Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001297437.2
Sequence Length
1479 nt
GC Content
0.4138
AGACGCGUCACCCACGCUGCGGGCAAGCCAUGGCGGGAAGCGAGCCGCGCAGCGGAACAAACUCGCCGCCGCCGCCCUUCAGCGACUGGGGCCGCCUGGAGGCGGCCAUCCUCAGCGGCUGGAAGACCUUCUGGCAGUCAGUGAGCAAGGAGAGGGUGGCGCGUACGACCUCACGGGAGGAGGUGGAUGAGGCGGCCAGCACCCUGACGCGGCUGCCGAUUGAUGUACAGCUAUAUAUUUUGUCCUUUCUUUCACCUCAUGAUCUGUGUCAGUUGGGAAGUACAAAUCAUUAUUGGAAUGAAACUGUAAGAGAUCCAAUUCUGUGGAGAUACUUUUUGUUGAGGGAUCUUCCUUCUUGGUCUUCUGUUGACUGGAAGUCUCUUCCAGAUCUAGAAAUCUUAAAAAAGCCUAUAUCUGAGGUCACUGAUGGUGCAUUUUUUGACUACAUGGCAGUCUAUAGAAUGUGCUGUCCAUACACAAGAAGAGCUUCAAAAUCCAGCCGUCCUAUGUAUGGAGCUGUCACUUCUUUUUUACACUCCCUGAUCAUUCAGAAUGAACCACGAUUUGCUAUGUUUGGACCAGGUUUGGAAGAAUUGAAUACCUCUUUGGUGUUGAGCUUGAUGUCUUCAGAGGAACUUUGCCCAACAGCUGGUUUGCCUCAGAGGCAGAUUGAUGGUAUUGGAUCAGGAGUCAAUUUUCAGUUGAACAACCAACAUAAAUUCAACAUUCUAAUCUUAUAUUCAACUACCAGAAAGGAAAGAGAUAGAGCAAGGGAAGAGCAUACAAGUGCAGUUAACAAGAUGUUCAGUCGACACAAUGAAGGUGAUGAUCAACAAGGAAGCCGGUACAGUGUGAUUCCACAGAUUCAAAAAGUGUGUGAAGUUGUAGAUGGGUUCAUCUAUGUUGCAAAUGCUGAAGCUCAUAAAAGUCCAGGAUACAGAGGCUGAAACUCUGACUGGUUUUUUGAAUGGCAUUGAGUGGAUUCUUGAAGAAGUGGAAUCUAAGCGUGCAAGAUGAUUCUCUUUUCAGAUCUUGGGAACUGAAACCAUUUGAAAUUUAUUACUAAGGUCGUGAUGUGAAUAUUUGCUCAGUCAGCCCACCUUGUCCUGCCUUUUUGCAGAUAGGCUUUCAUUUGGACAGCUAUAACUGCUGUGUUUUUUAUAUUAUUUUUACUCUUUACCAUAAAUCAAUUACAAGAAAAGAGUUUCAGUCCUAGUAUUUAGCCCCAAAAUGAACCUUUAAACAUUUUUUUGGUAAUUUUUAUAUUUUCUGUCUUUUUAAAAAUAUUAAAUUCUGGAAAAAACAAGUUUGUGCCUCUCAUUCCCUGAGUUUCUAUUCUUUUGGGUAUAAAGAUUGCCUUAGUGAGAAAUAGCAAAUUUGCUAAACUUUCUAUUCAGUCUUUUCAAGGGUUCAUAAGUGGUUAUCAGAAAAGAAAUUUUUAUCUAUUCUUAAUAAAUACACUGCUUAAAGACUGAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-416.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -444.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 351.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((.(((((.((((.......(((((...(((((((((...))))......)))))..)))))))))..))))).....(((((((....)))))))...((((..(((((..(((...)))..)))))..))))........))))))))))).......((((((.(((((((((.(((((((((.((........)))))))))(((.((((((......))))))..)))...)).)))))))).)..))))))((((((...((((..........((((((................))))))(((((((((.(((...((((...((...(((((((.((((((.(((((((((((((.(((((((((...((((....((((......(((....(((((((((((((.(((.(((((((((((..(((((((((((...((((.((((.(((((((((...((.(.(((.........)))).))...)))))))).).).)))))))............((((....))))..........)).)))))))))..(((((((((((..........((((((.....)))))))))))))..))))))))))))....)))))).))).))....)))))))))))((.((((..((((.((((.((((((.(((((...((((......))))..)))))..)).)))).)))).)))))))))).((.....)).))))..)))).....))))))((((....)))).........))).)))))))))))..........)).)))))).)))))))))...)))).))).))))))))).......(((((((......(((((((....)))))))..........(((..(((......))).)))(((((((.((((((((((((..((.((...((((((((.(..(((((((....(((((((..((((((..............))))))..((((((.((....)).))))))(((..((((((((((...((((((..((((.(((........)))))))....))))))..((((......))))))))).)))))..)))(((((.......))))).))))))).......)))))))..).))))...))))..)).))...)))))))))))))).)))))(((((.....((((((((((.....(((((((((.(((((..(((((((.((......))))))))).))))))))))))))......((((((((((((.....)))).............))))))))((((((...(((.(((...(((((....)))))..))).)))..))))))....))))))))))....)))))..((((.(((........))).))))......)))))))))))...))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,(((((((((((.(((((.((((.......(((((...(((((((((...))))......)))))..)))))))))..))))).....(((((((....))))))).,{((({,.{((((..{(,...}}}.,)}))).,)}})..,,},..)))))))))))..,,.((((.(((({((((((((.(((((((((.((........)))))))))(((.((((((......))))))..)))...)).)))))))).{(({,,..)})},.(((((.((((((((.....,{{({..{{{{.{{{{{{{{.}||||.(((((((((.(((...((((...{(,..(((((((.((((((.(((((((((((((.((((((((({(((,(((....,,,....,,}.}}}.})))}}}},,...{((((((((((((..((((.......)))).,.))))))))))))|((((((...{{,{.(({.........}))}.}}...)))))))||(((,{,(((((((({{..((({{((((((..{{{...,},(((((((((((((.((...(((((((.(((((..{,.,(.((((((.....)))))).)}{{{{{.....}|}|||...,}))..)))).).)))))))....))..))))))))).))))....)))))))))).........(((({,....,,,,.....,}},}}.,{{{,.{{{{...{{{........))},}},)}))}})))},...,)))))}{{{{...,)))),,,.....,))).)))))))))))..........)).)))))).)))))))))...)))).))).)))))))))...,{{((((((.(((((.,(((((((....))))))),..{{....}||,..||({,,....,,.,.{(((((((.((((((((((((..({.{{...((((((((.{..(((((((....{({{(({{.((((((....,......}..))))))}}}||||({((,{{{},.}||||.{{{..{{{,,,,||,..}||||||,{(((({(((,.....,,}}||}}||,,.}}||||{,({((......}})))}))),,,}}}..}))(((((.......))))).,..}}}},,,,,..)))))))..}.))))...))))..)).})...)))))))))))))).)))))}.,,......|}}},.})))}.}))))))}}})}.,,|||}}|||,|||},,,,,.,{{||,,,,.}.}}},,.}}}}}},..,..)))))))).))))},))))))))..,...,{{{{..(((((.......))))).,,.}}|}}.(((((....)))))...,,.,,.{(((((((((....{{{{.....{(((,((({.((((.(((........))).))))..})},.,,)))))))))))))))))}...
Back