))))))))...,}.......,.))))}})))...)))))).........((((((......))))))...))))))))).,,...,))))))))....
Back