Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001287597.2
Sequence Length
2501 nt
GC Content
0.5994
GGUAAUAGGAUUGUGGCUUCCCUCUAAGGCGGCCACACGGGCAUGGCCGUGGGGCUGGCGACUGGUGUUUAGCAACUCCGACCACCUGCCUGCUGAGGGGCUAGAGCCCUCAGCCCAGACCCUGUGCCCCCGGCCGGGCUCUCAUGCGUGGAAUGGUGCUGUGCCCCUUGCCAGCAGGCCAGGCUCACCAUGGUGCCGCAUGCCAUCUUGGCACGGGGGAGGGACGUGUGCAGGCGGAAUGGACUCCUCAUCCUGUCUGUGCUGUCUGUCAUCGUGGGCUGCCUCCUCGGCUUCUUCUUGAGGACCCGGCGCCUCUCACCACAGGAAAUUAGUUACUUCCAGUUCCCUGGAGAGCUCCUGAUGAGGAUGCUGAAGAUGAUGAUCCUGCCACUGGUGGUCUCCAGGAACAUGUUCCCAGCCAACCUAGUAGAAGCCACAUUCAAACAGUACCGCACCAAGACCACCCCAGUUGUCAAGUCCCCCAAGGUGGCACCAGAGGAGGCCCCUCCUCGGCGGAUCCUCAUCUACGGGGUCCAGGAGGAGAAUGGCUCCCAUGUGCAGAACUUCGCCCUGGACCUGACCCCGCCGCCCGAGGUCGUUUACAAGUCAGAGCCGGGCACCAGCGAUGGCAUGAAUGUGCUGGGCAUCGUCUUCUUCUCUGCCACCAUGGGCAUCAUGCUGGGCCGCAUGGGUGACAGCGGGGCCCCCCUGGUCAGCUUCUGCCAGUGCCUCAAUGAGUCGGUCAUGAAGAUCGUGGCGGUGGCUGUGUGGUAUUUCCCCUUCGGCAUUGUGUUCCUCAUUGCGGGUAAGAUCCUGGAGAUGGACGACCCCAGGGCCGUCGGCAAGAAGCUGGGCUUCUACUCAGUCACCGUGGUGUGCGGGCUGGUGCUCCACGGGCUCUUUAUCCUGCCCCUGCUCUACUUCUUCAUCACCAAGAAGAAUCCCAUCGUCUUCAUCCGUGGCAUCCUGCAGGCUCUGCUCAUCGCGCUGGCCACCUCCUCCAGCUCAGCCACACUGCCCAUCACCUUCAAGUGCCUGCUGGAGAACAACCACAUCGACCGGCGCAUCGCUCGCUUCGUGCUGCCCGUGGGUGCCACCAUCAACAUGGACGGCACUGCGCUCUACGAGGCUGUGGCCGCCAUCUUCAUCGCCCAGGUCAACAACUACGAGCUGGACUUUGGCCAGAUCAUCACCAUCAGUAUCACAGCCACUGCAGCCAGCAUUGGGGCAGCUGGCAUCCCCCAGGCCGGCCUCGUCACCAUGGUCAUCGUGCUCACCUCCGUGGGACUGCCCACCGAUGACAUCACCCUCAUCAUUGCCGUUGACUGGGCUCUGGACCGUUUCCGCACCAUGAUUAACGUGCUGGGUGAUGCGCUGGCAGCGGGGAUCAUGGCCCAUAUAUGUCGGAAGGAUUUUGCCCGGGACACAGGCACCGAGACCUGUUUCCCUUCACCAGAAACUGCUGCCCUGCGAGACCAAGCCAGUGAGCCUCCAGGAGAUCGUGGCAGCCCAGCAGAAUGGCUGUGUGAAGAGUGUAGCCGAGGCCUCCGAGCUCACCCUGGGCCCCACCUGCCCCCACCACGUCCCCGUUCAAGUGGAGCAGGAUGAGGAGCUGCCCGCUGCGAGUCUGAACCACUGCACCAUCCAGAUCAGUGAGCUGGAGACCAAUGUCUGAGCCUGCGGAGCUGCAGGGGCAGGCGAGGCCUCCAGGGGCAGGGUCCUGAGGCAGGAACUCGACUCUCCAACCCUCCUGAGCAGCCGGCAGGGGCCAGGAUCACACAUUCUUCUCACCCUUGAGAGGCUGGAAUUAACCCCGCUUGACGGAAAAUGUAUCUCAGAGAAGGGAAAGGCUGCAUGGGGGAGCCCCAUCUAGGGAGUGAUGGGCCCGGCAUUGCCUGAGGCCCCGCUGUGACAGUUUCCCCGGUGUGAGCCCGGUGAGGGCGGCAGGCAGGGGUUAUCCGGCCCCACUUUCUGGAUGACAGACUUGAGGCUCUGAGAGCUGAAAACACUUGUCCAAGGUCUCACGUUAAGGUCAAGACACUAACUCAAAUCUUUCAAGCCCCGCCUCUCCUCUUGGAGGACAGGGCAGCCUGCAGCUGUGUCCAGGCCCAGGCCCCACCCCAUAACAGGUGGCCUCAGCCACACAGUUCUCCCCAAGGGGAGCAGCCCAGGGCCAAGCCCCGCUGCCUUCCCCAGGCCACAGUGCGUCCAGUCUCCUGUCCUGCCACGUGUCUUUUGCAAAGCUCCUUGGAUGUGGAGACAGAUGUCUUUACUAGAGCUGAAAGGCCCCCUUGACACAUCCAGGCCAACCUCCCAUGGAAUAGGUAGGCAAGCCAGGACUCCGGGAAGGAGGUGCAGCCAGGAUGCUCUGGUGGAGCUGCCGAUGGGGCCCUGGUGUCAGAACUCCCCAAAGGCCUGUGCGUCCAAGUGGAGUCAGGUUUUCUAUUCCUUUCUGUGUUUGCAAAUUCAGUGUUAACUAAAUAAAGGUAUUUUGUUUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1008.