Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001289910.1
Sequence Length
1578 nt
GC Content
0.5545
AUUUUGCAACGCCAUAGGCUUCCAGCGACUGCUGGUGAUGUUUCUGAUGCCGACAAAAGGAUCAAGGUGGCGAAGCCCGUGGUGGAGAUGGAUGGUGAUGAGAUGACCCGUAUUAUCUGGCAGUUCAUCAAGGAGAAGCUCAUCCUGCCCCACGUGGACAUCCAGCUAAAGUAUUUUGACCUCGGGCUCCCAAACCGUGACCAGACUGAUGACCAGGUCACCAUUGACUCUGCACUGGCCACCCAGAAGUACAGUGUGGCUGUCAAGUGUGCCACCAUCACCCCUGAUGAGGCCCGUGUGGAAGAGUUCAAGCUGAAGAAGAUGUGGAAAAGUCCCAAUGGAACUAUCCGGAACAUCCUGGGGGGGACUGUCUUCCGGGAGCCCAUCAUCUGCAAAAACAUCCCACGCCUAGUCCCUGGCUGGACCAAGCCCAUCACCAUUGGCAGGCACGCCCAUGGCGACCAGUACAAGGCCACAGACUUUGUGGCAGACCGGGCCGGCACUUUCAAAAUGGUCUUCACCCCAAAAGAUGGCAGUGGUGUCAAGGAGUGGGAAGUGUACAACUUCCCCGCAGGCGGCGUGGGCAUGGGCAUGUACAACACCGACGAGUCCAUCUCAGGUUUUGCGCACAGCUGCUUCCAGUAUGCCAUCCAGAAGAAAUGGCCGCUGUACAUGAGCACCAAGAACACCAUACUGAAAGCCUACGAUGGGCGUUUCAAGGACAUCUUCCAGGAGAUCUUUGACAAGCACUAUAAGACCGACUUCGACAAGAAUAAGAUCUGGUAUGAGCACCGGCUCAUUGAUGACAUGGUGGCUCAGGUCCUCAAGUCUUCGGGUGGCUUUGUGUGGGCCUGCAAGAACUAUGACGGAGAUGUGCAGUCAGACAUCCUGGCCCAGGGCUUUGGCUCCCUUGGCCUGAUGACGUCCGUCCUGGUCUGCCCUGAUGGGAAGACGAUUGAGGCUGAGGCCGCUCAUGGGACCGUCACCCGCCACUAUCGGGAGCACCAGAAGGGCCGGCCCACCAGCACCAACCCCAUCGCCAGCAUCUUUGCCUGGACACGUGGCCUGGAGCACCGGGGGAAGCUGGAUGGGAACCAAGACCUCAUCAGGUUUGCCCAGAUGCUGGAGAAGGUGUGCGUGGAGACGGUGGAGAGUGGAGCCAUGACCAAGGACCUGGCGGGCUGCAUUCACGGCCUCAGCAAUGUGAAGCUGAACGAGCACUUCCUGAACACCACGGACUUCCUCGACACCAUCAAGAGCAACCUGGACAGAGCCCUGGGCAGGCAGUAGGGGGAGGCGCCACCCAUGGCUGCAGUGGAGGGGCCAGGGCUGAGCCGGCGGGUCCUCCUGAGCGCGGCAGAGGGUGAGCCUCACAGCCCCUCUCUGGAGGCCUUUCUAGGGGAUGUUUUUUUAUAAGCCAGAUGUUUUUAAAAGCAUAUGUGUGUUUCCCCUCAUGGUGACGUGAGGCAGGAGCAGUGCGUUUUACCUCAGCCAGUCAGUAUGUUUUGCAUACUGUAAUUUAUAUUGCCCUUGGAACACAUGGUGCCAUAUUUAGCUACUAAAAAGCUCUUCACAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-585.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -613.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 412.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((((((((((((((.((((((((((((((....((((.((.......)))))).(((((((.((((((.(((.((((((((((.(((((((.((.((.(......).)))).)))))))((((........))))...((....)).)))))).........)))).))).))))))........((((((.............))))))(((((((.((((((((..(........)..))))))))..))).))))))))))).........(((.((((..(((.(((...(((...((...(((.((((.((....((.((...(((....))))).)).((((((((((.....)))))))))).)))))).)))))...))).)))))))))).)))...((((......)))))))))))....((((((.((((...)))).(((.(((((((((((((((((.(.((...(((((((((.((((((((..(((((.(((.........(((((((.((.((..(((.((((((((((.....)))))))((((((..((.((((.((((((.(((.(......)))).)))))))))).))))))))....))).))).)).))))))))).........