Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001289025.3
Sequence Length
4872 nt
GC Content
0.5053
AGUUGCUGUGGAAGCCCCAUAGGCAGGAGGCCCCCGGGCAGCACAUCCUGUCUGCUUGUGUCUGCUGCAGAGUUCUGUCCUUGCAUUGGUGCGCCUCAGGCCAGGCUGCACUGCUGGGACCUGGGCCAUGUCUCCCCACCCCACCGCCCUCCUGGGCCUAGUGCUCUGCCUGGCCCAGACCAUCCACACGCAGGAGGAUCUGCCCAGACCCUCCAUCUCGGCUGAGCCAGGCACCGUGAUCCCCCUGGGGAGCCAUGUGACUUUCGUGUGCCGGGGCCCGGUUGGGGUUCAAACAUUCCGCCUGGAGAGGGACAGUAGAUCCACAUACAAUGAUACUGAAGAUGUGUCUCAAGCUAGUCCAUCUGAGUCAGAGGCCAGAUUCCGCAUUGACUCAGUAAGAGAAGGAAAUGCCGGGCUUUAUCGCUGCAUCUAUUAUAAGCCCCCUAAAUGGUCUGAGCAGAGUGACUACCUGGAGCUGCUGGUGAAAGAAAGCUCUGGAGGCCCGGACUCCCCGGACACAGAGCCCGGCUCCUCAGCUGGACCCACGCAGAGGCCGUCGGACAACAGUCACAAUGAGCAUGCACCUGCUUCCCAAGGCCUGAAAGCUGAGCAUCUGUAUAUUCUCAUCGGGGUCUCAGUGGUCUUCCUCUUCUGUCUCCUCCUCCUGGUCCUCUUCUGCCUCCAUCGCCAGAAUCAGAUAAAGCAGGGGCCCCCCAGAAGCAAGGACGAGGAGCAGAAGCCACAGCAGAGGCCUGACCUGGCUGUUGAUGUUCUAGAGAGGACAGCAGACAAGGCCACAGUCAAUGGACUUCCUGAGAAGGACAGAGAGACGGACACCUCGGCCCUGGCUGCAGGGAGUUCCCAGGAGGUGACGUAUGCUCAGCUGGACCACUGGGCCCUCACACAGAGGACAGCCCGGGCUGUGUCCCCACAGUCCACAAAGCCCAUGGCCGAGUCCAUCACGUAUGCAGCCGUUGCCAGACACUGACCCCAUACCCACCUGGCCUCUGCACCUGAGGGUAGAAAGUCACUCUAGGAAAAGCCUGAAGCAGCCAUUUGGAAGGCUUCCUGUUGGAUUCCUCUUCAUCUAGAAAGCCAGCCAGGCAGCUGUCCUGGAGACAAGAGCUGGAGACUGGAGGUUUCUAACCAGCAUCCAGAAGGUUCGUUAGCCAGGUGGUCCCUUCUACAAUCGAGCAGCUCCUUGGACAGACUGUUUCUCAGUUAUUUCCAGAGACCCAGCUACAGUUCCCUGGCUGUUUCUAGAGACCCAGCUUUAUUCACCUGACUGUUUCCAGAGACCCAGCUAAAGUCACCUGCCUGUUCUAAAGGCCCAGCUACAGCCAAUCAGCCGAUUUCCUGAGCAGUGAUGCCACCUCCAAGCUUGUCCUAGGUGUCUGCUGUGAACCUCCAGUGACCCCAGAGACUUUGCUGUAAUUAUCUGCCCUGCUGACCCUAAAGACCUUCCUAGAAGUCAAGAGCUAGCCUUGAGACUGUGCUAUACACACACAGCUGAGAGCCAAGCCCAGUUCUCUGGGUUGUGCUUUACUCCACGCAUCAAUAAAUAAUUUUGAAGGCCUCACAUCUGGCAGCCCCAGGCCUGGUCCUGGGUGCAUAGGUCUCUCGGACCCACUCUCUGCCUUCACAGUUGUUCAAAGCUGAGUGAGGGAAACAGGACUUACGAAAACGUGUCAGCGUUUUCUUUUUAAAAUUUAAUUGAUCAGGAUUGUACGUAUUCAAGGUGUAAAAUGUGAUAAUUUGUCGUACACGUACAUUGUGCAAUGACAGUCACAAUCAAUUCCUCAGCGCACCCAUCGCCACAGAUACGAUACAUUAGAUAUUCUGAACUUGCUCAUCUUAGGACUUCACAUUGGUGUCAGUGUUUUCUGACAAAUCACGUGUAUCAGGAAUGAAUGAGGGAGGUGUGGCUGGGUGAAGGCAGAGAGCCGACCCUACAGGUCCACAUCUGCACAUACAUGCACAGGAAUGCAUGCUCUCACACACAUGCAUACACACACGCACACACACAGACAUGCACAUACACUCACACGCCCCAGGAAAUCCAAGGAAUCACUGAGCCUGCUGUUGGUUGAGGCAUUUCUGAGUAUCCACCCUACCUGUAGGGUCAGAUGUACUGAUUGACACAGAAAAUUACCCUAUGUACCACUAGGAGGCGGCAGAAUCUCAUUUGGGUUAAUCUGUGUUUGUCUUUAAAAAACAAAAACAGGCCGGGCAUGGAGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGUGGGCGGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAAUUAGCCGGGUGUGGUGGUGGGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGGAGGAGAAUGGCGUGAACCCGGGAGGCGGAGUUUGCAGUGAGCCGAGGUGGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCGAGACUCCGUCAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAGAUUUUUAAGAAUUCAGCAAAAACUCAGCCAGCUCUUUCUAUGGGGCAGUUGCUAAUUUAGUUCUAGGCAAACGUGGACACAUUAAAUUCUCCUACAAACCCUCCACAGCGUGCUCUAUUAUUUUCCUCAUUUAUAAAAACAGAAACUAUGGACCGAGACAUGAAGUAACCUGUCCAAGGUCGGCCAAGUCUCAGAGACAGGGGCUUCAGACCCACCUGAGGCUCCUGACUCCACAUUAUGAACCCCGGGAUGGGCUGCAGCUCGGUCUGCUGGGAGGUUUCUGUGCUGGUUCAAAGAGGGUGGUACCUGACUGGCCUACCCAAUUUUAAUUUGUACUGAGCUUUAAUUUUCUAUUUGUGCUCAGGUUUAAUUUCCUCCUGGGAUCUGCUUCCCAGUGCUGUACUCUGUAUCUUUGCUUUCUUGUGUGAACAUUGUGACCGAUUUUCCCUGUUCUUCACGUGGGACACAUUCUCCCUGCUCUGUCUGUCUCUGUCCCUGUCUCUCUUUCUGUCUUUCUCUCUCACUGUGUGUCUCUCUGUCUCUCUCUCUCUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUUUCGCUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCACAAUCUUGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGCAGCUGGGAUUACAGGCAUGCACCACCACACACGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUGUUAGAGACGGGGGGCUCUCCAUGUUGCUCAGGCUGGUCUUGAACUCCCGACCUCAGGUGAUCUGCCCACCUCAGCCUCCCAAAGUCCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACUGCGUCCAGCCGUCUUUGUCUCUUUUUCUACAUCUCUGUCUUUCUUCUCUGGUUGUUUUUCAACCAUCAGCUGGGUGUUUUCUCCCAUAACGUCUUGUUUGUUUGACUAUGAGGUUGACAGGUGGGUACAUGAACUCUAUAGCAGAAGGUGGACAGUCUGCACAUAGCAGAGGAUGGGUGAAUUUUUCUACCCCUUGCAGAGCACAGGAGAGCUGAGCAGAUGCCAGUGUCUGCUCCAGUGUAAGGAAGUCCAGGAAGUUCAGGUGGUGAGGUCACAGUGGAAAGCAGGACAGAUAGAGUUUAGGGGAAAUUAAGCAAAAAUACCACACUGUUAUUUCUUGACAUAUUAGUGGAAAGAGGAAGGGCCCAGAGAGAAGACAGAAAAUUAGAUGCAGGGGCUUGUUUUUUCUCUUGACUUGCCAACCCGCCCAACGCAGGGGCCAGAACUCAGGGUGGUGAGAUCUGGGAACAUUGCUGUGCGGAGAAGAUGUCCCUCCUGCUGCACGGGCCCCCAAGCACCACCUGGGGGAAGAGCCAUGUUUAAUUCACCUGGCAGUGCAGUGUGGCCAGGCAGAGAGGGAGGGCCUACCCUGUGCUUAUGAUCCCACCCCAGUUCCCCUGGGGUGUGCCCUGGCGGUGAACACCAGGAGGCUGCAGUGGGGCCCAACGUGAAAGGGAGGAGCAGCCUCACCGGGGCCAGAUGGGGCAGCAGCAGAUAUUCACAGAUGUCCCUGUGAGUAACCAGGGCAGAGGCCAGGGGUCUGGCCUUCCCUUUCUUGGAGCCCUGGGCCAGCUGGGCAAGGCGUUGAGAGAAAGAUUACCCGGUGACCUUUAUCAAAGCAGAGUAAGGAGGGCUUUAUUCAGAACCAUCACUGUAGGUACCAGGACCCCAGCGGUGGGAUUUUGUAGUAGGGGAAAGAAAAUGGGCUCGACGUUGAAUACAGCAUGAACAAGUGAGAAUGUUUGUUAUACAAACUAUAGGGUGGACUUUUUUUUUCUUUUUUUUAACUUUUUUUUACCUUUUAGUGUAAAACUGAACAUAGAAAAUAAAUUCAUGAAGAAGGGAUAUUUUCUGAGGGUGUCCAGGGCUGCCCAACACCUCGUCUACCUUCUCUGUCAUAGCCCCAUUUAAAACACUCUCUCUGGAUGAAUACACCAAACCUCACAGUCUUUGCUCUCUUGCUAGGAAGAGGAGCAAGAGCGUGUUUCACUCUUGGCUCCUGCUUACACACCUGCUGUCCAAUGGAAACUACUACUUAAGACAUUUAAAAAUAGUUGUGGUGAUAGCAUGUUGUGUUUUGGUUGGUGAUGCCAGUUAGUCUCUGAAAACUUUCUGUGAUGAGUGUAAAAUUCUACACCUUAAUCUCCUUUCUUGUAGGAUCUGGGAAGCAGUAUGCACUUGAUUGCACCAAAGAUUUUACGUUCAUAGAAAAUUUCUGGCAUCUGUGUGAAGAAAGUAAACUAUAUCUUCCAUUUAGACAAAUAAAAUAUCUUUUUGAUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1929.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -2009.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 1113.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((...(((((((..(((...((((((((((...((((((...(((((.(((((.((((((((...)))).....(((((.(((...((((((((......)))).))))))).)))))((((((((.((.....(((......((((....))))...)))....)).))))))))......)))).))))))))))))))))......((((....(((((...(((((...(((.(((..((((((((((..(.(.((((.((((.((((((.((((.((((((......)))))).))))....(((((((.((..(((((...............)))))..))..))).))))..(((((((((..((........)).)))))))))...............(((((((((...(((...(((.((((.(((..((((..(((((..........)))))..))).)..))).)))).))).)))....)))))))))...)))))))))))))))).))))))))))..)))..)))(((((((((((.((......(((((((((.((((((.(((........)))......((((((((((((((...((((((..((((((((.((((((((..