Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001288719.2
Sequence Length
3680 nt
GC Content
0.5679
AGUAACAGCCGCCGCUGCCGCCGCCGCCAGGAACCCCGGCCGGGAGCGAGAGCCGCGGGGCGCAGAGCCGGCCCGGCUGCCGGACGGUGCGGCCCCACCAGGUGAACGGCCAUGGCGGGCUGGAUCCAGGCCCAGCAGCUGCAGGGAGACGCGCUGCGCCAGAUGCAGGUGCUGUACGGCCAGCACUUCCCCAUCGAGGUCCGGCACUACUUGGCCCAGUGGAUUGAGAGCCAGCCAUGGGAUGCCAUUGACUUGGACAAUCCCCAGGACAGAGCCCAAGCCACCCAGCUCCUGGAGGGCCUGGUGCAGGAGCUGCAGAAGAAGGCGGAGCACCAGGUGGGGGAAGAUGGGUUUUUACUGAAGAUCAAGCUGGGGCACUACGCCACGCAGCUCCAGUGCAGCUCUCCGGCUGGGAUCCUGGUUGACGCCAUGUCCCAGAAGCACCUUCAGAUCAACCAGACAUUUGAGGAGCUGCGACUGGUCACGCAGGACACAGAGAAUGAGCUGAAGAAACUGCAGCAGACUCAGGAGUACUUCAUCAUCCAGUACCAGGAGAGCCUGAGGAUCCAAGCUCAGUUUGCCCAGCUGGCCCAGCUGAGCCCCCAGGAGCGUCUGAGCCGGGAGACGGCCCUCCAGCAGAAGCAGGUGUCUCUGGAGGCCUGGUUGCAGCGUGAGGCACAGACACUGCAGCAGUACCGCGUGGAGCUGGCCGAGAAGCACCAGAAGACCCUGCAGCUGCUGCGGAAGCAGCAGACCAUCAUCCUGGAUGACGAGCUGAUCCAGUGGAAGCGGCGGCAGCAGCUGGCCGGGAACGGCGGGCCCCCCGAGGGCAGCCUGGACGUGCUACAGUCCUGGUGUGAGAAGUUGGCCGAGAUCAUCUGGCAGAACCGGCAGCAGAUCCGCAGGGCUGAGCACCUCUGCCAGCAGCUGCCCAUCCCCGGCCCAGUGGAGGAGAUGCUGGCCGAGGUCAACGCCACCAUCACGGACAUUAUCUCAGCCCUGGUGACCAGCACAUUCAUCAUUGAGAAGCAGCCUCCUCAGGUCCUGAAGACCCAGACCAAGUUUGCAGCCACCGUACGCCUGCUGGUGGGCGGGAAGCUGAACGUGCACAUGAAUCCCCCCCAGGUGAAGGCCACCAUCAUCAGUGAGCAGCAGGCCAAGUCUCUGCUUAAAAAUGAGAACACCCGCAACGAGUGCAGUGGUGAGAUCCUGAACAACUGCUGCGUGAUGGAGUACCACCAAGCCACGGGCACCCUCAGUGCCCACUUCAGGAACAUGUCACUGAAGAGGAUCAAGCGUGCUGACCGGCGGGGUGCAGAGUCCGUGACAGAGGAGAAGUUCACAGUCCUGUUUGAGUCUCAGUUCAGUGUUGGCAGCAAUGAGCUUGUGUUCCAGGUGAAGACUCUGUCCCUACCUGUGGUUGUCAUCGUCCACGGCAGCCAGGACCACAAUGCCACGGCUACUGUGCUGUGGGACAAUGCCUUUGCUGAGCCGGGCAGGGUGCCAUUUGCCGUGCCUGACAAAGUGCUGUGGCCGCAGCUGUGUGAGGCGCUCAACAUGAAAUUCAAGGCCGAAGUGCAGAGCAACCGGGGCCUGACCAAGGAGAACCUCGUGUUCCUGGCGCAGAAACUGUUCAACAACAGCAGCAGCCACCUGGAGGACUACAGUGGCCUGUCCGUGUCCUGGUCCCAGUUCAACAGGGAGAACUUGCCGGGCUGGAACUACACCUUCUGGCAGUGGUUUGACGGGGUGAUGGAGGUGUUGAAGAAGCACCACAAGCCCCACUGGAAUGAUGGGGCCAUCCUAGGUUUUGUGAAUAAGCAACAGGCCCACGACCUGCUCAUCAACAAGCCCGACGGGACCUUCUUGUUGCGCUUUAGUGACUCAGAAAUCGGGGGCAUCACCAUCGCCUGGAAGUUUGACUCCCCGGAACGCAACCUGUGGAACCUGAAACCAUUCACCACGCGGGAUUUCUCCAUCAGGUCCCUGGCUGACCGGCUGGGGGACCUGAGCUAUCUCAUCUAUGUGUUUCCUGACCGCCCCAAGGAUGAGGUCUUCUCCAAGUACUACACUCCUGUGCUGGCUAAAGCUGUUGAUGGAUAUGUGAAACCACAGAUCAAGCAAGUGGUCCCUGAGUUUGUGAAUGCAUCUGCAGAUGCUGGGGGCAGCAGCGCCACGUACAUGGACCAGGCCCCCUCCCCAGCUGUGUGCCCCCAGGCUCCCUAUAACAUGUACCCACAGAACCCUGACCAUGUACUCGAUCAGGAUGGAGAAUUCGACCUGGAUGAGACCAUGGAUGUGGCCAGGCACGUGGAGGAACUCUUACGCCGACCAAUGGACAGUCUUGACUCCCGCCUCUCGCCCCCUGCCGGUCUUUUCACCUCUGCCAGAGGCUCCCUCUCAUGAAUGUUUGAAUCCCACGCUUCUCUUUGGAAACAAUAUGCAAUGUGAAGCGGUCGUGUUGUGAGUUUAGUAAGGCUGUGUACACUGACACCUUUGCAGGCAUGCAUGUGCUUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUCCUUGUGCAUGAGCUACGCCUGCCUCCCCUGUGCAGUCCUGGGAUGUGGCUGCAGCAGCGGUGGCCUCUUUUCAGAUCAUGGCAUCCAAGAGUGCGCCGAGUCUGUCUCUGUCAUGGUAGAGACCGAGCCUCUGUCACUGCAGGCACUCAAUGCAGCCAGACCUAUUCCUCCUGGGCCCCUCAUCUGCUCAGCAGCUAUUUGAAUGAGAUGAUUCAGAAGGGGAGGGGAGACAGGUAACGUCUGUAAGCUGAAGUUUCACUCCGGAGUGAGAAGCUUUGCCCUCCUAAGAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGUGUGUGGGUCUAUGUAAAUGCAUCUGUCCUCAUGUGUUGAUGUAACCGAUUCAUCUCUCAGAAGGGAGGCUGGGGUUCAUUUUCGAGUAGUAUUUUAUACUUUAGUGAACGUGGACUCCAGACUCUCUGUGAACCCUAUGAGAGCGCGUCUGGGCCCGGCCAUGUCCUUAGCACAGGGGGGCCGCCGGUUUGAGUGAGGGUUUCUGAGCUGCUCUGAAUUAGUCCUUGCUUGGCUGCUUGGCCUUGGGCUUCAUUCAAGUCUAUGAUGCUGUUGCCCACGUUUCCCGGGAUAUAUAUUCUCUCCCCUCCGUUGGGCCCCAGCCUUCUUUGCUUGCCUCUCUGUUUGUAACCUUGUCGACAAAGAGGUAGAAAAGAUUGGGUCUAGGAUAUGGUGGGUGGACAGGGGCCCCGGGACUUGGAGGGUUGGUCCUCUUGCCUCCUGGAAAAAACAAAAACAAAAAACUGCAGUGAAAGACAAGCUGCAAAUCAGCCAUGUGCUGCGUGCCUGUGGAAUCUGGAGUGAGGGGUAAAAGCUGAUCUGGUUUGACUCCGCUGGAGGUGGGGCCUGGAGCAGGCCUUGCGCUGUUGCGUAACUGGCUGUGUUCUGGUGAGGCCUUGCUCCCAACCCCACACGCUCCUCCCUCUGAGGCUGUAGGACUCGCAGUCAGGGGCAGCUGACCAUGGAAGAUUGAGAGCCCAAGGUUUAAACUUCUCUGAAGGGAGGUGGGGAUGAGAAGAGGGGUUUUUUUGUACUUUGUACAAAGACCACACAUUUGUGUAAACAGUGUUUUGGAAUAAAAUAUUUUUUUCAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1456.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1520.54
Frequency: 0.0000
Diversity: 759.28
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((((((.((....(((((((..(((((((((((((..((((.(((.((((.((.(((...((((((.(((.......)))(((((((.((((..(.(((.(((((((((.......))))).(((((.((........)))))))))))((((.((((((((......))))))))...)))).((.(((.((((((...(((((.((((.(((.(.(((.(((..(((((((((......))).).)))))..)).).).)))))).))))((((...)))).))))))))))).))).)).........))).)..)))).))))))).......(((((((...))))))).))))))))).)).)))).))).)))).......)))).))))))))).)))))))....((((((((((((.(((.(((.(((((.........)))))))).)))(((.((.((((((.((((((((.......((((....((((((((((((((...((.((((((((((((.(((((.((((....))))((((((...((((((((.(((.....)))..))))))))....(((..(((((........)))))..)))(((((((..(((((.((((((((.((((..(((((((.((.........)).)))))))(((.((....)).)))))))........)))).)))))))))..(((((((....))))))).(((.....((((((.(.....).)))))))))..((((.(((.(((((((((((((.....((((...)))).(((((((((((..(((((.((((((((.((.((...((((.(((.(.((........)).))))))))...))))))))))))))))).....))))..)))))))...))))).))))).((((((.(((((((.(((((.....((........)).....))))).)))((((...)))).....(((....)))..))))..)))))).((((.((......)))))).....))).))).))))....)))))))((((.((((..(((........)).)..)))).))))((((.....)))).((((...(((((((.((((...)))))))))))...))))...((((((((.....))).).)))).)))))).......))))).))))))))))))..)).......((((((.....)))))).((((((((.....)).)))))).(((((((((((...(((((((((((.((((((...(((..((..((((.(((((..(((.(((..((((.((..((((((((((((.((((((..((((...((((((((((..((((((((.....(((((((.((((.((((((((((((((((.(((((.(((((((((......))))))((...((((((((((((((.((((((.(((.......))).)))))).....(((((.(((((......(((((((...))).)))).........))))).))))).(((((..((((((((((((.((((...((((((((((((((.((.....(((((....)))))(((..(((((.((........))))))))))(((((..(((.((((((((((..