Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001286782.1
Sequence Length
3697 nt
GC Content
0.3554
AGAUGGGGGCGUCUCCCGGCCUUGUUGACUUUGGCGUCCGCGGGGAGCUGCCCCUGUGCCCGUGGUUCUCUGCGCAUGCCCGGACCCCGGCGGCUCCGGAGUCCGGGAGGCUCUGGCUGCUCCAGUCGCGGGUCCGGGCCCCGCCUCUCCACUCGGCGGUGGCGUCCGUGUUGUUAUUGUGGUGGUAGCGGCGUCUGGCUGCUGCGGACCCCGCCGAGUCCUAGCGCCUGGCCUGCGCGCCGCUGCCCGCGCCACAGAUUUGAGUUCUGUGAACCUGCAUUUGUUGUUGGUAAUUGCCUCCAGAUAGCUUCUGACAGUCAUCAGUAUGAUCGAAUUUAUUGUGGAGCUGGAGUGCAGAAAGACCAUGAAAACUACAUGAAAAUAUUACUAAAAGUUGGAGGCAUAUUAGUCAUGCCUAUAGAGGAUCAGUUAACACAGAUUAUGCGAACUGGACAGAACACUUGGGAAAGUAAAAAUAUCCUUGCUGUUUCAUUUGCUCCACUUGUGCAACCAAGUAAGAAUGAUAAUGGCAAACCAGAUUCUGUGGGACUCCCUCCCUGUGCUGUCAGGAAUCUACAGGACUUGGCUCGUAUUUACAUUCGACGCACACUUAGAAAUUUCAUAAAUGAUGAGAUGCAGGCCAAGGGGAUUCCUCAAAGGGCUCCACCCAAAAGGAAAAGAAAGAGAGUUAAACAGAGAAUUAACACUUACGUAUUUGUGGGUAAUCAGCUUAUUCCUCAGCCUCUAGACAGUGAAGAGGAUGAAAAAAUGGAAGAGGAUAACAAAGAAGAGGAGGAAAAAGAUCACAAUGAAGCAAUGAAGCCAGAGGAGCCACCUCAAAAUUUACUGAGAGAAAAAAUCAUGAAGCUGCCCCUCCCUGAAUCUUUAAAAGCUUACUUGACAUAUUUUAGAGACAAAUAACUUAGAUCAAGAAGAAAAAUGCCUACUGAUAAUUCCUUUAGUCUUGAAAAUGUAGCAUUUGUUAGGAGUUAAAAGAGAGAAUUAUUUCUUUCAUCAGAGCAAAUUAUAGUGGAAAAAAAAUCACUUGUUUCUGUCAGUAACACAAAUGAUGUAUUCAGUGAAUAAAAGAAUCCCUUUUAUAAAAUCUAUUUUUCUUUAAAUCUUGGAAAAAUGUUGUUUUAGCUCAGAGUGAUUUCAAAGUGGAAUGCAACAGUAGUCAAGACUUGUGUACUAUAAAUCCUUUUCUGAUUCCUUACAGAUUUGUAGUGAUGAGGUUUAGAUUUAAUUUUAUAUAUGGUUUAAAUAAUUGUUAAGCUUAUAUAACCUGAUCUGAAUUGCAGUUGUUUGCAUUUCCUCUAUGAAAACUUCAUUUAUCUAAUAAGGAAGUCAAAUGCUUUGUAGACUAUUUACCUUACUUUUGUUGCAAUCACUGUUGUUGGGUUGCUGUAUAUAUAUUCCGGGCAAUAUAUGAGUGCAAUAACAAUACAAGAUAUUGAAUAAUUUAGCUUUAAAAAAUCCCACAAAUUUUAUGAAAUUUUACAGCCCUGCUACUUUUGCUUUUGAAUCUCUUGCCAAAAGACAUGGGUAAAAUAUCUGCCUCUCUCAUAGAGAUUUUAAGAGCACAGCAAGUGAAUUAUUAAAACAAAGUCUAUACUUAAUACAACUCUUUAUAUGGACCCUUUACAUUUUCAGUAUUUAAAAAAAUGAGGUUAUCUUAACUCUAUAGAAUUUUAAAAGUAUAUUUAGAAUUGUUUUUUCUGUAGUUCACUGUAUAAAGUAUUUGGUUUUUUAAAAAAAGCAAAACCAUUGUUAUGUGUGACUCUUGAUAGGACACAGAACGAGUGAAUGAGCAUGAGUGAGGCCACUUUCUUGGAUGGCUGUAAGUAGCAGGGCCAGGGUAGACCUGGUCAGCGGAUGCACUUUAGCAGAUGGAACUUCUAGUUUAUCUGAAUAUUUAUCUUUGACAAGGUAGGGCUGAGCCUACAUUUGCUUUUGAUCUAUCUAGUAUAAGAAAUAUUCACAGAAAUUGUAUGUAGAUACCCUUUGUUUUGAAAAUGCUGUUCAGAAUCAUAGUGUAAUCUUUGGGACCUAUGCCAUGUUCAUUUCACUCCUUCCCAUAUUUUUUGUGUUUCUUUUGGUAAAACUAUAAUGGUUUUCAUUUUUUACUUAAUAUCACACAGUUAAACUGUCCAUAUUUGAGCUUUAUUUUAGCUUAUCAGUGAUAAAAAACAGGUAGUAACUGCCAUUGUUUGUUUGUUUUCCUAAUAAGGCCUGAAAACAGCCAUUCCUUGUUAAGAAAGUGUACAAUGUAACAUAUUUGCUAGAGUUACAUGGAUUAUAUAUUUCUUAAAGGGAAAAAUUUGAGAGUAUCAUGGACUACCACCAGCAUUAUUAUUACAGUAGUUACUCAGAUUUGGUUAAGGAAGCCCAAGCAAUGUAUAGUGAAAGGAUUAUUAUCUCUCUGCUAAGAUUCAGAUAUUGUUUCAGAAAUCUCAGCUCCAGUAAUUCCACAACAUCUAAAAACAAAUGUUUGUGAUCAUGUGUAAGCAUGAAAUUGUUCCAAGUAAGUGAGGAUAUUUUAGUUAUGUGAAAGACAGUUUCAUGGAAGGUAUUUGUUUUAUACCAGUGGCUGGGAUGGUGGAAUUGGGGUUAUUUCUACAAUUAUUCUUAGACGAUUACUAAACUGUUAAGAAAUGCCCCAUAUCAUUUUUGUAUCUAGGAAAGAAAAAAAUCAGUUUCAUACUGUUGUCAUCUGUCAGAAAUGCUCAUUUUAUUUUGAAUUAAAUGUGGCUUUUGAAGUACCUAGUUACCUUGAAUUCCUGGUGACCACAUGUUUUUAUCUGGAAAACCUGGAGAAAGUUAUCUGUCCCAUCUCCCCUGCUUGUUUUUUUUUUUUUUUUUGGUUGGAGCUGCUGUUUAGAUGAUGCUUUUACUAUGCAGGAGAGAGUUUUUGUUAAGGAUAUAUUUGAAGAUUGGCUUUUCCAUAUUGUCCUUCAUUCUUUGACCAUGGCAAAGUGUACAGUAGAUUUUCAUGAUCAUUGCAUAUUUCUUGUCAUUGAAAUGUAUCUUUUAUGUUUUUAAAUGCAUUCAUUUUACACUUGUGAGUUUAUCAUUGACUUUAAGAGGUAGAAAUGAAAAAUGAAAAUUAAAGCUAAAGCCUUUUUAUCUAUUAAUGCAGAUAUAUUAGAAUAAGAAUAUUUUGGGUUUGUGUUUAUUUUUUAAUGAAUUUAUGUUUACUUGAUAUGGAAAAUUACGCUUUAUAGGUGGAAAAGUAGCAAAUAAAGAUUAAGUAAAAGUAAGUGAAAAUGAUGGGGAAUAUAGUAUUGGAAUUUUAUAGCUAGUUAAAACAGUAAGUAUCAUCUAAUUUGGGUGUUUAUUUUGCAGAUGAGAAAACAGACCUAGAACCGUGGCAUGUUUUGCCUGAAACAUACAGUGAGUUAGAGACAGGGCCUAAGAUAGCUUCUAGCAUCAGAUCAAUCCCAAGAAUCCAUCAGCAACCUCAGACCAACCCAAGAAGAUAAUUUAAAUCUAUACUGCUUAUUGGUCAAUAUAUUUGGUUCUAGUAUUAAUAAAGAAAAAUGUUAUUAAAAUAGCAUACAUAGUAGUAAAAUAAAAUACAAAAAGUGUGUUGAUUUAUAGCUGUUUGAGAUGAUAAAAGUGAAGCAAAGCCUGUUAAAUCAUUGGAAGACUUGGAAAAUUAUUUUAAAUAAACAAUUACAUGUAAUUAAGCAUUUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-923.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -999.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 923.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((.(((((.((..((((......))))...)).))))).)))))))))...(((((((.(((((((..(((((((((((((((((.((((((.((....))))))))..)))...)))).)))))))))).(((((.........))))).((((..............(((..((((((((((((.((((((((.((((........))))))))....)))).).)))))))))))..)))((((((.......)))))).(((.(((.....))).)))...))))..((((.....)))).(((.(.(((..((((......))))..))).))))..)))))))..))))))).....((((((...............(((((((((((.......))))))...((((...((((..((((((.........((((.......((((....))))..........((((((((((((((.....(((((......)))))..)))))).)))))))).))))..)))))).)))).)))).((((((((...(((.(((......(((((((.((((((.((((...........................)))))))))).)))))))((((((..((((((((.((((.((....)).......((((((((.....(((......((((.(((.(((((((((.((((..(((.(((((((.(((((.........))))).)))......)))).))).......(((((((((......(((((((..(((.((..((((((..((((.....)))).....(((((((.(((((........(((((.....................))))).(((((..((..(((........)))..))..)))))........(((...(((((......((((((((((((((((...))))).)))))).))))).(((((((....)))))))))))).)))......(((((........)))))..))))).)))))))(((...(((.....)))))).(((((((.....)))))))......(((((((((.........)))))))))..)))))))))))..)))))))....((((.(((((..(((.......)))))))).))))...))))))))))))).))))))))).))))))).((.((((((((((.....(((((((.(((((((.......))))))))))))))...)))))))))).))...(((((.(((((((..(((((...)))))..........))))))))))))....((((((((.............((((((((.(((.(((((((.((................)).)))))))..))).))))))))(((((.....)))))((((((((((((.(((((..((.............))..))))).)))..((((.....(((((((((((((((((.....(((...(((((.......))))).))))).))))).)))))))))).))))..))))))))).......))))))))))).....))))))))...)))))))))).......................((((((((((((.........(((((((((......)))))))))