Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001297438.2

Sequence Length

1219 nt

GC Content

0.5332

AGUAAGUUCCAGCGCAGCUAGACCGCGGGGUAGUCGGCGCGAGGCGGAGCUUGGCAGUUCCGUCCACUUCAGCCGCAGCGUCCCUCACCGGGUGUCUCGCCGCAGCCUCCGGAGAGGAACAGACCCUCACUCUCUCUGUCAGAAAAAUGUCUGCUCCAGCUCAGCCACCUGCUGAAGGGACAGAAGGGACUGCCCCAGGUGGGGGUCCCCCUGGCCCUCCUCCUAACAUGACCAGUAACAGACGACUACAGCAAACCCAGGCACAAGUGGAGGAGGUGGUGGACAUCAUACGUGUGAACGUGGACAAGGUCCUGGAGAGGGACCAGAAGCUGUCAGAGCUGGAUGACCGAGCUGAUGCCUUGCAGGCAGGAGCAUCACAAUUUGAGAGCAGUGCUGCCAAGCUAAAGAGGAAGUAUUGGUGGAAAAACUGCAAGAUGAUGAUCAUGCUGGGAGCCAUCUGUGCCAUCAUCGUGGUAGUUAUUGUAAGAAGAGGCUGAGGCCAUGCUGGGCAGGGUCUGGAUGCCCACUUUCCAUGCAGCAGCAUUUCAUUGCUCAAAACCAUCCUUCCUUUCCUUUCGCCCUUGUUUCCCACAUUCCCUUCGUCCUGCCCAAGGGCGGGACUGAAGAGCUGGAAGAAAGCAGUCAGUACCCUCCCAACGGCCCCCCUCGAAGGUCUCCACUCUCCUCUGGGCUCCUCCUUGCCUAAUGCAGGGGGUCACCGCUGGAGAAGAACCACCACUGUCCUCGAUGUGUCCCAAGCCUGGAGCGAAUCCGUCCUCUUGGCUCUCCCAGCCCUAUCACAGGAAUCAUUCCUGGGUUUCUGUCCCUCUGAGGCUCACCAGGUGUAGUUGGCCUUGUUCUUUGGGGGUAUUAGCCCUUCUACUUUCUUUCUCACCCACCCUGUACCCUCUUCUGUGUGUCUCUGCUAUCCCCCUUUCCUCCCACCACCCAUGUGCAUGAGCAAAUGUGCAACAAAACCCUGGGACUUUGCAGUCAAAUGAAGCUGAGCUUCCCACAUCCCGUUCUUCGGUUUGCCAUGAGACGAUGUGGGGUUUCCACUGUGUGUCUGUCAUCACCUCUUUGUCUUUUUUUCCUAACCCUGAUCUCAUACUUGUAUAGAGUAAUAACAACAGUUGUACUUCCACCAAAGGCAUGUGGCAUAUUUACCAAUGUCAUGUAUUCUGAACAAAGGCAAAAAAUACAAAUUCCUACCAUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-398.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -423.47

Frequency: 0.0000

Diversity: 369.81

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((((.((((.(((..(((....))))))..)))).....)))))).(((((((((((((.(((((((.(((((...((((.(((((.(.((......))).))))).)))).(((((...........)))))((((......)))).....)))..)).....)))))))))))....)))))))))..(((.(((((((.....))))).)).))).............((((((.((.((((.(((((((((((((...((((((((.(((((.......((((....))))((((((((((((((((((((((.((((((((..((.(((((..(((((((..(((((.((.(((((.(((....((((..(((((.((((((((((((((((........))).)))))))...((((((..(((((((.....((..(((....)))..)))))))))...))))))..........((((..(.((((....((((.(((((((((.(((....((((((.((...((((......))))............................................((((((((((((....)))))))).)))).))))))))...))).)))).)))))))))..))))).))))...(((.((...(((((..(((...((.((((((.....))))))))...)))..))))).)))))..)))))).))))))))))))...))))).)).)....))))..))))).))..))))).))..).((((((...)))))))))))))))))))))........)))))........)))))))))...((((((....))))))................)))))......)))))))).)))))))((((.............(((((.......(((((((......))))))).........)))))....))))......(((((...))))).((((((..((.(((.((....))..)))))))))))))))))...)))))))))))).........(((((.((((((.(((................((((.((((((((((((....)))))............(((((.(((........))))))))...))))))).))))))).)))))).)))))....))).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

.{{{,(,{,.{((,,.|||.|{{,||(((((((({((({,{,(((((((((.,,,|||}|}|||,.,{||,||},,.,,(((((((,,((((((,{,.{{.{{{{{,,,{(((((((..,,{,...|,.,}}}}}}||.{{{{......}))),,.|.}},,|||,,,},)}))),))))),,..,,))))))))){((.(((((|(,....))}))})).))}.....,....{,.{(({{{{{{{{{{(,(({(({((({{{,.{,((((({(({(((((|,,.,..((((....))))(((((((((({{{{(((((((|,(((((((|..((.(((((..(({((((..(((({{((,{{{{|,{{{||,,{{{{..{((((.(((((((((((({{((........))}.}))))))...((((((..(((((((..,,.({,,({{.,,,})),.)})))))))...))))))..........((((..(.((((..,.((((.(((((((({.(((...,((((((.((.{.((((......)))),............................,{,.....,,,....((((((((((((....)))))))).)))).))))))))...))).}))).))))))))).,)))),,))))...(((,(,...(((((..(((...(({((((((.....))))))))...)))..))))),)}}))..)))))).)))))})))}}}...|}}}|,||.|,...})))..))))).))..))))).)}..,.((((({...})))))))))))))))))))).,,,,,,,|}}})....,..,)))))))))...{(((((.,.,)))))}................)))))..,,}}))))),))}))))))}{{||,,,},,.......|{{{{.......(((((((......})))))).........))))}....)))),}....{{{||,,.)))}|(((((((..({{({(.((....))..))))))))))))))}}}...}}))}}}})))}.........(((((.((((((.(((......,.........(({{.{{(((({(((((....))))),},,........}|.{((((((((........)))))))}),}}}}).)})}))).)))))).))))}....,,,.......