((((.....))))..)))))))((((((.((....))..)))))).))).)))..)))))((((((.....))))))....)).)))..))))).))))))...)))).))).((((......))))))))))).))...))))).(((..((((.((((((((...)))))))).))))...))))))))....)))))))))..))....((.((.(((...))).)).))...)))...)))))..))))..........((((((((((........((((((((((.(((....)))..))))))))))...(((((((((.((.(((....))).....)).)))))))))..................))))))).))).....))))))).)))))..)))))))))))((((.((...((((((......((((((..(((((.....((..(((((((((((((((((..((......))..)))..........))))).)))))))))..))........)))))..)))))).....))))))...)).)))).))))))))..))).)))))))))))..)))...))).)))).)))).)))).))))))..)))..)))...)))))..))))..))..))))))).)).)))))))))))......(((((...))))).....((....))))))))).))))..((((((.(.(((.(.......).))).).))))))))).)))))).))))).....))))...(((((..((((...(((((((((....)))))))))...))))..))))))))))))))))).)).))...)))(((((......).))))..)))))))))))).)).)))))))))))(((((((((..((...((((......))))(((((((((.((((((((..(((....)))....(((((((.(((((.........))))).(((((........((((..((((((..((((...))))((.(((((((......))))))).)).))))))...))))....))))).(((((....(((((((....))))))))))))....(((((...)).))).))))))).)))))))).)).....((((((.((.((.(((.(((((.(((((((........))))))).)))))))).)).))))))))...((((((.(((((((((((.((((...(((((...)))))....)))).))))))))))).))))))...((((((((..((((.((....(((((..((.(((.......))))).)))))..))))))..)).))))))((.(((...))).))..........))))))).....((((((((((((((.((...((((((..(((((((((((((......((((...........))))...)).)))))(((((...(((((..((((((((.((((............)))).)))))))).))))))))))(((((((...((((((.((((...((((((........).))))).)))).)))))))))))))...................((((((.........))))))......((.((.((((((.((((((((..((.((((.(((((((..(((((.....)))))..((((...))))((((((...((((((((((((((((....)))).(((((.......))))))))))).))))))...))))))..))))))).))))))..))))))).).))))))))))))))))....)))))).)).))).)))))))))))...(((((((....))))))).))..))))))))).((((..(((((((...))))))))))).....((((((.(((.(((((((((...))))))))).))).))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......{((((((((((.((..,.(((((((..(((((((((((((,.((((.(((.((((.((.((,,.{(((((({(((.....,.)))|((((((.((((..(.(((.{{{{((((({....,.}}))).(((((,((.,......})}))))))),((((.((((((((......))))))))...)))).{{,|((.((((((...(((((.((((.{((.(.(({.{((..(((((((((......))).),,))))..)).}.}.))}))}.))))((((...)))).))))))))))).))).)),}.......))).)..)))).))))))}.......(((((({...})))))).))))))))).)).)))).))).)))).......)))).))))))))).))))))).)..((((((((((((.{((.{((((((((,.....,..}))))))).)})(((,({{{{(((({((((({({.,.....{(((,...{(((((((((((((...((.((((((((((((.(((((.((((....))))((((((...((((((((.(((.....)))..)))))))).,.,,{|.,{((((..{{{{{{,,,,,{{((.(((((((..(((((.((((((((.((((.{(((,((({((,..{{.,,,,,.)))},}),,|.||}}.}),})))))))........)))),,))))))))..(((((((....))))))).{,,.....((((((.{.....}.))))))}))..((((.(((.(((((((((((((..,,,{(((...)))).