Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001289824.2
Sequence Length
4368 nt
GC Content
0.6168
AGAGCCAGACCCCCAGUGUCUGGGAAACAGCAGUCGGUCCUGGGGUGAGGCGCAAUUUGAGUGGCCCAGAGUGGCUCUCUGUGUCAGGAGGUUCUGGUGCUGGAGAAAAGGGCUUUGCCCAAGAACACAGCCAGGAAGAGCACCCACAGCUCUCUCUGGCCACAGCCUGGAACAGAGUCCCAUGUGAAACAAGACCAUGAGAAAUACAGCAAGCCUCCAGGUUUGAGACAAACUGGGACUAGAGGGGUCGGCACUCUUCACCCUCCCGAGCCCUGCCCGUCUCGGCCCCAUGCCCCCACCAGUCAGCCCCGGGCCACAGGCAGUGAGCAGGCACCUGGGAGCCGAGGCCCUGUGACCAGGCCAAGGAGACGGGCGCUCCAGGGUCCCAGCCACCUGUCCCCCCCAUGGAGCUGAGGCCCUGGUUGCUAUGGGUGGUAGCAGCAACAGGAACCUUGGUCCUGCUAGCAGCUGAUGCUCAGGGCCAGAAGGUCUUCACCAACACGUGGGCUGUGCGCAUCCCUGGAGGCCCAGCGGUGGCCAACAGUGUGGCACGGAAGCAUGGGUUCCUCAACCUGGGCCAGAUCUUCGGGGACUAUUACCACUUCUGGCAUCGAGGAGUGACGAAGCGGUCCCUGUCGCCUCACCGCCCGCGGCACAGCCGGCUGCAGAGGGAGCCUCAAGUACAGUGGCUGGAACAGCAGGUGGCAAAGCGACGGACUAAACGGGACGUGUACCAGGAGCCCACAGACCCCAAGUUUCCUCAGCAGUGGUACCUGUCUGGUGUCACUCAGCGGGACCUGAAUGUGAAGGCGGCCUGGGCGCAGGGCUACACAGGGCACGGCAUUGUGGUCUCCAUUCUGGACGAUGGCAUCGAGAAGAACCACCCGGACUUGGCAGGCAAUUAUGAUCCUGGGGCCAGUUUUGAUGUCAAUGACCAGGACCCUGACCCCCAGCCUCGGUACACACAGAUGAAUGACAACAGGCACGGCACACGGUGUGCGGGGGAAGUGGCUGCGGUGGCCAACAACGGUGUCUGUGGUGUAGGUGUGGCCUACAACGCCCGCAUUGGAGGGGUGCGCAUGCUGGAUGGCGAGGUGACAGAUGCAGUGGAGGCACGCUCGCUGGGCCUGAACCCCAACCACAUCCACAUCUACAGUGCCAGCUGGGGCCCCGAGGAUGACGGCAAGACAGUGGAUGGGCCAGCCCGCCUCGCCGAGGAGGCCUUCUUCCGUGGGGUUAGCCAGGGCCGAGGGGGGCUGGGCUCCAUCUUUGUCUGGGCCUCGGGGAACGGGGGCCGGGAACAUGACAGCUGCAACUGCGACGGCUACACCAACAGUAUCUACACGCUGUCCAUCAGCAGCGCCACGCAGUUUGGCAACGUGCCGUGGUACAGCGAGGCCUGCUCGUCCACACUGGCCACGACCUACAGCAGUGGCAACCAGAAUGAGAAGCAGAUCGUGACGACUGACUUGCGGCAGAAGUGCACGGAGUCUCACACGGGCACCUCAGCCUCUGCCCCCUUAGCAGCCGGCAUCAUUGCUCUCACCCUGGAGGCCAAUAAGAACCUCACAUGGCGGGACAUGCAACACCUGGUGGUACAGACCUCGAAGCCAGCCCACCUCAAUGCCAACGACUGGGCCACCAAUGGUGUGGGCCGGAAAGUGAGCCACUCAUAUGGCUACGGGCUUUUGGACGCAGGCGCCAUGGUGGCCCUGGCCCAGAAUUGGACCACAGUGGCCCCCCAGCGGAAGUGCAUCAUCGACAUCCUCACCGAGCCCAAAGACAUCGGGAAACGGCUCGAGGUGCGGAAGACCGUGACCGCGUGCCUGGGCGAGCCCAACCACAUCACUCGGCUGGAGCACGCUCAGGCGCGGCUCACCCUGUCCUAUAAUCGCCGUGGCGACCUGGCCAUCCACCUGGUCAGCCCCAUGGGCACCCGCUCCACCCUGCUGGCAGCCAGGCCACAUGACUACUCCGCAGAUGGGUUUAAUGACUGGGCCUUCAUGACAACUCAUUCCUGGGAUGAGGAUCCCUCUGGCGAGUGGGUCCUAGAGAUUGAAAACACCAGCGAAGCCAACAACUAUGGGACGCUGACCAAGUUCACCCUCGUACUCUAUGGCACCGCCCCUGAGGGGCUGCCCGUACCUCCAGAAAGCAGUGGCUGCAAGACCCUCACGUCCAGUCAGGCCUGUGUGGUGUGCGAGGAAGGCUUCUCCCUGCACCAGAAGAGCUGUGUCCAGCACUGCCCUCCAGGGUUCGCCCCCCAAGUCCUCGAUACGCACUAUAGCACCGAGAAUGACGUGGAGACCAUCCGGGCCAGCGUCUGCGCCCCCUGCCACGCCUCAUGUGCCACAUGCCAGGGGCCGGCCCUGACAGACUGCCUCAGCUGCCCCAGCCACGCCUCCUUGGACCCUGUGGAGCAGACUUGCUCCCGGCAAAGCCAGAGCAGCCGAGAGUCCCCGCCACAGCAGCAGCCACCUCGGCUGCCCCCGGAGGUGGAGGCGGGGCAACGGCUGCGGGCAGGGCUGCUGCCCUCACACCUGCCUGAGGUGGUGGCCGGCCUCAGCUGCGCCUUCAUCGUGCUGGUCUUCGUCACUGUCUUCCUGGUCCUGCAGCUGCGCUCUGGCUUUAGUUUUCGGGGGGUGAAGGUGUACACCAUGGACCGUGGCCUCAUCUCCUACAAGGGGCUGCCCCCUGAAGCCUGGCAGGAGGAGUGCCCGUCUGACUCAGAAGAGGACGAGGGCCGGGGCGAGAGGACCGCCUUUAUCAAAGACCAGAGCGCCCUCUGAUGAGCCCACUGCCCACCCCCUCAAGCCAAUCCCCUCCUUGGGCACUUUUUAAUUCACCAAAGUAUUUUUUUAUCUUGGGACUGGGUUUGGACCCCAGCUGGGAGGCAAGAGGGGUGGAGACUGCUUCCCAUCCUACCCUCGGGCCCACCUGGCCACCUGAGGUGGGCCCAGGACCAGCUGGGGCGUGGGGAGGGCCGUACCCCACCCUCAGCACCCCUUCCAUGUGGAGAAAGGAGUGAAACCUUUAGGGCAGCUUGCCCCGGCCCCGGCCCCAGCCAGAGUUCCUGCGGAGUGAAGAGGGGCAGCCCUUGCUUGUUGGGAUUCCUGACCCAGGCCGCAGCUCUUGCCCUUCCCUGUCCCUCUAAAGCAAUAAUGGUCCCAUCCAGGCAGUCGGGGGCUGGCCUAGGAGAUAUCUGAGGGAGGAGGCCACCUCUCCAAGGGCUUCUGCACCCUCCACCCUGUCCCCCAGCUCUGGUGAGUCUUGGCGGCAGCAGCCAUCAUAGGAAGGGACCAAGGCAAGGCAGGUGCCUCCAGGUGUGCACGUGGCAUGUGGCCUGUGGCCUGUGUCCCAUGACCCACCCCUGUGCUCCGUGCCUCCACCACCACUGGCCACCAGGCUGGCGCAGCCAAGGCCGAAGCUCUGGCUGAACCCUGUGCUGGUGUCCUGACCACCCUCCCCUCUCUUGCACCCGCCUCUCCCGUCAGGGCCCAAGUCCCUGUUUUCUGAGCCCGGGCUGCCUGGGCUGUUGGCACUCACAGACCUGGAGCCCCUGGGUGGGUGGUGGGGAGGGGCGCUGGCCCAGCCGGCCUCUCUGGCCUCCCACCCGAUGCUGCUUUCCCCUGUGGGGAUCUCAGGGGCUGUUUGAGGAUAUAUUUUCACUUUGUGAUUAUUUCACUUUAGAUGCUGAUGAUUUGUUUUUGUAUUUUUAAUGGGGGUAGCAGCUGGACUACCCACGUUCUCACACCCACCGUCCGCCCUGCUCCUCCCUGGCUGCCCUGGCCCUGAGGUGUGGGGGCUGCAGCAUGUUGCUGAGGAGUGAGGAAUAGUUGAGCCCCAAGUCCUGAAGAGGCGGGCCAGCCAGGCGGGCUCAAGGAAAGGGGGUCCCAGUGGGAGGGGCAGGCUGACAUCUGUGUUUCAAGUGGGGCUCGCCAUGCCGGGGGUUCAUAGGUCACUGGCUCUCCAAGUGCCAGAGGUGGGCAGGUGGUGGCACUGAGCCCCCCCAACACUGUGCCCUGGUGGAGAAAGCACUGACCUGUCAUGCCCCCCUCAAACCUCCUCUUCUGACGUGCCUUUUGCACCCCUCCCAUUAGGACAAUCAGUCCCCUCCCAUCUGGGAGUCCCCUUUUCUUUUCUACCCUAGCCAUUCCUGGUACCCAGCCAUCUGCCCAGGGGUGCCCCCUCCUCUCCCAUCCCCCUGCCCUCGUGGCCAGCCCGGCUGGUUUUGUAAGAUGCUGGGUUGGUGCACAGUGAUUUUUUUCUUGUAAUUUAAACAGGCCCAGCAUUGCUGGUUCUAUUUAAUGGACAUGAGAUAAUGUUAGAGGUUUUAAAGUGAUUAAACGUGCAGACUAUGCAAACCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1899.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1973.73
Frequency: 0.0000
Diversity: 1085.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((....((((.(((((((((((((.....((((((((((.((((((......(((.((((......))))))).(((.(((((((((((((.((((.......((((...)))).........((((((.(((((.......))))).))))))..)))))))))))..(((((((.((......(((((..(((.............)))..))))).......)))))))))..((((.((((..............)))).))))((((((((((((((((((((.((((..(((.(((...)))....))).))).)..))))..)))).)))..((((.((....))))))...)))))))))((.((((((((.((((..(.((.......)).)..)))).))))))))..))...((((((((.(((((.((((.((((((((((((..((((.....))))))))))))..))))...(((......)))((((((((.((..(((((.((((.((.(((((.......((.((((((((.(((((((..((.......))((((((......((........))...))))))....((((((((.(..(((((((.((((((((((((.((((.(.((.((((((((((((((((((........((((((((.(((.((((((((((....