Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001288994.3
Sequence Length
2024 nt
GC Content
0.5697
AUCCCCCUGCCUCAGUUCUGGUACCUGGGGUCAAAUCGGCUGUAGUGGUUGACUCUCAGGGCACCCGCUGCCGGGUCCCAGUCCACCUUUGCUACUUUGUCCUACUCCCAGCCCGCGGGCGCUAGGCUCGGGGGCGUGGCGCAUCCCUGACUCCGCCCCCGCCGCGGGGGGGCCUCUGGGGCCUGGUCGCCAUGGCGACCGGCUGUACGCUACCACAGCUUCCCAGGCCGCGGGUGCUGAUUGCCCGCCUGCCCGUGGGUCAUGGCCUGCCAGCAGUCGCGGUACCACAGCUUCUCGUCCGCGUCGAGAUUACAGCCACGGCCUUCAGGAGUGACCAUAGACGAAUCCUUUCUCACAGAAGACAAGAGCACCCAGAAUCGCAAGCUUCUUCAGAAACGAAGGACGCUGGUGACCAAACUGAGGAAGAACUUGGCUGAGGAGUACCUGCACUACCUCAGUGAGCGAGAUGCCUGUAAGAUCCUCAUCGCAGACCUGAAUGAGCUGCGGUACCAGCGGGAGGACAUGUCAUUAGCCCAGUCGCCAGGCAUCUGGGGGGAGGACCCUGUGAAGUUAACCCUGGCUCUUAAGAUGACCCGGCAAGACCUGACCCGCACGCAGAUGGAACUCAACAACAUGAAGGCCAACUUUGGAGAUGUGGUCCCCAGGAGGGACUUUGAAAUGCAGGAGAAGACCAACAAGGAUCUUCAGGAGCAGGUGCUGGCAGGCAGGCAGGGCCAGGAGGGUAGGACGGGGUCUCACAGGUGGGGGGCCAGGGCCAAUGUCCUUGCCCACAGCUGGACACCCUGAGAGCCAGCUACGAGGAGGUUCGCAAGGAGCAUGAGAUCCUCAUGCAGCUGCACAUGAGCACGCUGAAGGAACGGGACCAAUUCUUCUCUGAGCUGCAGGAGAUCCAGCGCACUUCCACGCCGCGGCCUGACUGGACCAAGUGCAAAGAUGUGGUGGCUGGGGGCCCAGAGCGCUGGCAGAUGCUGGCUGAGGGCAAGAACAGCGACCAGCUGGUGGACGUGCUCCUGGAAGAGAUUGGUUCGGGGCUGCUGCGGGAGAAAGACUUCUUCCCUGGUCUGGGCUAUGGGGAAGCCAUCCCUGCUUUUCUUCGGUUUGAUGGCCUCGUGGAGAACAAGAAGCCAAGCAAGAAGGACGUGGUCAACCUCCUCAAGGAUGCCUGGAAGGAACGUCUUGCUGAGGAGCAGAAAGAGACGUUCCCAGAUUUCUUCUUCAAUUUCCUGGAGCAUCGCUUUGGGCCCAGUGAUGCCAUGGCCUGGGCUUAUACUAUUUUUGAAAAUAUCAAGAUCUUCCACUCCAACGAGGUUAUGAGUCAGUUCUAUGCAGUCUUGAUGGGAAAGCGGAGUGAGAAUGUGUAUGUCACCCAGAAGGAGACAGUAGCCCAGCUGCUGAAGGAGAUGACAAAUGCUGACAGUCAGAACGAGGGGCUACUAACCAUGGAGCAGUUCAACACUGUCCUCAAGAGUACCUUCCCUCUCAAGACAGAAGAGCAAAUCCAGGAGCUGAUGGAGGCAGGGGGCUGGCAUCCCAGCAGCAGCAAUGCAGACUUGCUCAACUACCGCUCACUGUUUAUGGAGGAUGAGGAGGGCCAGAGUGAGCCCUUUGUGCAAAAACUCUGGGAACAAUACAUGGAUGAGAAGGACGAGUACUUACAGCAGCUAAAGCAGGAGCUUGGCAUAGAACUCCAUGAGGAAGUGACUCUGCCCAAGCUGCGAGGGGGCCUGAUGACCAUCGACCCCAGCCUGGACAAGCAGACAGUGAACACCUACAUGAGCCAGGCCUUCCAGCUCCCUGAGUCGGAAAUGCCAGAGGAGGGUGACGAGAAGGAAGAAGCCGUGGUGGAAAUCCUCCAGACUGCCCUGGAGCGGCUUCAGGUGAUUGACAUCAGGCGUGUGGGACCUCGAGAGCCAGAGCCUGCAAGCUAGGAACUUGUGGGCAGCCUGCGUACUCCAGUCCUGCUAACCCCUAGCUUUUAAUAUAAAAGUGUUUGUCUGAAUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-785.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -823.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 387.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.((((((..(((.((((.((((((((....((((((.(((((((.(((((((((.(((((....))))).(((((((((((.((..((((((((((((((((.(((((((((((...((((.((((((((((.((..(((.((..((.((((((...))))))))..)).)))(((.((((((....))))))))).....))..)))).)).)))).))))((((((.......)))))).)))))))))))....(((((((((((.(.((((((((.(((((((..(((.(((..(((.((((((.(((.((((((((..((.((((..(.((..((((((......(((((....(((..............))))))))......))))))))))))).))....)))))).......(.((((((((((......))).))))))).)))..).)).))))))....)))..))).)))..))...))))).)))))).(((((.((....(((.((.(((..((((((((((.((..((((.....))))..)).).....)))))).........)))..))))))))))..)))))....((.(((...(((......)))...))).))(((.(.....((((((.....))))))......).)))..(((((((.....)).)))))....)).).))))))))))).(((...))).)).))))))))))))))..)).)))))).((((.(((((....))))).))))...)))))...))))))))).)))))))..((((((.(((..((((((((((...)))))))((((((......))).)))