(((((((((((..(((((.((((((({,((.((...(((,{(((.(.((........)).))))))))...))))))))))))))))).....))))..)))))))...)))))))}}},.((((((.(((((((.(((((.....((........)).....))))).)))((((...)))).....(({....))),.))))..)))))).((({,((......)))))).,,.,))).))).))))....))))))).|||}((((..(((........)}.)..)))).))}.|||{.,,,,)})).((((...(((((((.((((...)))))))))))...))))...(((({(((.....))).}.)))).)))))).......))))).))))))))))))..)}.......((((((.....)))))).((((((({.....}).)))))).(((((((((((...(((((((((((.((((((...(((..{(,,((((.(((((..(((.(((..((((.((..((((((((((((.((((((..((({...((((((((((..((((((((.....(((((((.((((.(((((((((((({((,,.,,,,.{.(((((((......))))))).,...}},,,.,,}}}((((((((((((((.{{{{{{..((((((.(((....(((((....)))))..))).)))))).}},.}})....{{,{((((...{(((...))}.,...)))))}}....((((((((((((.{({{{(((((((,,.(((({....})))),,({{(((({,((........)))))))}))){{(({,.,((((..((((((.{((((..{..|||,{((((||,(((((((.((....))..))))))}.,{,(((({{(({.((((((.....))))))....(((((({......}.))))))...,,..,||.{(((......))}},,}{(((.(((.(((.{(((.,..{(((.((((((((...)))))))).))))..))))..)))...))),))))....))}}}))))|),,|,...,}},))}||,,,{|..}}|||{|,,..||,.,,,,.,}}}}))),||(({.......((((((((((((((....))))}))))))))))...,,,,,.,...}}}))})})))..))))...))})))))))..)))))..,.....))).))))).))))))...))))))).)))))..)))))))))))((((.((...((((((...{.,((((((..(((((.,...((..(((((((((((((({((..{,....,,,}..||}..........))))).)))))))))..)}........)))))..)))))).,...))))))...)).)))).))))))))..))),}))))))))))..)))...))).))))}}))).)))),))))))..)))..)))...)))))..))))..)),.))))))).)).)))))))))))......{{(({...|||||...,,||,...)})))))))},)))..((((((.(.(((.{.......}.))).).))))))))).)))))).))))).,,..||||,{{((((,.{((((...,(((,(((({{{,|}||,}}})})}))))})))})}))))))},))))})).))}}.}))(((({......).))))..)))))))))))).)).))))))))))|(((((((((..((.,{((,,||,.,,||||(((((((((.((((((((.,(((....))),...(((((((.(((((.........))))),(((((........((((..((((((..((((...)))){{.(((((((......))))))).)),))))))...|}})....)))))..,((,{{{{(((((((....))))))})))))}}).(((,....,),),}.))))))).)))))))).))}....((((((.((.((.(((.(((((.{((((((........))))))}.)))))))).)).))))))))...((((((.(((((((((((.((((...(((({...}))))....)))).))))))))))).))))))..{((((((((..((((.{(....(((((..((.(((,....,.))))).))))),,))))))..)),})))))}|.{{({,,}}}.,,..,,},.,..})))))),}}},{(((((((((((((.((...((((((..,{,(((((((.,,..{{{{(((,.......|||,||{|{,{{|{{||||(({({...(((((.,{(((((((.((((.{......,,.,)))).)))))))).)))))}})))|||||,,.,}||,|||.|||,,,}||,|||}}}}...{|{||,,.,|,},.)},})))))}))....................((((((.........))))))......,,.{{.((((((.((((({((..((.((((.(((((((..(((((.....)))))..((((...))))((((((...((((((((((((((((....}}}},{{,{{,......,,}))))))))}})))))...))))))..))))))).))))))..))})))).).)))))))},))))))).,..)))))).)).)))}))))))))))}...(((((((....))))))).)}..)))))))))}(((({,{((((((...))))))))))).....,(((((.{((.(((((((({...})))))))).))}.))))),
Back