Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001289400.1
Sequence Length
2254 nt
GC Content
0.3926
ACUUCAUUAAAUCUAGAGGCAGUUGAGCAUGGGAGCCGUCUGUAUGUUGAAUUAGGGCUCGCACUCUUGCGCAACACGUCACCAGUCGGAAACUGGGGGUUUGCUUCUGUGAUUUAUUUCAUUAUUGUGCUGGUAAAAGGUUUGGAAGGGAAUUCUUUUUGGGGGUAGUACUUUAGCAUUGUGUAGCAAGUUUUGGGGUUUUUUUUGUGUGUGACCCCCCAGCCCCCAGCGCUGAGUUUGAGUCAGUUGAGCCAGUUUAGUAAAUAAUUUUUUAAAAUAAAAGAACAGUUUAAAAUCUCCAUGAAUAAUUUUACUUACAUGCAGGAGUAAUCUUACUCUACUCUUUAUGUGCGAAAAGCAUUGGGAAGUGUUUAGUGAAUUGAUUUCCAUUAGAAAAAGACCCUUAGAAAUCACAGAACAUAAAGCACUGCAUAUGGAUGUGUUUGGGGUCUUUGGGGAGGAGGGAAGAUGUUUUGUAGCUCUCUGCAUUCCUGCAUAAAACCUUAGUUUGAGGGGAAUAAUGCUGAUGAAGAGACUAGCAGCUCGCUGCUUUGCUGGCUUGUUAAUUUUAUCCCCACUAACUGUGAUUUCUGAUAGCCGGCCUGCUGAUAGUGGUAAGGCCAUCGAAGACGGCAAUUUGGAGGAAAUGGAAGAGGAAGUACGGCUUAAGAAGCGAAAAAGACGAAGAAAUGUGGAUAAAGAUCCUGCAAAAGAAGAUGUGGAAAAAGCUAAGAAGAGAAGAGGCCGCCCUCCCGCUGAGAAACUGUCACCAAAUCCCCCCAAACUGACAAAGCAGAUGAACGCUAUCAUCGAUACUGUGAUAAACUACAAAGAUAGUUCAGGGCGACAGCUCAGUGAAGUCUUCAUUCAGUUACCUUCAAGGAAAGAAUUACCAGAAUACUAUGAAUUAAUUAGGAAGCCAGUGGAUUUCAAAAAAAUAAAGGAAAGGAUUCGUAAUCAUAAGUACCGGAGCCUAGGCGACCUGGAGAAGGAUGUCAUGCUUCUCUGUCACAACGCUCAGACGUUCAACCUGGAGGGAUCCCAGAUCUAUGAAGACUCCAUCGUCUUACAGUCAGUGUUUAAGAGUGCCCGGCAGAAAAUUGCCAAAGAGGAAGAGAGUGAGGAUGAAAGCAAUGAAGAGGAGGAAGAGGAAGAUGAAGAAGAGUCAGAGUCCGAGGCAAAAUCAGUCAAGGUGAAAAUUAAGCUCAAUAAAAAAGAUGACAAAGGCCGGGACAAAGGGAAAGGCAAGAAAAGGCCAAAUCGAGGAAAAGCCAAACCUGUAGUGAGCGAUUUUGACAGCGAUGAGGAGCAGGAUGAACGUGAACAGUCAGAAGGAAGUGGGACGGAUGAUGAGUGAUCAGUAUGGACCUUUUUCCUUGGUAGAACUGAAUUCCUUCCUCCCCUGUCUCAUUUCUACCCAGUGAGUUCAUUUGUCAUAUAGGCACUGGGUUGUUUCUAUAUCAUCAUCGUCUAUAAACUAGCUUUAGGAUAGUGCCAGACAAACAUAUGAUAUCAUGGUGUAAAAAACACACACAUACACAAAUAUUUGUAACAUAUUGUGACCAAAUGGGCCUCAAAGAUUCAGAUUGAAACAAACAAAAAGCUUUUGAUGGAAAAUAUGUGGGUGGAUAGUAUAUUUCUAUGGGUGGGUCUAAUUUGGUAACGGUUUGAUUGUGCCUGGUUUUAUCACCUGUUCAGAUGAGAAGAUUUUUGUCUUUUGUAGCACUGAUAACCAGGAGAAGCCAUUAAAAGCCACUGGUUAUUUUAUUUUUCAUCAGGCAAUUUUCGAGGUUUUUAUUUGUUCGGUAUUGUUUUUUUACACUGUGGUACAUAUAAGCAACUUUAAUAGGUGAUAAAUGUACAGUAGUUAGAUUUCACCUGCAUAUACAUUUUUCCAUUUUAUGCUCUAUGAUCUGAACAAAAGCUUUUUGAAUUGUAUAAGAUUUAUGUCUACUGUAAACAUUGCUUAAUUUUUUUGCUCUUGAUUUAAAAAAAAGUUUUGUUGAAAGCGCUAUUGAAUAUUGCAAUCUAUAUAGUGUAUUGGAUGGCUUCUUUUGUCACCCUGAUCUCCUAUGUUACCAAUGUGUAUCGUCUCCUUCUCCCUAAAGUGUACUUAAUCUUUGCUUUCUUUGCACAAUGUCUUUGGUUGCAAGUCAUAAGCCUGAGGCAAAUAAAAUUCCAGUAAUUUCGAAGAAUGUGGUGUUGGUGCUUUCCUAAUAAAGAAAUAAUUUAGCUUGACAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-561.