Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001286410.1
Sequence Length
1283 nt
GC Content
0.4770
GACCCUGUGGGCAUUGAAAUCCAACUCACUCAUGCUUAUUUCCUGUAAUGGACAAACUUGAUGCUAAUGUGAGUUCUGAGGAGGGUUUCGGGUCAGUGGAGAAGGUGGUGCUGCUCACGUUUCUCUCGACGGUUAUCCUGAUGGCCAUCUUGGGGAACCUGCUGGUGAUGGUGGCUGUGUGCUGGGACAGGCAGCUCAGGAAAAUAAAAACAAAUUAUUUCAUUGUAUCUCUUGCUUUUGCGGAUCUGCUGGUUUCGGUGCUGGUGAUGCCCUUUGGUGCCAUUGAGCUGGUUCAAGACAUCUGGAUUUAUGGGGAGGUGUUUUGUCUUGUUCGGACAUCUCUGGACGUCCUGCUCACAACGGCAUCGAUUUUUCACCUGUGCUGCAUUUCUCUGGAUAGGUAUUACGCCAUCUGCUGCCAGCCUUUGGUCUAUAGGAACAAGAUGACCCCUCUGCGCAUCGCAUUAAUGCUGGGAGGCUGCUGGGUCAUCCCCACGUUUAUUUCUUUUCUCCCUAUAAUGCAAGGCUGGAAUAACAUUGGCAUAAUUGAUUUGAUAGAAAAGAGGAAGUUCAACCAGAACUCUAACUCUACGUACUGUGUCUUCAUGGUCAACAAGCCCUACGCCAUCACCUGCUCUGUGGUGGCCUUCUACAUCCCAUUUCUCCUCAUGGUGCUGGCCUAUUACCGCAUCUAUGUCACAGCUAAGGAGCAUGCCCAUCAGAUCCAGAUGUUACAACGGGCAGGAGCCUCCUCCGAGAGCAGGCCUCAGUCGGCAGACCAGCAUAGCACUCAUCGCAUGAGGACAGAGACCAAAGCAGCCAAGACCCUGUGCAUCAUCAUGGGUUGCUUCUGCCUCUGCUGGGCACCAUUCUUUGUCACCAAUAUUGUGGAUCCUUUCAUAGACUACACUGUCCCUGGGCAGGUGUGGACUGCUUUCCUCUGGCUCGGCUAUAUCAAUUCCGGGUUGAACCCUUUUCUCUACGCCUUCUUGAAUAAGUCUUUUAGACGUGCCUUCCUCAUCAUCCUCUGCUGUGAUGAUGAGCGCUACCGAAGACCUUCCAUUCUGGGCCAGACUGUCCCUUGUUCAACCACAACCAUUAAUGGAUCCACACAUGUACUAAGUUCUGGAACUGAAACCGACAGGAAGAAACUUUGGAAUAAGGAAGAGAAGAUUGACCAAACCAUCCAAAUGCCAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAAGCCUCUCUGUCCUAUGAAGACUUAAUUCUGUUGGGGAGAAAGUCAUGUUUUAGGGAAGGAAAAUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-378.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -404.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 274.28
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((...((((((.......(((((((....(((((..(((......)))......))).))....)))))))....(((.(((((..((((((((((((((((((......)))).))))))).....(((.((((((..((((((.(.((.......)).).)))))).(((((.((......)).))))))))))).)))....((((.........)))).((((((.(((((.((((((((.((((((((((..(((((((......(((((((.....(((.(((...((((((((((((((((((.(((((....(((..(((((((....)))))))....((((......))))..)))....)))))(((((.(........((((.(((.....)))))))((((((((((((..((.(((((((((..((((((((((((..((((.......))))..))))......)))))))).....))).............))))))))..))))))))........(((((((..((...((((((...((((..(((((.....)))))....))))..(.((((((....)))))))............((((((((.......))))))))......((.(((((........)))).).))..))))))...))..)))))))))))...).))))).))))).)))))))))))))..))).)))..((((((.(((...))).))).)))...(((((((...(((.(((((((((.(.(((((.((((....................)))).).)))))))))).))))..))).))))))))))))))......)))))))(((((((((((((.......(((......)))..((((((((...((((.(......((((((((((.............((((...))))..................(((...(((((((((.((.......((((((((((......).))))))))))))))..)))))).)))....))))))))))).))))))))))))...............))))))))).)))).............)))))))))).)))).......)))).)).))).))))))..)))))))))))).))).))))))....)).................((((((((...(((...(((((..((((....))))..))))))))...))))).))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((...((((((,,,,{{,{{(((((,,,.(((((,.(((......)))......))).))....)))))),..}}|{{,|||||,.((((((((((((({((((.....,,))).))))))).....{{{.((((({..((((((.{,({.......)),).)))))){(((((.((......)).))))))))))).}}}....,,,,..,,,....,}}}.((((((.((({(.((((((((.((((((((((..(((((((,.....(((((((.....(((.(((...(((((((((((((((((({(((((({{,(,...{{{{{|||,||)),||},|,|,{(({......))))..||....,}{(((((.(...........).)))))),{{{.((((..,,...((((((((,{,,.((((((,,...(((((((({{({,,(({(,.,....}))).,)))}),....)))))))).....|...............)))))),,.}))))))))........)))).}}}},,...{{,{{{{,.((((..(((((.....)))))....))))..{.((((((....)))))),.,,..,,,....((((((((.......))))))))......,....{{,..{{{{{{{{(((((.({.......)}))),)}))).....,,..})))),}},))))).)))))))))))))..})).))).,({((((.(((...))).)))),))...(((((((...(((.(((((((((.(.(((((.((((.{..................)))).).))))))))))}})))..))).)))))))))))))).....,)))))))(((((((((((((......,(,({{{{{{|||...,}}}|||}}}||,|,|......{{{{(({(((...........,,|(((,,,||},.....,,,..|||,....{{{...((((((.,{.,(({,....,(((((((((......).)))))))))))),,..)))))).,,..,..},))))})))..}....,||}}}},,,,,,.........))))))))).)))).,........}}.)))))))))).)))).......)))).)).))).))))))..))))))),}))).})}.))))))....}}.................,,{{(((,,{{((,{{.(((((..((((....))))..))))).,,,,.))))).})).......
Back