Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001286665.2
Sequence Length
3220 nt
GC Content
0.3894
GCCAGUUCUCUUCGGGGACUAACUGCAACGGAGAGACUCAAGAUGAUUCCCUUUUUACCCAUGUUUUCUCUACUAUUGCUGCUUAUUGUUAACCCUAUAAACGCCAACAAUCAUUAUGACAAGAUCUUGGCUCAUAGUCGUAUCAGGGGUCGGGACCAAGGCCCAAAUGUCUGUGCCCUUCAACAGAUUUUGGGCACCAAAAAGAAAUACUUCAGCACUUGUAAGAACUGGUAUAAAAAGUCCAUCUGUGGACAGAAAACGACUGUGUUAUAUGAAUGUUGCCCUGGUUAUAUGAGAAUGGAAGGAAUGAAAGGCUGCCCAGCAGUUUUGCCCAUUGACCAUGUUUAUGGCACUCUGGGCAUCGUGGGAGCCACCACAACGCAGCGCUAUUCUGACGCCUCAAAACUGAGGGAGGAGAUCGAGGGAAAGGGAUCCUUCACUUACUUUGCACCGAGUAAUGAGGCUUGGGACAACUUGGAUUCUGAUAUCCGUAGAGGUUUGGAGAGCAACGUGAAUGUUGAAUUACUGAAUGCUUUACAUAGUCACAUGAUUAAUAAGAGAAUGUUGACCAAGGACUUAAAAAAUGGCAUGAUUAUUCCUUCAAUGUAUAACAAUUUGGGGCUUUUCAUUAACCAUUAUCCUAAUGGGGUUGUCACUGUUAAUUGUGCUCGAAUCAUCCAUGGGAACCAGAUUGCAACAAAUGGUGUUGUCCAUGUCAUUGACCGUGUGCUUACACAAAUUGGUACCUCAAUUCAAGACUUCAUUGAAGCAGAAGAUGACCUUUCAUCUUUUAGAGCAGCUGCCAUCACAUCGGACAUAUUGGAGGCCCUUGGAAGAGACGGUCACUUCACACUCUUUGCUCCCACCAAUGAGGCUUUUGAGAAACUUCCACGAGGUGUCCUAGAAAGGAUCAUGGGAGACAAAGUGGCUUCCGAAGCUCUUAUGAAGUACCACAUCUUAAAUACUCUCCAGUGUUCUGAGUCUAUUAUGGGAGGAGCAGUCUUUGAGACGCUGGAAGGAAAUACAAUUGAGAUAGGAUGUGACGGUGACAGUAUAACAGUAAAUGGAAUCAAAAUGGUGAACAAAAAGGAUAUUGUGACAAAUAAUGGUGUGAUCCAUUUGAUUGAUCAGGUCCUAAUUCCUGAUUCUGCCAAACAAGUUAUUGAGCUGGCUGGAAAACAGCAAACCACCUUCACGGAUCUUGUGGCCCAAUUAGGCUUGGCAUCUGCUCUGAGGCCAGAUGGAGAAUACACUUUGCUGGCACCUGUGAAUAAUGCAUUUUCUGAUGAUACUCUCAGCAUGGAUCAGCGCCUCCUUAAAUUAAUUCUGCAGAAUCACAUAUUGAAAGUAAAAGUUGGCCUUAAUGAGCUUUACAACGGGCAAAUACUGGAAACCAUCGGAGGCAAACAGCUCAGAGUCUUCGUAUAUCGUACAGCUGUCUGCAUUGAAAAUUCAUGCAUGGAGAAAGGGAGUAAGCAAGGGAGAAACGGUGCGAUUCACAUAUUCCGCGAGAUCAUCAAGCCAGCAGAGAAAUCCCUCCAUGAAAAGUUAAAACAAGAUAAGCGCUUUAGCACCUUCCUCAGCCUACUUGAAGCUGCAGACUUGAAAGAGCUCCUGACACAACCUGGAGACUGGACAUUAUUUGUGCCAACCAAUGAUGCUUUUAAGGGAAUGACUAGUGAAGAAAAAGAAAUUCUGAUACGGGACAAAAAUGCUCUUCAAAACAUCAUUCUUUAUCACCUGACACCAGGAGUUUUCAUUGGAAAAGGAUUUGAACCUGGUGUUACUAACAUUUUAAAGACCACACAAGGAAGCAAAAUCUUUCUGAAAGAAGUAAAUGAUACACUUCUGGUGAAUGAAUUGAAAUCAAAAGAAUCUGACAUCAUGACAACAAAUGGUGUAAUUCAUGUUGUAGAUAAACUCCUCUAUCCAGCAGACACACCUGUUGGAAAUGAUCAACUGCUGGAAAUACUUAAUAAAUUAAUCAAAUACAUCCAAAUUAAGUUUGUUCGUGGUAGCACCUUCAAAGAAAUCCCCGUGACUGUCUAUAGACCCACACUAACAAAAGUCAAAAUUGAAGGUGAACCUGAAUUCAGACUGAUUAAAGAAGGUGAAACAAUAACUGAAGUGAUCCAUGGAGAGCCAAUUAUUAAAAAAUACACCAAAAUCAUUGAUGGAGUGCCUGUGGAAAUAACUGAAAAAGAGACACGAGAAGAACGAAUCAUUACAGGUCCUGAAAUAAAAUACACUAGGAUUUCUACUGGAGGUGGAGAAACAGAAGAAACUCUGAAGAAAUUGUUACAAGAAGAGGUCACCAAGGUCACCAAAUUCAUUGAAGGUGGUGAUGGUCAUUUAUUUGAAGAUGAAGAAAUUAAAAGACUGCUUCAGGGAGACACACCCGUGAGGAAGUUGCAAGCCAACAAAAAAGUUCAAGGAUCUAGAAGACGAUUAAGGGAAGGUCGUUCUCAGUGAAAAUCCAAAAACCAGAAAAAAAUGUUUAUACAACCCUAAGUCAAUAACCUGACCUUAGAAAAUUGUGAGAGCCAAGUUGACUUCAGGAACUGAAACAUCAGCACAAAGAAGCAAUCAUCAAAUAAUUCUGAACACAAAUUUAAUAUUUUUUUUUCUGAAUGAGAAACAUGAGGGAAAUUGUGGAGUUAGCCUCCUGUGGUAAAGGAAUUGAAGAAAAUAUAACACCUUACACCCUUUUUCAUCUUGACAUUAAAAGUUCUGGCUAACUUUGGAAUCCAUUAGAGAAAAAUCCUUGUCACCAGAUUCAUUACAAUUCAAAUCGAAGAGUUGUGAACUGUUAUCCCAUUGAAAAGACCGAGCCUUGUAUGUAUGUUAUGGAUACAUAAAAUGCACGCAAGCCAUUAUCUCUCCAUGGGAAGCUAAGUUAUAAAAAUAGGUGCUUGGUGUACAAAACUUUUUAUAUCAAAAGGCUUUGCACAUUUCUAUAUGAGUGGGUUUACUGGUAAAUUAUGUUAUUUUUUACAACUAAUUUUGUACUCUCAGAAUGUUUGUCAUAUGCUUCUUGCAAUGCAUAUUUUUUAAUCUCAAACGUUUCAAUAAAACCAUUUUUCAGAUAUAAAGAGAAUUACUUCAAAUUGAGUAAUUCAGAAAAACUCAAGAUUUAAGUUAAAAAGUGGUUUGGACUUGGGAACAGGACUUUAUACCUCUUUUACUGUAACAAGUACUCAUUAAAGGAAAUUGAAUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-800.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -865.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 962.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((((((.......((((.(((((((...((.(((..............))).)).))))).)).))))..(((.(((((............(((((..(((..........))).)))))((.((((.((((......((((((((...(((((((.((((((........)))))))))))))...............(((((...((((....((.(((((......((((((.((((((((...((((((.......(((((....(((((((((((((....((.((((((((((((((((((...))))))))(((((.((.((((....))))))...)))))...((((......))))........((((((((....(((((....)))))....)))..((((((......)))))).......(((..((((((......))))))..)))...((((......))))((((((((((((((..((((......))))..)).)))))).))))))..((((.(.((.((((((......)))))).)).)))))......)))))....)))))))))).)))))))))....))))))..)))))...((((((...))))))))))))..)))))(((((.((((......((((((((.((((((((((((((.....)))))).((..(((((.(((((((....))))....((((((.(((....((((((((...(((((.((((.(((((..((.(((((..(((..(((.(((...............))).))).))).))))))).)))))))))...(.(((((((((((....(((..(((((..((.(((((...))))).))...)))))..))))))))).))))).)))))).)))).)))).))).))))))............(((((((.((..((.(((......(((((..((((.((((((((.(((((((((....................((((.((((.(((((((((.((...((((((((((.(((...(((.......((((((.....)))))).)))...))))))))))(((((((........)))))))...))).))..)))))...))))((((.....))))....)))).))))..(((((((((((......))))((((.((......)).)))).((((((......((((((((((...(((((((..((((((((((..((.(((((((.((........))((((((........((((....))))............(((((.(((.(......).))))))))..(((.......))).........))))))..((((((..((...........))....)))))).(((((.((....)))))))........)))))))