Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001286254.3
Sequence Length
2640 nt
GC Content
0.3735
GUUCACUGCAGAUUAUCAAUCAGUGGAAAGUGAUAGAAGCAAUGGAUCAGCAGAAUGGGUAUAGAGGCAAUGUUCAGUCUUUGUAUGGUGGAAAGUGGAGCUGAUGAGGUUAAUUUGCACGGUGUGACCAGCCUUGGCUUAAAGCAGGCUCUGGAGUUUGCAUACACAGGACAGGCCAUGCCUCUUCUGCAAGACUAUACAACAUCCUUGCUCCUCUGAUGGGAGCUGCACUAAUUUCGUGAAUGUCAGUCAAAGCCUCCUUCCUUGAGGAGUUGGCGAAAGACGGGUUUCUCUUUCUGACUAGAUGGAAAAGGAGAUAUAAAGAUUUUUCAGAAUAAGAUGAGUAUUUUGCUGGAGCCAGGUGUGAUCCAGGAUGUGCUAGCAGCGGGCAGUCACCUACAGCUGUUGGAGCUUCUCAAUUUAUGCUCCCACUAUCUCAUCCAGGAAUUAAAUAGCUUUAAUUACUUGGAUCUGUACAGACUUGCUGACCUCUUUAACCUCACUUUGUUGGAGAAGGCAGUGAUCGAUUUCUUAGUGAAACAUCUCUCUGAACUCCUGAAGAGCCGCCCAGAAGAAGUUCUAACGCUUCCCUAUUGCCUGCUUCAGGAGGUGCUGAAGAGCGACCGCCUGACCUCCCUGAGUGAAGAGCAGAUCUGGCAGGUGGAGUAACUAAUACGGCACAAUAUCAGAACAGGCUAAUGGUGUAUGAACCUAACCAGAAUAAGUGGAUAAGCCGUAGCCCCAUGCUGCAGAGAAGGGUCUACCAUUCCAUGGCUGCUGUACAAAGGAAGCUUUAUGUUCUUGGAGGCAAUGACCUAGACUACAAUAAUGACCGGAUCCUUGUGCGCCAUAUAGAUUCUUACAACAUAGACACUGACCAGUGGACACGUUGUAAUUUCAACCUGCUGACUGGCCAAAAUGAAUCUGGAGUUGCUGUCCAUAAUGGGAGAAUAUAUUUAGUUGGUGGAUAUUCAAUUUGGACAAAUGAGCCUCUGGCUUGUAUCCAGGUACUGGAUGUAAGCAGAGAAGGCAAAGAAGAAGUAUUCUAUGGGCCUACACUCCCUUUUGCUUCCAAUGGAAUAGCAGCAUGCUUCCUUCCAGCUCCAUAUUUUACAUGCCCUAACCUUCAAACUCUUCAAGUGCCUCAUCACAGGAUUGGCACCAUCUGAAAAGCCAAGCCAUCAUGAACAGGAGGAAAACAUAGCUCUGACUGUUGGAUACUGGGCAUGAAAAGACUCAGUGCUCCAUGCUUCCUUGUCUUGCUUUAUAGGUCUUAUAUUCGGAUAAAUUUAAGCAAAAAAUGAACAAUUUUCUAAAAUACGUUAUUGAAAACUCGUCACCCUUCUCAGUGUAUGUCAACAUUCAAUAUGUAUGACUUUUAUUGUGGUAUAGCUUAGUGCCAAUUUAAGGUAUAUUGUGUUCCAUGGGUCUUUAGAGCAUUCUUUGUACACUUUUUCUAAUCAGCACUGUCUUAAGACAACAUAACACUGUUAGUAAGGCAAUUUAUUGGACACAAUGGCAUCGAUGAUCUUAAAAAUAUAUAUAUUCUGUACUUAAUCCCUUUAUUAUUUAAAGCCGGGCUUGUAAUUUUUCUUUUUAAAAUUUAACAUUAUGCAGCCCUGCUCAGUAGAGACUCACUCAGCAUUAUGACAUCAUAAAUUUUUAAAUGCCAUAUUUUAUUCAAGGUGAUACGAAUAAUAAUAGACAUACACUGGAACAGCAGUUGUUGAAAUACCCAGAUUUUUCACCUUGGUUACUCUGACCUUGGGUCAGAACCUAACUUUACAGUGCUUCAGUUUUCCCACCUUUUAAGGAGGAUAAUUACUGAUUUCCACGUUAAUUUAAAAGAACAUUAUGAGGAUUAGGCGAACACUUUGUAAUACUUUGCCCAAGAAAAAGAAAAAUGUUGUUACUGAAAUUAUAAGGUAUUUUAUUGUCUUUAGAACCUUGUAAUUGAACAGGGAGAUUAUUUUUGAAGUUUAAAAAUUACUAGAUAGAAUUUGGAAACAUGUUGUGGAAUAAAUGAUUCUAAAAAGCAUGUGAAAGAGACACACAAUGAGGAAAUAGGGAGUUUCUCAAAAUCUAAACUUGUACAGGUAUCUAAACUUGCCUCAAGUAACUCUCAGAUGUCUUAUUUAAAAUCAUUUAGUGAAAAAUGACAUUUAAAGCUAAAAAAUAAUUUAGUUGUACUAAUUAUGGUACCAUAAAGUGCUUUGACAUAAAUUUGAACCUAGAAUUGGCAGUUCUAAUAAAAGUUUUUCCACUUUGUUAAAGGUUAUGUCAAUCUUGAGUGCUUGUGGAAUUCUUCACCACCAAUACAUAUUUUAUUACUAUCUCUUUUAAUAAUGCAUAGGAAUUCUUUUUUAGACUAGUUUUUGGGUUUGCUUUGUCUAUAACAAAAAAUAAAUACAACAACUUAAUAAUCACAUUUGAAAACAAAUUUAACAAGUAUAAUGUGAGUUUUUCUUUUUUCCUAACUUCCUCAGGACCUAGGUCACCUUUAUUAAAAGGAAGAAUUCACUCUUUUUUCCUUGGCAGUUUAAUCAUUCAGGAAUCCCUCUCUUAAAGGAAAUUGUUAUUUUAUUCAUGUAACCUUUUUUUGUAAUCAAAAGUGAAUAAAAACGAUCUUUUUGUCUUACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-650.