Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001288836.1
Sequence Length
2076 nt
GC Content
0.4167
GUGGACAGGCCGCUGAAAGGAACCGGCUGCGGCCUGUGUGAGGCUCCGCGGGCCGCUGCACUGCGAGGCCGACGCAGCUGGAGAGAAGUUAGGCAGGUCCUAGGGAGGGCAGGCUCGAGUGCUGGGCCCGCCUCCCCGCGGGACUGUAGGCCCGGGGGCUCCGCCUCGUCGCAGCGGCAGAAGUGAUGCCACCAAAAAGAAAUGAAAAAUACAAACUUCCUAUUCCAUUUCCAGAAGGCAAGGUUCUGGAUGAUAUGGAAGGCAAUCAGUGGGUACUGGGCAAGAAGAUUGGCUCUGGAGGAUUUGGAUUGAUAUAUUUAGAGACACUGGCCAUUUUUCUCUCUCCAAUGCUUAGUGUGGAGUAAAGGCAGCUUCCCGCAAAUUUAUUUCAAGCAAGAGCAAUCGGAAGCUUCGACAUGUGUGAAAGAGGCGCAUAGAGAACAUAGCUUCCAUUUCAGCUUUCCCCACAAAUAAACCAGAGAAAGAUGCAAGACAUGUAGUAAAAGUGGAAUAUCAAGAAAAUGGCCCGUUAUUUUCAGAACUUAAAUUUUAUCAGAGAGUUGCAAAAAAAGACUGUAUCAAAAAGUGGAUAGAACGCAAACAACUUGAUUAUUUAGGAAUUCCUCUGUUUUAUGGAUCUGGUCUGACUGAAUUCAAGGGAAGAAGUUACAGAUUUAUGGUAAUGGAAAGACUAGGAAUAGAUUUACAGAAGAUCUCAGGCCAGAAUGGUACCUUUAAAAAGUCAACUGUCCUGCAAUUAGGUAUCCGAAUGUUGGAUGUACUGGAAUAUAUACAUGAAAAUGAAUAUGUUCAUGGUGAUAUAAAAGCAGCAAAUCUACUUUUGGGUUACAAAAAUCCAGACCAGGUUUAUCUUGCAGAUUAUGGACUUUCCUACAGAUAUUGUCCCAAUGGGAACCACAAACAGUAUCAGGAAAAUCCUAGAAAAGGCCAUAAUGGGACAAUAGAGUUUACCAGCUUGGAUGCCCACAAGGGAGUAGCCUUGUCCAGACGAAGUGACGUUGAGAUCCUCGGCUACUGCAUGCUGCGGUGGUUGUGUGGGAAACUUCCCUGGGAACAGAACCUGAAGGACCCUGUGGCUGUGCAGACUGCUAAAACAAAUCUGUUGGACGAGCUCCCCCAGUCAGUGCUUAAAUGGGCUCCUUCUGGAAGCAGUUGCUGUGAAAUAGCCCAAUUUUUGGUAUGUGCUCAUAGUUUAGCAUAUGAUGAAAAGCCAAACUAUCAAGCCCUCAAGAAAAUUUUGAACCCUCAUGGAAUACCUUUAGGACCACUGGACUUUUCCACAAAAGGACAGAGUAUAAAUGUCCAUACUCCAAACAGUCAAAAAGUUGAUUCACAAAAGGCUGCAACAAAGCAAGUCAACAAGGCACACAAUAGGUUAAUCGAAAAAAAAGUCCACAGUGAGAGAAGCGCUGAGUCCUGUGCAACAUGGAAAGUGCAGAAAGAGGAGAAACUGAUUGGAUUGAUGAACAAUGAAGCAGCUCAGGAAAGCACAAGGAGAAGACAGAAAUAUCAAGAGUCUCAAGAACCUUUGAAUGAAGUAAACAGUUUCCCACAAAAAAUCAGCUAUACACAAUUCCCAAACUCAUUUUAUGAGCCUCAUCAAGAUUUUACCAGUCCAGAUAUAUUCAAGAAGUCAAGAUCUCCAUCUUGGUAUAAAUACACUUCCACAGUCAGCACGGGGAUCACAGACUUAGAAAGUUCAACUGGACUUUGGCCUACAAUUUCCCAGUUUACUCUUAGUGAAGAGACAAACGCAGAUGUUUAUUAUUAUCGCAUCAUCAUACCUGUCCUUUUGAUGUUAGUAUUUCUUGCUUUAUUUUUUCUCUGAAGAUGAUACCAAAAUUCCUUUUGAUAAUUUUUUAAGUUUCCAGCUCUUCACCGAAAUGUUGUAUUCUUAUUUCAGUGUUUCCUUCCAGACAUUUUUAAGGUAAUUGGCUUUAAAAAGAGAACAUAUUUUAACAAAGUUUGUGGACACUCUAAAAAAUAAAAUUGCUUUGUACUAGAAAUAGUGUCAUAGAAUAGUGUCAUAGUACAGUUUGGAAAACACUUCUGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-555.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -594.66
Frequency: 0.0000
Diversity: 550.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(.(((((((((...............))))))))).)..(((..(((..((((((((...(((((((.((.((..((((......(((..((((.((((.(((.((((.((((((.....)))))).)))).)))..)))))))).)))))))..)))).))))))).))))))))....)))..)))........(((((((..(((((((.(((((.((..((..(((((((.......)))))))))..))))))).....((.((((((.((((..((((((.(((((..((.(..(((((((......)))))))..).))))))).))))))..).))).)))))).))(((((((((....((.....))...)))))))))...((((((....(((((((((...((((((.......))))))...))....)))))))((((((.((((..(.(((.......((........)).......))).)..)))))))))).....(((((((......))))))).(((((((((..(((((((((((((((((.(((..((((.(((((((...((((((...(((.(((..((((((.((((((.((((((((((((((((((((((...(((((...(((....)))..)))))))))))))))).)))))).......)))))((((((.....))))))...((((...))))...)))))).)))))).)))..)))...(((.(((((((...)))))))..)))((((((((.(((....))).))))))))((((((((......((((.((((((...((((((((.....))))))))..))))))...))))..(((((((..((((((...(((((((((((...))))