Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001293213.2
Sequence Length
1909 nt
GC Content
0.4924
CUCUCAGAACCUUCCUGCCGUCGCGUUUGCACCUCGCUGCUCCAGCCUCUGGGGCGCAUUCCAACCUUCCAGCCUGCGACCUGCGGAGAAAAAAAAUUACUUAUUUUCUUGCCCCAUACAUACCUUGAGGCGAGCAAAAAAAUUAAAUUUUAACCAUGAGGGAAAUCGUGCACAUCCAGGCUGGUCAGUGUGGCAACCAGAUCGGUGCCAAGUUCUGGGAGGUGAUCAGUGAUGAACAUGGCAUCGACCCCACCGGCACCUACCACGGGGACAGCGACCUGCAGCUGGACCGCAUCUCUGUGUACUACAAUGAAGCCACAGGUGGCAAAUAUGUUCCUCGUGCCAUCCUGGUGGAUCUAGAACCUGGGACCAUGGACUCUGUUCGCUCAGGUCCUUUUGGCCAGAUCUUUAGACCAGACAACUUUGUAUUUGGUCAGUCUGGGGCAGGUAACAACUGGGCCAAAGGCCACUACACAGAGGGCGCCGAGCUGGUUGAUUCUGUCCUGGAUGUGGUACGGAAGGAGGUCGAUGAGCAGAUGCUUAACGUGCAGAACAAGAACAGCAGCUACUUUGUGGAAUGGAUCCCCAACAAUGUCAAGACAGCCGUCUGUGACAUCCCACCUCGUGGCCUCAAGAUGGCAGUCACCUUCAUUGGCAAUAGCACAGCCAUCCAGGAGCUCUUCAAGCGCAUCUCGGAGCAGUUCACUGCCAUGUUCCGCCGGAAGGCCUUCCUCCACUGGUACACAGGCGAGGGCAUGGACGAGAUGGAGUUCACCGAGGCUGAGAGCAACAUGAACGACCUCGUCUCUGAGUAUCAGCAGUACCAGGAUGCCACCGCAGAAGAGGAGGAGGAUUUCGGUGAGGAGGCCGAAGAGGAGGCCUAAGGCAGAGCCCCCAUCACCUCAGGCUUCUCAGUUCCCUUAGCCGUCUUACUCAACUGCCCCUUUCCUCUCCCUCAGAAUUUGUGUUUGCUGCCUCUAUCUUGUUUUUUGUUUUUUCUUCUGGGGGGGGUCUAGAACAGUGCCUGGCACAUAGUAGGCGCUCAAUAAAUACUUGUUUGUUGAAUGUCUCCUCUCUCUUUCCACUCUGGGAAACCUAGGUUUCUGCCAUUCUGGGUGACCCUGUAUUUCUUUCUGGUGCCCAUUCCAUUUGUCCAGUUAAUACUUCCUCUUAAAAAUCUCCAAGAAGCUGGGUCUCCAGAUCCCAUUUAGAACCAACCAGGUGCUGAAAACACAUGUAGAUAAUGGCCAUCAUCCUAAGCCCAAAGUAGAAAAUGGUAGAAGGUAGUGGGUAGAAGUCACUAUAUAAGGAAGGGGAUGGGAUUUUCCAUUCUAAAAGUUUUGGAGAGGGAAAUCCAGGCUAUUAAAGUCACUAAAUUUCUAAGUAUGUCCAUUUCCCAUCUCAGCUUCAAGGGAGGUGUCAGCAGUAUUAUCUCCACUUUCAAUCUCCCUCCAAGCUCUACUCUGGAGGAGUCUGUCCCACUCUGUCAAGUGGAAUCCUUCCCUUUCCAACUCUACCUCCCUCACUCAGCUCCUUUCCCCUGAUCAGAGAAAGGGAUCAAGGGGGUUGGGAGGGGGGAAAGAGACCAGCCUUGGUCCCUAAGCCUCCAGAAACGUCUUCUUAAUCCCCACCUUUUCUUACUCCCAAAAAAGAAUGAACACCCCUGACUCUGGAGUGGUGUAUACUGCCACAUCAGUGUUUGAGUCAGUCCCCAGAGGAGAGGGGAACCCUCCUCCAUCUUUUUUGCAACAUCUCAUUUCUUCCUUUUGCUGUUGCUUCCCCCCUCACACACUUGGUUUUGUUCUAUCCUACAUUUGAGAUUUCUAUUUUAUGUUGAACUUGCUGCUUUUUUUCAUAUUGAAAAGAUGACAUCGCCCCAAGAGCCAAAAAUAAAUGGGAAUUGAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-621.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -655.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 439.94
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((......(((((((.(((((((((((((((.(((((((...)))))))))...........((((((((.((..((((((.....((((((.....((((((((((.((.........)).)))))).))))......))))))..((....))....)).))))..))))))))))((((..(((((.((.....)))))))....)))))))))..(((....)))......((((((((((.(((..(((.((..(.((((((((((((...((((.(..(((.((((((((((...........((((((((((((.............))))).))).)))).((((((..((((..(((.((((.(((......)))))))...)))))))...))))))((((((.(((........)))..))))))..(((.......)))((((...))))..))))))))))))).).)))))))))...))))))).)..))))).)))..)).)))))))).))))))))...))).))))....(((((((.(((((...((((((.(((....))).(((((....(((.(((((((.(((....((((...))))..)))))))))).))).....)))))((((((((((((((.((...((((((........(((((((..((((....))))(((((((((((.....(((..........))).....)))).)))))))..)))))))))))))...)))))))...................((((.(((.