Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001291995.2
Sequence Length
2235 nt
GC Content
0.4403
GCAGCAUACGCCGAGCCGGUCUUUGAGCGCUAACGUCUUUCUGUCUCCCCGCGGUGGUGAUGACGGUGAAAACUGAGGCUGCUAAGGGCACCCUCACUUACUCCAGGAUGAGGGGCAUGGUGGCAAUUCUCAUCGCUUUCAUGAAGCAGAGGAGGAUGGGUCUGAACGACUUUAUUCAGAAGAUUGCCAAUAACUCCUAUGCAUGCAAACACCCUGAAGUUCAGUCCAUCUUGAAGAUCUCCCAACCUCAGGAGCCUGAGCUUAUGAAUGCCAACCCUUCUCCUCCACCAAGUCCUUCUCAGCAAAUCAACCUUGGCCCGUCGUCCAAUCCUCAUGCUAAACCAUCUGACUUUCACUUCUUGAAAGUGAUCGGAAAGGGCAGUUUUGGAAAGGUUCUUCUAGCAAGACACAAGGCAGAAGAAGUGUUCUAUGCAGUCAAAGUUUUACAGAAGAAAGCAAUCCUGAAAAAGAAAGAGUUGUUCUACCAUCUCCAGAGGGAACGCUGCUUCCUGGAACCACGGGCUCGUUUCUAUGCUGCUGAAAUAGCCAGUGCCUUGGGCUACCUGCAUUCACUGAACAUCGUUUAUAGAGACUUAAAACCAGAGAAUAUUUUGCUAGAUUCACAGGGACACAUUGUCCUUACUGACUUCGGACUCUGCAAGGAGAACAUUGAACACAACAGCACAACAUCCACCUUCUGUGGCACGCCGGAGUAUCUCGCACCUGAGGUGCUUCAUAAGCAGCCUUAUGACAGGACUGUGGACUGGUGGUGCCUGGGAGCUGUCUUGUAUGAGAUGCUGUAUGGCCUGCCGCCUUUUUAUAGCCGAAACACAGCUGAAAUGUACGACAACAUUCUGAACAAGCCUCUCCAGCUGAAACCAAAUAUUACAAAUUCCGCAAGACACCUCCUGGAGGGCCUCCUGCAGAAGGACAGGACAAAGCGGCUCGGGGCCAAGGAUGACUUCAUGGAGAUUAAGAGUCAUGUCUUCUUCUCCUUAAUUAACUGGGAUGAUCUCAUUAAUAAGAAGAUUACUCCCCCUUUUAACCCAAAUGUGAGUGGGCCCAACGACCUACGGCACUUUGACCCCGAGUUUACCGAAGAGCCUGUCCCCAACUCCAUUGGCAAGUCCCCUGACAGCGUCCUCGUCACAGCCAGCGUCAAGGAAGCUGCCGAGGCUUUCCUAGGCUUUUCCUAUGCGCCUCCCACGGACUCUUUCCUCUGAACCCUGUUAGGGCUUGGUUUUAAAGGAUUUUAUGUGUGUUUCCGAAUGUUUUAGUUAGCCUUUUGGUGGAGCCGCCAGCUGACAGGACAUCUUACAAGAGAAUUUGCACAUCUCUGGAAGCUUAGCAAUCUUAUUGCACACUGUUCGCUGGAAGCUUUUUGAAGAGCACAUUCUCCUCAGUGAGCUCAUGAGGUUUUCAUUUUUAUUCUUCCUUCCAACGUGGUGCUAUCUCUGAAACGAGCGUUAGAGUGCCGCCUUAGACGGAGGCAGGAGUUUCGUUAGAAAGCGGACGCUGUUCUAAAAAAGGUCUCCUGCAGAUCUGUCUGGGCUGUGAUGACGAAUAUUAUGAAAUGUGCCUUUUCUGAAGAGAUUGUGUUAGCUCCAAAGCUUUUCCUAUCGCAGUGUUUCAGUUCUUUAUUUUCCCUUGUGGAUAUGCUGUGUGAACCGUCGUGUGAGUGUGGUAUGCCUGAUCACAGAUGGAUUUUGUUAUAAGCAUCAAUGUGACACUUGCAGGACACUACAACGUGGGACAUUGUUUGUUUCUUCCAUAUUUGGAAGAUAAAUUUAUGUGUAGACUUUUUUGUAAGAUACGGUUAAUAACUAAAAUUUAUUGAAAUGGUCUUGCAAUGACUCGUAUUCAGAUGCUUAAAGAAAGCAUUGCUGCUACAAAUAUUUCUAUUUUUAGAAAGGGUUUUUAUGGACCAAUGCCCCAGUUGUCAGUCAGAGCCGUUGGUGUUUUUCAUUGUUUAAAAUGUCACCUGUAAAAUGGGCAUUAUUUAUGUUUUUUUUUUUGCAUUCCUGAUAAUUGUAUGUAUUGUAUAAAGAACGUCUGUACAUUGGGUUAUAACACUAGUAUAUUUAAACUUACAGGCUUAUUUGUAAUGUAAACCACCAUUUUAAUGUACUGUAAUUAACAUGGUUAUAAUACGUACAAUCCUUCCCUCAUCCCAUCACACAACUUUUUUUGUGUGUGAUAAACUGAUUUUGGUUUGCAAUAAAACCUUGAAAAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-648.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -691.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 668.02
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((...((((((.((.(((.((.((...((((((((((.......(.((((((((((((((.(..((.(((.((((..((((((.(((((((((.....))).))))))...((((((...........((.(((((((.((..(((((((((((.((((((.......(((((....((((..(((.....)))....)))).....)))))))))))))))))))......((((........)))))))..))))))))).)).............)))))).))))))..))))...)))...))..)))))))))...(((...((((...(((((..(((((((.....)))))))))).))....)))).....)))....(((((((.(.(((((.....(((..((((...)))).))).......))))).))))))))((((((.((.........)).))))))..)))))).)))))))).)))..))...)).)))..)).))))))....)))))))).........((((...((((((((((.(((((((((((.....(((((((.((.........((((......))))....((((((((((((((((.((((((.(((....)))..((((((.((((..(.............((((..(((((((.(((((((((..((.((((((((((......))))))))))....)).))).....))))))..))))).))...))))(((((((.((((((((.......((((((.(((.....)))....)))))).......((((((.(((((......)))))((.....))......)))))).....................)))))))).)))))))..)..)))))))))).(((((((......((((((((((.((((((((....)))(((((..