Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001289026.3
Sequence Length
5008 nt
GC Content
0.5018
UGGUAUAGCAGAAGCUUUUUCACAUCUAUGACACCCGCUAUGUCUUGGUAAACCCUGGAAGGGAAAGGAGGACAAGGUUAAAAUACUGUUCCGAGGACCUGGUCUCUCCACAGCGCAGGCUGGAGGUGGCAGCCCGUGGAAAGCCAAGUUCAUCCACCAUCGGAGCCCAGGCCAGGCUGCCAAGGCUAAUAUUCAGGACAAAGCCAGGCACAGGUCGGGAAUCCUAUGAAGAUGAUCAUCGUCCUGAGGUCUUCCUUCCAGGGUUGCAUCCGCGACAGAAGAUGGAAAGAGAAAUGGUGCUCUGCCUGGCCCAGACCAUCCACACGCAGGAGGAUCUGCCCAGACCCUCCAUCUCGGCUGAGCCAGGCACCGUGAUCCCCCUGGGGAGCCAUGUGACUUUCGUGUGCCGGGGCCCGGUUGGGGUUCAAACAUUCCGCCUGGAGAGGGACAGUAGAUCCACAUACAAUGAUACUGAAGAUGUGUCUCAAGCUAGUCCAUCUGAGUCAGAGGCCAGAUUCCGCAUUGACUCAGUAAGAGAAGGAAAUGCCGGGCUUUAUCGCUGCAUCUAUUAUAAGCCCCCUAAAUGGUCUGAGCAGAGUGACUACCUGGAGCUGCUGGUGAAAGAAAGCUCUGGAGGCCCGGACUCCCCGGACACAGAGCCCGGCUCCUCAGCUGGACCCACGCAGAGGCCGUCGGACAACAGUCACAAUGAGCAUGCACCUGCUUCCCAAGGCCUGAAAGCUGAGCAUCUGUAUAUUCUCAUCGGGGUCUCAGUGGUCUUCCUCUUCUGUCUCCUCCUCCUGGUCCUCUUCUGCCUCCAUCGCCAGAAUCAGAUAAAGCAGGGGCCCCCCAGAAGCAAGGACGAGGAGCAGAAGCCACAGCAGAGGCCUGACCUGGCUGUUGAUGUUCUAGAGAGGACAGCAGACAAGGCCACAGUCAAUGGACUUCCUGAGAAGGACAGAGAGACGGACACCUCGGCCCUGGCUGCAGGGAGUUCCCAGGAGGUGACGUAUGCUCAGCUGGACCACUGGGCCCUCACACAGAGGACAGCCCGGGCUGUGUCCCCACAGUCCACAAAGCCCAUGGCCGAGUCCAUCACGUAUGCAGCCGUUGCCAGACACUGACCCCAUACCCACCUGGCCUCUGCACCUGAGGGUAGAAAGUCACUCUAGGAAAAGCCUGAAGCAGCCAUUUGGAAGGCUUCCUGUUGGAUUCCUCUUCAUCUAGAAAGCCAGCCAGGCAGCUGUCCUGGAGACAAGAGCUGGAGACUGGAGGUUUCUAACCAGCAUCCAGAAGGUUCGUUAGCCAGGUGGUCCCUUCUACAAUCGAGCAGCUCCUUGGACAGACUGUUUCUCAGUUAUUUCCAGAGACCCAGCUACAGUUCCCUGGCUGUUUCUAGAGACCCAGCUUUAUUCACCUGACUGUUUCCAGAGACCCAGCUAAAGUCACCUGCCUGUUCUAAAGGCCCAGCUACAGCCAAUCAGCCGAUUUCCUGAGCAGUGAUGCCACCUCCAAGCUUGUCCUAGGUGUCUGCUGUGAACCUCCAGUGACCCCAGAGACUUUGCUGUAAUUAUCUGCCCUGCUGACCCUAAAGACCUUCCUAGAAGUCAAGAGCUAGCCUUGAGACUGUGCUAUACACACACAGCUGAGAGCCAAGCCCAGUUCUCUGGGUUGUGCUUUACUCCACGCAUCAAUAAAUAAUUUUGAAGGCCUCACAUCUGGCAGCCCCAGGCCUGGUCCUGGGUGCAUAGGUCUCUCGGACCCACUCUCUGCCUUCACAGUUGUUCAAAGCUGAGUGAGGGAAACAGGACUUACGAAAACGUGUCAGCGUUUUCUUUUUAAAAUUUAAUUGAUCAGGAUUGUACGUAUUCAAGGUGUAAAAUGUGAUAAUUUGUCGUACACGUACAUUGUGCAAUGACAGUCACAAUCAAUUCCUCAGCGCACCCAUCGCCACAGAUACGAUACAUUAGAUAUUCUGAACUUGCUCAUCUUAGGACUUCACAUUGGUGUCAGUGUUUUCUGACAAAUCACGUGUAUCAGGAAUGAAUGAGGGAGGUGUGGCUGGGUGAAGGCAGAGAGCCGACCCUACAGGUCCACAUCUGCACAUACAUGCACAGGAAUGCAUGCUCUCACACACAUGCAUACACACACGCACACACACAGACAUGCACAUACACUCACACGCCCCAGGAAAUCCAAGGAAUCACUGAGCCUGCUGUUGGUUGAGGCAUUUCUGAGUAUCCACCCUACCUGUAGGGUCAGAUGUACUGAUUGACACAGAAAAUUACCCUAUGUACCACUAGGAGGCGGCAGAAUCUCAUUUGGGUUAAUCUGUGUUUGUCUUUAAAAAACAAAAACAGGCCGGGCAUGGAGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGUGGGCGGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAAUUAGCCGGGUGUGGUGGUGGGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGGAGGAGAAUGGCGUGAACCCGGGAGGCGGAGUUUGCAGUGAGCCGAGGUGGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCGAGACUCCGUCAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAGAUUUUUAAGAAUUCAGCAAAAACUCAGCCAGCUCUUUCUAUGGGGCAGUUGCUAAUUUAGUUCUAGGCAAACGUGGACACAUUAAAUUCUCCUACAAACCCUCCACAGCGUGCUCUAUUAUUUUCCUCAUUUAUAAAAACAGAAACUAUGGACCGAGACAUGAAGUAACCUGUCCAAGGUCGGCCAAGUCUCAGAGACAGGGGCUUCAGACCCACCUGAGGCUCCUGACUCCACAUUAUGAACCCCGGGAUGGGCUGCAGCUCGGUCUGCUGGGAGGUUUCUGUGCUGGUUCAAAGAGGGUGGUACCUGACUGGCCUACCCAAUUUUAAUUUGUACUGAGCUUUAAUUUUCUAUUUGUGCUCAGGUUUAAUUUCCUCCUGGGAUCUGCUUCCCAGUGCUGUACUCUGUAUCUUUGCUUUCUUGUGUGAACAUUGUGACCGAUUUUCCCUGUUCUUCACGUGGGACACAUUCUCCCUGCUCUGUCUGUCUCUGUCCCUGUCUCUCUUUCUGUCUUUCUCUCUCACUGUGUGUCUCUCUGUCUCUCUCUCUCUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUUUCGCUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCACAAUCUUGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGCAGCUGGGAUUACAGGCAUGCACCACCACACACGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUGUUAGAGACGGGGGGCUCUCCAUGUUGCUCAGGCUGGUCUUGAACUCCCGACCUCAGGUGAUCUGCCCACCUCAGCCUCCCAAAGUCCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACUGCGUCCAGCCGUCUUUGUCUCUUUUUCUACAUCUCUGUCUUUCUUCUCUGGUUGUUUUUCAACCAUCAGCUGGGUGUUUUCUCCCAUAACGUCUUGUUUGUUUGACUAUGAGGUUGACAGGUGGGUACAUGAACUCUAUAGCAGAAGGUGGACAGUCUGCACAUAGCAGAGGAUGGGUGAAUUUUUCUACCCCUUGCAGAGCACAGGAGAGCUGAGCAGAUGCCAGUGUCUGCUCCAGUGUAAGGAAGUCCAGGAAGUUCAGGUGGUGAGGUCACAGUGGAAAGCAGGACAGAUAGAGUUUAGGGGAAAUUAAGCAAAAAUACCACACUGUUAUUUCUUGACAUAUUAGUGGAAAGAGGAAGGGCCCAGAGAGAAGACAGAAAAUUAGAUGCAGGGGCUUGUUUUUUCUCUUGACUUGCCAACCCGCCCAACGCAGGGGCCAGAACUCAGGGUGGUGAGAUCUGGGAACAUUGCUGUGCGGAGAAGAUGUCCCUCCUGCUGCACGGGCCCCCAAGCACCACCUGGGGGAAGAGCCAUGUUUAAUUCACCUGGCAGUGCAGUGUGGCCAGGCAGAGAGGGAGGGCCUACCCUGUGCUUAUGAUCCCACCCCAGUUCCCCUGGGGUGUGCCCUGGCGGUGAACACCAGGAGGCUGCAGUGGGGCCCAACGUGAAAGGGAGGAGCAGCCUCACCGGGGCCAGAUGGGGCAGCAGCAGAUAUUCACAGAUGUCCCUGUGAGUAACCAGGGCAGAGGCCAGGGGUCUGGCCUUCCCUUUCUUGGAGCCCUGGGCCAGCUGGGCAAGGCGUUGAGAGAAAGAUUACCCGGUGACCUUUAUCAAAGCAGAGUAAGGAGGGCUUUAUUCAGAACCAUCACUGUAGGUACCAGGACCCCAGCGGUGGGAUUUUGUAGUAGGGGAAAGAAAAUGGGCUCGACGUUGAAUACAGCAUGAACAAGUGAGAAUGUUUGUUAUACAAACUAUAGGGUGGACUUUUUUUUUCUUUUUUUUAACUUUUUUUUACCUUUUAGUGUAAAACUGAACAUAGAAAAUAAAUUCAUGAAGAAGGGAUAUUUUCUGAGGGUGUCCAGGGCUGCCCAACACCUCGUCUACCUUCUCUGUCAUAGCCCCAUUUAAAACACUCUCUCUGGAUGAAUACACCAAACCUCACAGUCUUUGCUCUCUUGCUAGGAAGAGGAGCAAGAGCGUGUUUCACUCUUGGCUCCUGCUUACACACCUGCUGUCCAAUGGAAACUACUACUUAAGACAUUUAAAAAUAGUUGUGGUGAUAGCAUGUUGUGUUUUGGUUGGUGAUGCCAGUUAGUCUCUGAAAACUUUCUGUGAUGAGUGUAAAAUUCUACACCUUAAUCUCCUUUCUUGUAGGAUCUGGGAAGCAGUAUGCACUUGAUUGCACCAAAGAUUUUACGUUCAUAGAAAAUUUCUGGCAUCUGUGUGAAGAAAGUAAACUAUAUCUUCCAUUUAGACAAAUAAAAUAUCUUUUUGAUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1962.