Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001297440.2
Sequence Length
4059 nt
GC Content
0.4388
GUGCGUAAUCCUUCAGCUCUGGUGGUAAGGGAGAUGCAGUGAGCUCCCGGCUGGGAGAGAGGGUUAUUUUGCAAAACUCCCCUGGUACCGUGCCCGCGGAAUAUUGCAGGAGGUCUGUGAGGUAUUAAAAAGUGUCAGCAAACUGCAUUGAAUAACAGACAUCCUAAGAGGGGAUAUUUUCCACCUCUAUAAUGAAGAAAAGCAGGAGUGUGAUGACGGUGAUGGCUGAUGAUCUUUGAUGUGGAAAAUGGCCCUUCCCCAGGUCGGAGUCCACUGGAUCCCCAGGCCAGCUCUUCCGCUGGGCUGGUACUUCACGCCACCUUUCCUGGGCACAGCCAGCGCAGAGAGUCAUUUCUCUACAGAUCAGACAGCGACUAUGACUUGUCACCAAAGGCGAUGUCGAGAAACUCUUCUCUUCCAAGCGAGCAACACGGCGAUGACUUGAUUGUAACUCCUUUUGCCCAGGUCCUUGCCAGCUUGCGAAGUGUGAGAAACAACUUCACUAUACUGACAAACCUUCAUGGUACAUCUAACAAGAGGUCCCCAGCUGCUAGUCAGCCUCCUGUCUCCAGAGUCAACCCACAAGAAGAAUCUUAUCAAAAAUUAGCAAUGGAAACGCUGGAGGAAUUAGACUGGUGUUUAGACCAGCUAGAGACCAUACAGACCUACCGGUCUGUCAGUGAGAUGGCUUCUAACAAGUUCAAAAGAAUGCUGAACCGGGAGCUGACACACCUCUCAGAGAUGAGCCGAUCAGGGAACCAGGUGUCUGAAUACAUUUCAAAUACUUUCUUAGACAAGCAGAAUGAUGUGGAGAUCCCAUCUCCUACCCAGAAAGACAGGGAGAAAAAGAAAAAGCAGCAGCUCAUGACCCAGAUAAGUGGAGUGAAGAAAUUAAUGCAUAGUUCAAGCCUAAACAAUACAAGCAUCUCACGCUUUGGAGUCAACACUGAAAAUGAAGAUCACCUGGCCAAGGAGCUGGAAGACCUGAACAAAUGGGGUCUUAACAUCUUUAAUGUGGCUGGAUAUUCUCACAAUAGACCCCUAACAUGCAUCAUGUAUGCUAUAUUCCAGGAAAGAGACCUCCUAAAGACAUUCAGAAUCUCAUCUGACACAUUUAUAACCUACAUGAUGACUUUAGAAGACCAUUACCAUUCUGACGUGGCAUAUCACAACAGCCUGCACGCUGCUGAUGUAGCCCAGUCGACCCAUGUUCUCCUUUCUACACCAGCAUUAGACGCUGUCUUCACAGAUUUGGAGAUCCUGGCUGCCAUUUUUGCAGCUGCCAUCCAUGACGUUGAUCAUCCUGGAGUCUCCAAUCAGUUUCUCAUCAACACAAAUUCAGAACUUGCUUUGAUGUAUAAUGAUGAAUCUGUGUUGGAAAAUCAUCACCUUGCUGUGGGUUUCAAACUGCUGCAAGAAGAACACUGUGACAUCUUCAUGAAUCUCACCAAGAAGCAGCGUCAGACACUCAGGAAGAUGGUUAUUGACAUGGUGUUAGCAACUGAUAUGUCUAAACAUAUGAGCCUGCUGGCAGACCUGAAGACAAUGGUAGAAACGAAGAAAGUUACAAGUUCAGGCGUUCUUCUCCUAGACAACUAUACCGAUCGCAUUCAGGUCCUUCGCAACAUGGUACACUGUGCAGACCUGAGCAACCCCACCAAGUCCUUGGAAUUGUAUCGGCAAUGGACAGACCGCAUCAUGGAGGAAUUUUUCCAGCAGGGAGACAAAGAGCGGGAGAGGGGAAUGGAAAUUAGCCCAAUGUGUGAUAAACACACAGCUUCUGUGGAAAAAUCCCAGGUUGGUUUCAUCGACUACAUUGUCCAUCCAUUGUGGGAGACAUGGGCAGAUUUGGUACAGCCUGAUGCUCAGGACAUUCUCGAUACCUUAGAAGAUAACAGGAACUGGUAUCAGAGCAUGAUACCUCAAAGUCCCUCACCACCACUGGACGAGCAGAACAGGGACUGCCAGGGUCUGAUGGAGAAGUUUCAGUUUGAACUGACUCUCGAUGAGGAAGAUUCUGAAGGACCUGAGAAGGAGGGAGAGGGACACAGCUAUUUCAGCAGCACAAAGACGCUUUGUGUGAUUGAUCCAGAAAACAGAGAUUCCCUGGGAGAGACUGACAUAGACAUUGCAACAGAAGACAAGUCCCCCGUGGAUACAUAAUCCCCCUCUCCCUGUGGAGAUGAACAUUCUAUCCUUGAUGAGCAUGCCAGCUAUGUGGUAGGGCCAGCCCACCAUGGGGGCCAAGACCUGCACAGGACAAGGGCCACCUGGCCUUUCAGUUACUUGAGUUUGGAGUCAGAAAGCAAGACCAGGAAGCAAAUAGCAGCUCAGGAAAUCCCACGGUUGACUUGCCUUGAUGGCAAGCUUGGUGGAGAGGGCUGAAGCUGUUGCUGGGGGCCGAUUCUGAUCAAGACACAUGGCUUGAAAAUGGAAGACACAAAACUGAGAGAUCAUUCUGCACUAAGUUUCGGGAACUUAUCCCCGACAGUGACUGAACUCACUGACUAAUAACUUCAUUUAUGAAUCUUCUCACUUGUCCCUUUGUCUGCCAACCUGUGUGCCUUUUUUGUAAAACAUUUUCAUGUCUUUAAAAUGCCUGUUGAAUACCUGGAGUUUAGUAUCAACUUCUACACAGAUAAGCUUUCAAAGUUGACAAACUUUUUUGACUCUUUCUGGAAAAGGGAAAGAAAAUAGUCUUCCUUCUUUCUUGGGCAAUAUCCUUCACUUUACUACAGUUACUUUUGCAAACAGACAGAAAGGAUACACUUCUAACCACAUUUUACUUCCUUCCCCUGUUGUCCAGUCCAACUCCACAGUCACUCUUAAAACUUCUCUCUGUUUGCCUGCCUCCAACAGUACUUUUAACUUUUUGCUGUAAACAGAAUAAAAUUGAACAAAUUAGGGGGUAGAAAGGAGCAGUGGUGUCGUUCACCGUGAGAGUCUGCAUAGAACUCAGCAGUGUGCCCUGCUGUGUCUUGGACCCUGCCCCCCACAGGAGUUGUACAGUCCCUGGCCCUGUUCCCUACCUCCUCUCUUCACCCCGUUAGGCUGUUUUCAAUGUAAUGCUGCCGUCCUUCUCUUGCACUGCCUUCUGCGCUAACACCUCCAUUCCUGUUUAUAACCGUGUAUUUAUUACUUAAUGUAUAUAAUGUAAUGUUUUGUAAGUUAUUAAUUUAUAUAUCUAACAUUGCCUGCCAAUGGUGGUGUUAAAUUUGUGUAGAAAACUCUGCCUAAGAGUUACGACUUUUUCUUGUAAUGUUUUGUAUUGUGUAUUAUAUAACCCAAACGUCACUUAGUAGAGACAUAUGGCCCCCUUGGCAGAGAGGACAGGGGUGGGCUUUUGUUCAAAGGGUCUGCCCUUUCCCUGCCUGAGUUGCUACUUCUGCACAACCCCUUUAUGAACCAGUUUUGGAAACAAUAUUCUCACAUUAGAUACUAAAUGGUUUAUACUGAGCUUUUACUUUUGUAUAGCUUGAUAGGGGCAGGGGGCAAUGGGAUGUAGUUUUUACCCAGGUUCUAUCCAAAUCUAUGUGGGCAUGAGUUGGGUUAUAACUGGAUCCUACUAUCAUUGUGGCUUUGGUUCAAAAGGAAACACUACAUUUGCUCACAGAUGAUUCUUCUGAAUGCUCCCGAACUACUGACUUUGAAGAGGUAGCCUCCUGCCUGCCAUUAAGCAGGAAUGUCAUGUUCCAGUUCAUUACAAAAGAAAACAAUAAAACAAUGUGAAUUUUUAUAAUAAAAUGUGAACUGAUGUAGCAAAUUACGCAAAUGUGAAGCCUCUUCUGAUAACACUUGUUAGGCCUCUUACUGAUGUCAGUUUCAGUUUGUAAAAUAUGUUUCAUGCUUUCAGUUCAGCAUUGUGACUCAGUAAUUACAGAAAAUGGCACAAAUGUGCAUGACCAAUGUAUGUCUAUGAACACUGCAUUGUUUCAGGUGGACAUUUUAUCAUUUUCAAAUGUUUCUCACAAUGUAUGUUAUAGUAUUAUUAUUAUAUAUUGUGUUCAAAUGCAUUCUAAAGAGACUUUUAUAUGAGGUGAAUAAAGAAAAGCAUGAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1189.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1268.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 845.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.......((((.(((.((((((..(((.(((.(((((.(((((.(.(((((.((.(((((((((((((((...(((.(.((((...)))).).)))...))))((((.((((((............((((.(((....))))))).....)))))).)))).((((((((.....))).)))))(((.((((((..(((...(.(((....))).)....))).....)))))).)))..)))))))))))))))))).).))))).))))).))))))..((((((((.......)))))))).......))))))....((((......))))(((((((((....))))))............))).....((((((((......))))).)))(((((....)))))......((((((.....(((((.((((((...((((......)))).)))))).))))).))))))(((((((.....)).)))))(((..(((((((.(((.....)))...(((....)))((((.(.(((((((((((..((((((((.((((..((........((((....))))...........))..)))).)))