Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001297425.2
Sequence Length
1561 nt
GC Content
0.6278
GAACUUCCGGCUGUCAAGCUCCCGGCCGGGCUGACUCAAGCGGAGGCGCGCGGAACAGUCGCCGAGGCGAUUCCCGCCCAGUUCGACAGAAGUGUACAGAGGCUUCUGGCAACACGGAUUGCCGUCUACCUGAUGACCUUUCUCAUCGUGACAGUGGCCUGGGCAGCACACACAAGGUUGUUCCAAGUUGUUGGGAAAACAGACGACACACUUGCCCUGCUCAACCUGGCCUGCAUGAUGACCAUCACCUUCCUGCCUUACACGUUUUCGUUAAUGGUGACCUUCCCUGAUGUGCCUCUGGGCAUCUUCUUGUUCUGUGUGUGUGUGAUCGCCAUUGGGGUCGUGCAGGCACUGAUUGUGGGGUACGCAUUCCACUUCCCGCACCUGCUGAGCCCGCAGAUCCAGCGCUCUGCCCACAGGGCUCUGUACCGACGACACGUCCUGGGCAUCGUCCUCCAAGGCCCGGCCCUGUGCUUUGCAGCGGCCAUCUUCUCUCUCUUCUUUGUCCCCUUGUCUUACCUGCUGAUGGUGACUGUCAUCCUCCUCCCCUAUGUCAGCAAGGUCACCGGCUGGUGCAGAGACAGGCUCCUGGGCCACAGGGAGCCCUCGGCUCACCCAGUGGAAGUCUUCUCGUUUGACCUCCACGAGCCACUCAGCAAGGAGCGCGUGGAAGCCUUCAGCGACGGAGUCUACGCCAUCGUGGCCACGCUUCUCAUCCUGGACAUCUGCGAAGACAACGUCCCGGACCCCAAGGAUGUGAAGGAGAGGUUCAGCGGCAGCCUCGUGGCCGCCCUGAGUGCGACCGGGCCGCGCUUCCUGGCGUACUUCGGCUCCUUCGCCACAGUGGGACUGCUGUGGUUCGCCCACCACUCACUCUUCCUGCAUGUGCGCAAGGCCACGCGGGCCAUGGGGCUGCUGAACACGCUCUCGCUGGCCUUCGUGGGUGGCCUCCCACUAGCCUACCAGCAGACCUCGGCCUUCGCCCGGCAGCCCCGCGAUGAGCUGGAGCGCGUGCGUGUCAGCUGCACCAUCAUCUUCCUGGCCAGCAUCUUCCAGCUGGCCAUGUGGACCACGGCGCUGCUGCACCAGGCGGAGACGCUGCAGCCCUCGGUGUGGUUUGGCGGCCGGGAGCAUGUGCUCAUGUUCGCCAAGCUGGCGCUGUACCCCUGUGCCAGCCUGCUGGCCUUCGCCUCCACCUGCCUGCUGAGCAGGUUCAGUGUGGGCAUCUUCCACCUCAUGCAGAUCGCCGUGCCCUGCGCCUUCCUGUUGCUGCGCCUGCUCGUGGGCCUGGCCCUGGCCACCCUGCGGGUCCUGCGGGGCCUCGCCCGGCCCGAACACCCCCCGCCAGCCCCCACGGGCCAGGACGACCCACAGUCCCAGCUCCUCCCUGCCCCCUGCUAGCAGCCACAGAGCCCACUCCCAGCCGUCCUCACCAGAGAUGGACCAGGGAGGACAGGAUGCUGGGCAGGGGAAGCCAAGUCACGGGCAGGCCGCAGUGGUUCUUGCGUGGCCUGGUUUUAUUUUCAUUGUGAAAUAUCAUGCUCUUAUUUCAGUCCUCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-655.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -684.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 425.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((....(((((((((((((((((((..((((((.(((.....)))((((((((((((((((.(..((((.....))))..)..))))((((((((.(((((((....(((((......)))))(((........))).....((((((((.((..(((((((((((..((......((((((((((....)))).......)))))).....))..)))))))....)))))))))))))).(((((.......((((((.(((....)))))).))).........))))).))))))).))).)))))))))))))))))....((((((....(((.(((.(((((........(((((((....)))))))........)))))))).))))).))))((((((((((((..((((((..(((.......))).)))))).(((.(((.(((((.(((((((.(((((.(((((((.(((((...........(......)............(((((((((((((((...)))))............)))))).))))....))))).))))))))))))...)))))))...(((((((...))))).))..(((((.(((.........))).)))))