(((..(((.......))).))).))).)))))..))))))......((((((...(((((((..(((....)))..)))))))...)).))))...(((((((((.....))...)).)).)))((((((....))))))........)).)))))).))))).)))))))....))))))))))))))))))))...........(((.(((((........))))))))(((((((((((((((((...(((..(((.((.((((((..((((((.(((....))).)))).......((((((((((........((((((.((.(((.((.((((.....)).))))))).)).((((..((((..(((...((.(((((((((..(((((....)).)))((((....))))((((((((.((((((.........)))))).))))).)))))))))))).)).))))))))))).))))))...(((((.((((.((.(((......))))))))).))))).))))))))))........(((.....)))..........))..)))))).)).)))...)))....))))........))))))))))))).))))))((((((((((..(((((...(((((.((((((((.((..(((...)))...)).))))))...)))))))...))))).)))))....)))))).))))))))))(((((((((((((((((....((((.....))))..))))))))((((.((((((.(((((((....)))))))..))))))..))))...............((((((((...))))))))............)))))))))...))))))........((((.......))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,,...,{{{{{,((((((((({,,,,||||{{(({,..,.((((.((.......)))))).(((((((.((((((.(((.((((((((((.(((((({.((.((.(......).)))).}))))))((((........))))..,({....)).))))))........,)))).))).)))))),.......((((((.,.........,.)))))){{(((((.((((((((..{........)..))))))))..))))},}}.)))))){{{|,...}}}}}||||}.||||{({{(((({..,(({{{{{{.((((,(({..,,({(....|||.,,.)))|{..,.((((((((((.....)))))))))).,))},|{|||||{{{|||{||||}|||{,.||,.{((((({.{{....|{{,{{{...,,.((((((.((((...)))).(((.(((((((((((((((({,(.((..((((((((((.(({(((((..(((((.(((...{{{.....|}},,,(({((({(,{,.(((((((((.....)))))))}|}((((((((((.((((((((.(((.(......)))).)))))}.........))).))).))))))}.{{((.,((({{,........})))}.|||}....,,)}),))}.))).)))))..)))))|{{,...,|||||.,.(((((((..(((....})),.)))))))...)).}}},.,|{{{{.,{({.....}}....}.})}})}((((((....))))))........)).)))))).))))),)))))))....))))))))))))))))))))........}}},||.|,,||.}}}}}}}}|,,||||(((((((((((((((((,..{(({,{(({({.((({((,,{{((((.(((....))).}))).,....,((((((((((,.....,,((((((.{(,(((.((.{{{(,..,.}}.},}}))}.}}.((((,.((((..{({,,.((.(((((((((..((({(....}}.))){{((....)))|((,(((((.((((((........,)})))).))))).)))))))))))).)).))))))))))).))))))...(((((.((((.((.(((......))))))))).))))).)))))))))).....,,,({(,....}})..,|||,,.....,),)))).},.))).,.}))}}..),)),....}},))))))))))))))))|||,((((((((((..(((((...(((((.{{((((((.((..(((...)))...)).))))))...}})))))...))))).)))))....))))),.||}||})}},,||}}|||||}||||||,....,|{.||||}|,....,,,|{{{.,(({((((((,(((((((....))))))).,||,|||{{|}},.,,,,....,,....((((((((...)))))))),,,....,})))))))}))))}})))})))).,,,}}}||||.......))))}}}}.,,,..
Back