..))))).....)))))).........))))).).))))..(((((((....)))))))((((((((.(((..((((((((((((.((((..(((..((((((((((.....(((((((((((.(.((..(.((.((((....(((((.((((.....)))).)))))(((((.((((((((.((((((((((.(((((..((((((.............)))))).........(((..(((((((((.((((.(((..(((.(((((((...(((((((((((.(((.....((((.((((((.......((...(((.(((...((((....(((.((....(((((((..(((.((.(((((((.(.....).)))))))..)).))).....)))))))....)))))...(((....))).....(((((((((.(.((((....((((........))))........(((((......)))))......)))).).)))))))))((.((((((...........)))))).))(((((((((...((((......)))).)))))).))))))).)))))).........((((((((........(((((((.((((...((((.((((((...((((((.......))))))....((((.((.(.....).)).))))))))))))))..........(((((((.(((((.....(((......)))......))))).)))))))........((..(((((.((((........)))).)))))..)).....((((..((.....))...))))...)))))))))))..............((((((((.((((.(((((((((..((.((((((....)))))).))((((((((..((((((((.....(((((.....((((((.(((.........))).))))))...(((....))))))))......)))))))).(((.(..((((((.(.((((.((...((((((((..(((.........)))..)))).))))...)).))))...).))))))..)))).....)))))))).(((...((.((((((((((((....((((((((((...((((((.....)))))).....((.(((....))))))))))))))).((..(((((.((......)).)))))..))....(((((..(((..(((((((((((.((.(((...))).)).......(((((....((((...(((((((.....))))))).....((((............))))((((((..(((((((((.((((((((((......(((((......)))))(((((((.(((..((((((..(((((((((((((((((((((((((((......((...((((..((((((((...))))))))..))))...))...........(((.((((.(.((((.........................))))))))).)))..........))))))))))..((..(((..((((........))))..))).))((((((((((((((....((((.......)))).....)))))....((((((((((....)))))))..))).(((((..((((((((.....((....((((........(((((((((((....((((((.(..(.((((((.....))))))).).)))).))...))).))))))))))))..)).))))))))))))).))))))))).......(((((((..........((((..((((......((((((((((........)))))((((((......))))))......))))).......))))..))))..(((((.(((((...((....(((((((......(((........(((((.((.(((((........))))).)).)))))........)))....)))))))....))...)))))..)))))...........(((((((.......))))))).....)))))))..)))))))))).....)))))))....(((((.(((.((((((((((((((.((((((((.......................)))).....((((((..(((...)))..)))).))..........)))).)))))))))((((((((...(((...(((((.(((...(((....)))...))).)))))...))).)))))))))))))))).)))))))).)))..))))))))))........((.((((((......)))))).)).)))))))))).((......)).......)))))))))...))))))......)))).)))))....)))))))))))........)))..))))).)))))))))))).))....)))..)))))))))........)))).))))))))(((.....))).....