(((((.(((.(((((((((((((................(((((((.(.(((((((((((...((...(((...((..((((((((((.(((((((((((((((.((.(((((.............((((.((((.(((.(((((((.....)))))))......)))))))))))(((((.((((...)))))))))(((((((..((((..((.(((((((...((((........))))....))))))).))..)))))))))))(((.....)))....((((((.((.(((((((((.......))))))).)).)).)).))))...)).)))..)))))))))).))))))).)))..........)))))))..)).)))...)).)))))))))))).))))))).....(((((((((((...))))).......((((((.......))))))...)))))).....(((((((.(((((((((.((((((((((((((.......(((.((....))))).((((((.(((((((((((((..(((((((............)))))))....))))).))))))))))))))(((((((((.........((((((...................)))))).)))))))))((((((((((......(((((((((((((((((.((((((((((.(((....)))...))))..........((((..(((((((((......((((..(((...((((....))))..)))..))))....((((((((((((.((.((((.((((.....)))).)))).))...))))))))))))...(((((.......)))))...(((.(((..(((((...((((((.((((((..(((.....((((.......))))...))).))))))))))))..........(((.(((((..(((....((.((((.....))))))....))).((((((..((((((((.(((...))).))))).)))))))))....))))).))).......(((.(((..(((.(((....))).)))...))).)))((.((....)).)))))))..))).))).....................)))))))))..)))).)))))).)))))))))))).(((((.((((....(((((......))))).....)))))))))..)))))......))))))))))...((((((((.(((.((((((...(((((((.((((((((((((((((((...((....((((((((((((((..(((.....(((..((((((((((((((((.((.......)).))))))..(((((((((((...((((.((((((..((((((((((...............))).)))))))..)))))).))))..))))))))))).....((((((((.....)))))))).........))))))))))..)))...)))..)))))))...)))))))...))...))))))))))))))).))).))..........(((.((....)))))....)))))..))))))..))).))))))))......))))))))))...)))).)))))).))))))))))....))))))))))))).))).))))).))))))))))))........))..)))))).))).)))..)))))....))).)))))......((((.......)))).....(((....(((((((((((((..((((...........))))..(((((((....)))))))........(((........)))...)))))))))))))...)))(((((((((((((..((((....(((....((......)))))....)))).....)))))))))))))........)))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{(((((((.(((((.((..((((,.....))))...)).))))).)))))))||{,.{((((((,(((((((..(((((((((((((((((.((((((,((....))))))))..)))...)))).)))))))))).(((((.,.,,....))})).||||.,{{{{,.{{{.{{(((({((((((((((({.((((((((.((((......}.)))))))),...)))).}.)))))))))))..,,}((((((.......)))))).(((.(((.....))).)))...,{{{((({{,,{{{{{{,|{{{{{{{{{,,..}}}},}},.,,,}}))))))))))})}))))}..})))))),.,,,,|||||.........{{,...,||||((((((.......)))))).,||||||||{{{{..{||{,....||,,||}||{{{{{,..,,,{{(({.,,,.......,,,|(((((({((((((.....(((((......)))))..)))))).}))))))}.,|,{{{|||||{{({,,,,||||{{(({(({..{({{{{{{.|.,..(((((((.((((((.((({....................,.....,)))))))))).)))))))||}}}||||.,{{(((.{{{,,{{....)).......{{{{{(({...,,{|{..,|,.((({{(((.(((((((((.((((..(({.(((((((.(((((.........))))).)))......)))).})).......,((((((((.,....{({{(((,.{{{{((..{(((({,,((((.....)