((((.....))))))))))).....((((((((((((((((.....(((((((.(((.(((..((((((((.(((..((.......)).))).))))))).)..))).....))).)))))))......((((((((((((............(((((((...........((.(((((((...........(((((((((..((((..((..((((.....((.(((((.(((((((((....))))))))).))))).)).....((((.(((.((((.....((((.....(((((((((((.(((((.(((((.....((((................))))..)))))....((((..........))))....))))))))))).....(((((.(((.....))).)))))..............)))))......))))..)))).))).))))..((((((..(((((((.......)))))))....(((((((((.((((((((((.(((((((...))))))).))))))))).((((.....))))............(((((((.((((((((.............))))))))...))).))))...........((..((((.((((((.....)).))))))))..))..(((((......)))))....).)))))))))...))))))((((((.((((((((((((.((((..........))))...))))))))))))..)))))).((.(((((....))))).))......))))..))...))))..)))))).)))...........))))))).)))))))))..(((((((.(.(.((((((........)))))).).)..))))))).....))))))))))))...)))))))).)))))..)))....................)))))))))........)).))))..))))))))))))........)))))))(((((((((....(((..((((..((.((((((((...)))))))).......))..))))...)))....))))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{((((((......(((((((.(((((((((((((((.(((((((...)))))))))...........((((((((.((..((({{,,....,{{,{{..,,.((((((((((.((.........)).)))))).)))}.,,.,.,,}}}}..((....})....)).))))..)))))))))),{((..((((,,((.....)))))))....)))}))))),.(((,,..}}}.}.,..((((((((((.(((..{{(,((,,(.((((((((((((..,((((,(..(((.((((((((((...........((((((((((((.............))))).)))}}))).((((((..((((..(((.((((.(((......)))))))...)))))))...)))))}((((((.(((........)))..))))))..(((.......)))((((...))))..))))))))))))),).)))))))))...))))))).).,))))).)))..)).)))))))).))))))))...))).))))....(((((((.(((((...(((((,.,((....}},.(((((....(((.(((((((.(((....((((...))))..)))))))))).))).....)))))(((((((({{{(((.((..,((((((.....,..{{{((((,.{(((....)))|(((((((((((.....(((..........))).....)))).)))))))}.)}))}))))})})...))))))),{|||...,|||,,,.,,,}||||(((,{{{{,.,.,)})))}))|||.....((((((((((((((((.....(((((((.(((.{(({.((((((((.(((..((.......)).))).))))))),,..}))..,,.))).)))))))......((((((((((((.....,{,....{,{{,,,|,|.,,,..,,,,.,,,,,(({{,.{{{{{.{(((((((((..((({.,(({{((({......,}|||||}(((((((((....))))))))).}}}}},||.{{,,((((,(((.((((...,.((((....,(((((((((((.(((((.((.,({{{,.{(((.,,...........,.}}||....,}},.....,,..........})))}}}.))))))))))).....(((((.(((.....))).)))))..............})))}......)))}.,)))).))).}}}}.,||||||}}{({((((,,...,.})))})}....(((((((((.{(((((((((.{{{{{{,...,}))))|,|||||||,,.((((,,,..|||,............}}},.}},.}}}}}}}.,,,.{((((..(((((((({..{{.{(......,,,..))..},})))))))..))))}..,,{,(({|((||,.....,,|||,,..,,)))))},,}},}))))))))..,|||,||((((((.({((((((((((.((((.......,..))))...))))))))))))))))))),.||,(((((....))))).}}...,},)))),.,,...))))..)))))).}}}.........,,)).,,))})).)))))...(((((((,(,{,((((({.....,,,))}))).}.,..))))))).....))))))))))))...)))))))).)))))}})))....................)))))))))........)).))})..))))))))))))........))))))|(((((((((....(((..((((..((.((((((({...}))))))).,..,..))..))))...)))....))))))))),........
Back