((((((..........))))))((((.....))))...))).))).)))))).....)))))))))))...))).))))..)))..))).))).)))))(((((((.((((((....)))))).(((.((.....((((.....))))......)).)))((.(((........))).))(((((((((((((((....))))))).((((....))))..((((.(((((((((((((((..(((((((.((((((((((((((...((((.((...))....((((.((.....)).)))).(((((((((((((((((((((((((((....)))).....))))))))).(((.....))).....)))).)).))))).)))(((((((((....((....)))))))))))......((((((.....))))))))))...)))).))))))))))......(((((...(.(((((((.(((.....((.((((.(.......).)))))).(((((..((((((((((..((((((.((.(.........).))..))).)))......))))))))......(((.((((.....)))))))......)).)))))))).))))))).).)))))........))))))).)))))))))))..)))).)))).))))))))..((((.(...(((((.((...((.(.((.(((((.....))))).)))))...)))))))....).))))....))))))).........(((((.....((((((((((((.........(((((.(.(((((((((.((.(((((....)).)))..)).)).))))))).).(((((((((((((.(.(((.(((...((((((.....((...((.......))...))..))))))((((..((.((((...((((.....)).))..)))).).)..))))...(((((((...........((((((......))))))))))))).)))))).).))))))))..(((((((...(((.(((((.(((((((((.......)))))))))...))).)).)))..)))))))...))))).)))))........))))))))))))..)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{(((({(((({.,{{{|{{{,.{{|({({.....||||{||(((((((.(((((((((.(((((....))))).(((((((((((.((..((((((((((((((((.(((((((((({...((((.(((((((((({({..(((.((..((.((((((...))))))))..)).)))(((.((((((....)))))))))....,)),,),}}.))},))).))))(((((({.....,)))))).}))))))))))....(((((((((((.(.((((((((.(((((((..(((.(((..((({((((((.({,.{(((((((..((.(((,..{.{(..((((((.{,...(((({...,{((...,......|,..}}}))))).,....))))))})))))).))....)))))).....,|(,((((((((((......))).))))))).}}},.,.}).))))),.,),}))..))).)))..))..,))))).)))))).(((((.{{.,,.(((.((.(((..((((((((({.((,,((({.....))))..)}.).....)))))).........)))..))))})))}),.)))))..,,{{.(((...(((......))}.,.))).}}{||.,.....((((((.....))))))......}.)}}..(((((((.....)).)))))....)).).))))))))))).(((...))).)).))))))))))))))..)).)))))),((((.(((((....))))).)))).,.)))))...))))))))).)))))))(((.(((((.(({....(((((((...)))))))((((((......))).))),......(.((((((((((((((((........))))}{((((.((((.(((((.((.(((((.......{||{.||,,....},.)})})))}).))((((..(({,(,(((....)))))))..)))).....((((.....))))))))).))))..)))))}}}}}))))))).).(((((((((((((((....)))))))|((((....)))}.,((((.((((((((((((((({.(((((((.((((((((((((((...((((.{{.,,||..{.((((.((.....)).))))}{{{((((((((((((((((((((((((....))))....,))))))))).{((.....}}}.....)))).)).))))).))){|(((((((,...,,.,,.})))))))))}......((((((.....))))))))))...)))),,))))))))).,....(((((...{.(((((((.(((((.{,{,.,(((,{..,,,,.,{||,||}....||.}}}((((((((..((((((.,(,,..,......).))..))).)))......)))))))).....,(({.{{{|,,.,,))}})})}}}...}}...)))))..))))))).}.)))))....,...))))))).)))))))))))..)))).)))).))))))))..})).))))).)))..,|,},|{|,.,{,{,,.,}}}},,))))}}))}(({{{{|,.||,,...,.))....})))))),.........{((((.....((((((((((((.........(((((.(.(((((((((.((.(((((....)),,))..)).))))}))))).).(((((((((((((.(.(((,{((...{(((((.,...{{...,{,,.....}}.,.))..)))))|(((({.,(.((((...((((.....)).)}..)))).).,,.)))),..(((((((,,,.......}|(((((......))))))))))))).)))))).).))))))))..(((((((.{.(((.(((((.(((((((((.......)))))))))...))).)).))).})))))))...))))).)))))........))))))))))))..))))}
Back