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -2046.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 1229.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.....((((((((((((..(((.((.(((((.((((.(((..((((((((((((((..(((((((.(((((................))))).))).)))).((((....))))(((((((.......(((....))).......))))).))(((.(((.((((..(.((((..((((..............)))).))))).)))))))..))).........((((.((.....))))))))))))))))))))....))).))))..)).)))..((((........))))(((((((.(((.((...........(((((.(((....))).))))).....))))).)))))))...(((.(((..((((((((((..(.(.((((.((((.((((((.((((.((((((......)))))).))))....(((((((.((..(((((...............)))))..))..))).))))..(((((((((..((........)).)))))))))...............(((((((((...(((...(((.((((.(((..((((..(((((..........)))))..))).)..))).)))).))).)))....)))))))))...)))))))))))))))).))))))))))..)))..)))(((((((((((.((......(((((((((.((((((.(((........)))......((((((((((((((...((((((..((((((((.((((((((..(((.((((((.((((((((.(((((((((((((.((...((..............)).))))).....)))))..))))).)))))(((.(((((...(((....)))...))))).)))........))).)))))).))).)))))))).).....))))))).))))))..)))))...(((..(((((((((((((....))))).....))..)))))).))).)))))))))((.(((.(((((((((.....)))).......((((((((....)))))))).....))))))))))((.....))..))))))...)))))........))))......)).))..)))))))))...(((((((((((...(((((.((((..(((((....(((....)))..)))))))))(((((........((.((((((((..((((((((.((((((.((((.........(((((..((((((....))..))))..)))))...(((((........((((......))))...)))))..(((..((((..(((((.....)))))...)))))))..))))..)))))).)))))))))))))))))).))))).....((((..((..((((.(((((((..((((...((((((.(((...(((..(((..((((..(((..((((....))))..))).((((((((..........(((..(((((.((.(((.((((.((...))))))))))).)).)))...)))...)))).))))...))))..)))..))).((((((((....((((((..(((...(((((((((.............((.((((((..(((((((....)))))))..)))...)))...)).((((.........))))..(((........))).((((((((......)))))).))...(((((...)))))..((((((((((((.(((((......))))).(((((..........)))))((((((((....))))))))............(((((((...((((((.(((...((.((((((...(((((((...)))))))....)))))).))..)))))))))...))))))).........(((((..((((((...........(((((...))))).(((.(((((.(((...((..(((((((((((((......))))))..))).))))...))...)))))))).))).)))))))))))))))))))))))..((((((((((((((.....((((......))))..)))(((((((..........)))))))..............((.((((.((((.((..((..((((.((..(((..(.((....)).)..))).)).)).)).))..))