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -610.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 670.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((..........))))..(((((((.((.(((((..................))))).)).....(((((((((..(((...((((((((((((((((((((((((((((((...(((.((((((((...(((((((..(........)..))))))).(((((.(.(((.((((((((((((...(...((((((((((...((.((.((.(((((((.....(((((((((((((.(.(((..((((........(((((..((((((......))))))..)))))...((((((.................((((((((((.(((((.((((.((((((..((((.....))))..((((((.............)))))).......(((((((((...(((.((((...((((..((...)).))))..)))))))))))))))))))))).))))))))).....((((....)))))))))))))).....(((..((((((((.......(((((((((((...((((...(((((.(((.((((((((.((..(((((((((((....((((..((((.(((.(((.(((.(((...))))))..))).))))))))))).....))).)))..))))).)).)))).))))..))).)))))..............(((((((....)))).)))..................)))).........((((....)))).(((((((...(((((.((..............(.(((.....(((((......))))).....))).)..(((((......)))))...)).))))))))))))...)))))).)))))..))))))))..)))...........((((((((.....(((.(((.((..........................)).))).))))))).))))..((.((....))..))))))))..........))))..))).).))).)))))).))))....)))).))).)).)).))....)))))))))).)...)))))..))))))).)))).)))))((((......))))......(((((((((((((((....(((....((.((((...(((((.(((((....((((..((..((..(((.......)))..))......))..)))).........(.(((((.(((...(((...((((...(((((((..((((((.............(((((((((((..((((((((((((.((((((.((((((((((..((.((..(((((.....(((((((((((((..((.(((.(((((((....(((.........)))...)))))..)).))).))..)))))))))))))((((((((...................)))))))).......(((((((....((((....((((.((...)).))))...))))......))))))).(((((((.......)))).))).(((((.(((.......)))))))).((....)).......((((..(((((...((((.((((((((((((((((((..(((.(((((.((((.((((((.....(((((((((((((((.............(((((((.....(((((((((((((.......((((((...(((((..((.......(((((((((.....((........))..)))))))))........))..)))))))))))(((((((((((.(((.(.(((.(((......))).))).).))).))))).))))))))))))))))))).)))))))))))))).)))))))).)))))))))).)))))..)))..)))))........)))))))))))))..))))....)))))..)))))))))..)).)).........)))))))))).))).........(((((....)))))))).))))).)))))..))..))))).)).)))).)))))).))))))).))))..)))))).))))).)........))))))))))))))))....))).....)))))))))))))))))))))))....)))....)))))))).....)))))))))....)))))))