Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001288976.2
Sequence Length
2187 nt
GC Content
0.4879
AUGCGUGGAUUGUCGUCUUCUGUCCAAGUUGGUCGCUUCCCUGCGCCAAAGGUAAGCGGGCCGUUAUCCAUUUGUGUUGUUCGCCAGCUAGGCCUGGCCUCGUCCCGCUUCGCUCGUGAGCAGUAGCCAACAUGUCAGGGUGGGAGUCAUAUUACAAAACCGAGGGCGAUGAAGAAGCAGAGGAAGAACAAGAAGAGAACCUUGAAGCAAGUGGAGACUAUAAAUAUUCAGGAAGAGAUAGUUUGAUUUUUUUGGUUGAUGCCUCCAAGGCUAUGUUUGAAUCUCAGAGUGAAGAUGAGUUGACACCUUUUGACAUGAGCAUCCAGUGUAUCCAAAGUGUGUACAUCAGUAAGAUCAUAAGCAGUGAUCGAGAUCUCUUGGCUGUGGUGUUCUAUGGUACCGAGAAAGACAAAAAUUCAGUGAAUUUUAAAAAUAUUUACGUCUUACAGGAGCUGGAUAAUCCAGGUGCAAAACGAAUUCUAGAGCUUGACCAGUUUAAGGGGCAGCAGGGACAAAAACGUUUCCAAGACAUGAUGGGCCACGGAUCUGACUACUCACUCAGUGAAGUGCUGUGGGUCUGUGCCAACCUCUUUAGUGAUGUCCAAUUCAAGAUGAGUCAUAAGAGGAUCAUGCUGUUCACCAAUGAAGACAACCCCCAUGGCAAUGACAGUGCCAAAGCCAGCCGGGCCAGGACCAAAGCCGGUGAUCUCCGAGAUACAGGCAUCUUCCUUGACUUGAUGCACCUGAAGAAACCUGGGGGCUUUGACAUAUCCUUGUUCUACAGAGAUAUCAUCAGCAUAGCAGAGGAUGAGGACCUCAGGGUUCACUUUGAGGAAUCCAGCAAGCUAGAAGACCUGUUGCGGAAGGUUCGCGCCAAGGAGACCAGGAAGCGAGCACUCAGCAGGUUAAAGCUGAAGCUCAACAAAGAUAUAGUGAUCUCUGUGGGCAUUUAUAAUCUGGUCCAGAAGGCUCUCAAGCCUCCUCCAAUAAAGCUCUAUCGGGAAACAAAUGAACCAGUGAAAACCAAGACCCGGACCUUUAAUACAAGUACAGGCGGUUUGCUUCUGCCUAGCGAUACCAAGAGGUCUCAGAUCUAUGGGAGUCGUCAGAUUAUACUGGAGAAAGAGGAAACAGAAGAGCUAAAACGGUUUGAUGAUCCAGGUUUGAUGCUCAUGGGUUUCAAGCCGUUGGUACUGCUGAAGAAACACCAUUACCUGAGGCCCUCCCUGUUCGUGUACCCAGAGGAGUCGCUGGUGAUUGGGAGCUCAACCCUGUUCAGUGCUCUGCUCAUCAAGUGUCUGGAGAAGGAGGUUGCAGCAUUGUGCAGAUACACACCCCGCAGGAACAUCCCUCCUUAUUUUGUGGCUUUGGUGCCACAGGAAGAAGAGUUGGAUGACCAGAAAAUUCAGGUGACUCCUCCAGGCUUCCAGCUGGUCUUUUUACCCUUUGCUGAUGAUAAAAGGAAGAUGCCCUUUACUGAAAAAAUCAUGGCAACUCCAGAGCAGGUGGGCAAGAUGAAGGCUAUCGUUGAGAAGCUUCGCUUCACAUACAGAAGUGACAGCUUUGAGAACCCCGUGCUGCAGCAGCACUUCAGGAACCUGGAGGCCUUGGCCUUGGAUUUGAUGGAGCCGGAACAAGCAGUGGACCUGACAUUGCCCAAGGUUGAAGCAAUGAAUAAAAGACUGGGCUCCUUGGUGGAUGAGUUUAAGGAGCUUGUUUACCCACCAGAUUACAAUCCUGAAGGGAAAGUUACCAAGAGAAAACACGAUAAUGAAGGUUCUGGAAGCAAAAGGCCCAAGGUGGAGUAUUCAGAAGAGGAGCUGAAGACCCACAUCAGCAAGGGUACGCUGGGCAAGUUCACUGUGCCCAUGCUGAAAGAGGCCUGCCGGGCUUACGGGCUGAAGAGUGGGCUGAAGAAGCAGGAGCUGCUGGAAGCCCUCACCAAGCACUUCCAGGACUGACCAGAGGCCGCGCGUCCAGCUGCCCUUCCGCAGUGUGGCCAGGCUGCCUGGCCUUGUCCUCAGCCAGUUAAAAUGUGUUUCUCCUGAGCUAGGAAGAGUCUACCCGACAUAAGUCGAGGGACUUUAUGUUUUUGAGGCUUUCUGUUGCCAUGGUGAUGGUGUAGCCCUCCCACUUUGCUGUUCCUUACUUUACUGCCUGAAUAAAGAGCCCUAAGUUUGUACUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-706.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -746.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 504.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((....((((.((..((...((((.(((......))))))).))..)).))))....))))))..((.((((((((.(((.((((..(((...)))..)))).))).))))))))..)).((((.(.(((((((((((...(((..((..((((..(((((((..(((((.....(((((((...((((..((((((.....(((((((((.....(((((((((.((((((.((((((.....(((((((.(((((..(((..(((..((..((((((((((..((((..((((.(((......((((((((((..((((((.((...)).))))))......((((((.....))))))((((((((((((((.((((.(((..((((.((((..(((((.........((((((.........)))))))))))...(.(.(((((...))))).).)...........((((((((((((((.(((.((((.....(((((......)))))..((.((((((.(((.((((((((.(((((((((...))).))))..)))))))))))))..((((((..((((((((........)))..))))))))))))))))))).((((....))))......))))..(((((.((..(((.(((((((..(((((.(((((((......))).((((...))))....(((((...........))))).))))......))))).))))))).))).)).)))))((((((((((.(((((..(......)..)))))(((((((((((....))))))))..)))(((.((((....(((((((((.((...((((((.((..(....)..))..)))))).)))))))))))..))))...)))................)))))))))).......))).)))))).