Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001289045.2
Sequence Length
3537 nt
GC Content
0.4727
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUGCUCACAGCUCAGCAGCGCGGGGCCUUGGCGCGCGGGGCGCUUCCCCGGGUCGCCGUCAUGGCCGCGGAGGUGGCACGCCCGAGCGGCCUCGCCUGAGCUCCGGGGGUCGUCGCCCCGCAGGGAUUGCUGUCACGUCUAAUGUGGCUGCUGCCUCGUGUCACAUCUGAAACUCAUCUGUACCUCACUUAGAAAGUCGACAGAAACCUAAUGGGACCAUUGAAGAAUUCCAAACAGGCAAGUGACAGGAACAUAUUUGCAUGUUAGAAGAAUCAGCCUGGCAGCAGCAUUGUGAUUAGAAUGAAGGGGAACCGUCCAAAAACAGACUGGGGAACCAAUAUGGAUCUGCCUCUAGCAUGCGGAAAUAUCUCUCUACACUGACCUAACUGACUCACUAAGCUUGUGGUUUGUUUAAAGGAAGCCACAUGAAAAUUGAGUUUGGGCCAAUAGAGUGAACUCGUUCUCCAUUCUCUAGCAUCCCUCCCCAUGCAACCACCCUAUCCCUGCCAAGUUUCUGGGCACCACAGAUUGGAAAGUAGCCUCCUGUAUUUGCAUAGGAAUCAGAGGAGUUAAUCUUGUUUGAAUCUUCAGACAAACUUCUGGGAGGACUCGGUCCCUGCCUCGCAGCAGAUGUUCCCUGUCACUCAGUAGCCAAUCCGGGGGACCCAGGACAUGCCCCAGCUAUAGUGAUGCAGAUUACCUUUCUGCUCCUGAAUCGCACCUGUGCCUCAGACUUUCUCCCCUCAGCUUGAGACUGCAUGUAAACUGGGAUGUGUGAAAGCAGGAAGCAAAGCUAGUGACAGCUGAGAGGUCCAUGUCUGGGUAGAACCAGGCCCACGAUGCUGCCUCUCCCGUGGUCUGGAGUUCAGCUGCAGGGACUCUGCUGAUGUGCCCAGCACCAUCGUUCUGUUUGUGCUUAAAUGGCACAGCAUUUGGUCAGCACAUCUGAAAAGGAAGGUGUGAGAAGCAAAGCCCAUGGCCACGUUCCCCUGCCAGUUAUGUGGCAAGACGUUCCUCACCCUGGAGAAGUUCACGAUUCACAAUUAUUCCCACUCCAGGGAGCGGCCGUACAAGUGUGUGCAGCCUGACUGUGGCAAAGCCUUUGUUUCCAGAUAUAAAUUGAUGAGGCAUAUGGCUACCCAUUCUCCCCAGAAAUCUCACCAGUGUGCUCACUGUGAGAAGACGUUCAACCGGAAAGACCACCUGAAAAACCACCUCCAGACCCACGACCCCAACAAAAUGGCCUUUGGGUGUGAGGAGUGUGGGAAGAAGUACAACACCAUGCUGGGCUAUAAGAGGCACCUGGCCCUCCAUGCGGCCAGCAGUGGGGACCUCACCUGUGGGGUCUGUGCCCUGGAGCUAGGGAGCACCGAGGUGCUACUGGACCACCUCAAAGCCCAUGCGGAAGAGAAGCCCCCUAGCGGAACCAAGGAAAAGAAGCACCAGUGCGACCACUGUGAAAGAUGCUUCUACACCCGGAAGGAUGUGCGACGCCACCUGGUGGUCCACACAGGAUGCAAGGACUUCCUGUGCCAGUUCUGUGCCCAGAGAUUUGGGCGCAAGGAUCACCUCACCCGGCAUACCAAGAAGACCCACUCACAGGAGCUGAUGAAAGAGAGCUUGCAGACCGGAGACCUUCUGAGCACCUUCCACACCAUCUCGCCUUCAUUCCAACUGAAGGCUGCUGCCUUGCCUCCUUUCCCUUUAGGAGCUUCUGCCCAGAACGGGCUUGCAAGUAGCUUGCCAGCUGAGGUCCAUAGCCUCACCCUCAGUCCCCCAGAACAAGCCGCCCAGCCUAUGCAGCCGCUGCCAGAGUCCCUGGCCUCCCUCCACCCCUCGGUAUCCCCUGGCUCUCCUCCGCCACCCCUUCCCAAUCACAAGUACAACACCACUUCUACCUCAUACUCCCCACUUGCAAGCCUGCCCCUCAAAGCAGAUACUAAAGGUUUUUGCAAUAUCAGUUUGUUUGAGGACUUGCCUCUGCAAGAGCCUCAGUCACCUCAAAAGCUCAACCCAGGUUUUGAUCUGGCUAAGGGAAAUGCUGGUAAAGUAAACCUGCCCAAGGAGCUGCCUGCAGAUGCUGUGAACCUAACAAUACCUGCCUCUCUGGACCUGUCCCCCCUGUUGGGCUUCUGGCAGCUGCCCCCUCCUGCUACCCAAAAUACCUUUGGGAAUAGCACUCUUGCCCUGGGGCCUGGGGAAUCUUUGCCCCACAGGUUAAGCUGUCUGGGGCAGCAGCAGCAAGAACCCCCACUUGCCAUGGGCACUGUGAGCCUGGGCCAGCUCCCCCUGCCCCCCAUCCCUCAUGUGUUCUCAGCUGGCACUGGCUCUGCCAUCCUGCCUCAUUUCCAUCAUGCAUUCAGAUAAUUGAUUUUUAAAGUGUAUUUUUCGUAUUCUGGAAGAUGUUUUAAGAAGCAUUUUAAAUGUCAGUUACAAUAUGAGAAAGAUUUGGAAAACGAGACUGGGACUAUGGCUUAUUCAGUGAUGACUGGCUUGAGAUGAUAAGAGAAUUCUCGAACUGCAUGUAUUGUGCCAAUCUGUCCUGAGUGUUCAUGCUUUGUACCAAAUUUAAUGAACGCGUGUUCUGUAAUCAAACUGCAAAUAUUGUCAUAACCAACAUCCAAAAUGACGGCUGCUAUAUAUAAGUGUUUGUCAUAUGGAAUUUAAUCGUAAGCCAUGAUCAUAAUGUUAACUAAAUAACUUUAUGUGGCACUGCCUAGUAAGGGAACUAUGGAAAGGUUUGGAUUUCUCCAAAUCUGGGAGAAUUUUCAAAAUAAGAAAAUAACCUUUAUAUGAUAUACUAUGACUAGGCUGUGUAUUUCUUUUCAGGGAUUUUUCUACCUUCAGGGUUGGAUGUAGUUUAGUUACUAUUACCAUAGCCAACCUGUAGUUUUACAUAUACAUUUUCUUGUGGAGCAAUAGAGUUCUCCAUUUUACAGAAGCAUUUUAAAUGUAGUUUGAAUAUUUUCCACAAGAUGCUGCAAUGUGAGUUAUCACUUCAUUUAUCUUAAAGAAAGACUAAACUGGUUGUCAGUUACAUCUGACAGAAAAAAAAAAAAAAUCACUGUGUAACCAGGUUAAGUGGUAAAAUAAUCCAGGCGUCAGUCAAAGGCAUUUUGCUGACUUUAAUAUUGAUUAUAUUUUUAACAGGAAUUUAAGAAAAUAUUACUGGAAUUAAAAAUAUAUAUAUAUUAAACAAGAAUUUUCUUUGCUCUGUCUAGCUUAAACUACUACUCAAGCUGCUUAAGUUCUUAAGUAUUGUUUGUAAUCACCAAUAAAUAAGUGCAUUUGUAAUUCAUCAGUCAUUAUUAGCUUUUAUUAAAAGAAGAUUACGUUUUACAAUGUAACUAUAAUCUCUUGAAUUUGGUAUCUUAUUAAUGAGUUUUAAAGAUGUAAAACCUAACCUUUUUUAAAGCUCCAUUGUCUUAUGUUUUUAGAGGCUUUUCCGUAAACAUAUAUCUUACAUAUAAUAAACUUUUCAAAUCUUGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1109.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1174.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 735.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((.((((((((((.(((.(((.(((((((....((((((((........).)))))))((((.((((((.(((((.....))))).).)))))....))))((((.((((((((.((((((((((...)))...))).)))).)).)))))))))).((....((.(((((((...))))))).))..))((.((((((.((((..(((..((((.........)))).)))...))))..(((..(((((...........)))))...)))...)))))).)).....(((((((((((((....(((..((((..(((....)))..))))..))).((....))(((........))).(.(((.(((...))).))).).)))))))))))))....((.(((((...((.((((...((((((.....(.((((((((.((...)).)))))))).).....)))))))))).)).))))).)).)))))))))).)))))))))).))).)))..((((.............((((.((...)).))))....((((((((((((((((((........(((((((..(((((((((((.....(((((((....))))))))))))))((((((((...))))((((......))))....)))).((((((..(((((......((((.............)))).)))))))))))(((((.......)))))..))))......))))))).((((((((((((..((((...)))).(((.(((((...(((((...((((..((((((.(((.((((((((.((((((((((((((((((((((((........))))).))((((((......(((((((((((((((((..((((.....))))((((((((...))).)))))...((((.(((((.....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).(((((((((.(....((((((.((...(((((......)))))............((((((((..........................))))))))...(((.(((((....))))).))).)).))))))...).)))))))))..........((..((.((...((((....))))...)).))..))((((((.((((....))))))))))...((......))....))))).))))).......))))))).))))).(((((.......((((((.(((((((.((((((((((.((((((............((((((...((.(((((((((..((((..((..((((..(((.((((((((....)))))))).))).)))).))...))))..)).))))))).))((....))....)))))).(((((.((((.(((....((.((((((.(((...(((((((((((((....))))).).....)))))))......((((((.(((.(...(((....((((((((.(((((((.(......).))))))).......(((((((((....))))))))).))))))))......)))......