(((.(((.((.........(((((((((((((((...(..((((.(((.(((..(((..(((.((((.((((......)))))))))))....)))..))).))).))))..).))))).(((((.((...)).)))))(((....((((((.((.(((((((((((....((.((.(((((((.....)))....).))).))))....))))))))))).)).))))))....)))......))).))))))).................((((.((((((.((((((((((((..((((..(((.(((((.....((((((((((((.(((((((((((((.....(((.(((.(((((((((((.((((..((.((((.(((((...(((((.((((..((((..((((((((((((..((((.................((((....))))(..((((((((.........((((((.((((((((((((((.(((((((..((.((((((.......))))))..))..)).))))).))))).))).))))))))))))...))))))))..)))))..)))).........(((((...((.((((((....................))))))))...)))))(((((..(((((((((.((((((((((....(((((.....)))))))))...)).))))...........((((..((((..(((((.((((...(((.((.(((.((.(.((((((.((....((.((((.....)))).))...)).)))))).)...))))).)).)))..)))))))))..))))..))))...............((.(((...........((((((((....))).....)))))))).))....)))))..))))(((((((((.((((((..(((.((((((((((((......))))).)..)))))).)..))..)))))))))))))))(((.(((....))).)))..)))))..))))))))..)))).)))).).)))).....((((((.................)))))).((((.....(((.((((((((..(((((((((.(((((.((.........)).))).)).))))))))))))).))))...))).......))))(((((......))))).))))).)))).)).)))).)))))).)))))...))).)))....)))))))))..)))).))))))(((((((...(((((((((....((((....))))..(((((...((((((((((....))).))))))).(((..((((.....(((((...(((.......)))..)))))......))))..)))((((.....((((..(((((...))))))))).)))).)))))...((((...))))...........))))))))))))))))((((((((((((((.(((....(((((.......((.((((....)))).))......)))))...))).......))))))...)))))))).)))))).........((((.....))))))))).)))))))..)))))).))))))...))))))...)))).((((((((((.......((((((((((.((((((.(((.(((((((..((...((((((.(..(((((((((..(((...))).)))))......))))..).))))))..((((((.....))))))))..)))))))..)))))))))......(((((.(((((....)))))....)))))))))))))))))))))))))))))))))..))))).))))).)))..))))))))))))))....))))))))).))).)).).........)))).)))).))))).)))....)))))))..).))).)))))(((((((((((((((((...((.(.((((((((....))(((((..((....)).))))).((((((((((((((((....)))...........(((((....))))).........((((((..((((((..(((..((((...((.(((..(........((.((((.(((......))).))))))........)..))).))..)))))))..)))))).((((.....))))........(((.((((((((((.(.....).)))))))))))))....(((((((.((((((.........))))))))))))).....((((....))))(((((.......))))).))))))))))))))))))).(((....))).....)))))).).))..)).))))))))))...)))))((((......(((.(((((((((((((.(((((....((((((((............(((((((.(((((((...(.((((((((....((.((((...(((((.(((((((.(........))))))))...))))).....)))))))))))))).)...))))(((.(((....))).)))..))).))))))))))...)))))(((((.......).))))).)))).).)).)))))))))).)))......))))..)))))))))))))))