Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001297426.2
Sequence Length
2028 nt
GC Content
0.6356
GAACUUCCGGCUGUCAAGCUCCCGGCCGGGCUGACUCAAGCGGAGGCGCGCGGAACAGUCGCCGAGGCGAUUCCCGCCCAGGCUCCUGUAACCGCCAGGCAGCGGCCCCGCCAUGUCCCAGCCCCGGACCCCAGAGCAGGCACUGGAUACACCGGGGGACUGCCCCCCAGGCAGGAGAGACGAGGACGCUGGGGAGGGGAUCCAGUGCUCCCAACGCAUGCUCAGCUUCAGUGACGCCCUGCUGUCCAUCAUCGCCACCGUCAUGAUCCUGCCUGUGACCCACACGGAGAUCUCCCCAGAACAGUGGACAAAGGCAGCACCCUGGAAGUGAGCCAGAGGACAGGUUGGAAGAGGAAGGUUCCGGGCCUGCCCCAAGGACAGAAGUUUCCUCUGCGGGAGGGCAGCUGCCCCAGCAGGCAGGCCCCUUACGUAGCUGCUCUGAGUAAACGCGGCCAGCGCCCCGUCUCAGCGGGGACACUCCCACCCCGGCUGCUCCUGCAGGCCUGGAGCAGUUCGACAGAAGUGUACAGAGGCUUCUGGCAACACGGAUUGCCGUCUACCUGAUGACCUUUCUCAUCGUGACAGUGGCCUGGGCAGCACACACAAGGUUGUUCCAAGUUGUUGGGAAAACAGACGACACACUUGCCCUGCUCAACCUGGCCGCAUCAUGGCUGUGAUGCCCUCCCUCCCUCCAGGCCUGCAUGAUGACCAUCACCUUCCUGCCUUACACGUUUUCGUUAAUGGUGACCUUCCCUGAUGUGCCUCUGGGCAUCUUCUUGUUCUGUGUGUGUGUGAUCGCCAUUGGGGUCGUGCAGGCACUGAUUGUGGGGUACGCAUUCCACUUCCCGCACCUGCUGAGCCCGCAGAUCCAGCGCUCUGCCCACAGGGCUCUGUACCGACGACACGUCCUGGGCAUCGUCCUCCAAGGCCCGGCCCUGUGCUUUGCAGCGGCCAUCUUCUCUCUCUUCUUUGUCCCCUUGUCUUACCUGCUGAUGGUGACUGUCAUCCUCCUCCCCUAUGUCAGCAAGGUCACCGGCUGGUGCAGAGACAGGCUCCUGGGCCACAGGGAGCCCUCGGCUCACCCAGUGGAAGUCUUCUCGUUUGACCUCCACGAGCCACUCAGCAAGGAGCGCGUGGAAGCCUUCAGCGACGGAGUCUACGCCAUCGUGGCCACGCUUCUCAUCCUGGACAUCUGCGAAGACAACGUCCCGGACCCCAAGGAUGUGAAGGAGAGGUUCAGCGGCAGCCUCGUGGCCGCCCUGAGUGCGACCGGGCCGCGCUUCCUGGCGUACUUCGGCUCCUUCGCCACAGUGGGACUGCUGUGGUUCGCCCACCACUCACUCUUCCUGCAUGUGCGCAAGGCCACGCGGGCCAUGGGGCUGCUGAACACGCUCUCGCUGGCCUUCGUGGGUGGCCUCCCACUAGCCUACCAGCAGACCUCGGCCUUCGCCCGGCAGCCCCGCGAUGAGCUGGAGCGCGUGCGUGUCAGCUGCACCAUCAUCUUCCUGGCCAGCAUCUUCCAGCUGGCCAUGUGGACCACGGCGCUGCUGCACCAGGCGGAGACGCUGCAGCCCUCGGUGUGGUUUGGCGGCCGGGAGCAUGUGCUCAUGUUCGCCAAGCUGGCGCUGUACCCCUGUGCCAGCCUGCUGGCCUUCGCCUCCACCUGCCUGCUGAGCAGGUUCAGUGUGGGCAUCUUCCACCUCAUGCAGAUCGCCGUGCCCUGCGCCUUCCUGUUGCUGCGCCUGCUCGUGGGCCUGGCCCUGGCCACCCUGCGGGUCCUGCGGGGCCUCGCCCGGCCCGAACACCCCCCGCCAGCCCCCACGGGCCAGGACGACCCACAGUCCCAGCUCCUCCCUGCCCCCUGCUAGCAGCCACAGAGCCCACUCCCAGCCGUCCUCACCAGAGAUGGACCAGGGAGGACAGGAUGCUGGGCAGGGGAAGCCAAGUCACGGGCAGGCCGCAGUGGUUCUUGCGUGGCCUGGUUUUAUUUUCAUUGUGAAAUAUCAUGCUCUUAUUUCAGUCCUCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-871.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -906.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 648.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((...(((((.((((..((((..((((((((((...((.((((.(((((((((.((((..(((..((((.....))))..)))..))))..))))......)).)))))))..))...))).))))).))...)))).)))))))))......(((((.....))))).((((((......(((((.(((((((((((....(((((((((..((((((((...(((((((((((((...)).)))..(((((((.(((.((((((((.((((((((((((.((.((.((((...(((......)))(((.(.((((.((...(((((((..(((((((.((.((((((((((((((((...(((((((((...((((........)))).(((..(.((((....))))).)))))))))))).....((((((((.(((((...(((.(((....))).)))))))).)((((...))))....)))))))((.(((((((((((((((.(((....))).))...((((((.((((......))))..))).)))....(((((......)))))((((..(((((((((((((..((......((((((((((....)))).......)))))).....))..)))))))....)))))).))))(((......)))........))))))))))))).))........))))))))((((((.(((....)))))).)))...)))))..))).))))))))).)).))))).)).)))).).)))..)))).))..)))))))..)))))))..)))))))))))..((.((((((....(((.(((((((((...(((((........)))))