..)))).)))).))..........)))))))))))(((((((..(((.((((((((.....((((.(((........(((..(....)..))))))..))))...)))))))).)))........(((((.((.(((.((((.(((.((((((.((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((.((((((.((((.((.((..((((.((((((.(((((((((((((((.(((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((.((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((..(((.((((.....(((...(((........((((..(((((......))))).))))............((((((...(((((........................)))))....))).))).....................(((((((....((((.(((((.((..((.((((.....))))..)))).))))).(((.((((((((((((......)))))))))))).)))...............((((((((..((((..(((...((.((((((.....((((.((((.(((..((((((..((.....)).))))))..))).)))).)))).((((...(((.....)))...))))(((........))).((((((......))))))...........(((....))).....(((((...(((.((((..(((.......)))..)))))))..))))).)))))).)).))).)))).)))))))).))))...)))))))............)))....)))....)))).)))...)))))))))))))))))..))))))))))))))).))))))))))))))))))))).)))))).))))))))))))))))).)))))))))))))))))).)).)))))))).))))))))))))))).)))))))))))))))))).))))))))))).)))))))))))))))))))))).))))))..))))..)).)).)))))).)))).))))))))).)))).))))))..))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))).)))))).))).)))).))))).))))).........)))))))..((((((((((((((((((.....))))).(((.((((((((((((((...((((((((((((...((((((....))))))((((((((((((((..((((...((((.(((.(((((.(((.(.((((((((.(...((((...(((((((((.((((((((((((...((..((((.((....)))))).)))))))...)))))))..(((.(((((((.(((((((((..(((.(.((.....)).)))).......((((((......)))))).....)))))).)))..))))))))))......)))))))))......))))(((((((((((((..........((....)))))))))))))))...........(((((.....)).))).(((((.((((......)))).)))))...).)))))))).).)))...)))))..))).)))).....((((((.(.....).)))))).)))).)))))...)))))))))......((((.(((((.(((((((((((((((((..(((((.((((.......((((((((.....))))))))((((((((.(.((....(((...((((.(.(((((((((..(.......)..))....))))))).).))))...))).....)).)...(((((((((......))))))))).)))))))).)))))))))....))))))))))))))....)))...))))))))))))))))))))).)))))))..)))))))))).............)))).)))))))))((((((((((.(((((.(((..(((......))).))).)))))...........((((......(((((((((.(((((((....))))..........((((..((((((...))))))....((((((((...((((((((((..........(((((((...((((((.....))))))..))))))).........))))))))))..........((((((...(((...))).)))))).)))))))))))).)))..)).)))))))......)))).))))))))))............))))))))).)))))))))))))))))(((((((((((.(.....).))))).))))))....((((((.(((((((........(((((.(((................))).)))))))))))).).)))))...))).))))))...)))).))))))).))))..)).)))).))))).....)))))).)))))