Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001291999.2
Sequence Length
4451 nt
GC Content
0.3597
ACCGCGCGUGCCCCGCCUCUCUCCCAAGAGCUACGCGGCGGCGGCGGAGCGCAGGCCUCGUGCCGUUACGGCCAUCACGGCGGCCGCAGUGGCGUCCUGGAGCCCUCCUCAGGUGAGCUGGAGCUGCCCGGCUCGGCAGCGGGAAGUGCUGAAGCUGCUGAAAGAUGGCAGAAGAAGUGGUGGUAGUAGCCAAAUUUGAUUAUGUGGCCCAACAAGAACAAGAGUUGGACAUCAAGAAGAAUGAGAGAUUAUGGCUUCUGGAUGAUUCUAAGUCCUGGUGGCGAGUUCGAAAUUCCAUGAAUAAAACAGGUUUUGUGCCUUCUAACUAUGUGGAAAGGAAAAACAGUGCUCGGAAAGCAUCUAUUGUGAAAAACCUAAAGGAUACCUUAGGCAUUGGAAAAGUGAAAAGAAAACCUAGUGUGCCAGAUUCUGCAUCUCCUGCUGAUGAUAGUUUUGUUGACCCAGGGGAACGUCUCUAUGACCUCAACAUGCCCGCUUAUGUGAAAUUUAACUACAUGGCUGAGAGAGAGGAUGAAUUAUCAUUGAUAAAGGGGACAAAGGUGAUCGUCAUGGAGAAAUGCAGUGAUGGGUGGUGGCGUGGUAGCUACAAUGGACAAGUUGGAUGGUUCCCUUCAAACUAUGUAACUGAAGAAGGUGACAGUCCUUUGGGUGACCAUGUGGGUUCUCUGUCAGAGAAAUUAGCAGCAGUCGUCAAUAACCUAAAUACUGGGCAAGUGUUGCAUGUGGUACAGGCUCUUUACCCAUUCAGCUCAUCUAAUGAUGAAGAACUUAAUUUCGAGAAAGGAGAUGUAAUGGAUGUUAUUGAAAAACCUGAAAAUGACCCAGAGUGGUGGAAAUGCAGGAAGAUCAAUGGUAUGGUUGGUCUAGUACCAAAAAACUAUGUUACCGUUAUGCAGAAUAAUCCAUUAACUUCAGGUUUGGAACCAUCACCUCCACAGUGUGAUUACAUUAGGCCUUCACUCACUGGAAAGUUUGCUGGCAAUCCUUGGUAUUAUGGCAAAGUCACCAGGCAUCAAGCAGAAAUGGCAUUAAAUGAAAGAGGACAUGAAGGGGAUUUCCUCAUUCGUGAUAGUGAAUCUUCGCCAAAUGAUUUCUCAGUAUCACUAAAAGCACAAGGGAAAAACAAGCAUUUUAAAGUCCAACUAAAAGAGACUGUCUACUGCAUUGGGCAGCGUAAAUUCAGCACCAUGGAAGAACUUGUAGAACAUUACAAAAAGGCACCAAUUUUUACAAGUGAACAAGGAGAAAAAUUAUAUCUUGUCAAGCAUUUAUCAUGAUACUGCUGACCAGAAGUGACUGCUGUGUAGCUGUAAUUUGUCAUGUAAUUGAAGACUGAGAAAAUGUUGGGUCCAGUCGUGCUUGAUUGGAAAUUGUUGUUUCUAAAUCUAUAUGAGAAUUGACAAUAAGUAUUUUUAUUAUAACUCAGCCCAUACAUAUAUACUAUGUAUGCAGUGCAUCUGCAUAGAACAGUUCCUUAUCCUUGGCCUUCUGUUUUAUUGUUUUUUUCUUUGCUGUUUUCCCUUUGCUUCUAAUAUUACAGUUUUGUAUUUUGUAAACAAAAAUCAAAUAAUGCAUAUCAGAAUCUUUAUAUGGAAGAAAUCCUUUAUUGCCUUUCCUUUGUUUCCUUGUAAAGGCACCCUGUUCUGUUAUGGUUUUUCAUUAUAUAAAAUUAUUAUAUCUAUAUAUGACAUAUGCUAAAAUUUCUUGGAGAGUGUUAAUCUUUUCUGUGACUAAAUAGCAAUAAUAAGUGGAAAAUUAGAAAUUAUUUCCAGGUAUUAUAUUUGUCACAGGCCAUUGUAAAUACCAAGUAUAUUGUGUCUGCCAUAAUUUUUAAAAAUACAUUCAUUGUCUUCAGUCAUACAGCAAGACACAUGAGACAUAGAUUAGAAAACAUGUUGUACAAUUUUAAUUUACAACUGUUGGAAAUAAAAAUCACUUAAUUUUUUUCCAGUGCUUCUCCCUCAUCUGGUUAUUCAAGAAAACAAAACAGUCUCUGAGAUAUUUAGCUUUUCAAACUGUAAAUAGAUGCUCUAGUGUUAUUUAUUUUUUUAAUCCCACUUGUAUUAUUUUACCUCUAGAGCAUCUUGUAUUAGGACAUGUUAUAUUUAUGCCAGUGGGAAAUAAGUUAUGGCCAAGUUUUGCAAAAACAGGAAGCAGUGAGAUACUUGUUUUUUUCUCCUCACUAAAUAUCAGUAAUUGUCAGGAAUGGUAUUACCUAUUUUCAUUUCCUCUUUUCAGCUUUAAGUUUUGUUGAUUGGGACACUAAAACUGAUGUAUACCUGAGGAAAAAAUAGAAUGUGCUCAUGGUUAGGGAAAAUUAUAUUAUUUUUAAUUUUUUAAUUUGUUUUUUAACCAAGUAGGAAUUUGGGUGUAUGGAUAAGAGGCCAAUCUGCUUCUGUAGGCUAUAGAAGAAAACCAGUUGUAUUUUAUGGUCAUAAUUUGUCCCCCUAUUAUUCUGGAGAUUUAAAUUUAAGUAAAGUAGCCAUCAGUAUUUUAAUUGAAAAAUACUAAAGCCACAUAACUGAGUAGGAUGUCGUAUGAUACUUUCAACAAAUUCCCUAAUGCUGCCUAAGCAUAUGGAUGUUUUAAUUCUUUGCUGUUAUAAAUAGAUAUCUAAUACGCCAGAAUUACUGAUGGUAAAAUUGAAGUUGUGUAACUUGUGAAUUUUUUUUAUCAAUGUUUUAAAUAUUAUUUAAAUCUUAAAAUCAUUUAAAGACUUAUGUUGCCACUGGGUGGCAGCCAUGGCUUCUCCCACUAAGCAACAGAAGUGACCAAAUAUAAUUAAGACAAAUUUUCAUCUCUAUUACAUCUGCUUUUAAAACAUUUUAGUUCAUAUUCUAUUAUUUUUCUAACUCAGUACUCCUUUGUUGAGGGUAAUUAUUAGUAGUUAAGUUUUUAAUGGAAAUAAAAAUCAUGUAUGCUUAUCUUUGCUGUAAAAUCAAAUGAAUAUAAAUUGAGGAAAACUUUAAAUUGUUGUAGGAUGACUAGUAGUAAACAUCAUCUUAAUUUUUAACAUAUAUUUGAUGAUGCUUUCCUUUUCUCUGUAUGUUUCUGGGUUUUCCCCCAGUCUUCCUUAUGAAAAAAAUGUAUGUUUGUAAAAAGAGAACAAUUAAUGCUUUGCAUCACAGACAUAAACUAUUCAUAGUAAACUGCACUGAGCUGAUAUUAAUAGAGCAGACUUUUGAGAAAGUAGGAGUGUAGUAGCACUGGAAACAGAAUGCAAAUUUCUGUUCCAUAAUUAGGUUUAUUGUAGCUAUAGCGCUCCCAGAUAACCCAUGUGUGCUAGUAAUAUCUAUUGUGUGCUCUUACUAUGGUAUAAAAACCUCGCUGGAAGCUACUUAUUUUGUACUUAAAUAUUUUACCAAUUUUUAAAAAGUCUUAAUCCAAUGCUUAUACCAGUGACUGUUUUUAUAAUACUUGAAGUAACUUUAAGAACUGAAACAACCCUGGAAAACUCUACAUAGCUAGAUAGUAACAAUACUUGUAUAAGAAACCAAGUUUCCUUAUUCCCAGCCUGGUGUCUGUAUCGUGACACACUACUCUGUGUAUGCUUGGUUUUAGACUAGGAGGAGAGUCCUGGGAAGGGCAAUAUUACAGAAGUUUUCUUCCACAUGAGGAGAAUGCUUAGUUUCAAAUUUAAAUACAUGUGUCAGAUGGAACCCUGCCUAACUCACUUCUACAAAUAACUUCCCCAAAAUCUUAGAAGGUUUUUUAGAACAUGAUAUAAGCUUUGUGACAAAAACAAAUGCCAUUGUGUCCCUUAUUUAGUCAUAAAACCUUAGGAUUCAGCUGAAUAUAUAUUCACACAUGUAUAUUACACAUAUAUCACUAUACAGUUAACACAUGCACCUUGCACUAUUAGUGACAAAUAAUACUGCUAAACAAAAUAGGCUUCAUGCAAUCUAUUGCCAUUGCUAGAAGAAUAAAUAGGCCUAGCAGAUGGGCAACUUGGGUUGUUAGAAUAAGGUCAUUCUUGCAGAAUAUGGCACUUAAAUUAUCUCCAGCUGUAAUGUCCUACCAUAUAAUCCAGAGGUUGCAUAGAAGCAGAGUUGUCACAGUCUCUGUAGCACGUUUGUGAGAAUUCUCUAGGCAGGCCCAGCCCUUCUCUAGAAGUUUGAAUUUCACUCCCACCUUGUUGCUGGGGUACCUUCUUCAGGGUACAUCUAAACACAGUGGCCUUAUACAGAAAUGUUGUUCAACCCACACAGUGCUUUAAAAAAUUAAUUGCCAACAUUUAAAAAUCAGGGAGUUUCACAUAAAAUUCAGACUUCUUGUUUCCCUUUAAAAAUGAGAAGCUAAUAACAUGAGUUGAAUUCCCACAAGUCAACAAUGAGCUGGAAUCUAAUAUGGAUGGUCCUCUUAUCUUUACCAGUGCACAUGGUGAAAAAAUUCAAACAGUAUAAUAAAGUCUUCUUUCAAGUCAAAAUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1098.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1190.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 1069.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.(((((((((.(.(((....)))....).))))).))))..)))).(((.....)))......((((((.(((((((..(((((.(.(((((..(((..........(((((((......))))))))))..))))).))))))..)))))))...))))))((((((((((.(((((((.((((.((......)).)))).(((((((..((.((.(((((((((.(((((.((((....))))..))))).))))..))))).)).))((((.((((..(((((((..........((((((.((((((..((((.(((((((((((((((..((((.(...((((((((((............(((((.((...)))))))..((((((((((((..((((..((((((((...((...((((((((((...((((((((.(((((((..(((.......(.(((((.....((((....(((.....(((((.........))))))))))))))))).).....(((((...))))).)))))))))).).))))))).)))))..)))))((((((.((.(((((((((.(((.(((.((((.(((((.((((((.......)))))).)))))......(....).)))).)))))).)))))))...((((((...)))))).....)).)).)))))).....))