Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001288993.3
Sequence Length
2348 nt
GC Content
0.5630
AUCCCCCUGCCUCAGUUCUGGUACCUGGGGUCAAAUCGGCUGUAGUGGUUGACUCUCAGGGCACCCGCUGCCGGGUCCCAGUCCACCUUUGCUACUUUGUCCUACUCCCAGCCCGCGGGCGCUAGGCUCGGGGGCGUGGCGCAUCCCUGACUCCGCCCCCGCCGCGGGGGGGCCUCUGGGGCCUGGUCGCCAUGGCGACCGGCUGUACGCUACCACAGCUUCCCAGGCCGCGGGUGCUGAUUGCCCGCCUGCCCGUGGGUCAUGGCCUGCCAGCAGUCGCGGUACCACAGCUUCUCGUCCGCGUCGAGAUUACAGCCACGGCCUUCAGGAGUGACCAUAGACGAAUCCUUUCUCACAGAAGACAAGAGCACCCAGAAUCGCAAGCUUCUUCAGAAACGAAGGACGCUGGAGCUGCCAGCAGCACCCCUUUCGCACUGCCAAGCCCCAGUACUUGGAGGAACUGGAAAACUACCUACGCAAGGAGCUCCUCCUGCUGGACCUGGGCACAGAUUCCACCCAGGAACUAAGGCUGCAGCCCACCAAAGGGAGAAGAUUCGGGCUCUGGAGCCCCUGAAGGCCAAGCUUGUCACUGUGAAUGAGGACUGCAAUGAGAGGAUCCUGGCCAUGAGAGCUGAGGAGAAAUAUGAAAUCUCCCUGCUCAAGAAAGAGAAGAUGAACUUGCUAAAACUCAUCGACAAAAAGAAUGAGGAGAAGAUUUCAUUGCAGAGCGAGGUGACCAAACUGAGGAAGAACUUGGCUGAGGAGUACCUGCACUACCUCAGUGAGCGAGAUGCCUGUAAGAUCCUCAUCGCAGACCUGAAUGAGCUGCGGUACCAGCGGGAGGACAUGUCAUUAGCCCAGUCGCCAGGCAUCUGGGGGGAGGACCCUGUGAAGUUAACCCUGGCUCUUAAGAUGACCCGGCAAGACCUGACCCGCACGCAGAUGGAACUCAACAACAUGAAGGCCAACUUUGGAGAUGUGGUCCCCAGGAGGGACUUUGAAAUGCAGGAGAAGACCAACAAGGAUCUUCAGGAGCAGGUGCUGGCAGGCAGGCAGGGCCAGGAGGGUAGGACGGGGUCUCACAGGUGGGGGGCCAGGGCCAAUGUCCUUGCCCACAGCUGGACACCCUGAGAGCCAGCUACGAGGAGGUUCGCAAGGAGCAUGAGAUCCUCAUGCAGCUGCACAUGAGCACGCUGAAGGAACGGGACCAAUUCUUCUCUGAGCUGCAGGAGAUCCAGCGCACUUCCACGCCGCGGCCUGACUGGACCAAGUGCAAAGAUGUGGUGGCUGGGGGCCCAGAGCGCUGGCAGAUGCUGGCUGAGGGCAAGAACAGCGACCAGCUGGUGGACGUGCUCCUGGAAGAGAUUGGUUCGGGGCUGCUGCGGGAGAAAGACUUCUUCCCUGGUCUGGGCUAUGGGGAAGCCAUCCCUGCUUUUCUUCGGUUUGAUGGCCUCGUGGAGAACAAGAAGCCAAGCAAGAAGGACGUGGUCAACCUCCUCAAGGAUGCCUGGAAGGAACGUCUUGCUGAGGAGCAGAAAGAGACGUUCCCAGAUUUCUUCUUCAAUUUCCUGGAGCAUCGCUUUGGGCCCAGUGAUGCCAUGGCCUGGGCUUAUACUAUUUUUGAAAAUAUCAAGAUCUUCCACUCCAACGAGGUUAUGAGUCAGUUCUAUGCAGUCUUGAUGGGAAAGCGGAGUGAGAAUGUGUAUGUCACCCAGAAGGAGACAGUAGCCCAGCUGCUGAAGGAGAUGACAAAUGCUGACAGUCAGAACGAGGGGCUACUAACCAUGGAGCAGUUCAACACUGUCCUCAAGAGUACCUUCCCUCUCAAGACAGAAGAGCAAAUCCAGGAGCUGAUGGAGGCAGGGGGCUGGCAUCCCAGCAGCAGCAAUGCAGACUUGCUCAACUACCGCUCACUGUUUAUGGAGGAUGAGGAGGGCCAGAGUGAGCCCUUUGUGCAAAAACUCUGGGAACAAUACAUGGAUGAGAAGGACGAGUACUUACAGCAGCUAAAGCAGGAGCUUGGCAUAGAACUCCAUGAGGAAGUGACUCUGCCCAAGCUGCGAGGGGGCCUGAUGACCAUCGACCCCAGCCUGGACAAGCAGACAGUGAACACCUACAUGAGCCAGGCCUUCCAGCUCCCUGAGUCGGAAAUGCCAGAGGAGGGUGACGAGAAGGAAGAAGCCGUGGUGGAAAUCCUCCAGACUGCCCUGGAGCGGCUUCAGGUGAUUGACAUCAGGCGUGUGGGACCUCGAGAGCCAGAGCCUGCAAGCUAGGAACUUGUGGGCAGCCUGCGUACUCCAGUCCUGCUAACCCCUAGCUUUUAAUAUAAAAGUGUUUGUCUGAAUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-900.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -942.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 475.16
