Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001289398.2

Sequence Length

1848 nt

GC Content

0.4048

GCCACAUGGCUUGGUGGACUUGGAGAGGCGGAGGUGGAAACGAUGCGCAGGAGUUGGCUUGGGGCUUUUUGUUUGCGUGUCCCUGUUUACCUAUUCAUAAUCAUGGAUCCCCUCUGCUUUGUGAUACUGUGAACCACGCAUAACAGCAAUUCUUUACACCACCGGGUUGAGAAGAAGGCGCCUGAGGCUGACUUUCUGGACCUGCCGUCACGCAGUAAAGAUGUGGUUGGCCAUCGAAGACGGCAAUUUGGAGGAAAUGGAAGAGGAAGUACGGCUUAAGAAGCGAAAAAGACGAAGAAAUGUGGAUAAAGAUCCUGCAAAAGAAGAUGUGGAAAAAGCUAAGAAGAGAAGAGGCCGCCCUCCCGCUGAGAAACUGUCACCAAAUCCCCCCAAACUGACAAAGCAGAUGAACGCUAUCAUCGAUACUGUGAUAAACUACAAAGAUAGUUCAGGGCGACAGCUCAGUGAAGUCUUCAUUCAGUUACCUUCAAGGAAAGAAUUACCAGAAUACUAUGAAUUAAUUAGGAAGCCAGUGGAUUUCAAAAAAAUAAAGGAAAGGAUUCGUAAUCAUAAGUACCGGAGCCUAGGCGACCUGGAGAAGGAUGUCAUGCUUCUCUGUCACAACGCUCAGACGUUCAACCUGGAGGGAUCCCAGAUCUAUGAAGACUCCAUCGUCUUACAGUCAGUGUUUAAGAGUGCCCGGCAGAAAAUUGCCAAAGAGGAAGAGAGUGAGGAUGAAAGCAAUGAAGAGGAGGAAGAGGAAGAUGAAGAAGAGUCAGAGUCCGAGGCAAAAUCAGUCAAGGUGAAAAUUAAGCUCAAUAAAAAAGAUGACAAAGGCCGGGACAAAGGGAAAGGCAAGAAAAGGCCAAAUCGAGGAAAAGCCAAACCUGUAGUGAGCGAUUUUGACAGCGAUGAGGAGCAGGAUGAACGUGAACAGUCAGAAGGAAGUGGGACGGAUGAUGAGUGAUCAGUAUGGACCUUUUUCCUUGGUAGAACUGAAUUCCUUCCUCCCCUGUCUCAUUUCUACCCAGUGAGUUCAUUUGUCAUAUAGGCACUGGGUUGUUUCUAUAUCAUCAUCGUCUAUAAACUAGCUUUAGGAUAGUGCCAGACAAACAUAUGAUAUCAUGGUGUAAAAAACACACACAUACACAAAUAUUUGUAACAUAUUGUGACCAAAUGGGCCUCAAAGAUUCAGAUUGAAACAAACAAAAAGCUUUUGAUGGAAAAUAUGUGGGUGGAUAGUAUAUUUCUAUGGGUGGGUCUAAUUUGGUAACGGUUUGAUUGUGCCUGGUUUUAUCACCUGUUCAGAUGAGAAGAUUUUUGUCUUUUGUAGCACUGAUAACCAGGAGAAGCCAUUAAAAGCCACUGGUUAUUUUAUUUUUCAUCAGGCAAUUUUCGAGGUUUUUAUUUGUUCGGUAUUGUUUUUUUACACUGUGGUACAUAUAAGCAACUUUAAUAGGUGAUAAAUGUACAGUAGUUAGAUUUCACCUGCAUAUACAUUUUUCCAUUUUAUGCUCUAUGAUCUGAACAAAAGCUUUUUGAAUUGUAUAAGAUUUAUGUCUACUGUAAACAUUGCUUAAUUUUUUUGCUCUUGAUUUAAAAAAAAGUUUUGUUGAAAGCGCUAUUGAAUAUUGCAAUCUAUAUAGUGUAUUGGAUGGCUUCUUUUGUCACCCUGAUCUCCUAUGUUACCAAUGUGUAUCGUCUCCUUCUCCCUAAAGUGUACUUAAUCUUUGCUUUCUUUGCACAAUGUCUUUGGUUGCAAGUCAUAAGCCUGAGGCAAAUAAAAUUCCAGUAAUUUCGAAGAAUGUGGUGUUGGUGCUUUCCUAAUAAAGAAAUAAUUUAGCUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-462.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -500.00

