Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001286842.1
Sequence Length
3547 nt
GC Content
0.5591
GAGGGCGGGGCCUCGGGGGGCGGGCCCGGAAGGUUAGACCUUGGGGCGAGGCCUCGGGAGGCGGGCCUGGCGGGUUGCGACCGCCCAAGCAGGGCCCCAGGGAGAUGGUACCUGCGGAUGCUGCAAUGUUACCGGUGCAGGCAGUGGUUCCACGAGGCCUGCACCCAGUGCCUCAAUGAGCCCAUGAUGUUUGGAGACCGGUUUUACCUGUUCUUCUGCUCCGUGUGUAACCAGGGCCCAGAGUACAUCGAGAGGCUGCCCCUGCGAUGGGUGGAUGUGGUUCACCUGGCCCUCUAUAAUCUGGGGGUACAGAGCAAGAAGAAGUACUUUGACUUUGAGGAGAUUCUGGCCUUUGUCAACCACCACUGGGAGCUCCUGCAGCUUGGCAAGCUCACCAGCACCCCAGUGACAGAUCGAGGACCACAUCUCCUCAACGCUCUGAACAGUUAUAAAAGCCGGUUCCUCUGCGGCAAGGAGAUCAAGAAGAAGAAGUGCAUCUUCCGCCUGCGCAUCCGCGUCCCACCCAACCCGCCAGGGAAGCUGCUGCCUGACAAAGGACUGCUGCCAAAUGAGAACAGCGCCUCCUCUGAGCUGCGUAAGAGAGGAAAGAGCAAGCCUGGUUUGUUGCCUCACGAAUUCCAGCAGCAGAAAAGGCGAGUUUAUAGAAGAAAAAGAUCAAAGUUUUUGCUGGAAGAUGCUAUUCCCAGUAGUGACUUCACCUCAGCCUGGAGCACCAACCACCACCUGGCUAGCAUAUUUGACUUCACGCUGGAUGAAAUUCAAAGUUUAAAAAGUGCCAGCUCAGGCCAGACCUUCUUCUCAGAUGUCGACUCCACCGACGCUGCCAGCACCUCUGGCUCUGCCUCCACCAGCCUCUCCUAUGACUCCAGAUGGACAGUGGGCAGCCGAAAGAGGAAGCUGGCAGCCAAGGCAUACAUGCCCCUGCGGGCAAAGCGGUGGGCAGCUGAGCUGGAUGGACGCUGCCCCUCGGACAGCAGUGCAGAGGGGGCUUCAGUCCCCGAGCGGCCAGACGAAGGCAUUGACAGCCACACAUUUGAGAGCAUCAGUGAAGAUGACUCAUCCCUGUCCCACCUCAAGUCAUCUAUCACCAACUACUUUGGUGCAGCUGGGCGGUUGGCCUGUGGGGAGAAGUACCAGGUGUUGGCUCGGAGGGUCACACCUGAGGGCAAGGUUCAGUACCUGGUGGAGUGGGAAGGGACCACCCCUUACUGACUAGCCCCCGGGGGUGCCAGGGGUCCUGAAAACCAAAGGAGGAGCAGCAGAAGCCAUAGGCUCCCCAGCUUUCUCCAGGCUGGGGUGGGAGAAGGAAGCAGGACAGAGCUGCAAGUGCCUGGCAGAAUGCCCUGCCUGCCUGCCUGCCAGGCCAAGGCCUGCGUCUCUCUGCUGUACCAGCUCUGUUCCAGGGCCUCCUCAGGCUCGUUACCCCUGUGCCUGUGUCUCUACACACUCCACACCCCCUCAAACUCUGUUUAUCUGUUCUCUGACCUUGUGUCCCCUGCGCUGGGACCCUUCCUCCUGAGGCCCAGGUCUUUGUCCCCAGUUGUGUGCCUUGACCUCUCUCGCCCCUUUCUGGGUGUGUUCGCACAUCCUGUGUGUGCACAGCUGUCCCUCCACUGGAUCCCCUUCACACGUGACCCGUGGGGCAGCCAGUCCUCCCAGGGACUACAUAACAGGCACCUUUGAGAGAGCAUGGGAGAAGGUGGAUAAGAGGAUGCUGCUCAGUGCUUUUCUCUUCCACUUUCCUGCCACUCCCCACUACCCUCGGAGAGAGGUGGUGGGAUGGGAGAGAGCCCCUGUGAAAGCCUGUGAGGAUCUGAAGAGUAAAGGGCUGGGUCUGCCUCAGAAGGCACCAGCACCAGGGCCCAGGUAUUAAGGCUGAGAGUGAAGGCUGCCAAUGUCAGCUUUGGAGGUCCCAGAAGUCUUCUGUUCUCUGGCCUCACCCCCUCAGUCGCCAUAGAGCUGGGCCUGGCCUUGCUGGAAUGGAGGCAUCCUUCCAAACCUGGGGGACGGGGGUGGGGGGUGGUAGUGGUGGGAGGGAAACCAUGUCUUGCUAAACCUGUUUCUGGUGCCUCCCAUCCCCAGACCCACCAGACACCACACAGCAGACAAUACACACCCACUCGCACAAGCUUCCAUCCACAUGUGUUGUACUUUCAGCUCUAGGCAUGCAGACAACCCCACACGGCCACACCACCACAUGCCCAAGUGUACACACACAGAGCCACACCGUCCCUCUGGGCCUGCUGGCUCCUCCCUUGGCUUUCCCUUGGCCCACUUCCAGGGCCCAGGUGCUGCAACUAAAUGUGAAAGCUCAGUGGCCGCUCCUUCUUUCAGCCCAUCAACCAGCAUUGGUCCCAUAGGGAAGCACAGGGGACUCACCCUCUUUCAUAUCCCUUGCCCUGCCCUGAAAUGGACAAUCACUUUUUGGGAUAGGUUGAAAUUUUUAAAGAGCCUGCAUCAUUUGGUUCCCUCAAAGGGAAGCCCUUGCCAGUGGGGGUUUGAAAGAGAAUUUUUGGAACCAACAUUCAAAUUCUGCCUCAUCUGGAGGGAAACCAAAAUUGGGAGGGGGAAGAGGACCCCUGAUGUUUUGCUGCUUCCAGAGAUAUUAGAAACUGACUCACUUGAUUGGAAAAUGGACAAAAGUGCCUUGACGUGGAGGGUGGGCACCAGAUGGGGACCAGCCUUGCCAACUGCUGCUGUGGCCUCCAGCUUGGCUGGUUUUGCAGGCCGCCAGCAGGAAGGCGAAGGUGGUAGUACAGCAAGAGGCACUGGCGGGGCAGCAGGCCUGCAGGAGCUGUUUUUCCAUUGCUAGGCCUGACCCCUCUCUACCUGUGAGCGUUCAGGGGGUCCCUGAGAUAGUUUAGAUGCCCCCCCAUCUUAGACCUCAGCUCCCACAGUGCCUUUUAAGGGGGACCUCACCUCCUGUGCACAGCCCACCCACUUUCCUCUGCUUCCCUGGCACAGCCCAGGCAUAGACGAGCUGGCGUUGGACCCAGUUCUUCCCCCUUUUCAGCCCCACAGCUGCUGCCACAGGGGCCAACUAGGGCCAGGUGGAAGGGGAGCUGAGAAGCCAACCCCUAGCCCAGGGGUGCUGUGGGAACUGGGAUCCAAUUUGUAGCUUCCUGCCUGGCUUCAGAGAGCCCAGCAACCUUCUAGGCCUGCUUUCCAGACUUCUGAGAUAGCCUGGGAUGAGCAAUCCUGUUAUAGUACAUCUGGACCUUCCCUACCUGGGCUCUGGGGAGGCUGUGGGCCUGGAGAGGGAAAAGGAGGGAGGGGGUGUCUGCACCACCUGGGAAGAUAGCACAAGGCCUAAUGAGGUCACCCUGACUCCCCACCCCAGCAUUUCAUUCAUACCAGAUAAUAGCUGCAUUACUGCCAACUGACCUUAUAACCCUCUGCACCUUCAAAAAGAUUCAUGGUUUUUAAUUGCUGCUUUUAAUAACAUUUGUUAAAGUUAUAAUUAAUGUGUCUGAUUUAUGAUUUAAAACCUCCCUUUGAACAAUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1411.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1471.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 759.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((......))))((((((.((((((....(((((.((..(((((((((((((.(((..(((((((((((((.......)))))...(((((...(((......)))..)))))(((.(((((..(((.......))).)))))...)))...)))))))).))))).))))).(((....))).......(((((.(((......))).))))).)))))).)).))))).))))))........(((...(((((((((((((.(((((((((((((........((((((........)))))).(((.((..(((((.(((((((..((((((((((((..(((((((.(((......(((((((.(((..((.(((((...)))))))..)))..)))))))...))).)))).))).))))))))..(((...((((.(((.....)))..))))....))).............))))..))))))).))))).))))).....)))))).)))))))...)).)))))...((((..(((.....)))(((((((((....(((..((((((((((.((.((((((....((((((((.((((..((((..((((((((.............))))))))..))))..)))).................(((((.(((((((..((......))))))))).))))).........((((..............(((((((.((((.((((((((.....(((((...))))))))))..))).)))).))).))))))))...))))))))...........((((((..(((((((((.(((((..(.(((((..(((...(((((...........))).))...))))))))..)..)))))..)))))))))...........(((((....)))))...)))))))))))).))..))).)).)))))...))))).))))))))))).((((((....))))))..))))))...))).(((.......)))......(((((((((.((((((((((((((..................)))))))).))))..........(((((((..(((((((((((..((((((((......(((((((.(((((...))))))))))))..(((((((((.....(((((.(((((.(((((((.....))))).)).)))..)).)))))(((..((((...))))...))).((((.((((.((((((((((...)))).((((((((.....))))))))(((((((.(((..((((((((((((((...((((..((((((((((...(((((((((.....)))))..))))..))))...)))))))))))))))))))....((((((....))))))......))))).)))((((....)))).)))).)))..................))))))))))..))))(.((((((....((((..(((.((((((....(.(.((((.(((((((((((((..(((((((..(((((((((.(((.....)))(((((.((((((...)))))).)))))((((((((.