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1048.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 851.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((((((.(((((((.((......)).)))))))..(((.((((((((((((.((((.((((((.........((((((...(((...((((((((.......)))))))).))).(((((((((...(((..(((.(.((((.((((..((((((((.((.....))))))..))))..).)))))))).)))....))).....)))))))))((.(((((.((((((((((.((((.....)))).))))))))))))))).))...(((((((((((((((((.......)))))))...)))....((((...(((((.....(((.((.((((....)))))))))))))).))))((((((((.(.((((((((..((((.((((((((....((((....))))(((((.((..((((((((((..........((((((((((...(((((((((.(((((((.....((((..(((((.(((((((((....))))))(((((..((........))((((((((.((((....((........))....))))..)))))))).....)))))(((((.(((.((....(((...(((((.(((((((((....)).))...))))).))).)).....)))....)).))).))))).......)))))))).)))))))))))))))......)))))((((.((((((....((..((((.....))))..))....)))))).)))))))))))))).......((((.(((.(((..(((((.((((......))))..)))))..)))..))).)))).((((.....))))))))))))))..))...(((((.((((((((((((((.((((((((..........((.(((((.....((((((........))))))..(((.((........)))))......)))))....)).....(((((((.......(((((((..((...((((..............)))).)))))))))..............)))))))...((.((...)).)).))))))))))))).((((....))))..))).)))))).))))).))))).))))))))..........((((.((.........)).))))....))))..)))))))).).))))))))...((((((((..(((....))).)))).))))((((((...((((((..(((((((...(((((((...........(((((....))))))))))))...............((((((((((((((...(((.....))))).))).).)))))).))..))))))).))))))...))))))...)))))))....)))))).((......)).((((.(((((........))))).))))..))))))....)))))))))))).).))).)))((.((((...((((((((((((((((..(((.(((.((((((((.(((..((((.((.((((((.((........((((((((.(((((((..((((.(((....)))....)))).))))).)).((((((((..((((((((((((...........((((((((..((((..((((((.((..((((((..((((((....))))))..)))))).)).)))))).((.((((((..(((.......))))))))))).....(((((.((..((....)).)))))))...........(((((....)))))(((((((..((((((((((((.((..........((((.(...(((((..((((((((((((.((((((((........)))))....(((...)))...)))))).))))).)))))))))...).))))(((.....))))).))))).)))))))))))))).)))).)))))))).)))))))(.((((.((((((.(((.....((((.((((.((...)).))..)).))))........)))...)))))))))).).(((.(((((...))))).))))))))..)))))....))).))))))))...............)).)))))).)).))))..)))...((..((((((((((...((((...)))).)))))..))))).)).))))).....))).))).)))..)))))))).))))))))....))))))((((((((..((.....((((((.(.......)))))))....))..)))))))).(((.((((((...)))...))).))).((((..(((((((....(((.((((((.......(((((...))))).(((..(((((..(((....)))....)))))..))))))))).)))