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.((((((..(((.((((.((((((((....((((((.(((((((.(((((((((.(((((....))))).(((((((((((.((..((((((((((((((((.(((((((((((...((((.((((((((((.((..(((.((..((.((((((...))))))))..)).)))(((.((((((....))))))))).....))..)))).)).)))).))))((((((.......)))))).)))))))))))....(((((((((((.(.((((((((.(((((((..(((.(((..(((.((((((.((.((((((((((.((..(((.((.((((((..(((((.............((..........)).(((((((((......)))))).)))((.((((....)))).))(((((.(..((((..((((..(((.(((((.(((((((.....(((.(((.(((.((((...))))))))))...)))...))).))))..))))).)))..))))))))..)...))))))))))))))))..)).))).)).))))))))))..((((((((((........(..(((((((((((...((((.(......((((.(.(((((.........)))))).))))........(..(((((..((....))..)))))..)........).)))).....)))))))))))..)..))))))....(((((......)))))(((((((((......))).)))))).))))....)).))))))....)))..))).)))..))...))))).)))))).(((((.((....(((.((.(((..((((((((((.((..((((.....))))..)).).....)))))).........)))..))))))))))..)))))....((.(((...(((......)))...))).))(((.(.....((((((.....))))))......).)))..(((((((.....)).)))))....)).).))))))))))).(((...))).)).))))))))))))))..)).)))))).((((.(((((....))))).))))...)))))...))))))))).)))))))..((((((.(((..((((((((((...)))))))((((((......))).)))((((((..........))))))((((.....))))...))).))).)))))).....)))))))))))...))).))))..)))..))).))).)))))(((((((.((((((....)))))).(((.((.....((((.....))))......)).)))((.(((........))).))(((((((((((((((....))))))).((((....))))..((((.(((((((((((((((..(((((((.((((((((((((((...((((.((...))....((((.((.....)).)))).(((((((((((((((((((((((((((....)))).....))))))))).(((.....))).....)))).)).))))).)))(((((((((....((....)))))))))))......((((((.....))))))))))...)))).))))))))))......(((((...(.(((((((.(((.....((.((((.(.......).)))))).(((((..((((((((((..((((((.((.(.........).))..))).)))......))))))))......(((.((((.....)))))))......)).)))))))).))))))).).)))))........))))))).)))))))))))..)))).)))).))))))))..((((.(...(((((.((...((.(.((.(((((.....))))).)))))...)))))))....).))))....))))))).........(((((.....((((((((((((.........(((((.(.(((((((((.((.(((((....)).)))..)).)).))))))).).(((((((((((((.(.(((.(((...((((((.....((...((.......))...))..))))))((((..((.((((...((((.....)).))..)))).).)..))))...(((((((...........((((((......))))))))))))).)))))).).))))))))..(((((((...(((.(((((.(((((((((.......)))))))))