(((.((((((.((((((((.(((((((((((((.((...((..............)).))))).....)))))..))))).)))))(((.(((((...(((....)))...))))).)))........))).)))))).))).)))))))).).....))))))).))))))..)))))...(((..(((((((((((((....))))).....))..)))))).))).)))))))))((.(((.(((((((((.....)))).......((((((((....)))))))).....))))))))))((.....))..))))))...)))))........))))......)).))..))))))))).(((.(((((........))))))))....)))))...)))))...)))).))))))))))))).....(((((((.......((((((((((.......(((((.....(((((.(((((((((((((((........((((((((.((((....)))).((((.(((((((((((((((((((((((.(((((..(((((.....)))))...))))).))....)))...))))..(((((((((((.(((((.(((..........)))...))))).))))))..)))))(((((.((((((((((((...(((((.(((.(((..((((....))))..))))))..........((((..(((..(((((.((.(((.((((.((...))))))))))).)).)))...))).....((((((.((((((..((((...((((((.(((.....(..(((((...((((.((((.(.((.(((((....((((.(((((..(((((((....)))))))..)))))....(((.((((.................(((........))).((((((((......)))))).))...(((((...)))))..((((((((((((.(((((......))))).(((((..........)))))((((((((....))))))))............(((((((...((((((.(((...((.((((((...(((((((...)))))))....)))))).))..)))))))))...))))))).........(((((..((((((...........(((((...))))).(((.(((((.(((...((..(((((((((((((......))))))..))).))))...))...)))))))).))).)))))))))))))))))))))))..((((((((((((((.....((((......))))..)))(((((((..........)))))))..............((.((((.((((.((..((..((((.((..(((..(.((....)).)..))).)).)).)).))..))..)))).)))).))..........)))))))))))(((((((..(((.((((((((.....((((.(((........(((..(....)..))))))..))))...)))))))).)))........(((((.((.(((.((((.(((.((((((.((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((.((((((.((((.((.((..((((.((((((.(((((((((((((((.(((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((.((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((..(((.((((.....(((...(((........((((..(((((......))))).))))............((((((...(((((........................)))))....))).))).....................(((((((....((((.(((((.((..((.((((.....))))..)))).))))).(((.((((((((((((......)))))))))))).)))...............((((((((..((((..(((...((.((((((.....((((.((((.(((..((((((..((.....)).))))))..))).)))).)))).((((...(((.....)))...))))(((........))).((((((......))))))...........(((....))).....(((((...(((.((((..(((.......)))..)))))))..))))).)))))).)).))).)))).)))))))).))))...)))))))............)))....)))....)))).)))...)))))))))))))))))..))))))))))))))).))))))))))))))))))))).)))))).))))))))))))))))).)))))))))))))))))).)).)))))))).))))))))))))))).)))))))))))))))))).))))))))))).)))))))))))))))))))))).))))))..))))..)).)).)))))).)))).))))))))).)))).))))))..))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))).)))))).))).)))).))))).))))).........)))))))((((((.((((((.((((((.....))))))...((((((.((((...(((((...(((...(((((......)))))...)))..))))).....)))).)).)))))))))).))))))(((((.....))))).)))).)))............((((((...))).)))..))))((((((((......))))))))..))))))).))))))))).)))))..)))).))))))..)).))..)))))).))))))..((((((......)))))).......((((..(((((.....))))).....))))