........)))))))))))))..(((.....))))))))))(((.((...(((((....)))))...)))))....((((((((((..((((((..(((.(...(((..(((((((((((((((..((.((..((((((((((((((((((..((((((.......)))..)))..((((.(((((((((((.((......))..))))).(((.....))).(((((((((.(((...((((((..(((....(((....)))..)))..))))))...(((((((((((((........)))))))........))))))...........((((((...))))))..(((...((....))...)))..((((((((((((((......)))..((((((........)))))).....((((((....)))))).......((((((......)).))))..............................)))))))..))))......(((((...((((((...))).))).)))))........)))..)))))))))((((.....))))...))))))))))((((......((((.....((....)).....))))......)))).............)))))))))))......))))))).)))).........(((((...)))))....(((..((((.....))))..)))........(((((((((((....))))))..........)))))..)))).))).))))))))...)))......).)))..))))))...)).))))....)))).((((.(((((....)))))..))))((.((((........))))))))))))))..)))))))))))))..)))).))).)))).((((((((.....))))))))......)))))..))))))))...)))))))))...))))))..........))))))).)))))))(((((((...(((((((..(((((((((.....)))))))))((((..((((.............))))....)))).................(((((((...(((.(((......))).)))..))))))))))))))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{({(((((((((.....,.......,.))))))))).,..(((..(((..((((((((...(((((((.((.((..((((......(((..((({{((((.(((.((((.((((((.....)))))).)))).)))..)))))))).)))))))..)))).))))))).))))))))....)))..)))........(((((((..{{{{{{,.(((((,{{,,{{..(((((((.......))))))),),.},))))).....{{.((((((.((((..((((((.(((((..({.(..(((((((......)))))))..).)}))))).))))))..,.))).)))))),)}{((((((((.,,.{|.....))...))))))))}.,.,{((((.,..(((((((((...((((((.......))))))...))....))))))),,||,.}||||..|}||........{{,,,,,,,,|{{,..,,,|}}.|..|,|||||||,.....((((((({....,))))))).{((((((((..(((((((((((({((((.{((..((((,(((((((...((((((...{{{.,,,..(((({{.{||{{|.{(((((((((((((((((((((...(((((...(((....)))..)))))))))))))))).)))))}....,.,})))}((((((.....)))))).,,((((...}}}}.,}},,}}}.})))}}.}}},,))}...{{(,(((((({...})))))},,||}((((((((.(((....))).)))))))),{|{({{{......((((.((((((...((((((((.....))))))))..))))))...))))...,,,.(({.((((((...(((((((((((...))),.......,))))))))))))}.))),.|,.,{{{|||,,.|(((.({...(((({....}))))...)))))}...((({(,{({{{{(((({(,{(,,.,..,||{{,(|,,||||||{,(((({,{{{{|{(|((((,({{((({,,{({{{,,{||,......))}..},)}}||||}|||{||||||,.{{,,...,||..,,}))}|||,,,,,))),{{({((((({(((...((((((..(((....(((....)))..)))..)))))).,,{((((({((((((.{,,..,.}}}}))),.......))}))},,....,,,..((((({...})))))..(((...((....))...)))..((((((((((((((......|||,.((((((........)))))).....{(((({....}))))}.......((((((......)),,))).....{,,........,}},.........,))))))),.})))....}}|}}}}},.|((((({{.||.{|||,||||},..,{{{{|||{.,}|||||||((((.,,,,,,,|{{.|,}|||||,|{{{,.....{(,{{,{{{.......,,....}))}|,.,...,}}}},..,..|.....}}}}}}}},},......,,}}}.,.,....,}}},...,,,,|,},,))))}..,.}},.,,,}}}}.}))))}|{,.....,,...,{||||.{,|}}||.))))|,........}})}}))}..)}.,))})))))}}}...}}},,...,|||||..}}))))}}}))))).....,}},..((({.(((((....)))))..}}}}({.((((........)))})))))}}}},..))))))))))))),.)))).))).)))).{(((((((.....))))))))......}))))..))))))))...)))))))))}},}))}}}....,,.,}}))))))).))}))))((((((,..,(((((((.,(((((((((.....)))))))))|{{{..(({(,{{,....,,},.)))},,,,||}}..............,,.(((((((...,||,||{,,..,.))),))),.))))))})))))))))))))).,.....
Back