((((((((..(((((..........)))))..)))))))).((((((((((.......)))))))))).....))))))))((((((.....)))))).)).......)))))).))))))).)))))))))))((((.((((...(((.((....)).))).....(((((((.(((((...(((.((((((((((((((.....)))))))))))))))))))))).....(((.......)))...(((((.(((((((((..(((((.......................))))))))))))))..(((((..(((....))).)))))...))))).)))))))..)))).)))).))))))))))((......)).....))).))))))))))))).)))......))))))))).)))))).).))))..)))...))))).......((((((....))))))((((....))))..)))))).)..)).)))))).)))))))).))))))(((((......))))).((((((.((((((....((((.(((((...(((.........)))...))))).))))....)).)))))))))).((.......))....))..))).)))).)))....)))))))))))))))))))).)))))))...))).(((((((...((((((((((........)))))(((((........)))))((((((((...((((((.(((((.((((((((((......))).)))))))..)))..)).))))))..)))))))).(((((....(((((((((((.((.........)).))))))))))).......))))).....)))))))))))).))).)))).........)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.......((((.(((.((((((..(((.(((.(((((.(((((,({(((((.({{((((((((((({(({.,.(((.(.((({...}))).).))}...}}))((((.((((((....,,,,....((((.(((....)))))))...,,)))))).)))).((((((((.....))).))))),,,.,{{{{{..{{{,,,|,|{{,,,.|||,|....)))}.,.,))}}},.,,)}.)))))))))))))))))).)}))))).))))).)))))),,((((((((.......)))))))).......))))))....((({{,....}}})||||(((((....}})))}..,.....,,..,,}.,...((((((((......))))).)))(((({....)))))......((((((.....(((((.((((((...((((......)))).)))))).))))).)))))){{{{((({,,,,|||.}}}}{({..(((((((.(((.....)))...{((....})}((((.(.(((((((((((..(((((,((.((((..((........,{{(,,..,)))...........))..)))).}}),.))))).....)))))),........))))).).))))..,((((((....))))))|((((((((.(((..((((((((((((.((((..(((..((((((((((,....(((((((((((.(.((..{.((.((((.,.{(((((.((((.....)))).)))))|,,,,.,,{(((((.((((((((((.(((((..((((((.........,...)))))).........{((..(((((((((.((((.(((..((((..(((.....(((((((((((.((,,...,((((.((((((........{,..{((,(((...{{{{....{({,((....(((((((,{(((.((.(((((((.(.....}.)))))))..}}.))),....)))))))....)}))}...,{|....}}|....,(((((((((.(.((((....((((........))))........(((((......)))))......)))).}.))))))))){{.{{{{((,..........}))}||,},(((((((((...((((......)))).)))))).)))},))})}}}}},},.....,((((((((.,,..,..(((((((.((((,,.(({{(((((((..,((((((.,.....)))))),...{(((,((.,....,),)}.)))))))))))))).||,,.....(((((((.(((((.....(((......)))......))))).)))))))},......,{..(((((.((((........)))).)))))..}}....,((((.,((.....)}.,.))))...)))))))))))..........,.,.((((((((.((((.(((((((((..((.((((((....)))))).))((((((((.,((((((((..,..(((((.....