...))))..)))))...)))....))))..........))))))))))..(((((((((((((..(((..(((((.....)).))).(((((.((((......)))).)))))........((((((((((.((......)).)).)))))))).((((((.(.....).))))))....((((.((.......)).)))).((.((((.(((((.(((((((((((((((((..(((((.((((.......((((((((.....))))))))((((((((.(.((....(((...((((.(.(((((((((..(.......)..))....))))))).).))))...))).....)).)...(((((((((......))))))))).)))))))).)))))))))....))))))))))))))....)))...))))))))).))..))))))))))))))))......(((((...)))))......((((((((....))))))))....(((((.(((..(((......))).))).))))))))..))))).))))))....(((((((((.(((((((....))))..........((((..((((((...))))))....((((((((...((((((((((..........(((((((...((((((.....))))))..))))))).........))))))))))..........((((((...(((...))).)))))).)))))))))))).)))..)).)))))))....))))...))))))))........))))))).)))))))))))))....)))))((((((((((((((.(.....).))))).)))))).)))((((((.(((((((........(((((.(((................))).)))))))))))).).)))))))))))))))((((((((...........(((.(((((((((...(((((......)))))................(((((((((..(..(((((.........)))))..)..)))))))))..))))))))).)))))))))))...))))))).............)))))))...)))........((((.....))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((...(((((((..{{{,,{((((((((((..,((((((...({{{{,|||||.{({(((((..{(((|,,.{,{((({.((,..{((({({((..,,,,||||.||||||},|||},.((((,...,....}}}}.}}}}..((((....)))).,}))))...))}))))),)),,,,.,))}}.))))))))))))))}),}....((((..,.(((((...(((((...(((.(((..((((((((((..(.(.((((.((((.((((((.({((,({((((......}}|||}.},)),|..(((((((.((..(((((.,........,....))))),,)}..))).))))..(((((((((..((........)).)))))))))........,.....,{{(((((({...{{{...{{,.{{{,,|||,,,{,...{||||,,.,,.,.,,))}},.{|||{{{{,||..,,..))..)))}})})})))))}),},)))))))))))))))}.))))))))))..)))..)))((((((((((,.((.,....(((,(((((.(({(((.{{{{,,.....})),.....((((((((((((((...((((((..(((((({(,((((((((..(((.((((((.((((((((.(((((((((((((,({..,{{..........,...)}.))))}....,)))))..))))).))))).((,({{,{{{{({{,{{,|.,.,,}})))})))..,}}}}.))).)))))).))).)))))))).,....,))))))).))))))..))))}...(((..(((((((((((((....)))))....,),..)))))).))).)))))))))((,((,.{((((((((.....))))...,,,,((((((((....)))))))).....|||}}})))},.}}}}.....}}})))}},)))))...},,.,))}}......,,....,))))))))).(((,{((((.{,...,}))))))))....)))))...)))))...)))).))))))))))}}}.....(((((((.{{,...((((((((({...,..{(((((..,..(((((.{((((((((((((((........((((((((.(({,.,..,|||.,{{|,{(((({((((({,{{((,{{(((,(((((..(((((.....)))))...))))},}{((({((((((,{(((((((((((((((.(((((.(((..........)))...))))).)))))}.,})}},.{{{{.,,,((((.,,,,..}|||,,.|{{.{||,.{{((,...}}}|{{||||||{((({{....,..,,.(((..(((((.((.(((.((((.({...}))))))))}),)).)))...}}},,...,{{{{{.,,,((({,{{{,...(({{{({,,,||||||..({({,,{,{{{{{(,(((((.........}}}}}}},((((({.(((((((....)))))))}.))))}..{{{..,.{(((({....{{{{{{{{{{(((........))).((((((((......)))))).))...(((((...)))))..,{({((((((((((((((......))))}.|||||}}...}}}}......((((((((....)))))))).,}}}}}}}}}..||||||,.}||{((({((({{{,,,(({({....((((((....{(((({.{{{{.....))))..)))))))))}}}.,,.,}.,}},,||{,,,,...