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -705.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 823.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((..((...))...)))))))....(((((((.....(((((..........((((((((((........))))))))))(((((.....((..((((.(((((((..(((((.(((((.....((((.........(((((((....)))))))......((((.((((...)))).))))(((((.............)))))((((((((((....((.....((((.((((...((((((.....(((((((....((((.((((.(..(((((((((((((.(((((........))))).))))))..........((((((...((((((((((..(.(((((..((....)).))))).).)))))(((((((((......)))...))))))(((((............)))))(((((....((((((((((((((....))))))).))))))).......((.((((((.((((((((((........))))))).))))))))))).......)))))...))))).))))))(((((((((....((......(((((......)))))......))...)))))))))((((((.((.((..(((((((.((...(((.........)))....))))))))).))..))....))))))............(((((.((((.(((........(((.......)))))).)))))))))...(((((.((((((((.....((((...))))....(((((((((((.((((((.((((.((((.((((((((((..((((((((((.....(((((..((((...))))..)))))...........((((((((((((.(.((.((((......)))).)).).))))).......((((.((((((((.((((((...(((......(((((((.....))))))))))...)))))).....((((((.((((((((((((...))))))))))))..)).))))...((((((((((.....(((........)))..((((((((...)))..))))).)))))).)))))))))))).))))..(((((((...((......((.((((.(((((..(((....))).)))))....)))).)).............(((((..(((.........)))..))))))).....)))))))..(((((.....((.....))......)))))((((.....((((.......))))......))))......(((....(((((..............)))))....)))......)))))))..((((((((.....)))).))))..))))))))))...((.....)).......)))).))))))..)))).))).)..)))))).)))))))))))))))))))...))))))))))))..).))))....((((((.(((.(((........((....))(((((((........((((((((......................(((((.....)))))..(((((((((((.((..............)).)))))).)))))((((.(((........))).))))(((((....))))))))))))))))))))....((.(((((((((..............((((...((((......))))))))................))))))))).)).(((((((...))))))).))).)))..))))))..............))))..)))))))......))))))...))))..))))....))..))))).)))))..))))..))))).)))))............(((((((((((((((((((.....(((((((((((..((((.......)))))))))))))))...((((((.....))))))..((((..(((((.((....)))))))..)))).(((((((((.(((((((.((((((((((((.(((((((((.....(((((((.....(((((((.............(((((...(((((........))))))))))))))))).....))))))).....((((((......)))))).......(((((((......)))))))((((((....))))))....((((((((((((((((.(((((...(((((((...)))))))...(((((......))))).)))))..)))))))).....))))))))((((.........))))....................)))))))))...)))).((((((....))))))......)))))))).))).)))))))))))))............)))))).......(((((((......................))))))))))))))))))))..))))))).))))..))....)))))........(((((((((........)))))))))((((((((........(((....)))