Frequency: 0.0000

Diversity: 552.71

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(((.(((((.(..((((.(((((......(((((((...((((((((((....((((...)))).....))))))))))....))))))).(((((((((..(((((((...(((((((((....((((...))))))))).)))).............((((((((((....((((((((.(((((....((((((...(((((((.((..........((((....))))))..))))))).((((((((.(((.((((((((((..((((((....(((.......(((......(((((((....)))).)))........))).......)))...........))))))..))..(((((((...(((((.((..............(.(((.....(((((......))))).....))).)..(((((......)))))...)).))))))))))))...))))).))).))).))))))))..........))))))((((((((.....(((.(((.((..........................)).))).))))))).))))....)))))))))).)))(((((((.((...)).)))))))(((..........))).)))))))))).)))))))..))).))))))..)))))..))))..)))))))))....((((((((.((((......))))......(((((((((((((((....(((....((.((((...(((((.(((((....((((..((..((..(((.......)))..))......))..)))).........(.(((((.(((...(((...((((...(((((((..((((((.............(((((((((((..((((((((((((.((((((.((((((((((..((.((..(((((.....(((((((((((((..((.(((.(((((((....(((.........)))...)))))..)).))).))..)))))))))))))((((((((...................)))))))).......(((((((....((((....((((.((...)).))))...))))......))))))).(((((((.......)))).))).(((((.(((.......)))))))).((....)).......((((..(((((...((((.((((((((((((((((((..(((.(((((.((((.((((((.....(((((((((((((((.............(((((((.....(((((((((((((.......((((((...(((((..((.......(((((((((.....((........))..)))))))))........))..)))))))))))(((((((((((.(((.(.(((.(((......))).))).).))).))))).))))))))))))))))))).)))))))))))))).)))))))).)))))))))).)))))..)))..)))))........)))))))))))))..))))....)))))..)))))))))..)).)).........)))))))))).))).........(((((....)))))))).))))).)))))..))..))))).)).)))).)))))).))))))).))))..)))))).))))).)........))))))))))))))))....))).....)))))))))))))))......((((((.((((..........)))).)))))).....(((.(((...((((....)))).))).)))))))))))..........................

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{((({({{(((({.{{((.(((((,{{{{{((({(((...((((((((((....((((...)))).....))))))))))....}}}}}}}.{(((({{{{,,||{||||}}}||||{((((....((((...}})}}},,,.,}}}.,{{{{.,,,{,.((((((((({....((((((((,{((((....{(((((...(((((((.{{,,.....,,||||,,,..}}})),..))))))).{(((((((.{,({((,(((((....,,((((...,}||.......,{.......{({((((....)))).})}........,||{{......||..........{{{{,,,.}))).(((((((...(((((.((.............,{,,,....,.(((((......})))).....|||,,..,{{{{......))))),.,)).))))))))))))...))))).)))},}).)))))))}..........)))))}((((((((.....(((.(({.((......{{{,............,,,.)).})).))))))),,)))....)))))))))).)))(((((((.({...}).))))))){{{.....,....}}).}))))))))).))||||}..))),)}}}||{{|}}}}..)))),.}},}},))),..,||||||{,.((((,....,))))......(((((((((((((((,,..(((....((.(((({..{(((,,(((((....(({{,.{{{{((..(((.......)))..))......,,..)))).........,.{((((.(((..,(((,..((((...(((((((..{(((((..,,.........(((((((((((..((((((({((((.((((((.(((((((((({{(..{{({{({{{.,...(((((((((((((..((.(((.(((((((....(((.........)))...)))))..)).))).))..))))))))))))){(((((((..{,,{{,,,,.,,,..,,}||}}}}||||||,,,,,|||},...{{{{....{{{{.||...,,.)))),,.}}}}....,{{{{.{{{{{((((((,,,,,|,|}|}.,,|,{({{,.,,,,}}}...,,,,}))}|,{|||||||||||,.{{{({,,,,{|},.{{{{.{{{{{{(((((((((((({{(((.((({(,((({.{,,{{{.,},}|(((((({({{((((.({{.,{{{{...|}}}}}|}.,|,|{{((((||((((,,,,.,{((((({..,{||||,,|{..,,..,(((((((((.....{{........})..))))))))}..,,,,,,)),}))))}))))),|||||{{{|||,||{,|,|||.|||,,,,,,))),)))}),))),))}||,}|}}}},}}))))}}}}}},||||||||}|||||||,}}}}}|||||}},,,}}.}}}}}..))),,,},,,,,,,,,,.}}}}}}}})))))..})))....}}}}}..})))}))))..,,})))})),....,})))))))).))).........(((((....)))))))).))))}.)))))..))..))))).)).)))).)))))).))))))).))))..)))))).))))}.,........))))))))))))))))....)))..}}.))))))))))))))).},,..{(((({.((((..........)))).}))))}.......|}|||,,..,,,}.},}.))})))}|||||}}}||||........},,,....,,,}}....