..))))))).)))))).))))).))))))))))..(((((......)))))....))))))))).)......)))))))......))))))))).)))))).)))..))))))).......))))))))..((((((((...))))))))...........)))))))))(((((((((((((((((.(((((((((.((((((...)))))).)))))..))))))))))).........(((((...))))).))))))))))..(((((((((((....((..((((.(.(((((......))))).).))))..))....))))))))))).(((((.(((((.(((((......................)))))..))))))))))(((((((..((((((.(((((.(((((((...(((((...))))).((((.((((....((((.((((...(.(((....))))))))))))..((((((...(((((((((((((((((((((((((((...((((((((.((.....)).))).(((.......)))((((((..((((((((.((..(((((....(((((.(((..((((((((.(((.....)))...)).)).)))))))))))))))))...)).))))))))...))))))........((((.....((.((((.....))))...)).....))))...)))))))))))))).)))))).)))))))))))).....)))..)))......(((((((.((.....))....))))))).))))..))))....)))))))))))).))))))..)))))))........(((((((((((.((..((((.((......)))))).......)).))))))))))).))))))))........(((((......)))))...((((................((((.....))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((({{{(((((.,.,,((((((((((({{(((...(((((.{((((({{...,{.{,((({,((({.{{{||||{|.|||{||||(((((((.((((.......((((...)))).........((((((.(((((.......))))).))))))..))))))))))).,(((((((,((......{{{((.,(((.............))),.))))},......}}))))))}.,((((.((((..............}})),))))|||,||)}|||{|||,{{{({((((((,(({{((,.((((..{((({.{{(({{{({||,.|((({,,,{.(((((((,,..}|||||.{(((((,{((,((.((((((((.((((..(,{{.......}}.)}.)))).))))))))..))...((((((((,((((,,((((.((((((((((((..((((.....))))))))))))..))))...(((......)))((((((((.((..(((((.(((({((.(((((.......{(.((((((({,(((((((,.{{.......||((((((......((........))...))))))....((((((((.(..(((((((.((((((((((((.((((.({({.((((((((((({.{((({({..{((.((((((((.(({.(((((((((({..{(({.((,.({....}}..,(((((((((((((((...(.,((((.(((.(((..(((..(((.((((.((((.....,}))))))))))....)))..))).))).)))).,}.))))).,,,{({((.,,|,.,}}}|(((....((((((.((.(((((((((((....{{.((,((({,{{.....,......}.))).)))}....))))))))))).)).))))))..,,)}},,.,.,))).))))))).........,,......((((.((((((.((((((((((((..((((..(((.(((((.....((((((((((((.(((((((((((((.....(((.(((.(((((((((((.((((..((.((((.(((((,..(((({.((((..((((..((((((((((((..((((.................((((....))))(..((((((((.......,.((((({.((((((((((((((.(((((((..((.((((({{......))))))..))..))}})))).)))))))}).))))))}))))),..))))))))..)))))..)))).........(((((...((.((((((,,,.......,,,.......))))))))...)))))(((((,,{(({{((({.,((({{{(((,...{((((,.,,{|}}|||||}.,.||{{||}.......,..}||||..((((..((((,{((({.,.(((.((.(((.((.{.((((({.(,{{..((.((((,....)))).))...))})))))).,...))))).)).))).,)))))))))..))))..||||..............,||,{||.,..|......{{{{{||{...,,)),,,..))))},}),),....)))))..,,},(((((((({,((((((,.(((.(((((({(((((......))))).