...))))))).))))))))))))).......(((.(((.......))).))).(((((((.....)))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((((((,(((((((.,(,....|)).))))))}.,(((.((((((((((((.((({.((((((....,,{||{{{((({.,(((,,.((((((((,,....,)))))))).|||.((((({(((...{((,|(((.{,((((.((((..((((((((.((,,,..|}})))..|)}).,}.}}}}}}}}.)))....))).....))))}))))((.(((((.((((((((((.((((.....}))).))))))))))))))).))...,|(((({((((((((((.......}))))))...)))|||.((((...(((({.....(((.,{{((((....)))))))))))))).))))((((((((.(.((((((((,.((({.((((((((....((({....}))){((((.,,..((((((((((...,,,....{(((((((((...(((((((((.(((((((.....((((..(((((.(((((((((....)))))}(((((..,.........}|((((((((.((((....((........))....))))..))))))))},,..)))))(((((.({(.{{....{{{...(((((.(((((((((....)).))...))))).))).)),,}},)))....)),))).)))))...,,,,}))))))).)))))))))))))))......)))))((((.((((((|.,{{({.{(((.....))))},.).,}.)))))).)))))))))))))}...{{..((((.,((,{,({,{{{{{.((((......)))).,)},))},}}},.))},)))).{||{..,,,}})))))))))))).,),...(((((.(((((((({({{{|.||||((((.......,,,||||,{{{.....((((((........)))))}..{{{,{(,.......,||||{,,{{.{{|({{,{.{{.....{{(((((,,.....(((((((..{(...({{{..............}))).)})))))))............}.}}||}|}..,{{.,(,..||,)}.}}}}}}}}|||||,{{{{....)))).,))),)))))).})))),))))).)))))))}........,.((((.((.........)).)))).,..})))..)))))))).}.))))))))...((((((((..(({....})).)))).)))),{{|{||..||||||..||{{{{{,||({({{{{,{{,....,,.(((((....))))),}|||||,,,,,,,,,,,,...(((((((({{(({{...(((.....))))}.))).}.)))})).)).}))))))).)))))),}.))))}},,,})}}}}}....))})),.||...,,}},.((((.(((((,.....,.))))).))))..}}))))...,}))))))}}))).}.))}.))).|,(({{.,.{{{({{{{{{{{{{{{..(({.{{{.{{{|{|{|,||{,.{{({.((.({((((,{{,.{|,,..{{{|||{(,({(((((..((((.(((....)))....)))).))))).)).|}{{{{||,,|{{{{{{{({{{.....{{{...{,{{{{|{..{|||.,|{{{((.({..{{{{{{,,|{{{{|,...})))))..)))))).)).)))))){{{,|{(({{{{(,{,},|},.)}),,}})}},..,||(((((,({,,{{,.,,||||}}}|||.........,,{((({....)))))|||||{{..{{{{(((({{{{.{|,.....,,.,|{(|.....)))|..{{(((((({(((({({(((.....}}}{(({..((((({(((...))).}.))))))})),,..,,)})))))}.}))),}|||{,,,,.)))),,))))),))))))}})))))),))),.}|||}}|}.}}|},||,|((({,((((({{({,.....,{{|,{,.|}{|}},},,||..}},,,}},,..,..,,}}...}}}}},,|||{,{({{{((({{..|))))|||))))}})}})}}|||{|{|,,.|||},|||{,,,,,,........)),)))))}.)),)))),,))},,|{|..{|||||{{||...{|||,..)))).))))),})}}},.)),))))),....}}}.))).)))..)))))}}}.}}}}}}}}.,..}}}}|{((((((((,,((,.,..|||||{.{....,.,,}}})))....}}..))))))))}|{{.{{{{{{,,,|||,.||||,||}{((((..(((((((....(((.(((((({{.{{..{{{{|,,.})))).{||..(((((..(((....)))....)))))..))))))))).)))...))))))).)))))))))}})),,}|||,|{|,|||,}..,,,|},.,||.,{{{{{|,..,}))}))}.....
Back