..))..)))))....))))))))))))........((.....))..))))))))))......))))))...........)))))))..((......)).))))))..))).).)))))))))))...(((....))))))))))).))))))))))).((((((.....))).))).(((((((.(((....(((((((((....((((((........(((((...))))).........)))))).....)))))))))....((((....)))))))..)))))))..((((((((...(((.((((...................)))).))).....)))))))).....((((((.........))))))))).)))))..))..........))))))(((((((........)))))))..((((.(((((......(((..(((.((((((((......))))))))..((((((.(((((.(((..(((((((.....................)))))))...)))..)))))(((((((((...........(((((.....(((.......))).....)))))...)))))))))...(((....)))..)))))).))).)))......)))))))))))..)))))))))))))))))....................))).))))))))))).))....))))))))).....((..((.......))..))......))))))))......)))))))).))((((((((...))))))))))))))))...)))))))))..(((((((((((((((((..(((...((((((..(((...)))..)))))))))((((((......))))))...........((((.(((((.((........)).))))).)))).............(((((((..((((((.((.(((((((.......))))))).)))).....))))................(((....)))..((((((((.......(((..(((((((((.(((...((...(((((.(((((...)))))...)))))...((((((((.....((((((.((((((..(((((.((((((((((((((............(((.((((..((((....))))..)))).)))............))))))))))).(((((...((((..((((.(((((((((.......((((..((((...(((...))))))))))).......)))))..))))....((((((((........))))))))(((((((.((((((.((..(((......(((((.(((((.(((((....))))).))))).)))))......))).)).)))))))))..))))...))))..))))...))))).((((.((((((.....)))))).)))).((((.....(((.((((....)))).)))....)))).............))).)))))....)))))))))))).....))))))))))....))))))))))))..)))............(((((((((((............(((((((((......))))))))).....((((.........)))).))))))))))).))))))))....)))))))..)))))))))..))))))))....(((((.((.....)).)))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{(,((((((((..(.{.....})..))))))))}|,..,,{(((({{((((,,...,.{{{((((((({{{...{{,{{,,,,{{{{{,{{{{{,....(((({..{((......,,,.}}}.|}}||,{{{{{{{{{,{,,{||{{,{{{|||..,(((((((.((((((........)))))))))))))............,,,||{{{..,{,,,.,,..}}}}|||.....(((((....})))).,...}}}}}}}}||{{.{((((....((((({(((((((,...,,.((((((((({,{((((((...))))))}|(((((.{(.((({....))))))...)))))}..((((......))))...,{|,.{{{,{{{{,..,(((((....)))))||||||,.,{{{{{{..,,..)))))).,,,...{((..((((((......))))))..))}...((((......))))((((((((((((,{,.((((,....,))))..}}.)))))).))))))..((((.(.((.((((({......)))))).)).})))}......,}))).},.)))))))))).,})))))))....})))))..})))}}},|{{{{,...,}))))|||||{,,,{{,((((((,((((......((((((({.{((({{((({{{({..,,.)}}}}}.