Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001286267.2
Sequence Length
1794 nt
GC Content
0.5708
GCUGGGCUGCAGGGACUGCGGCGCCUGAGGGAGUCGCUGACGGGCACGCUGACUGGAGGCUGGCGGACAGGCGACAGCGACCUGCGGCAGAUGGAGUCUCGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGAUCAGUCUAGCUCAUUGCAGCCUCCACCUCCUGGGUUCAAGAGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGUGUAGCUGGGAUUACAGGACCAGAGGAGCGAGAGCAGCAAGAACCACACCCAGCAGCAAUGUCAGCGGAAGUGGAAACCUCAGAGGGGGUAGACGAGUCAGAAAAAAAGAACUCUGGGGCCCUAGAAAAGGAGAACCAAAUGAGAAUGGCUGACCUCUCGGAGCUCCUGAAGGAAGGGACCAAGGAAGCACACGACCGGGCAGAAAACACCCAGUUUGUCAAGGACUUCUUGAAAGGCAACAUUAAGAAGGAGCUGUUUAAGCUGGCCACCACGGCACUUUACUUCACAUACUCAGCCCUCGAGGAGGAAAUGGAGCGCAACAAGGACCAUCCAGCCUUUGCCCCUUUGUACUUCCCCAUGGAGCUGCACCGGAAGGAGGCGCUGACCAAGGACAUGGAGUAUUUCUUUGGUGAAAACUGGGAGGAGCAGGUGCAGUGCCCCAAGGCUGCCCAGAAGUACGUGGAGCGGAUCCACUACAUAGGGCAGAACGAGCCGGAGCUACUGGUGGCCCAUGCAUACACCCGCUACAUGGGGGAUCUCUCGGGGGGCCAGGUGCUGAAGAAGGUGGCCCAGCGAGCACUGAAACUCCCCAGCACAGGGGAAGGGACCCAGUUCUACCUGUUUGAGAAUGUGGACAAUGCCCAGCAGUUCAAGCAGCUCUACCGGGCCAGGAUGAACGCCCUGGACCUGAACAUGAAGACCAAAGAGAGGAUCGUGGAGGAGGCCAACAAGGCUUUUGAGUAUAACAUGCAGAUAUUCAAUGAACUGGACCAGGCCGGCUCCACACUGGCCAGAGAGACCUUGGAGGAUGGGUUCCCUGUACACGAUGGGAAAGGAGACAUGCGUAAAUGCCCUUUCUACGCUGCUGAACAAGACAAAGGUGCCCUGGAGGGCAGCAGCUGUCCCUUCCGAACAGCUAUGGCUGUGCUGAGGAAGCCCAGCCUCCAGUUCAUCCUGGCCGCUGGUGUGGCCCUAGCUGCUGGACUCUUGGCCUGGUACUACAUGUGAAGCACCCAUCAUGCCACACCGGUACCCUCCUCCCGACUGACCACUGGCCUACCCCUUUCUCCAGCCCUGACUAAACUACCACCUCAGGUGACUUUUUAAAAAAUGCUGGGUUUAAGAAAGGCAACCAAUAAAAGCCAGAUGCUAGAGCCUCUGCCUGACAGCAUCCUCUCUAUGGGCCAUAUUCCGCACUGGGCACAGGCCGUCACCCUGGGAGCAGUCGGCACAGUGCAGCAAGCCUGGCCCCCGACCCAGCUCUACUCCAGGCUUCCACACUUCUGGGCCCUAGGCUGCUUCCGGUAGUCCCUGUUUUUGCAGUACAUGGGUGACUAUCUCCCCUGUUGGAGGUGAGUGGCCUGUAAGUCCAAGCUGUGCGAGGGGGCCUUGCUGGAUGCUGCUGUACAACUUCUGGGCCUCUCUUGGACCCUGGGAGUGAGGGUGGGUGUGGGUGGAAGCCUCAGAGGCCUUGGGAGCUCAUCCCUCUCACCCAGAAUCCCUCUAACCCCUUGGGUGCGGUUUGCUCAGCCCCAGCUUAUCUCCUCCUCCGCGCUGUGUAAAUGCUCCAGCACUCAAUAAAGUGGGCUUUGCAAGCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-700.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -730.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 535.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((..(((...((.(((((((..((((((...((((..((((.((((.((.((((((((((((....((....))...))))(((((..((((((((........(((((((.(((((((((((((...........))))))))..)))))...)))))))....)))))))).))))).)))))))).))....((((..........))))...)))).(((((.....((((.(((((((.((((..(((((.((...((((.......((((((((((.((.(((((...........(((..((((((.....(((((..((....((((..((....))))))))..)))))......)))).))..)))...........((((.((.......(((((((...((..((((((((.........))))))))...))...)))))))(((.....)))................)).))))(((.((((((..((((((.......((.((((((((((((.(((((((.(...(((((((((.(((.((.((((..((.(((((((((((((((.(((...))).)))))))).....(((.......)))...)))))))))....((((((....(((.(((((.....))))))))...))))))......)))).))....((((...........)))).))).)))))))))...)