...))).)).)))..)))))))...))))).)))))........))))))))))))..)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{(((({(((({.,{{{|{{{,.{{|({({.....||||{||(((((((.(((((((((.(((((....))))).(((((((((((.((..((((((((((((((((.(((((((((({...((((.(((((((((({({..(((.((..((.((((((...))))))))..)).)))(((.((((((....)))))))))....,)),,),}}.))},))).))))(((((({.....,)))))).}))))))))))....(((((((((((.(.((((((((.((((((((((,{.,,|.}||||,,(((({...((((((((((.((..(({.{(.{((({{.,{({{{...,,,|...,{{((.,,..,,,{{.,.{((((((((......)))))).})}{{.((((...,)})).,{(((({.{..((((..((((..(((.(({((.((({(((.....{,,,(({.((,{((((...))))))))))..,|||,..}}).}))).,))))).})}..))))))))..}...}))))),,,.)))))),,)),))).)).))))))))))..}}||||{{(({{{,.{{((({(((((((((((...((((.,......((((.(.(((((.........)))))).))))........{..(((((..{{....}}..)))))..}........}.)))).....))))))))))).,{.,({{,.|,..,||,{{,.....}}|||(((((((((......))).))))))).,||,.,.,)}))}}....)))))}})))}),,..,,..,))))).)))))).(((((.{{.,,.(((.((.(((..((((((((({.((,,((({.....))))..)}.).....)))))).........)))..))))})))}),.)))))..,,{{.(((...(((......))}.,.))).}}{||.,.....((((((.....))))))......}.)}}..(((((((.....)).)))))....)).).))))))))))).(((...))).)).))))))))))))))..)).)))))),((((.(((((....))))).)))).,.)))))...))))))))).)))))))(((.(((((.(({....(((((((...)))))))((((((......))).))),......(.((((((((((((((((........))))}{((((.((((.(((((.((.(((((.......{||{.||,,....},.)})})))}).))((((..(({,(,(((....)))))))..)))).....((((.....))))))))).))))..)))))}}}}}))))))).).(((((((((((((((....)))))))|((((....)))}.,((((.((((((((((((((({.(((((((.((((((((((((((...((((.{{.,,||..{.((((.((.....)).))))}{{{((((((((((((((((((((((((....))))....,))))))))).{((.....}}}.....)))).)).))))).))){|(((((((,...,,.,,.})))))))))}......((((((.....))))))))))...)))),,))))))))).,....(((((...{.(((((((.(((((.{,{,.,(((,{..,,,,.,{||,||}....||.}}}((((((((..((((((.,(,,..,......).))..))).)))......)))))))).....,(({.{{{|,,.,,))}})})}}}...}}...)))))..))))))).}.)))))....,...))))))).)))))))))))..)))).)))).))))))))..})).))))).)))..,|,},|{|,.,{,{,,.,}}}},,))))}}))}(({{{{|,.||,,...,.))....})))))),.........{((((.....((((((((((((.........(((((.(.(((((((((.((.(((((....)),,))..)).))))}))))).).(((((((((((((.(.(((,{((...{(((((.,...{{...,{,,.....}}.,.))..)))))|(((({.,(.((((...((((.....)).)}..)))).).,,.)))),..(((((((,,,.......}|(((((......))))))))))))).)))))).).))))))))..(((((((.{.(((.(((((.(((((((((.......)))))))))...))).)).))).})))))))...))))).)))))........))))))))))))..))))}
Back