(((((.(((.((.(.((..(((((((..((.((...)).))..)))))))..)).).))....((((.((((((((...((((.((........)).))))..)).)))))).))))))).)))))..(((((((((((((((((((..(((((((.(((((........)))))))))))).))).((((.((((((((((((.....(((((......))))).......)))))).)))).)))))).......)))))))))))))))).....((((((((.((.((.(.(((((((((.....((.((......)))).....))))...)))))).)).)).)))).))))))))).))))))(((.((((.((.((....(((.(.((((((((........)))))))).).)))....)).)).)))))))..))))))).))))))))))))))).).))))))))))))))(((((((....)))))))((((.((((((((.........))))))))....))))....((((.(((..((((((...))))))...))).)))).....(((..(((((((((..(((((((...)))).........(((((((((((((((((((.(((((((((.....(((((((...((..(((((......)))))...))...)))).)))...))).))))))((((........))))..((........))((((((((((((.((..........(((((..(((((.((....)))))))....)))))....)).)))).))))))))..)))....)))))))))).))))))))))).)))))))..)))..............(((((((.........)))))))....))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
({,,..(((((((((((((({(((({.((((((.({,..{{{|||(({((((({,,,(((({.,.((((|||.|||||{{{..||||((((((((.(((((((....(((((......)))))(((........))).....((((((((.((..((((,(({,(({{....{{{({{(((({{{,.,,,||}}...,,,,},})))}..))))..,)))),,.}}.)))))))))))))).(((((......,(((,{,.(((....))),,}.))),........))))).))))))).))).))))))))))))|)|}||,|.||||}|}...(((|((|,(({{{|,|.,,.,(((((({..,.,}}}}}|.|||||{.||||||||{,,,{{,||,|{{{{{{|||||...,((((({{{,,...((((,..})))..{{({..,}}}|,....(((((((.(((((.(((((((.(((((..................}.......|....(((((((((((({((...,}}}}............))))))},)))....))))).))))))))))))...)))))))..,|||||||},.|||||.,,..(((((.(((.........))).)))))))))).}}},}}.,)),)})}}}))),}|..}}.}})},{{{{,{{{|,((({{{,(((({.,((((.((((((((...((((.((.,....,.)).))))..)),}))))).))))((((({{....(((((((((((((((((((,.(((((((.(((((........)))))))))))).))}.((((,((((((((((((..,..(((((......))))).......)))))).)))),)}))))....}},))))))))))))))))...,,.)))))|||||}}..,|||||}}}.}})),,|..||...,,,)),}.}}.}|||},}})),.)))})))),))}},|.||||,{||||,|||{((.((((.((.((....(((.(.((((((((........)))))))).).)))..,.)).)).))))})},,,))}.,}.)))),))))}},))).}.))))))))))))))(((((((....)))))))((((.((((((((.........)))))))).||,}|||....{{|{,((({{((((((...)))))}.,})}),))}}.....|||...,{{||{{{,.((((,(({.,||||...,{....(((((((((((((((((((((((((((((.....{{(((((...,{..(((((......)))))...,,...))))}.})...))).)))))))).|,,{.....))),..((,.,.,,{{||(({((({{{(({.({.....,....(((((.,(((({{((....))))))).,..))))),.,.)).)))))))))))))..)),..,}))))))))))}}))))))),...,)))}))).))))......,.,....{((((((.........))))))),,..,,...
Back