((((((((......)).)).)))....).)))))))).((((((....))))))......(((((..((((((((..(((.(((((((((((((..((((((.((........))))))))..))))))))).........((((((((((((...))).)))))))))(((((((((((((((((((....((((((.(((((...(((((.(((((..(((..(((((....)))))(((((((((((.(((((.(.....(((((((....((((((((....).))))))).((((((..((((........))))..)))))).....))))))).......).))))))))))...))))))..((((((....))))))..((.(((((((((..((((.((((((.(((.(((.(((((......(((((.(((......((.(((((((..((.........))..))))))).)).....))))))))........)).))).)))..))).))))))...((((((((((.....(((...((((((.........((....))...........))))))..)))))))).)))))...)))).))))))))).))(((....)))))).))))).))))).(((.(((((.......))))).)))(((((..........((((((...(((....)))....))))))..........)))))..)))))))))))....)))))))).)))....)))))))).)))).)))((((.(((((((.(........).))))))).)))).......)))))))).))))).....((((((((((((..(((((.((.......((((..(((((.(((((...))))).)))))..))))........)).)).))).))))).)))))))..)))))))))...))))....(((((((((..(((....)))))))))))).........)))..)))))).....)))))))...)))).).)..)))))).)))..))))..)))))))))))))))).(((((((((.(.((((((.(((.(((.(((((...))))))))))).)).)))).).))))))))).....(((((((((((..((((...((((((((((((((......))))..))).))))))).))))......((((........))))(((...(((((...(((((((((......)))).))))))))))..))).))))))))))).((((.(((((((...(((((((......(((((.(((((((((.....(((((......)))))....((.(((((((.((...))))))))).)).((((((((((.((((((((..((.((.(((((.(((..(((((((((((((((((((..((..(((((((((((((.....))))))...((((((((((.((......)).))).))))))).)))))))..))..))......)))))((((..((((((((((.((........)).)))))..)))))..))))........))))))).....)))))..))).))))))).)))))))))).))))))))))....))))))))))))))(((...((....))..)))..)))).))).....))))))).))))..))))))))..(((((((((..........)).))).)))).......)))))))).........))).))))))).....(((((((...)))))))...)).)))))))))..(((((.((((......)))).)))))(((........)))......))))))(((((....)))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((.(({(((((.,((({(..((((.{{((((...))))).))))..,}))))..))))),,,(((((((({{{{...},|||{.....)))),},,(((,..,{{.,,.{((((((((,{{{..,.,,,.(((((((((.{((....}}),..))))))))){{||{{{{{..,|||{{|,||{,{{.,(({({(((((((({.(((({{{((((..((.((.....,)).))..)))),..{((((,|.((....||}}.))))|(((((((..,|)))))}..((((((........)))))).|(({((..{,{{{,((.,|||.,|||(((((((((..(((((((.(((......(((((((.(((..((.(((({...)))))))..)))..)))))))...))).)))).))).))))))))),.)}))})})))).,...,}))))))))}},,,}||||..||||,,{,...,|..|,.,}},,))))).})})))))))))))))}))}})))}))))))))),..((((((.(((.....)))(((((((((....(((..((((((((((.((.((((((....((((((((.((((..((((..((((((((.............))))))))..))))..))))..............,..{{(((.{((((((,,{,.....,)}))))))).))))),....,....{{{.,..,.........(((((((.((((.((((((((.....(((({...}))))))))).,)),.)))).))).))))