Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001288978.2
Sequence Length
2009 nt
GC Content
0.4898
AUGCGUGGAUUGUCGUCUUCUGUCCAAGUUGGUCGCUUCCCUGCGCCAAAGUGAGCAGUAGCCAACAUGUCAGGGUGGGAGUCAUAUUACAAAACCGAGGGCGAUGAAGAAGCAGAGGAAGAACAAGAAGAGAACCUUGAAGCAAGUGUGUAUCCAAAGUGUGUACAUCAGUAAGAUCAUAAGCAGUGAUCGAGAUCUCUUGGCUGUGGUGUUCUAUGGUACCGAGAAAGACAAAAAUUCAGUGAAUUUUAAAAAUAUUUACGUCUUACAGGAGCUGGAUAAUCCAGGUGCAAAACGAAUUCUAGAGCUUGACCAGUUUAAGGGGCAGCAGGGACAAAAACGUUUCCAAGACAUGAUGGGCCACGGAUCUGACUACUCACUCAGUGAAGUGCUGUGGGUCUGUGCCAACCUCUUUAGUGAUGUCCAAUUCAAGAUGAGUCAUAAGAGGAUCAUGCUGUUCACCAAUGAAGACAACCCCCAUGGCAAUGACAGUGCCAAAGCCAGCCGGGCCAGGACCAAAGCCGGUGAUCUCCGAGAUACAGGCAUCUUCCUUGACUUGAUGCACCUGAAGAAACCUGGGGGCUUUGACAUAUCCUUGUUCUACAGAGAUAUCAUCAGCAUAGCAGAGGAUGAGGACCUCAGGGUUCACUUUGAGGAAUCCAGCAAGCUAGAAGACCUGUUGCGGAAGGUUCGCGCCAAGGAGACCAGGAAGCGAGCACUCAGCAGGUUAAAGCUGAAGCUCAACAAAGAUAUAGUGAUCUCUGUGGGCAUUUAUAAUCUGGUCCAGAAGGCUCUCAAGCCUCCUCCAAUAAAGCUCUAUCGGGAAACAAAUGAACCAGUGAAAACCAAGACCCGGACCUUUAAUACAAGUACAGGCGGUUUGCUUCUGCCUAGCGAUACCAAGAGGUCUCAGAUCUAUGGGAGUCGUCAGAUUAUACUGGAGAAAGAGGAAACAGAAGAGCUAAAACGGUUUGAUGAUCCAGGUUUGAUGCUCAUGGGUUUCAAGCCGUUGGUACUGCUGAAGAAACACCAUUACCUGAGGCCCUCCCUGUUCGUGUACCCAGAGGAGUCGCUGGUGAUUGGGAGCUCAACCCUGUUCAGUGCUCUGCUCAUCAAGUGUCUGGAGAAGGAGGUUGCAGCAUUGUGCAGAUACACACCCCGCAGGAACAUCCCUCCUUAUUUUGUGGCUUUGGUGCCACAGGAAGAAGAGUUGGAUGACCAGAAAAUUCAGGUGACUCCUCCAGGCUUCCAGCUGGUCUUUUUACCCUUUGCUGAUGAUAAAAGGAAGAUGCCCUUUACUGAAAAAAUCAUGGCAACUCCAGAGCAGGUGGGCAAGAUGAAGGCUAUCGUUGAGAAGCUUCGCUUCACAUACAGAAGUGACAGCUUUGAGAACCCCGUGCUGCAGCAGCACUUCAGGAACCUGGAGGCCUUGGCCUUGGAUUUGAUGGAGCCGGAACAAGCAGUGGACCUGACAUUGCCCAAGGUUGAAGCAAUGAAUAAAAGACUGGGCUCCUUGGUGGAUGAGUUUAAGGAGCUUGUUUACCCACCAGAUUACAAUCCUGAAGGGAAAGUUACCAAGAGAAAACACGAUAAUGAAGGUUCUGGAAGCAAAAGGCCCAAGGUGGAGUAUUCAGAAGAGGAGCUGAAGACCCACAUCAGCAAGGGUACGCUGGGCAAGUUCACUGUGCCCAUGCUGAAAGAGGCCUGCCGGGCUUACGGGCUGAAGAGUGGGCUGAAGAAGCAGGAGCUGCUGGAAGCCCUCACCAAGCACUUCCAGGACUGACCAGAGGCCGCGCGUCCAGCUGCCCUUCCGCAGUGUGGCCAGGCUGCCUGGCCUUGUCCUCAGCCAGUUAAAAUGUGUUUCUCCUGAGCUAGGAAGAGUCUACCCGACAUAAGUCGAGGGACUUUAUGUUUUUGAGGCUUUCUGUUGCCAUGGUGAUGGUGUAGCCCUCCCACUUUGCUGUUCCUUACUUUACUGCCUGAAUAAAGAGCCCUAAGUUUGUACUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-654.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -689.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 456.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((.(((((((((..(((((((....((((((.(((...((.(((....))))).))).))))))((((((.(.(.(((..((((((......((....((.........))...)).....((((........)))).....))))))..)))..).).)).))))......((((((.....))))))......((((((((((((....))))))..))))))(((((.........((((((.........))))))))))))))))))...))))))))).)).....(((((((.(((.((((...((((.((((((((((((((((..............((.((((((.(((.((((((((.(((((((((...))).))))..)))))))))))))..((((((..((((((((........)))..)))))))))))))))))))((((((((.............((((((((((....(((.(((((((..(((((.(((((((......))).((((...))))....(((((...........))))).))))......))))).))))))).))).((((.((((...(((((((.(((.(((...((.(((((((((((((((((((....))))))))..))).......(((.....)))(((((((((((((((.((..(....)..))..))))))..(((((........))))).(((((.((.((((......)))).)))))))........(((((((.((.(((((....))))).)).......((((((.((..............((((((....(((((((..((((((((.......