(((((.(((..((.((((..((........))..))))..))..)).)..)))))).)))))))))..........(((((((.......))))))).(((((.(((((((((........))))).....((((.....))))..)))))))))......(((((((.............)))))))...........(((.((...((....)).)).)))(((((.....)))))...........))).))).))).))))))))).))))).............................)))))).)).)))))))).)))........((((........)))).......(((((((((((..............((((.....))))))))))))))).(((((..((((((.((......)).))))))..))))).((((....((.(((.......))).))....(((((((((.((((.((.(((.......))).)).))))......(((....))).(((....))).....))))))).))))))..(((((((((((.....))))))..))))).....)))).)))))))))))......((((((((((......))))..))))))))))))(((((........))))))))))))...(((((..((((.(((......)))...))))...)))))...)))))))))).)))))))).)))..)))))).)))))))))...))))).))).((((((((.((((((((((((((((((.....))))))))..........)))))))))).))))))))......))))))).))))).....(((((((((((.((((.......((((((((((((((((((.....(((((((((((((((((((((.((..((((...(((((.....((((((((..((((...))))....))))))))(((((.((((.......)))))))))(((........)))((((..(((((((.((((.......)))).))))))).))))............((((....(((((.((((......)))).)))))))))....((((((......)))).))..(((((((((....))))))))).((((((((((....((((((((((......((((((....(((((.....(((((((.((((((....))))))...(((((((...))).)))).(((((......)))))...))))))).....)))))....)))))).))))))))))........)))))))))).....))))).))))..)).)))))))))))....((((...((((((.......((((....))))......))))))...)))).......(((((((((((......))))))).............((((((...((((...))))))))))........))))..(((((.((((.....)))))))))((((((((....((((((((((((((..((..........))..)))...)))))))))))...))))))))...)))))))))).(((......)))...........)))))))(((((((....)))))))((((((((........)))))))).(((....)))......)))))))))))((((((.....(((((((.(((.((((((((............(((...(((((((.((......)).)))))))...))))))))))).))).))))))))))))))))).)))))).)))))..)))))).....((((.........)))).........))))))).))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........(((.((((((((((.(((.(((.(((((((....((((((({........).)))))))((((.((((((.(((((.....))))).).))))}....))))((((.((((((((.((((((((((...)))...)))}}))).)).)))))))))).((....((.(((((((...))))))).)),.))|(.((((((.,,((.......(((((.,...({({...,))).,)))))..(({..{{(({...,,......})))}..,)))...)))))).)}.....(((((((((((((....(((..((((..({{....}})..)))}..))}.((....))(((........))).({(((.(({...})).))).)})))))))))))))....((.(((((...((.((((...{(((((.....(.((((((((.(,...,).)))))))).).....)))))))))).)).))))).)).)))))))))).)))))))))),))).)))..((((,............((((.{{...}},))}}....,(((((((((((((((((,{{.....((((((({..(((,((((({....((((((((....)))))))).|{,{{(((,{({(..{||||({({,,,...)}))..,,{||{,{||,||,.|,{|{,..,,,||||,,}}},}},..},,|||{|||}||||||,(((((.......))))),,((((..{((....})),.)))).(((((((..((({...}))).