...,...))))))))...........((((((.,(((((((((.((((({{(.{((({.,(((...(((((...........))).))...))))))))}},..)))))..)))))))))...,.......(((((....)))))..,)))))))))))).))..))).)).)))))...))))).))))))).....((((((....)))))).)))))){{{{{...(((.,.....))}......{((((((((.({((((((((((((......||........,,)))))))).))}}..........(((((((..(((((((((((..((((((((......((((((,,(((((...)))))))))))).,(((((((({.....(((((.(((((.(((((((.....))))).)).)))..}),)))))(((..((((...))))...})).{(((.((((.((((((((((...)))),{(((((((.....)))))))||{(((((.{((..((((((((((((((...((((..((((((((((...(((((((((.....)))))..))))..))))...)))))))))))))))))))..,.{{{|{|,,..})))))......))))},))|((((....)))),)))).)))}},...,,,,...},,,.))))))))))..)))){.((((((....((((..(((.((((((...,{.{.(((({((((((((((((({.(((((((..(((((((({,(((.....)))(((((.((((({...}))))).)))))((((((((.{(((((((......)).)).)))....).)))))))).((((((....))))))......(((((..(((((((({.(((.(((((((((((((..((((((.((........))}})))),,))))))))),|.{{{...((((((((((((...))).))))))))){|||{||{(((((((((((....((((((.(((((,{..(,((.,{((({{(({..{((((....))))}(((((((((((((((((.(.....(((((((.{.,((((((({....}.))))))).(((({(.,((((........}))),,)))))).,.,.))))))).......}.))))))))))...))))))..((((((....))))))..{{.(((((((((..((((,((((((.(((.(((.(((((......(((({{(((......((.(((((((..((.........))..))))))).)).....)))))))).......,)).))).)))..))).)))))).,.((((((((((.....(((...((((((..,......({....))...........))))))..)))))))).))))}...)))).))))))))).)){{{....)))}),.||||},||||||(((.(((((.......))))).))),{{{{.........,||||||}..||,}}..,,,....},})))}}}}.....,),,))..)))))))))))....)))))))).)))...,}}}}}}}}.)))).)))(((({((,((((.(,.....}.},))),))).))))......,)))))))).))))).....{(((((((((((.,((((,.,|},}|..,(({{,,((({{.(({{{,..|}}}|,}}}})..})))},,.,,},}),)).,}}})))))}}}))))}..,))))))))...))))....(((((((({,.{{{....)))))))))))).........))).,)))))).....))))))),).)))).}.)..)))))).)))..))))..))))))}})))))))).(((((((((.{.((((((.((,,(((.((((,...})))))))))).)),,))).}.))))))))).....(((((((((((..(((({..((((((((((((({......})))..))).))))))){{(((,({..,{,,..,}}.,,..}))))}},.,((((...(((((((((......))))},)))))))))))))}.))))))))))).((((.(((((((...(((((((.,,{..(((((.(((((((((..{{.(((((,...,.)))))....({.(((((((.({...})))))))).}}.((((((((((.((((((((,.{(.((.(((((.(((..(((((((((((({{(((((.,((..{{((({{((((((.....)))))),,.((((((((((.((......)).))).))))))).}))))})..}),,))).,,..}}}}}((((..((((((((((.((........)).)))))}.,))))..))))........))))))).....)))))..))).))))))).)))))))))).)))))))))),,..)))))))))))))),||},.((....)),.,,,..))))}})).....))))))).))))..))))))))..((((,{{,...,,......)).}},.)))).......)))))))).........))).))))))).....||||{{...,}))},}|.,,}}.)))))))}|,,(({{{.||||,.,,..)))).)))))))))).|,,|.....},,..}},)))|{(({....}))}....................
Back