Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001287005.2
Sequence Length
1310 nt
GC Content
0.5771
ACUCCCCUGGCAGACCCCGCCAAGCGCCUCGGAGCGCGCAGGAUGCGCUGGGCGGCCGCCACCCUCCGUGGCAAGGCGAGGCCCCGGGGGCGGGCCGGGGUCACCACGCCUGCCCCAGGGAACCGCACAGACGGUACUCACCCUUCUUGCGAUGAUGUGAGAUGAUAAAAUGCCUACAUGAUGAGAUGAAGUGAGAUGAAAAACAUAGGCCUUGUGAUGGAAUGGGAAAUUCCAGAGAUAAUUUGCACGUGCGCUAAGCUGCGGCUACCCCCGCAAGCAACCUUCCAAGUCCUUCGUGGCAAUGGUGCUUCCGUGGGGACCGUGCUCAUGUUCCGCUGCCCCUCCAACCACCAGAUGGUGGGGUCUGGGCUCCUCACCUGCACCUGGAAGGGGAGCAUCGCUGAGUGGUCUUCAGGGUCCCCAGUGUGCAAACUGGUGCCACCACACGAGACCUUUGGCUUCAAGGUGGCCGUGAUCGCCUCCAUUGUGAGCUGUGCCAUCAUCCUGCUCAUGUCCAUGGCCUUCCUCACCUGCUGCCUCCUCAAGUGCGUGAAGAAGAGCAAGCGGCGGCGCUCCAACAGGUCAGCCCAGCUGUGGUCCCAGCUGAAAGAUGAGGACUUGGAGACGGUGCAGGCCGCAUACCUUGGCCUCAAGCACUUCAACAAACCCGUGAGCGGGCCCAGCCAGGCGCACGACAACCACAGCUUCACCACAGACCAUGGUGAGAGCACCAGCAAGCUGGCCAGUGUGACCCGCAGCGUGGACAAGGACCCUGGGAUCCCCAGAGCUCUAAGCCUCAGUGGCUCCUCCAGCUCACCCCAAGCCCAGGUGAUGGUGCACAUGGCAAACCCCAGACAGCCCCUGCCUGCCUCUGGGCUGGCCACAGGAAUGCCACAACAGCCCGCAGCAUAUGCCCUAGGGUGACCACGCAGUGAGGCUGGUGCCCAUGCUCCACACUGGGAGGCCAGGCUGACCCCACCAGCCAGUCAGCUACAACUCCACAUCAACUCCACAUGCGCCCAGCUCGAGACUGAUGAGUGGAAUCAGCUUCCAGGUGUAGGGACCCCUUGAGGGGCCGAGCUGACAUCCAAGGCUGAGGACCCCAGUGGGGAGUGUUCUGUUCCGGCAUAUCCUGGCCGUAACGAUUUUUAUAGUUAUGGACUACUUGAAACCACUACUGAGGGUAAUUUACUAGCUGUGGCCUCCCACUAACUAGCAUUCCUUUAAAGAGACUGGGAAAUGUUUUAAGCAAAUCUAGUUUUGUAUAAUAAAAUAAGAAAAUAGCAAUAAACUUCUUUUCAGCAACUACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-487.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -510.14
Frequency: 0.0000
Diversity: 445.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((...(((((..((..((((...(((.(((((.(((((((..((((((((.(...((((((((((((.(((((((.....(((.(((((((((..((....))..))))))))).))).((((......)))).(((((...((((...((.(((((.(((......)).).))))).))))))....)))))(((.....)))..))))))).)))))..)))......((((.....))))...(((((((((((.((((...((((((.(((((.(((((((.(.....).))).)).))))))).)).)))).)))))))..(((((((((((........(((((....)))))((.((((((((((((((((.(((((.....(((((.((((((..((.(((((..(((..(((((......))))).)))..(((.((........(((....((((((..(.((..(((.....(((((((.(((....)))...))))))).....)))..)))))))))...)))........)).)))..))))).))..)))))).)))))..))))))))..((((((......))))))........((..(((..((.(((((((((((.......))))))...)))))))..)))..))))))).)))))))))).(((((((..........(((((((((.......)))))).))).((((....))))...))))).)).)))))).))))).....((((((.......(((((...((((.....)))).....)))))........))))))...)))))))).))))...)))))).).)).)))))..))))))))))))))....))..)))))((.((((((((.((....(((....)))......)).))).))))).))...(((((......(((((((((((((((.......)))))...((((((....(((((((((.(((.....((.....))..)))..))))..))))).(((((((...(((((((((.((((....))))))...)).)))))..)))))))..(((((((((((((((((((((((.((((........)))).))))..............)))).))).....)).)))))).)))).......))))))))))))))))......))))).........))).(((((((..((((...((...(((.(((((((...))))))).))).....))...))))...)))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{{{{{,,,((((((((((((.({{(...,|,|,{{{{{,,.||}}}.(((((((.(((((.....)))))...((((((((((.(((((((((.,((....)).,))))))))).))).((((......)))).(((((.,,(({{...((.(((((.{((......)).,,))))).))},}}.)},))))),{{.....}}}.,)))))))..|(((((.....)))))},.{{..{{..(((((,{(((...,,.||||,..{((((({(((({,(({{(((.(.....).))).}}.))))))).,),)))).,)))))..}},,}},))))))),.,}..,,......))))))))))))(((((((((((((((((((((((.(((((.((((((..((,(({((.{((({,(((((......))))).|||{{{,{,,(,{,{{...{||..|,{||||||,{{{,..{{{.....{((((((.({{....|},...)))))}|{,{|||||{,||.||||,||{{}},......,))}.)))}.))))},)}.,|}|}||.|}|}}..,.(((((((,,(((((,{{{{{||}||,.....,}.||,.(((..((.(((((((((((.......))))))...)))))))..)))..,|({({(({((({{{|||.{||{|||}.....,,,,||(((((((.......)))))),,||.{{{|,..,)))),,.))))).))|||.{|||||}}}.,,|{((((((.......(((((...||{{,..,,||||,,,..}||}|,..,...{|,||||||.,|||||,..{((,....,|}|,...||,,.})}})),.},))))}}})}...}|},..}))}}..,,||||{{{,,...}))}}},))))}.)))))),))).)))))).)))).,)))}}}},||||}.}})},|||||||,,,..,{,,|,|||||||.....{{{{({{{{.{{{.....({.....)),.}}).,))})}.})))}.,,..)))))))))))))).......)))))))))..{(({...,,,..}|||||}}|{{||||||||||||{{,,{({{.{(({.....,,|||||{|||........,,||}}}}).},,...,...}}.}},}||{|||,,,,...((((.,((((....))))...)))),}}|}}}},,..,,,.{{||||,.,(({{...((,..{({.(((((({...})))))).})}.....}}...}}}}.,.})})))),.......
Back