}..)))))),).,,)..))))))))))))))){((.(((....))).))}..)))))..))))))))..)))).)))},}.)))).,{,{((({{{......,.,,,},...,||}}}}.||||.{{{.{,,.(((({({({{(((((((((.(((((.((.........)).))).)).))))))))))))).)))).,,})),,....,}}}}||(({,,.,,.)))},.))))),)))).)).)))).)))))).)))))...))).)))....)))))))))..)))).))))))||(((((...(((((((((....,{{,....||}}..({(({.,.((((((((((....))).))))))).(((..((((.....(((((...(((.......)))..)))))......))))..)))((((.....((((..(((((...))))))))).)))}.,))))...((((...))))..,,,......))))))))))))))}|((((((((((((((.(((....(((((.....{.{(.(({({{,.}}))})}},.,,,)))))...))).......))))))...)))))))),)))))).........|(({.....)))}))))).))))))).,))))))}})))))...))))))...)))).((((((((((.......,{(((((((((((((((.(((.(((((((..((...{{(,((((({....})))))}||{...})).}.(((((((((.({..,.((....,..}|.|,.}})))))))))}}..)))))))..))))))))}..|}}}|.|||}|((((....)))),..{{{|{,.,,,)))))),)))))))))).))),,)),.,}))).))))).}))..)))))))))))...)}))))))))))).))).}},)}........)))).)))),,)))).)))....)))))))..).))).))))),({((((((((((((((...((,(.(((((((,....||(((((..((,...,).))))).((((((((((((((((....}}},..........({(((....))))).,,.,....((((((,.((((((..(((..((((...{(,(((..{.....,,,((.((((.(((......))).))))},.}}}},..)}.,))}))..)))))))..))))))|((,{....,,}}}},,,....(((.((((((((((.{.....,.)))))))))))))....(((((((.((((((.......,.)))))))))))))....,{(((....)))}{((((.......))))).))))))))))))))))))),(((....)))....,)))))).).))..)).))))))))))},.,}}},((((((.,..(,({(((((((((((,({((((,,..,{({{..,......},.....(((((((.(((((((...(.((((((((....((,{({,...(((((.(((((((.{........})))))))...))))).....}})))})))))))).)...))))(((.({{....))).}}}..))).))))))),))}}})}||,|{||{.,,,.|.}.}})}.,))),))))))))).))}},).)))))}.,,,,,},})},))))))))))))..)}))))).)))))).))))).))))))))))..(((({......)))))....))))))))).}...,,.})))))).|}},}))))},,.,.,)))),.,,},.}})))))|..,}}})|},,.}}}}((((((((...))))))))...,,,.}}))).),))))}.)))),,))|}))|))|}))))||||||,{{{||.,.))})))))))))})))})))),)))}})))).))}||)|}}.)))).})}{{||{{,|{..,(((({.......,,,,...((((.....))))..,{(((((.{,........,,,.)))))}.....(((((,(((((.(((((.......{,....,,.......)))))..)))))|||,|((((((({((,,(((((.(((..,.((((((.((((.((((.((.,....,.)).))))))))))))))....)))..}).)))))),}))))))|.|||...(((((((((((((((((((((((((((...(((((....{,{{{{,,.{({(((((.......)))((((((..((((((((.{{{{(((((,...(((((.(((..((((((((.(((.....))).,.)}.,).)))))))))))))))))..})}.))))))))...))))))............,....}}.((((.....))))...,,}}}}},)))}}.)))))))))))))).)))))).)))))))))))).....}}}..|||{,,,||||,..}|}|,,,,,}),.,|||||}}})))))))))...)}..)))))),,||.((((((((((((((..,,,.....,,,,))))))))))).)))|},{{,...{{{(.(((...{((({.{({.(((((...))))).))).})))}...}}|,}}}}..},))),..))}}}}...,,......,,.((((.....))))......
Back