((.(((((....))))).))......))))))))))))...........))))..))).)))))).......................((((((.......)))))).......))))))))))))((((((...(((.((((((((((....(((.......(....).......)))....)))))))))))))))))))))))))))))))).))))..))))..)))).))).)))..)).)))..))))))))(((.(.(..((((((.(((..((((....((((((...(((((((((..(.((((((.((((((((.......(((((((.(.(((..(....)..).)).).))))))).......))))...((((((((.((.(((((((((......))))))))).)).)))..))))).(((..((((((((((.(..((((((((.((((((((..((.((((.(((((((((..........(((.(.((((..................)))).))))..)))))).))).)))).)).))))...(((..(((((((((((((.......))))))).))))))...)))...((((((...))))))....))))))))))))...).))).)))))))..)))((((.......((((((.......))))))....))))..)))).))))))...)..))))))))).(((((((((((((...))))))))))))))))))).......))))...))).................))))))..).).))).((((((((....((((((...((((.((.(((((........))))).)))))).((((((.(((((((.(((......))).))))))).))))))..).))))).(((......)))(((.......(((((.....(((((...)))))...)))))......))).))))))))((((...((.(((.((.......)).)))))....))))..(((((((...)))))))......)))))))))))))...))))))))))))).)).....))))).))..)).....))))))..)))).)))))))...))))).))))))).))))..))..)))...)))))))))))))))).(..((((....((((......)).))...))))..).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{((((((....((((.((..((...((((.(((......))))))).))..)).))))....))))))..||.{(((((((.(((.((((..(((...)))..)))).))).)))))))|{{|..((((.(.(((((((((((...(((..((..((((..((((((..,(((((.....(((((((...((((..((((((.....(((((((((.....(((((((({{((((((.{(({{{....,(((((((.(((({..{((|,{(({,,(,.((((((((((,,{{((,{(({{,({({,,,,.{((((((,(({{({((,(,,..,{.|{||}|||,,,...((((((.....))))))((((((,(((((((.((((.{{{..((((.(((.,.(((((.....,...((((({.,,......))))))))))}.,.(.(.(((((...))))).).)....,......{,((((({{{{{||,||,.(((({{{{,(((((......)))))}..,.{{{{{{.((,{((((((((.{,(((((((...))),})))..,))))))))))))..((((((..((((((((........)))..)))))))))))}))}))))}|{{,....}))}.,,..,}}},.{((({......,}}})|,,{{{..{||||}||||}}|}.}}}})).}}|||}.|||||.,.,{{|||,,....,.,.,)))))}))),..}}.,))))),})))|||{,{|{{{.||||,{,||||{|||,|{{||,.|,,..,,),})})),{||{{|||{{{,,,,))))))))..))}|||,{(({....{((({((((,{{,{{((((((.((..({...)}.))..)))))).}|||||}}}}}..}))),,.|||(.,{{.{{{{......)))),))))))).....,,,,||||||.,(.(((((....))))).}}......,||||||,|||{,..........||||{{||..,|||,{,...||,{{{{,.......{,.,((((((.......)))))}.)),,.,)),})))))))|{{,|||.||{,,,((,{{{{|||...}|||.......,....|,|.,|.|||,.,{{|||||||,|||||||||,.,,,)))},))))),))))}}))))||)|)}.)))..},..}}.))}..)))))))),||||,||,{{{{{|.{{{.,|||{,,,,((((((...(((((((((..{.((((((.((((((((.......(((((((.(.(({..{....)..).)).).))))))).......))))...((((({{(,((.(((((((((......))))))))).,),)})..))))).(((..((((((((((.{..((((((((.((((,({(,{(({((({.(((((((((..........(({,(.((((......,,.......,,.)))).))))..)))))).))).)))}.)),)))),..{((..(((((((((((((.......))))))).))))))..,)}}...((((((...))))))....))))))))))))...}.)))}}))))))..)))((((,,.....((((((.......)))))),,..))))..)))).))))))...}..))))))))).(((((((((((((...))))))))))))))))))).......))))...)))........,....,...}}}}}}....,..(((((((((((....((((({...((((.((.(((((........))))).)))))).((((((.(((((((.(((,....,))).))))))).))))))..,.))))).(((......)))(((...,.{.(((((.....(((((...)))))...))))).}....})).)))))))))))|||}}||(((,({,,,.{,.||{||,,,,,,))))}.,|||{{{|,.,)})))))},},,.))))))))}}))),..))))))))))))).)).....))))).,)}.,}.....))))))..)))).)))))))...))))),})))))).))))..))..)))...))))))))))))))))..,,||{{.,..((((......)).))...)))}..}.,.....
Back