..)))))).....)))))))).))))((((........)))).......)))))))...............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((..........))))..(((((((.((.(((((..,.,...........}.))))).)).....(((((((((..{{,...((((((((((((((((((((((((((((({...{{|.((((((((....,{,,{{.,(.,,,,,,.,.,)))))},.(((((.(.(((.((((((((((({..,{...((((((((((...((.((.((,(({((((.....(((((((((({{{.(,((({,{{({{{(((((.(((((,.(((((({.....}}}}},..||,},...,{{{{.{{{,,..,,,,...,,|{((,(((((({...,|.|||}}||||||},||((.....)))),}||||}}}}}}}.}))))}}.|||||.......{((((((((..,{{,.((((...((((..((...)).))))..))))})))))))))))|{||||{||||,,|||,{{{{.((({{{{{||{|{||||||||....((((,...}}}))}.....,}||{|,|}.,,,,},}|||}}}||{||,|{(.((((((((.((,,(({{,({,{{{....{(((,.{(({{({{.((({((({(((....,})))..))),}}}},},,,))}...||||,||,.,||||},||,|}}}.}}||,.,}}.)))},.....,,.......{{{((((....)))).}}}........}}}||.....}}}......,...{{{{,,..)))).{|||{{|,,,|{{|{.||...,,,,,,,.,,|||||......(((((......))))).....|||{|,.,{{{{......))))),.|||,}}}}))))}}}|,,,}}}}}.}}}},||.|||}}}}|,...,,,,,,,}}}....,,.,}}...,}}||}{}}}||}}}},,|{||...........,},,{((.{((({{.......,)}.}))).))).|||{,||||((((((.{|...,}.))))))))}).)),.)))))).))))....)))).))).)).)).))....))))))))))....,)))))..))))))).)))).)))))((((,....,))))......(((((((((((((((,,..(((....((.(((({..{(((,,(((((....(({{,.{{{{((..(((.......)))..))......,,..)))).........,.{((((.(((..,(((,..((((...(((((((..{(((((..,,.........(((((((((((..((((((({((((.((((((.(((((((((({((..{{({{({{{.,...(((((((((((((..((.(((.(((((((....(((.........)))...)))))..)).))).))..))))))))))))){(((((((..{,,{{,,,,,,,,..,,}||}}}}||||||,,,,,|||},...{{{{....{{{{.||...,,.)))),,.}}}}....,{{{{.{{{{{((((((,,,,,|,|}|}.,,|,{({{,.,,,,}}}...,,,,}))||,{|||||||||||,.{{{({,,,,{|},.{{{{.{{{{{{(((((((((((({{(((.((({(,((({.{,,{{{.,},}|(((((({({{((((.({{.,{{{{...|}}}}}|}.,|,|{{((((||((((,,,,.,{((((({..,{||||,,|{..,,..,(((((((((.....{{........})..))))))))}..,,,,,,))}}))))}))))),|||||{{{|||,||{,|,|||.|||,,,,,,))),)))}),))),))}||,}|}}}},}}))))}}}}}},||||||||}|||||||,}}}}}|||||}},,,}}.}}}}}..))),,,,,,,,,,,,,,.}}}}}}}})))))..})))....}}}}}..})))}))))..,,})))})},....,})))))))).))).........(((((....)))))))).))))}.)))))..))..))))).)).)))).)))))).))))))).))))..}))))).))))}.,........))))))))))))))))....)))..}}.)))))))))))))))))))))))....,}},...)))))))).....)))))))))....)))))))..)))))).....},,)))))}}))){(({........))}}.......)))))))...............
Back