}}||.,,}}}}}}.}}}}{{{{{...))))}.||,,|||,,,|}}}}}|,,,,,.||||{(((((......)))))}.})))},))).}))))},,}..})))}))).)))))))))))|||||||||||}..((((((((((((.......((((......))))..||.(((((((..........)))))))..............,{.((((.((((.((..((..{(((.((..(((,,,.((....)).}..))).)}.}).)).})..))..)))).)))).)}.........)))))))))))),{,{{{{..(((.((((((((.....((((.(((..,,....{{{,,{.,..}..}}}))}..))))...)))))))).)))....,,,.(((((.((.(((.((((.(((.((((((.((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((.((((((.((((.((.((..((((.((((((.(((((((((((((((((((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((.((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((..(((.((((.....(((,,.(((,,......,(((,.(((((......))))).}}}}||,...,||{..{(((({..|(((({........................})))).|..))).}}}..,...............,,.(((((((,...((((.((((({,(,{({,{(((.....}||}.({{,{{{,..{,(((.((((((((((((......)))))))))))).}}|,,,,,...|{{|{{{.{|||{||{|{,,,,,))))))}))|)),))}}}.,||||}||||.{{{..((((((..((.....)).))))))..}}}.||||.},,|(((((...((,.....}}).,.)))))},...,,...,,..((((((......)))))),}}}},.}})}},,.}}}.))}....,(((.{{{((..(,({..,,....,..})))}.,)))}.((((||,,...}}}},}},..,,})))})).)))),.},.....})}}})).,,,........}}).}},}}}....)))).}})...)))))))))))))))))..)))))))))))))))}})))))))))))))))))))).)))))).))))))))))))))))).)))))))))))))))))).)).)))))))).))))))))))))))).)))))))))))))))))).))))))))))).)))))))))))))))))))))).))))))..))))..)).)).)))))).)))).))))))))).)))).))))))..))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))).)))))).))).)))).))))).)))))....,,...,}},)))||||||}|{,,{{.((((((.....)))))),,.{((((({(((({{{(,{,({((((({((((...,,{{{{..,,)))))}{{{|||||{{{{{|,,|{|{..,||||,|||.|||||,(((,(.{{{{||||,{..,((((,..{{{{{{{{{,((((((({{((,..|{{..|||(,((,,,,}}}}}},)))))))...)))))))..||||{{{{{||.|{{{|||{|,,|||.,.|{,,..,)),))}),,,,,..((((((......)))))).....,}}}}).)))..}}}}}}}))),.....))))}))))|,..||))),{{{{{{{{{{{{|..........||,,,,}})))))))))))}|,{,{,,{||.,{({{(,{...,,.})),(((((.((((......)))).)))))...}.}}}}})}}.},)}}...})))),,))).)))).,,,.((((((.{.....,.)))))).}}}|,||}|}...}}}}))})),}.,,.((((.((((({(((((((((((((((((..(((((.((((.......((((((((.....))))))))((((((((.(,(,....||{...{(((,(.(({{(((((..{.,....,|..}}....})))))).),))))...)}}.,},,)..}...(((((((((......))))))))).)))))))).)))))))))....))))))))))))))....)))}},))))))))),))}}))))))),))))))),.})))))))}}{{{{..{{......||{,||||.},}))},,}}}....(((((.(((..(((......))).))).))))))},.}))))).))))),....(((((((((.(((((((....)))).,........{({{..((((((...))))))....((((((((.....,{((((((,{{,......(((((({...((((((.....))))))..})))))).........)))))))))}........({((((((...(((...))).))))))))))))))))))).)))..)))))}))))....},,,,,.))))))))........))))))).)))))))}))))).,,.)))))}{|(((((((((((.(.....).))))),}))))).}}.((((({.(((((((........(((((.{((................))).)))))))))))).),})))),)))))))))((((((((..,,....,,,,,,.(((((((((,({(((((......))))),}},...........,(((((((((.{(..(((((.........))))).})..)))))))))}.))))))))).}},)))))))),}.))))))).......,,....)))))))...)))........((((.....))))...
Back