......(((((((((((((((..(..(((((.........)))))..)..)))))))))).....))))).....)).)))..))))).)))))))...)))))))....................((((.....))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((.....((((((((((((,,(((,,..(((((.((((.(((..((((((((((((((..{{(((((.{((((........,,,,,...|||||,|||,||||.{(((....))))|||{((({{({{,.(((,..,||,.|,,..||}}},.,.|{{,{{{.{|||.}|}||||,.((((..............)))).))),),))))})),,)}},,}...,,|||}|.}|)})}),,.,},))))))))))))))....))).))))..)).)))..,{{,...{(((((,,{(((((((.(((.((........,..(((((.(((....))).))))).....))))).)))))))}..,,,.((((...,)))}(((((((((((...,(((.(((((((((.({..(((((({..{.((((....)))).}(((((((.((..(((((.{........,....)))))..)}..))).))))..(((((((((..((........)).))))))))).....,.{(((...((((((((((.,{{(({(.{(.,{{,,.,{,,......,}))}..}}))}}.}}}},,.{({((((((.((......))..)))))))),}|.((((.....)))).,..))))))))))))))}...))))))).,)).).)))).)))))))..)))))),,)).)).((({.((((((((({.(((({{..((((((((((((((...((((((..(((((({(,((((((((..(((.((((((.((((((((.(((((((((((((,({..,{{..........,...)}.))))}....,)))))..))))).))))).(({({{,{{{{({{,{{,|...,,}})))})))..,}}}}.))).)))))).))).)))))))).,....,))))))).))))))..))))}...(((..(((((((((((((....)))))....,),..)))))).))).)))))))))((.(({.{((((((((.....))))...,,,,((((((((....)))))))).....|||}}})))},.,..{{{{{{{...((({..{{{,,((((.((((((..((((((.(((((((.(((((.((...))))))}..}))},{{{(((,...,||||..{({((..{{(((.,(({{(,({{.{|{|..,.,.}}}},}})),}}))}.,))))),.}}}}|{((((,|...(((((.(((((((((((((((........((((((((.(({,.,..,|||.,{{|,{(((({((((({,{{{{|,{({(,{((((..(((((.....)))))...))))},}{{{{{|{{{{{,|{{{((((((((((((.(((((.(((..........)))...))))).)))))}.,}}}},.{{{{.,{,((((,,,,,..}|||,,.{{{.{||,.{{((,...}}}|{{||||||{((({{..,,,..,,.(((..(((((.((.(((.((((.({...}))))))))}),)).)))...}}},,...{{{{{{.,,{(((,,{{{{...({{{(({,,,|||||{..({({,,,,{{{{{(,(((((.........}}}}}||,((((({.(((((((....)))))))}.))))}..{{{..,.{(((({....,{{{||||{{(((........))).((((((((......)))))).))...(((((...)))))..,(({((((((((((((((......))))}.|||||}}...}}},......((((((((....)))))))).,}}}}}}}}}..||||||,.}||{((({((({{{,,,(({({....((((((....{{{{{{.{{{{,,,..))))..)))))))))}}},,,,}}.,}},,||{,,,,,..}|||,,,}}}}}}.}}}}{{{{{...))))}.|{,,|||,{,|||,}}|,,,,{,||||{(((((......)))))}.})))},))).}}))}},}},,))))}))).)))))))))))|||||||||||}..((((((((((((.......((((......))))..||.(((((((..........)))))))..............,{.((((.((((.((..((..{(((.((..(((,,,.((....)).}..))).)}.}).)).})..))..)))).)))).)}.........)))))))))))),{{{{{{..(((.((((((((.....((((.(((..,,....{{{,,{.,..}..}}}))}..))))...)))))))).)))....,,,.(((((.((.(((.((((.(((.((((((.