((((......))))..)))))..........(((((((((((........).)))))).))))..............(((..(((((........))))).)))))))).)))))))....))).....)))))))((((.....))))((((..(((((((((.((....(((.......((((..((((((..(((.(((....))).))).))))))..))))........)))((........)))).)))))))))))))......))))))...))))))((((((..(((((((.((((((....(((((....))))))))))))))))))......(((((.........)))))))))))...(((((...)))))(((((((.....(((((((((......((((((.((((.((((.........(((((((((((...(((((.((..((((..((((((((..(((......)))......))))))))((((((((((.(((((((.....(((((((((....))).)))))).......)))))))...)))))))))).)).)).)).)))))..))))))...)))))..)))).)))).))))))......))))))..)))....))))))).................))))))))))...)).)))))))..))).)))))))))))).))))))(((((.((((((((.......((((.((((((..((((((.((....)).))).)))..))))))..))))(((((((....))))))).)))))))).))).)).....(((((((((....(((((((.......)))))))....)))))))))..........((((((((..(((((((((((..............((((((....)))))).(((((....)))))((((((((((.((.((....((((...(((......)))..))))....)).)).)))......)))))))....)))))))))))...))))..))))..(((((((((((((((...(((...))).(((((((.(..((((..((.(((..........)))))..)))).).)))))))....(((((.(((((........))))).))))))))))))))))))))..............((((((((.(.......)))))))))..)))).....(((((......)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((.{.(((((({((,{,,((({({...{{{((((((({{,,.,,{.{{{||{|{{|||{({{{{,,,({{{(((({.,((((({({{{{{{{,.....|||,||||||{{.((((((...........(({((,,,}}}||.{(((((((,((({(((((,.......|||||..{.{(((..,{{.....}}}},,.})}}.|...|,,|{((((({.,,.{({{{{.,...........}}})))}.)))))))).,)...},...}}}}}}}}}})}})}}.)))))),.}}||...,,,...}},|}|}}}}}|||.,,{{...{({{...{{,(({,(((((((.....}))))))))),))}..,)))}},.,|))}..|}{((((((.((,,..,.....)))))))}}}}})))).,))}}}}..})}}}}.|||,|||.,{({{{,((.........}).))))))}},}}}}}{|||||||}|..,.,,))),,)))),,||}.)))))),..,}))))))).,,,,||,,|{(({{,{{((((((((.(((((((({(,,{...(((((((.((.{.......{(({{,....}}}|,..,{{(({{(((((((,,,,||||||.,{{|,..}}}..((((({{((((..{.,{{..,.,..,,((({..,{(((((.{{{{(((({..{{,(((((((((({....,))))))))))..,,||.||),,,,,}}}||},.||||}.,|||{||||({(((((,((((((({..|||,,{{(((,.((|..,,,)))....}}}))}.,.....(({{((,{((((......}}}}|{{{.....{,,.{{{|||}}|..................,..}}}}}}}}.)}}))))}})},})}}}})))).(((((((.,....((((((((((.((((({((....}},(((((..((((......))))..)))))..........(((((((((((........),}))))).))))...........,...((,.(((((......,.))))).}))))))).)))))))....)))....,)))))))((({.....}))){(((..(((((((((.({..,,||...,|...((((..((((((..(((.(((....))).))).))))))..))))......,|||.....,,,...)}}}.)))))))))))))}}}...}})})),,.)}})))||||{{{,{((((((.((((((....(((((....))))))))))))))))))}.....(((((.........)))))))))))...(((((...)))))(((((((.....(((((((((..,...((((((.((((.((((.,,......(((((((((((...(((((.((..((({..,,((((((..((({.....,}}.,,,,,))))))||((((((((((.(((((((,{,..(((((((((....))).))))))..,,,..)))))))...))))))))))}}).)).)).)))))..))))))...)))))..)))).)))).))))))...,..)))))),,)))....)))))))................,)}}})))))).,})).))))))),|}|},)))))))})))}.))))},||{({|||||,,,,,,,....{|||,|{{|||,,{{|{|{||{|..,||{|||{}||{{||||||,,|||.(((((((....))))))),}}}}.,}},|||{|,..,..(((((((((....(((((((.......)))))))....))))))))).}}...{|,..{{(((((((.....))))))}.,}}}}}},....{(((((....)))))}.(((((....}))))|||},}}||}}}}},|}}.,||||},,,|}}|}|,,,||,|},,,..}}}},}},)|||,,...})||||}....})}}}},||||,|||||..{{,||..(((((((((((((((,,,,....(((((((..(({((,{((,,{....})}}),}},}...))))))),,.},},,...,,.....(((((.(((((........))))).)))))})))))))))))))).......,{{....((((((({,(.......)))))))))...,)),....}),,|}}},.,)))},..,,,,,...
Back