....((((((((.(...((((...))))..((((...)))).....(((((((.(((((.(((((((.(((((...........(......)............(((((((((((((((...)))))............)))))).))))....))))).))))))))))))...)))))))..).)))))))).(((((.....(((((.(((.........))).)))))))))).)))))).))).))).)))))))).....((((.(((((((((((((.(((((((.((((((.((((((((...((((.((........)).))))..)).)))))).))))......(((((.(((.(((....))).))))))))......))))))))).....)))))))....)))))).))))((((((((((.....(((((......))))).......)))))).)))).....((((.....))))..((((((((((.......(((.(((((.((..(((((......))))).))....))))))))....(((....))))))))))))))))))))))))))))))))))))((((((.((.((....(((.(.((((((((........)))))))).).)))....)).)).)))).)).....)))).)))))...)))))(((((((...((((((((((((((((....)))))))..((.((((((((.........)))))))).))))))))...))).))))..)))....((((((((.(((((((((.....))))).....((((......((((...))))....)))).)))).))))))))((((((((((((((((.....(((((((...((..(((((......)))))...))...)))).)))...))).))))))))....)))))...)))))))))))))))))(((((((((((.((..........(((((..(((((.((....)))))))....)))))....)).)))).)))))))(((((((.((((((.(..((((.....))))..).)))))).)))))))..........(((((((.........)))))))....))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
({,,.,(((({(((({{(((,..((((((((((,,.{{.((((.(((((((((.((((..(((..((((.....))))..)))..))))..))))......))},))))))..}),..))))))))).)){{{|,},.,,},)))),.{{{{{(((((.{{{{}||||.((((((.{{{{{(((({.((((((((((({,,.{,((({{{{,.,{((({((.,{({,(((((((((,...{{,||,..,{|,|||.,,|}}|||||{,.{(((((((((((.||.((.((((.|,{((,.....}||(((.(,((((.({...(((((,{..(((((((.((.(({(((((((((((((...(((((((((...{(({,,,..,,.}|||{({{.,|,|||{..,,))))}.)}}))))))))).....((((({{..{{(((,..{((,(((..,.)||,|||}}}})}}|||...,},,,....))))))){{.(((((((((((((((,(((..,,|||{|,,....|,||}}|||,,,.,,|||,,,})}{|{.....(((((......)))))||||,.{{((((,((({(({{,...{{(({{((({{{{{,{{{|||,.....,.,,))))}..))))..,))))}}.}}.))))|}.|||||||.}}}.})))........})))))))))))).}}......,}))))))))((({{,.(((....))),,,.)))...)))))..))).))))))))).}}.))))).)).)))),}.}}}}.)))).))..,}))))),.)))))))..}}}||||||||..,,.||||,|.}}}|||.{{{|||||{|,,{{{{{....,.|,}}||}....||||||||},...((((...})))..{{{{...}}},.....{||||(({(((((.,,,{|||},||||..............,..,),,,,,}}}}}},,||||||{,{||{(,{,,.|||...........,,)}))))}||||{.{{|,|||{|||||||}}}||{{{||||}},.,,}))))))},.(((((.....(((((.(((.........))).)))))))))).|||}}}..}),),|{|||||,,{{.,,.,,}|.||,,|||||||{,,(((((((((,((((.((((((((...((((.((.,....,.)).))))..)),}))))).)))){{(((((.({{(((((((((((((((((({,.(((((((.(((((........)))))))))))}.))}.{(((|({((((((((((..,..(((((......))))).......)))))).)))),),)))),,..,,,))))))))))))))||..,{{{|||||((((({{.,,(((((,.,.,.})}}}..||...}}})),}.....(((....))).))),))}}})))),}.)))}}))))})}))))|}|{||}|{}||.,,.|||.,.((((((((........)))))))).)})),}}}})).)),}))))))}}}.})),)}),)))}}})))))||}|}||}}}|||||||||(((((((....))))))){{{{.((((((((.........)))))))).}}}}||},...|||,|{{{,,((({{{.,,||||||.||||||||||.....|}|,...,||||||..{{{{,{{,.,|||}...,,....||||{||||||||((((((((((((((((.....{{(((((...,{..(((((......)))))...,,...))))},})...))).))))))))....}}}}}.}})}},|||}}}||||))|(((((((((((.((..........(((((.,(((({{((....))))))).,..))))),...)).))))))))))))|{{||{{.{|||||}|}|||||}}}}}))},,.}})))))).)))),,,.....,....{((((((.........))))))),,..,,...
Back