{((,((({{...(((((...((((..((((((.(((.((((((((.((((((((({{(((((({(((({{....,,,,))}}}.,,((((((......(((((((((((((((((..((((,...,)))){(((((((...)))},)))}...(({{((((((.....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).(((((((((.,....((((((.({...(((((......))))).}..........((((((((........,{,.....,,,.......)))))))).,.(((.(((((....))))).))).)).})))))...}.)))))))))..........,{..{(.((...((((....))))..,)}.))..,.((((({,((((....))))))))))...,.,,,....},,..))))).))))).......)))))))}}}))).(((((.......((((((.(((((((.((((((((((.((((((......{{{((((((,({,,..(((((.....}}}})}..,}.).)))))}|})}((((((({....}))))))}(((,...((((((((((.{.(((((((,({{,.{((,,,.,,,,.{{{{{{..,{((..,(((((({,,,,((.((({..,((({..(((((((((((((....))))).}.....)))))))......((((((.{(({(...(((....((((((((.(((((((.{......}.))))))).......(((((((({....})))))))).))))))))......)))......(((((.{((..({.{{{(,,((........}},,)))}..}}..)).}..)))))}.)))))))))..........(((((((.......))))))).((,,..,,}}.}}}}}}}),,..})).)))))),{||.....))))}}|||||,,,)}}}}..{{{{{||},,,.,,,.....}}}}}}}......,....(((.((...((....)).)).)))(((((.....)))))...........))))))).},)))))))))),...))).,,..,.............,.........)))))).)).)))))))).)))..{{{.,.,|||.{(({{,,{((({,......|((.,,|}}.......}}}}})}}}})).{{,{{|,,.|||}},,||{.(((((..((((((.((......)).))))))..))))).})),....((.{{{...,...}}).))...,(((({{({{.((((.(({(({{{,{{{{|||.,|.,,}|,.....||,...,},,.,,,}}}}))).}}}.))))})),),..}},,|((((((((((.....))))))..))))}.....)))).)))))))))))......((((((((((......))),.,))))))))))))(((((........)))))))))))){{.(((((..((((.{{(,.....})),..))))...)))))),,)))))))))).)))))))).)))..)))))).))))))))).,,))))).))).((((((((.((((((((((,(((({{,...,,|,}})))}.....,,}}.)))))))))).))))))))......))))))).||||,....}}}}.}|}}}}}}|||{|{.....((((((((((((((((((..,..{((((((((((((((((((((.,{..((((...(((((.....((((((((..,(({...,}))....))))))))((((..((((,..,(((((({.....,{{........},,((((..(((((((.{(((.......)))).))))))).)))).....{{{{{...,,}}}}}(((((.((((......)))).))))),,|(((.(((((((..,{,...{(({.{((((((((((.{(((((.......)))))|,,|||}......,,,,,.,)))))}.}))}.....))...))))))).))))..,,,,....|||||....,,..||}...|((((((.,(((((......))))).,,,},..)))))))))))))))))).))))........{(((((.{{,...))))))))}...))))).))))..},.))))))))))}..||{(((,,,{(((((.,,.,,.((((....)))),,,,..}))))}...},}},,.,,..(((((((((((......)))))),.............,,{{{{...,,||}},,,},}))))},,,,,,..}}}}..(((((,((((....}))))))))){(((((((..,.((((((((((((((..((.,......,.})..)))...))))))))))),..)))))))}..|)))))))))).{{{......|}}...........)))))))(((((({....)))))))((((((((........)))))))).{{{....}}}......)))))))))))}}||.......(((((((.(((.((((((({.....,,,,...{({,..||{|,||}|,.,....||,,}}}||}|||}}})))))))).))).)))))))}})))))),)))))))))))...}})))))).....{{{{...,,,...,}},.,,,.....}))))))}}}))))))).
Back