Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001288992.3

Sequence Length

2221 nt

GC Content

0.5615

AUCCCCCUGCCUCAGUUCUGGUACCUGGGGUCAAAUCGGCUGUAGUGGUUGACUCUCAGGGCACCCGCUGCCGGGUCCCAGUCCACCUUUGCUACUUUGUCCUACUCCCAGCCCGCGGGCGCUAGGCUCGGGGGCGUGGCGCAUCCCUGACUCCGCCCCCGCCGCGGGGGGGCCUCUGGGGCCUGGUCGCCAUGGCGACCGGCUGUACGCUACCACAGCUUCCCAGGCCGCGGGUGCUGAUUGCCCGCCUGCCCGUGGGUCAUGGCCUGCCAGCAGUCGCGGUACCACAGCUUCUCGUCCGCGUCGAGAUUACAGCCACGGCCUUCAGGAGUGACCAUAGACGAAUCCUUUCUCACAGAAGACAAGAGCACCCAGAAUCGCAAGCUUCUUCAGAAACGAAGGACGCUGCCCACCAAAGGGAGAAGAUUCGGGCUCUGGAGCCCCUGAAGGCCAAGCUUGUCACUGUGAAUGAGGACUGCAAUGAGAGGAUCCUGGCCAUGAGAGCUGAGGAGAAAUAUGAAAUCUCCCUGCUCAAGAAAGAGAAGAUGAACUUGCUAAAACUCAUCGACAAAAAGAAUGAGGAGAAGAUUUCAUUGCAGAGCGAGGUGACCAAACUGAGGAAGAACUUGGCUGAGGAGUACCUGCACUACCUCAGUGAGCGAGAUGCCUGUAAGAUCCUCAUCGCAGACCUGAAUGAGCUGCGGUACCAGCGGGAGGACAUGUCAUUAGCCCAGUCGCCAGGCAUCUGGGGGGAGGACCCUGUGAAGUUAACCCUGGCUCUUAAGAUGACCCGGCAAGACCUGACCCGCACGCAGAUGGAACUCAACAACAUGAAGGCCAACUUUGGAGAUGUGGUCCCCAGGAGGGACUUUGAAAUGCAGGAGAAGACCAACAAGGAUCUUCAGGAGCAGGUGCUGGCAGGCAGGCAGGGCCAGGAGGGUAGGACGGGGUCUCACAGGUGGGGGGCCAGGGCCAAUGUCCUUGCCCACAGCUGGACACCCUGAGAGCCAGCUACGAGGAGGUUCGCAAGGAGCAUGAGAUCCUCAUGCAGCUGCACAUGAGCACGCUGAAGGAACGGGACCAAUUCUUCUCUGAGCUGCAGGAGAUCCAGCGCACUUCCACGCCGCGGCCUGACUGGACCAAGUGCAAAGAUGUGGUGGCUGGGGGCCCAGAGCGCUGGCAGAUGCUGGCUGAGGGCAAGAACAGCGACCAGCUGGUGGACGUGCUCCUGGAAGAGAUUGGUUCGGGGCUGCUGCGGGAGAAAGACUUCUUCCCUGGUCUGGGCUAUGGGGAAGCCAUCCCUGCUUUUCUUCGGUUUGAUGGCCUCGUGGAGAACAAGAAGCCAAGCAAGAAGGACGUGGUCAACCUCCUCAAGGAUGCCUGGAAGGAACGUCUUGCUGAGGAGCAGAAAGAGACGUUCCCAGAUUUCUUCUUCAAUUUCCUGGAGCAUCGCUUUGGGCCCAGUGAUGCCAUGGCCUGGGCUUAUACUAUUUUUGAAAAUAUCAAGAUCUUCCACUCCAACGAGGUUAUGAGUCAGUUCUAUGCAGUCUUGAUGGGAAAGCGGAGUGAGAAUGUGUAUGUCACCCAGAAGGAGACAGUAGCCCAGCUGCUGAAGGAGAUGACAAAUGCUGACAGUCAGAACGAGGGGCUACUAACCAUGGAGCAGUUCAACACUGUCCUCAAGAGUACCUUCCCUCUCAAGACAGAAGAGCAAAUCCAGGAGCUGAUGGAGGCAGGGGGCUGGCAUCCCAGCAGCAGCAAUGCAGACUUGCUCAACUACCGCUCACUGUUUAUGGAGGAUGAGGAGGGCCAGAGUGAGCCCUUUGUGCAAAAACUCUGGGAACAAUACAUGGAUGAGAAGGACGAGUACUUACAGCAGCUAAAGCAGGAGCUUGGCAUAGAACUCCAUGAGGAAGUGACUCUGCCCAAGCUGCGAGGGGGCCUGAUGACCAUCGACCCCAGCCUGGACAAGCAGACAGUGAACACCUACAUGAGCCAGGCCUUCCAGCUCCCUGAGUCGGAAAUGCCAGAGGAGGGUGACGAGAAGGAAGAAGCCGUGGUGGAAAUCCUCCAGACUGCCCUGGAGCGGCUUCAGGUGAUUGACAUCAGGCGUGUGGGACCUCGAGAGCCAGAGCCUGCAAGCUAGGAACUUGUGGGCAGCCUGCGUACUCCAGUCCUGCUAACCCCUAGCUUUUAAUAUAAAAGUGUUUGUCUGAAUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-855.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -895.36