((..((((((.......)))))).)).......))))))))..).))).))).((((....)))).))))))..............))))))))..((((((((((.(((((((((.....)))..))))))))))))))))((((.((.((......)).)).))))..(((.....)))..((((((.(((..((((....((((((...(((((((((..(.((((((.((((((((.......(((((((.(.(((..(....)..).)).).))))))).......))))...((((((((.((.(((((((((......))))))))).)).)))..))))).(((..((((((((((.(..((((((((.((((((((..((.((((.(((((((((..........(((.(.((((..................)))).))))..)))))).))).)))).)).))))...(((..(((((((((((((.......))))))).))))))...)))...((((((...))))))....))))))))))))...).))).)))))))..)))((((.......((((((.......))))))....))))..)))).))))))...)..))))))))).(((((((((((((...))))))))))))))))))).......))))...))).................)))))).......(((((((((((....((((((...((((.((.(((((........))))).)))))).((((((.(((((((.(((......))).))))))).))))))..).))))).(((......)))(((.......(((((.....(((((...)))))...)))))......))).))))))))))))))))))(((.((.......)).))))))))))))...(((((((...))))))))))))))).))..)))...))))))))))...)))).))))(((((((....((((((((((....))).)))))))....)))))))..))))))))))...))))).)))..))))....))))))))))))....))))..........)))).))))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{(.(((((((((,.(((((({.,,.,(({(({(((.,,{{||||,,..,||.||}},.)))}}).}},))})}|||.,,,,,,,.{{{,,,.|,.{{|||,,|.,,...||||,}||,,..((((........))))...,.,,{((((((.(,...}).)))))},,.,..((((((.....))))))....,,(({{((((((((....)))))),.}})))}(((((.....,...{((({{.,,......}))))}))))).|,|,|.|||||}}})))),}),}...{{{{{{{.{{{.(({{...{{{{.((((((((((((((((,......,,,.,..{(.((((((.((,{((((((((.{,(((((((...))),})))..,))))))))))))..((((((..((((((((........)))..))))))))))))))))))){(((({{,.|},...,...,,((((((((((,...(((.(((((((..(((((.(((({{{....,{}|}.{{{{,..,}}}.,.,(((((...........))))).})))......))))).))))))).))).((((.((((...(((((((.(((.(((.,.((.((((((((((,((((((((....))))))))..,||{{{.,(({....{{{{{|((({(({{(((((((.((..({...)}.))..)))))).,|||||}}},,...}}}}|.((((,,((.((((......)))).)))))))........(((((((.,{.(((((....))))),||,......,,((((.(({{{,.........,((((((,...((,,{,...||{(((((..,,,,.{,,,((({((,,,,,,.}}}}}},)),,.,,,.,|||||||{,|.,,,,|||..{((.,{{|,,,..,)))).,..........|{|,||,|||..{(((((((((.(((((((((.....))},.))))))))))))))))|||,,|,}||......},}))},}})}}}}}}}}}}}}}}},|,|||,,,,,}|||,.}}}|||||{...{((((((((..{.((((((.((((((((.......(((((((.(.(({..{....}..).)).).))))))).......))))...((((({{(,((.(((((((((......))))))))).,),)})..))))).(((..((((((((((.{..((((((((.((((,({({{(({((({.(((((((((..........(({,(.((((......,,......,,,.)))).))))..)))))).))).}))}.)),)))),..{((..(((((((((((((.......))))))).))))))..,)}}...((((((...))))))....))))))))))))...}.)))}}))))))..)))((((,,.....((((((.......)))))),,..))))..}))).))))))...}..))))))))},(((((((((((((...)))))))))}}}))))))}.......)))),,.)))....,,..,..,.,...,},,,,.......(((((((((((....((((({...((((.((.(((((........))))).)))))).((((((.(((((((.(((,....,))).))))))).))))))..,.))))).(((......)))(((...,.{.(((((.....(((((...)))))...))))).}....})).))))))))))))))))))(((,((.......||,||,,,,,,))))},,||||,||}},})))))))))))))).)).,))}...})))))))))...)))).)))){((((((....((((((((((....)))))})))))....))))))).,)))))))))).}.})))).,}}..}}}}....)))))))))))),,,,,))),.,.......}})),))},)))))),.....
Back