..)))))))).....((((.(((.((((.((...)).))))))).))))(((((....))))).(((((.........(((((.((((((((((((......((((((.((((....(.(((......))).).....)))).((((((((......)))))))).(((.((........)).))).((((.(((((....((((........((((((((....(((((((....)).)))))....))))))))........))))...)))))))))....((((((((((((((...((((....((.....)).....)))).......(((.(((((.((.......)).))))).)))((((((.(((....(((.....)))....))).))))))...(((((.(((((((((.((.(((....((((..(((.(((((.((((((((((......)))))))......((((......))))...((((((((((....................))))))))))(..((((((............((.((((.(((.............))))))).))(((.(((((((((((((.((((.(((.(((.((........))))).)))..((((((((((((((....)))))))..(((((((.((((...........)))).))))))).((((....))))...))))))).((((((((.....))))))))...)))).))))))))..))))).))).))))))..).))).))))))))..))))....)))))))))))))))))))...((((...((((((((((..((.((((...............((((.(((((((((((((.((((((((..(......)..))))......)))).))))))).......)))))).))))))))..))..))))))))))...)))).......((((((...((((......))))...)))))).......(((((((.(((((....(((((..((((((...........))))))..))))))))))))))))))))))....))))))))).....(((((((((................(((.....))).............)).)))))))((((((((.(((.((((((((.((((((((((((((((((.......(((((((..(((((......)))))))))))).......((.(((((((((................(((((...(((((.........))))).)))))....(((((((((((.((.................................))..))))))))))).(((((((...(((((.((((((((.(((((((..((((((((((((((.....(((((........(((.(((((.(((((.(.(((((.((((((.((.((((((((...((((((((((((............))).)))))((..(((((..........)))))..)))))).....)))))))).))..))))))))))).).)).)))))))).)))..(((((((((.........))))))))).....(((((((..((((((....)))))).(.(((((...((((((......)))))).....))))).))))))))...))))).....))))))))))))))..)))((((((....((.((((..(((((.((...((.((....((((((((......))))))))...)).))...))))))).)))).))..)))))).....((((...(((...(((((.....)))))..)))))))..........)))).)))))))))))))))))))))))))).....))).))..)))))))))))))))))).))).....))))).))).)))))))).............((((((....((((....((((.((((((...((((.((.(((....))))).))))....)))))).))))....))))....))))))....))))))..)))))))))))).)))))..........)))))...)))).)))))))))))).....(((.((((....))))))).....((((((.(((((.....(((...........)))....)))))...))))))....((((((((........((((((....))))))..(((((((((((((...((.....)).)))))))).....)))))..))))))))))))))))))....).))))......(((((......)))))..))))))............(((((((((....((((...........)))).....)))))))))......(((((((((...((((......(((((((....((((.((.............(((((((.((((((((((((.(((((.......))))))))))..............)).))))).)))))))............)).))))..)))))))......))))..)))))))))(((((((((.(((((((((((.....(((..(.((((......................)))))..))).....))))...)))))))..)))))))))...(((((((...)))))))