}}}.....(((((((.((({,...|,,.|{{({{.....,...,,...,,,,...})))).|{|||.,((,,(({,{{,,...,},..}}.,|||}|,((.....,,.}|.|||||,.....{||,|||||,||||||,..,||||,||}}||.},,|{,(((({{{...,))))))}.}},|})}}},,...(((((........))))),,))))).))))))}{((...(((.....)))))).(((((((.....)))))))......|{|||||||.....,,,,||}}}}}||{{||}|},|||}},,|}}}}))}..,||,{,,,|||}}|,,..}}}},},}))))}.)),}...))))))))))))).))))))))).))))))).||,{(((((((((.....(((((((.(((((((.......))))))))))))))...)))))))))|{|{{..{{|||,{(((({{.,{{{{,.,.|||,|,,.,...,,})))))))}}}}}}},,{(({({{{.............{(((((((.(((.(((((((.((..,.,{.......,..)).))))))}..))).}))))))},{,,,..,,,|||||(({(({{{{(((.(((((..{,.............}}..))))).)))..((((.....((((((((((((((({{.....(((...(((((.......))))).)))}}.)))))))))))))))).)))).})))))}}}}.......}|||||||.,,.....,}}}}})).,,)))))}}}}}.....,,,,}}},,,........((((((((((((.{{{{..,.(((((((((......))))))))),|,,,.(((.(((((((((((((...,,....,,{,,,.,,{((({|{.(((((((((((...((...(((...((.,((((((((((.(((((((((((((((.((,(((((.,...,..||.,,{(((,,,{{.((|.(((((((.....))))))).,}...|||},,,,,)){((({(({({...})))))))}(((((((..((((..((.(((((((...((((........))))....))))))).))..)))))))))))|{{,,...,||.,..{{{{{{.{{.{((((((((.......))))))).}}.)).)),,)))..,)).))).,))))))))))}})))))).}}}........,,))))))),,,}.)))...)).))))))))))),.})))))}.,...{((((((((((...))))).......((((((.......))))))...)))))}.....(((((((.(((((((((.((((((((((((((,......(({,((....))))).((((((.(((((((((((((,.(((((((.,..........)))))))....))))).)))))))))))))){((((((((.......,{({{{{{..........,,,......)))))}.))))))))|((((((((((,,....||{,(((((((((((((.(((((({{{{.(((,...}}}...}}}},......,.,{(({..(((((((({......((((..(((...((((....))))..)))..))))....((((((((((((.((.((((.((((,...,)))).)))).))...))))))))))))...(((((.......)))))...(((.((({.(((((...((((({,(((((({{(.,.....,{{,.......,}}}..}))..))))))))))))..,,,.....(((.(((((..(((....,,.((((.....)))),}....))).((((((..((((((((.(,,...,,,.))))).)))))))))....))))).)))..,},.,(((.(((..(((.(((....))).)))...))).)))|,.{{....}}.,,)))))}}))}.))).....................}))))))))..))}}.)))))).))))))))))))}((({{{{{{{.,,.{{(((,,,,..}}}||,||..}}))))))}..,}))),,,...)))))))))),..((((((((.(((.({(({(...((((({,{((((((((((((((((((...((.,{.((((((((((((((..(((.,,,.((({,({((({{(((({,,...,,,}||,,,.}|}))}}},,{((((((((((.,.{(((.((((((..((((((((((.{{,{....,,.}}.))),}))))))..)))))).))))..))))))))))}.....{{((({{(,,,,,}}))})),...,,,,||||}}})))))..}}}...)))..)))))))...)))))))},.))...))))))))))))))).||}.||,...,,,,..,||,,,,...,,.))}}..)))))..))})),,.))).))))))))....,.))))))))))...)))).)))))).))))))))))....))))))))))))).))).)))),.)))))))))))).,)))}}}},....,))),})}})},..}}}}},}}}}.((((({...,((.((((.......}}}).,.}},||,.}))))),,.,,,{{||,{{{,..,,,,...........{((((((....})))))}.,.,,{{.{{{,,.....{|||,....}))))))},))}))}))|||{{{{|{{|||..,|||,|||||,.,},}}},...})}}}},...,)))}}...}||}}}}}}}}},.....,,.}}}))).....,)}}....
Back