{{,,(((((,{{{((((,...,)))....((((((.(((....((((((((...(((((.((((.(((((..((.((((({{({(..(((.(((...............))).))).})))))))))).))))))))).,,(.{((((((((((....(((..(((((.,({.(((((...))))).}},,.)))))..))))))))).))))),)))))).)))).)))).))).)))))}..,,,.......(((((((((((,.({({({.,,..,,{{{..(({(.(({{{{{|,|||{|{{({..........,..{||{|||((((.((((.||{{{{{{{,,|,..{{{((((({{{(((...(((.......{{((|{....,)))}),.)))...))))))))))(((((((........))))))}...}}}..,..}}}}),,.))))((((.....))))....)))).)))),.|||||||{(((......)))|((((.((......)).)))).((((((......((((((((((...{((((({..{{{{{{{{{(,,((,({(((((.((.,,,,,,.||((((((........{(({....}},|.......}},..{{,,,{(((.(,,....}.}}}}})}}..,||,,.....}}|{...,,...))))))..((((((..{,......,....,},.,,)))))).{(((,{({....))))))}.|,,....})))))}..}}..)))}}....})))}))))))}....,...||},,,,))..))))))))))......)))))).....,,,,..,},.,,,..{{,,,,}})).}}}}}}.,})).,.})))))))))),..|||{{,|||||||{.}},,,...}}))))},|{{.((({{{{.||.,,.}}.}}}}}}}}},,,,||(((((((....((((((........{((({...}}))).........)))))).....)))))))}}.,,,(((({(((((((,,|.{({|||,}..,|,|,,,|,..}}}}||||},.............,...,,,}.{((({{.....,))))))...((((((.........))))))))),)}))}..||....,.....}||}}}(((((((........)))))))..||||,{{{{({{{........|||.((((((((......))))))))..,|,,,,.{{{{((((...{,{{{{{................,,,..|||}|||{{{|||{.|||..(((((((((...........(((((,,...{{|,......)}}.....)))))...))))))))).}))}}}}..)))}}))))),..))))))}...,.}}},)))}}}}..}))))))))))))}}}}}.,.......,,.}|.....,,}})))))})}}}},|||},.....,|,.....,,,,}}}},},,}...},,))}}}..,}||||||............,|}}}}}|{{{{||},.)))))))},.((((......))))..{...(((((((((((((((((.,(({..{((((((..(((...)))..)))))))))|{{{((..,,,.||}}},.,,.,,,,,,.(({{.(((((,((.,.....|)).))))}.||||{,,,,,{,,,...,,,{{{{..((((((.({.((((({{.......}}}}}||{||||,{...,|||,....,,,,,,.....{(({{.,{{{,.,((((((((......||},||||}....|}|)},},}}...{(((|,((({|,..||||}...))))}...,{((({{{.....(({{{,,((((({.,{{({,,{{....,,,.{(((((,....}}}}}|{|,{{|{,}||||}}|,{{||{{{{||,|||,,.,,|||,..{(({({{..........|,,.,,.|.}}}|}}}|{{{{||,.....,,||,,))}}}}}))||||,,|}}}},}|}|}....,,})}}},.|}}}}}}.{((((((((........)))))))))|||{{{.((((((.((..(((..,.(.(((((.(((((.(((((....))))).))))).))))).,....))).)).))))))}}|..||||,,.,,,|..,||}|,,}}|||,|{{,.{|||||,,,..}},}))}))))})}}})))}.}}}}|||},}}}},,},||{{{..,,,,.....,,}}}|,.,,},|}}}}....)))))))))))).....}))))))}},...))},,}}}))}}}|,}}|,..|||||,...{((((((((((..,,,.,,,,..(((((((((......)))))))))......,{|,....,}},,))).}))))))))))}}}||||}}..,,)),))},..)))))))))..))))))))...,}|,...,})).,,}},..,,...
Back