......................))))))))).))))..)).)))).))))))(((((((((...)))).))))).....(((((((((((((((.((((.((((......))))((.((.(((((((((((((((((.((((..((((.((((...(((((((...(((((((((.....))))))))).........................)))..))))...)))).))))))))..(((((.(((...((((............))))..))).)))))...((((((((((((((.......))))).))..)))))))))))..)))))).)))))))..)).)).....(((((((((((......))))))))).))......)))).)))))).........)))))..(((.(((((........))))).)))............((((((((((((((.(((((.(((((((..............)))))))...))))).(((((((((.......(((.(((...(((((....(((..............))).)))))))).))).....)))))))))))))))))).)))))((((((.((((((..............)))))).))))))..)))).(((...)))((((....))))...)))))))))))))))))))))).(((((((((((....))))))).))))..(((.((((......((((.....)))).....))))...))).............))))))).)))))........((((((((.((.((......((.((((((((((........)))))))))))).......)).)).))))))))...........(((((..((((((((...)))))..))).))))).(((((((.......)))))))........................)))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,((((.(((((((((.({((,...,)))....}.))))).))))..)))).{|{..{{{{||,.|||,((((((.(((((((..((((,{(.(((((..(((.......},.(((((((......))))))))))..))))).))))))..)))))))...)))))),{{{{{{{{{,{(({{{,.|||{.{(.,....}|.|}}},({{{{,,..{{.((.(((((((((.(((((.((((....))))..))))).))))..))))).)).}|((((.((((..(((((({...,,.....((((((.((((((..((((.((((((((({(((({..((((.,...((((((((((............((((({((...)))))))..{(((((((((((..((({..((((((((...,,...((((((((((...((((((((.(((((((..(((.((({,...|)))}....{(((.....,{{.{{..(((((.........}))))))),).,,..))}}{{{,.,,,||}}.,,,,..)))))))))).),})))))).)))))..))))){(((((.((.(((((((({.(({.(({.((((.(((((,({(({{.,,.,,.})))}}.}}}||......|},.,).)))).)))))).}))))))...((((((...)))))).....)).)).)))))}.....}}..)))))))).....((((.(((.((((.((...)).))))))).))))(((((....))))).(((((.{{......(((((.((((((((((((.,....{({{{{.((((....,.{{{....,,|||{|...,,||}}.,{{{{{(({,,,,,||||||},.,,|}}|....}}}}},.,,},{{{{,{{{{{....{{{{.....,..{({(((((....{((({{{....||.|}|}}....,}}))}}}.,,...,.)))}.,|||}}}||||,,,.((((((((((((((...(((....))).,{,{({((({.,(({,,...,,{{{,(((({.({,,,{{{,||,|}}}}.}}}((((((.(((,,,.{{,.....,)),...))).))))))...{((((.(((((((((((,{(((....((((..(((.(((((.((((((((((......)))))))......{(((......)))}...((((((((((....................)))))))))){..((((((...........{((.(((,,(((.,,,.....},,.))))))).))|{(.(((((((((((((.((((.{((.(((.((........))))).)}}..((((((((((((((....))))))),.{((((((.((({...,.......)))).,)))))).{{{{....}}},...,)))))).((((((((.....))))))))...)))).))))))))..))))).)),.))))))..}.))).))))))))..))))....))))))))))))))))))}.|.,,,,..,{..((((.,(((((....}})))..)))}...,,{{||,,|||,{{{{{|||.|||||}||}}},,,..|||||||,{.,,..,,,,.,)}))))),,.,}.,)))))})}))}},,.,}|,,{(({{,.....,,}}},.,,,}}}||{{{{.,,{{{{.....,)))|,{,}}}}},...,,..