Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001288611.2
Sequence Length
1438 nt
GC Content
0.5007
AGCGGCGGCUCCUGCAGCGGUGGUCGGCUGUUGGGUGUGGAGUUUCCCAGCGCCCCUCGGGUCCGACCCUUUGAGCGUUCUGCUCCGGCGCCAGCCUACCUCGCUCCUCGGCGCCAUGACCACAACCACCACCUUCAAGGGAGUCGACCCCAACAGCAGGAAUAGCUCCCGAGUUUUGCGGCCUCCAGGUGGUGGAUCCAAUUUUUCAUUAGGUUUUGAUGAACCAACAGAACAACCUGUGAGGAAGAACAAAAUGGCCUCUAAUAUCUUUGGGACACCUGAAGAAAAUCAAGCUUCUUGGGCCAAGUCAGCAGGUGCCAAGUCUAGUGGUGGCAGGGAAGACUUGGAGUCAUCUGGACUGCAGAGAAGGAACUCCUCUGAAGCAAGCUCCGGAGACUUCUUAGAUCUGAAGGGAGAAGGUGAUAUUCAUGGUAAAAAAUGUGGACACAGACUUGCCAGGCAGCCUGGGGCAGAGUGAAGAGAAGCCCGUGCCUGCUGCGCCUGUGCCCAGCCCGGUGGCCCCGGCCCCAGUGCCAUCCAGAAGAAAUCCCCCUGGCGGCAAGUCCAGCCUCGUCUUGGGUUAGCUCUGACUGUCCUGAACGCUGUCGUUCUGUCUGUUUCCUCCAUGCUUGUGAACUGCACAACUUGAGCCUGACUGUACAUCUCUUGGAUUUGUUUCAUUAAAAAGAAGCACUUUAUGUACUGCUGUCUUUUUUUUUUUUCUUUUGAAGAACAGGUUUCUCUCUGUCCUUGACUCUUGGGUCUGUGGGCCAUGGCAUGAGUGUUUUCUAGUAGUAGAUUGGAGGGAAAGCUUUGUGACACUUAGUACUGUGUUUUUAAGAAGAAAUAAUUUGGUUCCAGAUGUGUUAGAGGAUCUUUUGUACUGAGGUUUUUAACACUUUACUUGGGUUUACCAAGCCUCAACUGGACAGACCAUAAACAGUCCACAGGCACCGUUCCUGCCAGGCCCCAACCCACAGGGAGUCUCUCCGCAGAGCCUUCUUGGUGUUGCCCUAACUUGCCAGUGGCCUUUGCUCAGAGCCUCCUCCUGUGACAUGUGAACAAUGAAGAGGCCUGCGCCUCCUGCCUUGCCGCCUGCAAAGCAAAGAAACUGCCUUUUAUUUUUUAACCUUAAAAAGUAGCCAGAUAGUAACAAGACUGGCUGGCUGAUGAGCAAAGCCUUUGCUCUCACGCAGAGGAAGGCUUGGAUGUACAAUGAAACUGCCUGGAACUAAAAGCAGUGAAGCAAGGGAGGCAAUCACACUGAAGCGGGUCUUCCUCCAGGAACGGGGUCCCACAGGCGUGUUGUUUUAAAUAACCUGAUGCUGUGUGCAUGAUGCUGGUGCUUGACCAUGAAAGGAAAGUCUCAUCCUUAAAAUGUGUUGUACUUCACAAUCCUGGACUGUUGCUUCAAGUAAACAAUAUCCACAUUUUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-472.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -498.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 351.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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