..........)))))))).((((((((((.........(((((....)))))))))))))))..)))))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((({..({,,,,|,,.}}}}||}..{{(({{(({{{{{,{({((.(((((,.,,{,,,((((((..{(.{{.{{{{|{((((({{(((...(((((((,.,,(((((({...((..(((...}}},}},}}}}|}}...,}}))))})}...)))})))))).})))),}}|}})))))}))))))..,.....,,,,..{{|{|((((({,....)))))).,,......{{{,(({{{(,,,{{,,..{(({{{{{{{,,{({{{{{(((.((((((.((({,((({{..(({,.(((((((.(((((.(((...({(......(((((((..{({.(((((((..{{({((((..((((.(((({,,,{(((({((((((((,,,,..,},...}}}|||(((((............))))).........((((((((((((({....})))))).)))))))..|,...{{.((((((.((((((((((........)))))))},))))))))}}{,,{((..,,.)},,..}}.,{{{||.(((((((((||..({......(((((......)))))......))}}.)))))))))((((((.,,|{|..(((((((.((...(((.........)))....))))))))).}}..}}..,.))))))....})})}...{((({{((((,(((...,....{,{......,)}}}},.}))}}}))}...{((((.((((((((,.,..{{{{...})))..},(((((((((((.((((((.{,((,((((,((((((((((..((((((((((.,...(((((..((((...))))..)))))..........,((((((((((((.(.((.((((......)))).)).).))))).......{,{,.((((((((.((((((.,,(,(({,...,(((({{....,))}))}))),,},)))))}.....((((((.((((((((((((...))))))))))))..)),|)))...((((((({{|.|,..(((........)))...|{|||||...))},.})))}.,})))),,})))))))))).,}||,.(((((((....,......,,.,{{,.(((((..(((....))).)))))....}}},.,},,,..,.......(((((..(((.........)))..)))))}),....)))))))..|{{{{.,||,|{.....))......)))|(((((.....((((.......))))......))))),...,{{{....{{|{{....,...,,,,,,}|}},...,}}|......}}})))}..((((((((.....)))).))))..}))))))))}.,.{{...,,)),......)))).)))))).})))).))).,..)))))).)))))))))))))))))))...))))}.((((,,..}}}|.|,...},}))))}}),,))))..,..})))))))).)))).}}.....,,,..}}}}}}}.},)))))))..})).)))))))).))))))).{((.((((({(((((,{{.......,,}},...,.},,,)),))))).)))})).)))))}}}|||{||{{(((((.,..,,||{{{{{{{{{{{{,,,.....,,.{((((((((...{(((.........,,.{{((((......)))}})),...........)))).))))))))|,||.(((((((...)))))))...}}}}|,,|.,|{|,,{{{{||,||||.{((,..,})),)),..,..})))}..,,|,||,,,,.......,,..,,,,|||||||||{(({{{......||,,...,}}|||,{{{{{,,,,(((((((,(.(,.(((.(((((((((((.,((((.......)))))))))))))))...))).,}.}.}}})))}..{((({{{{{{,,.{{{{{{|||||||||||{{(((({.((({{({{{{{|||}||{,,|||||,|({,{(((,.......((((({{...,,,,,||}}}},........(((((...(((((........)))))))))),,)))))}.|}}|))).}}|}.},||||}}}||||.,,||}}}}}},..(((((((......)))))))((((({....|}))}}||},||||||{{((((((({.,{{,(((,(((((({,,.,}}}|||,..((((,..,.,.}}}|||||||||,}})))))),....|}|||}}}{||(.....}}}})}}),}..}},}.,,,,,,,.,,})}})))))},,,,.,...,}}}}..}})))))))))),|}}))))))}}||.||{||,,...}}},,...,,....,}}.,,,.......,,.||||}}},....,})}}}....,}}}))))))))),,,|||))))}}}))}},})))))))}...}}),............{((((((((........)))))))))))),,,,....))}))),))}..},,..,,..})))}.,}))},.{|{{{{{{{|....,....{{|||.,,,)}}})))))))}}}},,}}}}},,))))},....
Back