(((((((.(((({...,(((((..((((((,,........,))))))..))))))))))))))))))))))....))))))))).,,..{{{{{{|||,,,,,,..............,,{{|{{{{{..{,......)})))))),)|||(((((.(((.((((((((.((((((((((((((((((||..,.,{((((({.,(((({......}))))))))))},,......,..{{(({(({..,,............(((((...(((((.........))))).)))))....(((((((((((.(,.,...,.................,.,......,)}..))))))))))).((((((({..{((({.((((((((.(((((((..((((((((((((((.,,,,(({{,..,|.,,,{{{.(((((.((({{,({(((((.((((((.,{.((((((((...((((((((((((.,........,.)))})))))((..(((((..........)))))..)))))).....)))))))).},..)))))),)))).},,,.))}))))|{|||,,(((((((((.,.......})))}}}}),}}},,||}}}},,|||{{{,...}}}}}|,{.(((((,..((({{{....,,}}})))||,.,})}}}}}}},,,,},.,}}))),,,,.))))))))))))))..))).........{({,({((,.{,,,.{{{.,.((.((....((((((((......))))))))...)).}}...}}}|}}},||||{||...|||}},,,}}|||,...{{(,,.(((((.....)))))..))},}}},,,,.,},,.)))).))))))))))))))))))))))}})),,.,,})}}))),)))))))))))))))))).)))....,))))).))).)))))|||,,,...,,}},,.((((((....{{{{....((({.((((((...((((.((.(((....)))}).))))....)))))).})))....})}}....)))))).,..}))))}..)))))))))))).))))).......}..)))))...}))).)))))))))))}.,,,.(((.((((....)))))}}.,{{,,(((((.(((((.....(({,.........})))....)))))...})))))},,.((((((({..,,,,,.((((((....)))))}.,|||{,((((((((...({.....}).)))))))).....}},,},.))))))))))))))))))....}.))))....,,(((((......)))))..}}}}}}............(((((((((....((((.........,.)))).....)))))))))......{((((((((...((((..,...(((((((....((((.((....,........(((((((.((((({{((({{{(((((.......)))))))))),,,........,,.)).))))).)))))))............)).))))..)))))))..,,..))))..))))))))}(((((((((.(((((((((((.....(((..(.(((({{{.,,,.....,,,.}}}}..}))))..))).....))))...)))))))..)))))))))...(((((((...))))))).........,.....},.....))))))))).))))..)),}))).))))))...,(((((,,{||}},.,}}},,.{,{,,,{(((((,,......}}}||||,,..,|)|}||,}|||||||||{(({((((({{,.,{||||(((((((((..........((((.(((((((....}.)))))).}))}.{{,,,...........,...,,.....|||,.}((((((((......{{{{{.,,,...,,,,.....,,,,{{,}}||{{{||,||||,...((((((((((((((.......))))).))..)))))))..,,.|}}}}|,.,)))))),|}}|}},..,.{((((((((((......))))))))).},.....,|}|||},,.}|,.......,{{,...}|||,{,,||}}},,...},,,,.}}|,........,,,((((((((((((((.{(((({(((((((..............))))))}.},))))}.{((((((((.......(((.(((,..{((((....{((..............}},.)))))))).))).....)))))))))))))))))).)))))((((((.((((((.,..........,.)))))).)))))).)))))))).,,,)))))))}).|||{|{{{||||||}||||||}||}||}}}.{{{|(((((({....})))))).,,||{{(((.((((......(((,...,,}})).....))))...))).}}}}......,,},|}}},.))})}........||||||{{.,{.,..,|||,||,||||{{((((........}))})))))))}.......}}.}}|)))))))).....,,,...{{||{.,{{{{{{{{...,))))..))).))))).|{{{|||,...,,.)))))}}......................,,)}))),,...,,,........
Back