Frequency: 0.0000

Diversity: 432.73

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(((((.((((((..(((.((((.((((((((....((((((.(((((((.(((((((((.(((((....))))).(((((((((((.((..((((((((((((((((.(((((((((((...((((.((((((((((.((..(((.((..((.((((((...))))))))..)).)))(((.((((((....))))))))).....))..)))).)).)))).))))((((((.......)))))).)))))))))))....(((((((((((.(.((((((((.(((((((..(((.(((..(((.((((((.((.((((((((((.((..(((.((.((((((..(((((.........................(((.((((((((......)))))).)))))((......)))))))))))))..)).))).)).))))))))))..((((((((((........(..(((((((((((...((((.(......((((.(.(((((.........)))))).))))........(..(((((..((....))..)))))..)........).)))).....)))))))))))..)..))))))....(((((......)))))(((((((((......))).)))))).))))....)).))))))....)))..))).)))..))...))))).)))))).(((((.((....(((.((.(((..((((((((((.((..((((.....))))..)).).....)))))).........)))..))))))))))..)))))....((.(((...(((......)))...))).))(((.(.....((((((.....))))))......).)))..(((((((.....)).)))))....)).).))))))))))).(((...))).)).))))))))))))))..)).)))))).((((.(((((....))))).))))...)))))...))))))))).)))))))..((((((.(((..((((((((((...)))))))((((((......))).)))((((((..........))))))((((.....))))...))).))).)))))).....)))))))))))...))).))))..)))..))).))).)))))(((((((.((((((....)))))).(((.((.....((((.....))))......)).)))((.(((........))).))(((((((((((((((....))))))).((((....))))..((((.(((((((((((((((..(((((((.((((((((((((((...((((.((...))....((((.((.....)).)))).(((((((((((((((((((((((((((....)))).....))))))))).(((.....))).....)))).)).))))).)))(((((((((....((....)))))))))))......((((((.....))))))))))...)))).))))))))))......(((((...(.(((((((.(((.....((.((((.(.......).)))))).(((((..((((((((((..((((((.((.(.........).))..))).)))......))))))))......(((.((((.....)))))))......)).)))))))).))))))).).)))))........))))))).)))))))))))..)))).)))).))))))))..((((.(...(((((.((...((.(.((.(((((.....))))).)))))...)))))))....).))))....))))))).........(((((.....((((((((((((.........(((((.(.(((((((((.((.(((((....)).)))..)).)).))))))).).(((((((((((((.(.(((.(((...((((((.....((...((.......))...))..))))))((((..((.((((...((((.....)).))..)))).).)..))))...(((((((...........((((((......))))))))))))).)))))).).))))))))..(((((((...(((.(((((.(((((((((.......)))))))))...))).)).)))..)))))))...))))).)))))........))))))))))))..)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

..,{(((({(((({.,{{{|{{{,.{{|({({.....||||{||(((((((.(((((((((.(((((....))))).(((((((((((.((..((((((((((((((((.(((((((((({...((((.(((((((((({({..(((.((..((.((((((...))))))))..)).)))(((.((((((....)))))))))....,)),,),}}.))},))).))))(((((({.....,)))))).}))))))))))....(((((((((((.(.((((((((.((((((((((,{.,,|.}||||,,(((({...((((((((((.((..(((.{(.((((({.,(((({...........{{,,..,..,..||((,{((((((((......)))))).))))){{......)))})}.))))))..)).))).)).))))))))))..}}||||{{(({{{,.{{((({(((((((((((...((((.,......((((.(.(((((.........)))))).))))........{..(((((..{{....}}..)))))..}........}.)))).....))))))))))).,{.,({{,.|,..,||,{{,.....}}|||(((((((((......))).))))))).,||,.,.,)}))}}....)))))}})))}),,..,,..,))))).)))))).(((((.{{.,,.(((.((.(((..((((((((({.((,,((({.....))))..)}.).....)))))).........)))..))))})))}),.)))))..,,{{.(((...(((......))}.,.))).}}{||.,.....((((((.....))))))......}.)}}..(((((((.....)).)))))....)).).))))))))))).(((...))).)).))))))))))))))..)).)))))),((((.(((((....))))).)))).,.)))))...))))))))).)))))))(((.(((((.(({....(((((((...)))))))((((((......))).))),......(.((((((((((((((((........))))}{((((.((((.(((((.((.(((((.......{||{.||,,....},.)})})))}).))((((..(({,(,(((....)))))))..)))).....((((.....))))))))).))))..)))))}}}}}))))))).).(((((((((((((((....)))))))|((((....)))}.,((((.((((((((((((((({.(((((((.((((((((((((((...((((.{{.,,||..{.((((.((.....)).))))}{{{((((((((((((((((((((((((....))))....,))))))))).{((.....}}}.....)))).)).))))).))){|(((((((,...,,.,,.})))))))))}......((((((.....))))))))))...)))),,))))))))).,....(((((...{.(((((((.(((((.{,{,.,(((,{..,,,,.,{||,||}....||.}}}((((((((..((((((.,(,,..,......).))..))).)))......)))))))).....,(({.{{{|,,.,,))}})})}}}...}}...)))))..))))))).}.)))))....,...))))))).)))))))))))..)))).)))).))))))))..})).))))).)))..,|,},|{|,.,{,{,,.,}}}},,))))}}))}(({{{{|,.||,,...,.))....})))))),.........{((((.....((((((((((((.........(((((.(.(((((((((.((.(((((....)),,))..)).))))}))))).).(((((((((((((.(.(((,{((...{(((((.,...{{...,{,,.....}}.,.))..)))))|(((({.,(.((((...((((.....)).)}..)))).).,,.)))),..(((((((,,,.......}|(((((......))))))))))))).)))))).).))))))))..(((((((.{.(((.(((((.(((((((((.......)))))))))...))).)).))).})))))))...))))).)))))........))))))))))))..))))}