((((({.(({.........))).})))))...{,{....,,,))))).,.,..)))))))|{(((.,..{{((((.,.((((.((...((((((((..(({.........)))..)))).))))...)).)))),,,).}}}}))}}))}......)))))))),(({...((.((((((((((({..,{({{{{{{{{|,,.((((((.....))))))....{((.(((....))))))}||||}}}},||,,|{{((.(({,..,,|}.,}))),.)),,,,(((((,,((((.(((((((((((.,,{((....,}}.},..,,,..(((((....(((,...(((((((.....))))))).....((((............))))((((((..(((((((((.(((((((({({{.{{,,,{{({(...{||||,(((((((.{{|.,(({{{...((((((((((((((((((((((((((,(({(((.,.,,,{{(((({((((((..{||,|||||..{{{{({{(({,.........{((.{(((.(.((((.........................))))})))}.|}}........|{{{{|,,,({{{{(,{{{((..((((,.......))))..))|((((......}))),,((((..((({...}))))))).....)).)}})))..,{(((((....)))))}|..{{,.((((.{(((,,.,{,,,,,.,|.}},||}}}.|||,..,{(((((((((....((((((.{..(.((((((.....))))))).}.)))).))...))),})))))))))))))),...)))))))))),})))).))).,,,...,({,{(({{,,,...(((((((({((.,,.....{{{{{(((((........)))))((((((......))))))......,}}}}.....}))}}))}})))).}}}},.}}})))))|),,..}})))).}}}},,,,,.,,.{{{{,,,.},)).}}}}},,,}..,{||||,||,,||{{{{{|,}},}}}}},,,,....,},,,.}}...,{{||{{,,..))))}}...|,,(((((((.......))))))).....)))}))))))))))))))).....)))))))...,(((((.(({.((((,(((((((((.((((((((.......................}))},...,{({{(,..{{,...}}}..}})).............}))).)))))))))((((((((.,.(((...{{{{{.{{{.,,{{{....)))...}}}.}))}}...})}.))))))))))))}})).)))))))),))),.}})))))})),.},,{{,{(.((((((......)))))).))))})))))))).,,,.....)).,.....)))))))))...))))))....,,)}}}.)))))....)))))))))))..})},...,},.))))).}))))))))))).))....)}}.,)))))))))........)))).)))))))){|{.....|||.....||{{{{{{..(((((.,...,,||,)))))..)))))}}}.((((((((((.......)))))))))).....)))))))){(((((.....)))))}..},......)))))).))))))).))))))))))),,,,.,{{{...(((.((....)).))).....(((((((.(((((...(((.((((((((((((((.....))))))))))))))))))))))...{.{((.......))),..(((((.(((((((((..{((((.........,,,......,},..))))}))))))))).,(((((..(((....))).))))),..))))).)))))))..||||.||,,.....}})))}..}))..))))....))).))))))))))))).))}.....,))))))))).)))))).)}}))),}}}}|..,||}}.......((((((....)))))){{((....)))),.)))))}.}..)).)))))),}))))))),,}}}}}(((((......))))).{{((((.((((((,|{.((((.(((((...(((.........)))...})))).)))}.,..)).)))))))))).{{....,,{|}....)),.))).)))).)))....)))))))))))))))))))),)))))))...))).{((({....{(,,{((((((........)))},,||)),.,,....)))))((((((((...((((((.(((((.((((((((((......))).)))))))..)}..})).))))))..))))))))..,}||||||||||((((((,.(((((({,.,,,,.})})))))))).....}}))))}....}}}}}}.,,,....))).))))....,,...)))).....
Back