((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((.((((((.((((.((.((..((((.((((((.(((((((((((((((((((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((.((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((..(((.((((.....(((,,.(((,,......,(((,.(((((......))))).}}}}||,...,||{..{(((({..|(((({........................})))).|..))).}}}..,...............,,.(((((((,...((((.((((({,(,{({,{(((.....}||}.({{,{{{,..{,(((.((((((((((((......)))))))))))).}}|,,,,,...|{{|{{{.{|||{||{|{,,,,,))))))}))|)),))}}}.,||||}||||.{{{..((((((..((.....)).))))))..}}}.||||.},,|(((((...((,.....}}).,.)))))},...,,...,,..((((((......)))))),}}}},.}})}},,.}}}.))}....,(((.{{{((..(,({..,,....,..})))}.,)))}.((((||,,...}}}},}},..,,})))})).)))),.},.....})}}})).,,,........}}).}},}}}....)))).}})...)))))))))))))))))..)))))))))))))))}})))))))))))))))))))).)))))).))))))))))))))))).)))))))))))))))))).)).)))))))).))))))))))))))).)))))))))))))))))).))))))))))).)))))))))))))))))))))).))))))..))))..)).)).)))))).)))).))))))))).)))).))))))..))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))).)))))).))).)))).))))).)))))....,,...,}}})))||||||}|{{{{{.((((((.....)))))),,.{((((({(((({{{(,{{({((((({{(((...,,{{{{..,,)))))}{{{|||||{{{{{|,,|{||..,||||,|||.|||||,(((,(.{{{{||||,{..,((((,..{{{{{{{||,(((((({,{({,..||{..|||(,((,,,,}}}}}},)))))))...)))))))..|||||||{|||,|{{||||{|,,|||.,.|{,,..,)),))}),,,,,..((((((......)))))).....,}}}}}.}))..}}}}}}}))),.....))))}))))|,..||))),{{{{{{{{{{{{|..........||,,,,}})))))))))))}|,|,|,,{||.,{{|{(,{...}}.})),(((((.((((......)))).)))))...}.}})))))},|,|}}...}})}},,))).)))),,...((((((.{.....,.)))))).}}}|,||}||...}}}}))})),}.,,.((((.{(((({(((((((((((((((((..(((((.((((.......((((((((.....))))))))((((((((.(,(,....||{...{(((,(.(({{(((((..{.,....,|..}}....})))))).),))))...)}}.,},,)..}...(((((((((......))))))))).)))))))).)))))))))....))))))))))))))....)))}}}))))))))),)))}))))))).))))))),.}))}))))}}{{{{..{{......|||,||}},}}}))}},}}}.,..(((((.(((..(((......))).))).)))))}},.}))))).))))),....(((((((((.(((((((....)))).,........{{{{..((((((...))))))....((((((((.....,{((((((,{{,......(((((({...((((((.....))))))..})))))).........)))))))))}........{{((((((...(((...))).)))))))))))))))))}}.)))..)))))}))))....},},,,.))))))))........))))))).)))))))}))))).,,.)))))|(((((((((((((.(.....).))))),}))))).))}((((({.(((((((........(((((.{((................))).)))))))))))).),}))))...))).)))}}))...)))))).))))..}}}...}}))}}}}.(((((......))))).................}))),}}))))))))))..)))}.......)))))}.,||||||.,..}},}})}},.,,},})})})..))))))))))}))...))))))).......,............{(((.....))))...
Back