Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001286420.2
Sequence Length
858 nt
GC Content
0.4767
GCAUUUGCAGAGUGAGACAAAGCGGAGAACGCUGGUGGGCCUGUUGUGGAGUACGCUUUGGACUGAGAAGCAUCGAGGCUAUAGGACGCAGCUGUUGCCAUGACGGCCCAGGGGGGCCUGGUGGCUAACCGAGGCCGGCGCUUCAAGUGGGCCAUUGAGCUAAGCGGGCCUGGAGGAGGCAGCAGGGGUCGAAGUGACCGGGGCAGUGGCCAGGGAGACUCGCUCUACCCAGUCGGUUACUUGGACAAGCAAGUGCCUGAUACCAGCGUGCAAGAGACAGACCGGAUCCUGGUGGAGAAGCGCUGCUGGGACAUCGCCUUGGGUCCCCUCAAACAGAUUCCCAUGAAUCUCUUCAUCAUGUACAUGGCAGGCAAUACUAUCUCCAUCUUCCCUACUAUGAUGGUGUGUAUGAUGGCCUGGCGACCCAUUCAGGCACUUAUGGCCAUUUCAGCCAAGAAUGGAGUUCAGUGGUGGAGGACUGCUUUUGUGAACAUGAGAAAGCAGCGCCUGGUCCCUAUGUAUUUGGGUCUUAUUUACAUCCUUCUUUAAGCCCAGUGGCUCCUCAGCAUACUCUUAAACUAAUCACUUAUGUUAAAAAGAACCAAAAGACUCUUUUCUCCAUGGUGGGGUGACAGGUCCUAGAAGGACAAUGUGCAUAUUACGACAAACACAAAGAAACUAUACCAUAACCCAAGGCUGAAAAUAAUGUAGAAAACUUUAUUUUUGUUUCCAGUACAGAGCAAAACAACAACAAAAAAACAUAACUAUGUAAACAAGAGAAUAACUGCUGCUAAAUCAAGAACUGUUGCAGCAUCUCCUUUCAAUAAAUUAAAUGGUUGAGAACAAUGCAUAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-262.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -277.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 192.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((..((.......((((.....))))((....))((((((.......((((((.((((.(((((((((.(((.((((.......)))).))).)))(((((..((((((((((.(((((...(((((((.((.......)).)))).))))))))..))))))).((((((.((.(.((((((.((((((((((((.((.(((.((.....)).))))).)))...))))))))).)))......(((((((....))).))))..(((((...(((((((.(((.(((...(((((((((((((.((.....))))))).......((((((....)))))).(((.((((((.((((((((....(((((((((((((((..((.....((((((...(((((..((((((........))))))..)))))))))))..))..))).))))))....)))))).....)))))...))).)))))))))))))))))....)))))).).)))))))))))...................))).))).))))))..................(((((.(((...((((((..(....)..))))))...)))))))).((((((.(((((...)))))..))).)))................................)))..)))))(((((((.((.....)).))))))))))))))))).))))))......)))))).....((((....))))......((((.....((((((................)))))))))).(((((((..........)))))))))..))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((({{(((..((...,{..((((.....)))).|}...}}{(((((.......((((((.{(((.(((((((((.(((.((((.......)))).))).)))(((((..((({((((((,({{{{..,|{{||||.((.,.....}},|))).|||}|||,.,||}||}|{(({{(({((,{.{{,(((.((((((((((((,{{.{||,{(,,,,,}}.}}))).)))...))))))))).)))..,,..{|||||{...,))),})))..((({{.,,(((((({,(((.(((...(((((((((((((.((....,)}))))).......((((((....)))))).(((.((((((,(({(((((.,..(((((((((((((((..{{.....((((((...(((((..((((((........))))))..)))))))))))..))..))),})))))....)))))).....)))))..,))).))))))))))))))))),}..)))))).).}}))})))))}...........,.....,})}),}))})))))}|||.,.........,...,{{{,|{{|,..((((((..{....}..))))))...}}})}))}|||,,{{.(((((...)))))..|||{,.,...........,,,,.................)))..)))))(((((((.((.....)).))))))))))))))))}.))))))....,.)))))).....{{{{....})))......((((.....((((((................)))))))))).(((((((..........))))))).,,}))).........
Back