..))))))).))).)))).....))))).))..((.((.(((....(((((......)))))......(((((((...(((((((((....(((.......)))....)))))))))(((((((((((((((........))))).))))........((((.......)).))))))))((((((.....))))))(((((((.........)))))))..)))))))..)))))))))))))....((((((.((....(((((((.((((((.(((........(.((((.((.((((.((.....((((((((...((((..((.......))..))))....))))))))...)))))))))))).)(((((....)))))....))).)))))).)))))))....))))))))(((((((((((......((.(((...(((.((.((......)).)).)))...))).)).)))))))))))....))))))))))))))...))..)))))))))).)))).)))))))........((((...)))).............))))((((((((((.((((..(((.....((.((((.((....)).)))).))..((((((((.......(((((...(((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((..((((..(.((((((((.....((......))....)))))))))..)))).....)))...))))))))))((....))((((....)))).....)))))))(((((((......)))))))...)))))))..)))))....))))).))))))))....))))))))............))))))).)))))))))).(((.(((((((((((((.(((.(((((((((((.....))))).)))..)))))).))))))....)))))..)))))))))))).))))))))).))))))))...)).))))....)))))))))...))))))))).........(((..((...))..))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((({{((({..{|,|||||(({{({(({,,..{||{.}||||..((({{(.(((((((({,,{.{{{(({...,)}.))))}(((((..((((((({..,.{,..(((((((.(((((((((((({.........,,))))))))..)))))...))))))).,,,)))))))).)))))|))))))||,}|,,}}|{({...,,|||..|}}{|||||,||{{||{{{,.,{(((.(((((({,({{,..{{(((.((..,(((,..,,,..((((((((((.{.((((((..........,((({{({((((.....((({{..((....((({..((....))))))))..))))}...,,.}}}}.))..}},.|,.,.,{{{.(((,.,......}}|,|||||},.,{..((((((((..{....,.)))))))),{({({{{|.||||{{({..,..|||,,,,...{{{{{,,.{{{{{|,,,{,{{{{{{{..{((,{{,{.....({.{({(((((((({.(((((((.{...(((((((((.{((.((.((((..((.(((((((((((((((.(({...})).)))))))).....(((.......)}),,.)))))))))....((((((....(((.(((((.....)))))))).,.))))))......)))).))....((((,,....,,...)))).)),.)))))))))...}..))))))).))).)))).....)))))))|{{,,,|,.}}}....(((((......))))).},}..|||||||}.,|||{{||||.,|||||,....,,)},,)),))}))))))|||{,,(((((((((........))))).))))........,.{(.......}}.|||}||||((((((.....)))},{(((((((.........)))))))}.},}}|||{{{{|{|{{|||||{{{,{((((((.((({.,{((((((.(((((({((,(({({{.,(,(({((((.((((.((.....((((((({,..((((..({.......))..))))....)))))))).,.))))))))))))..,|{{|,,,.),))))).},)),)))))).))))))).}}.))))))))|,,||||||||,,,||.|,,|||...,,|})}}||}}.,,.},,||{,.|,,.,,,.,,}))}})))}))),.})))))))))}))},,..,)}}.))}}))))))})})}.}}))))),....,,,({{{...))))....,,.......})))|(((((((((.((((..(({.....{(.((((.((....)).)))).)){.((((((((.......(((((...(({((((((((((((((((((((((({,(((((((((((((.(((((..(.((((((((.....({......})....))))))))}..))),.,}}.)))...)))))))))){({{{{{{((((....,,,}.,.,,))),)))||||(((......)))))))}.,)))))))..))))).,..))))))),,)))))....)))))))),...........))))))).)))))))))).(((.|,(((((((((((.(((.(((((((((((.....))))).)))..)))))).))))))....)))))..,})))})))))).))))))))},)}}}}}))...,)}))}}}}}.},|})})}},,,}|}}))))).,.......|||,|((||.}}})))}.
Back