Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001288833.2
Sequence Length
2630 nt
GC Content
0.6163
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1143.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1183.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 834.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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