Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001297442.2
Sequence Length
3720 nt
GC Content
0.4261
AUAAGUGCUUCAAACCAGCCAGCUGAAUACAUUUGGACAGGCUCUUGCUCCUUCGUGCAAUUCCUGAUUUCAUUACUCUCUUCUGCCAGGAAAUAAGCAGGGAGCAUAGGCUUCUUGCAAGAAUGGAGUGCGAAGAUGGGCUUUGUUUGGCUUAGGAAAUGCCAUACAUUUUGGAGGUUUUUGUCUUUUCUAAGUUUUGAUUAUUUUAUCACUGAAUCUGCAGGGCUUUCCUGAUCCUUUCGGGAUUGCUCUCUCAGAACUGUGAAUUCUUUCAAAGGGAUUUGUGGAUUGUGGCAAGGAGAGCAUUCCAAAAUGCCUGAGGCAAAUUAUUUGUUAUCUGUAUCUUGGGGUUACAUCAAGUUCAAAAGAAUGCUGAACCGGGAGCUGACACACCUCUCAGAGAUGAGCCGAUCAGGGAACCAGGUGUCUGAAUACAUUUCAAAUACUUUCUUAGACAAGCAGAAUGAUGUGGAGAUCCCAUCUCCUACCCAGAAAGACAGGGAGAAAAAGAAAAAGCAGCAGCUCAUGACCCAGAUAAGUGGAGUGAAGAAAUUAAUGCAUAGUUCAAGCCUAAACAAUACAAGCAUCUCACGCUUUGGAGUCAACACUGAAAAUGAAGAUCACCUGGCCAAGGAGCUGGAAGACCUGAACAAAUGGGGUCUUAACAUCUUUAAUGUGGCUGGAUAUUCUCACAAUAGACCCCUAACAUGCAUCAUGUAUGCUAUAUUCCAGGAAAGAGACCUCCUAAAGACAUUCAGAAUCUCAUCUGACACAUUUAUAACCUACAUGAUGACUUUAGAAGACCAUUACCAUUCUGACGUGGCAUAUCACAACAGCCUGCACGCUGCUGAUGUAGCCCAGUCGACCCAUGUUCUCCUUUCUACACCAGCAUUAGACGCUGUCUUCACAGAUUUGGAGAUCCUGGCUGCCAUUUUUGCAGCUGCCAUCCAUGACGUUGAUCAUCCUGGAGUCUCCAAUCAGUUUCUCAUCAACACAAAUUCAGAACUUGCUUUGAUGUAUAAUGAUGAAUCUGUGUUGGAAAAUCAUCACCUUGCUGUGGGUUUCAAACUGCUGCAAGAAGAACACUGUGACAUCUUCAUGAAUCUCACCAAGAAGCAGCGUCAGACACUCAGGAAGAUGGUUAUUGACAUGGUGUUAGCAACUGAUAUGUCUAAACAUAUGAGCCUGCUGGCAGACCUGAAGACAAUGGUAGAAACGAAGAAAGUUACAAGUUCAGGCGUUCUUCUCCUAGACAACUAUACCGAUCGCAUUCAGGUCCUUCGCAACAUGGUACACUGUGCAGACCUGAGCAACCCCACCAAGUCCUUGGAAUUGUAUCGGCAAUGGACAGACCGCAUCAUGGAGGAAUUUUUCCAGCAGGGAGACAAAGAGCGGGAGAGGGGAAUGGAAAUUAGCCCAAUGUGUGAUAAACACACAGCUUCUGUGGAAAAAUCCCAGGUUGGUUUCAUCGACUACAUUGUCCAUCCAUUGUGGGAGACAUGGGCAGAUUUGGUACAGCCUGAUGCUCAGGACAUUCUCGAUACCUUAGAAGAUAACAGGAACUGGUAUCAGAGCAUGAUACCUCAAAGUCCCUCACCACCACUGGACGAGCAGAACAGGGACUGCCAGGGUCUGAUGGAGAAGUUUCAGUUUGAACUGACUCUCGAUGAGGAAGAUUCUGAAGGACCUGAGAAGGAGGGAGAGGGACACAGCUAUUUCAGCAGCACAAAGACGCUUUGUGUGAUUGAUCCAGAAAACAGAGAUUCCCUGGGAGAGACUGACAUAGACAUUGCAACAGAAGACAAGUCCCCCGUGGAUACAUAAUCCCCCUCUCCCUGUGGAGAUGAACAUUCUAUCCUUGAUGAGCAUGCCAGCUAUGUGGUAGGGCCAGCCCACCAUGGGGGCCAAGACCUGCACAGGACAAGGGCCACCUGGCCUUUCAGUUACUUGAGUUUGGAGUCAGAAAGCAAGACCAGGAAGCAAAUAGCAGCUCAGGAAAUCCCACGGUUGACUUGCCUUGAUGGCAAGCUUGGUGGAGAGGGCUGAAGCUGUUGCUGGGGGCCGAUUCUGAUCAAGACACAUGGCUUGAAAAUGGAAGACACAAAACUGAGAGAUCAUUCUGCACUAAGUUUCGGGAACUUAUCCCCGACAGUGACUGAACUCACUGACUAAUAACUUCAUUUAUGAAUCUUCUCACUUGUCCCUUUGUCUGCCAACCUGUGUGCCUUUUUUGUAAAACAUUUUCAUGUCUUUAAAAUGCCUGUUGAAUACCUGGAGUUUAGUAUCAACUUCUACACAGAUAAGCUUUCAAAGUUGACAAACUUUUUUGACUCUUUCUGGAAAAGGGAAAGAAAAUAGUCUUCCUUCUUUCUUGGGCAAUAUCCUUCACUUUACUACAGUUACUUUUGCAAACAGACAGAAAGGAUACACUUCUAACCACAUUUUACUUCCUUCCCCUGUUGUCCAGUCCAACUCCACAGUCACUCUUAAAACUUCUCUCUGUUUGCCUGCCUCCAACAGUACUUUUAACUUUUUGCUGUAAACAGAAUAAAAUUGAACAAAUUAGGGGGUAGAAAGGAGCAGUGGUGUCGUUCACCGUGAGAGUCUGCAUAGAACUCAGCAGUGUGCCCUGCUGUGUCUUGGACCCUGCCCCCCACAGGAGUUGUACAGUCCCUGGCCCUGUUCCCUACCUCCUCUCUUCACCCCGUUAGGCUGUUUUCAAUGUAAUGCUGCCGUCCUUCUCUUGCACUGCCUUCUGCGCUAACACCUCCAUUCCUGUUUAUAACCGUGUAUUUAUUACUUAAUGUAUAUAAUGUAAUGUUUUGUAAGUUAUUAAUUUAUAUAUCUAACAUUGCCUGCCAAUGGUGGUGUUAAAUUUGUGUAGAAAACUCUGCCUAAGAGUUACGACUUUUUCUUGUAAUGUUUUGUAUUGUGUAUUAUAUAACCCAAACGUCACUUAGUAGAGACAUAUGGCCCCCUUGGCAGAGAGGACAGGGGUGGGCUUUUGUUCAAAGGGUCUGCCCUUUCCCUGCCUGAGUUGCUACUUCUGCACAACCCCUUUAUGAACCAGUUUUGGAAACAAUAUUCUCACAUUAGAUACUAAAUGGUUUAUACUGAGCUUUUACUUUUGUAUAGCUUGAUAGGGGCAGGGGGCAAUGGGAUGUAGUUUUUACCCAGGUUCUAUCCAAAUCUAUGUGGGCAUGAGUUGGGUUAUAACUGGAUCCUACUAUCAUUGUGGCUUUGGUUCAAAAGGAAACACUACAUUUGCUCACAGAUGAUUCUUCUGAAUGCUCCCGAACUACUGACUUUGAAGAGGUAGCCUCCUGCCUGCCAUUAAGCAGGAAUGUCAUGUUCCAGUUCAUUACAAAAGAAAACAAUAAAACAAUGUGAAUUUUUAUAAUAAAAUGUGAACUGAUGUAGCAAAUUACGCAAAUGUGAAGCCUCUUCUGAUAACACUUGUUAGGCCUCUUACUGAUGUCAGUUUCAGUUUGUAAAAUAUGUUUCAUGCUUUCAGUUCAGCAUUGUGACUCAGUAAUUACAGAAAAUGGCACAAAUGUGCAUGACCAAUGUAUGUCUAUGAACACUGCAUUGUUUCAGGUGGACAUUUUAUCAUUUUCAAAUGUUUCUCACAAUGUAUGUUAUAGUAUUAUUAUUAUAUAUUGUGUUCAAAUGCAUUCUAAAGAGACUUUUAUAUGAGGUGAAUAAAGAAAAGCAUGAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1053.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1128.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 870.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((........(((.(((((....((((((((((...((((........))))..)))).........(((((((.(((((.((.....(((((((((....)))))))))..(((((((((.(......).)))))))))(((((((((((.((...((.........))....)).))))))))))).((((......)))).....((((.(((((..((((((.....))))))..)))))..)))).((((((((((((....)))))))))))).)).))))))))))))...)))))).((((...))))........(((.((((((.....((((((((..............(((((((((.(((((((((.(((...((((....))))((.....))(((((((((((.((((.....)))).))))).........(((((.((((((((((.(((((..((((((.............)))))).........(((..(((((((((.((((.(((..(((.(((((((...(((((((((((.(((.....((((.((((((.......((...(((.(((...((((....(((.((....(((((((..(((.((.(((((((.(.....).)))))))..)).))).....)))))))....)))))...(((....))).....(((((((((.(.((((....((((........))))........(((((......)))))......)))).).)))))))))((.((((((...........)))))).))(((((((((...((((......)))).)))))).))))))).)))))).........((((((((........(((((((.((((...((((.((((((...((((((.......))))))....((((.((.(.....).)).))))))))))))))..........(((((((.(((((.....(((......)))......))))).)))))))........((..(((((.((((........)))).)))))..)).....((((..((.....))...))))...)))))))))))..............((((((((.((((.(((((((((..((.((((((....)))))).))((((((((..((((((((.....(((((.....((((((.(((.........))).))))))...(((....))))))))......)))))))).(((.(..((((((.(.((((.((...((((((((..(((.........)))..)))).))))...)).))))...).))))))..)))).....)))))))).(((...((.((((((((((((....((((((((((...((((((.....)))))).....((.(((....))))))))))))))).((..(((((.((......)).)))))..))....(((((..(((..(((((((((((.((.(((...))).)).......(((((....((((...(((((((.....))))))).....((((............))))((((((..(((((((((.((((((((((......(((((......)))))(((((((.(((..((((((..(((((((((((((((((((((((((((......((...((((..((((((((...))))))))..))))...))...........(((.((((.(.((((.........................))))))))).)))..........))))))))))..((..(((..((((........))))..))).))((((((((((((((....((((.......)))).....)))))....((((((((((....)))))))..))).(((((..((((((((.....((....((((........(((((((((((....((((((.(..(.((((((.....))))))).).)))).))...))).))))))))))))..)).))))))))))))).))))))))).......(((((((..........((((..((((......((((((((((........)))))((((((......))))))......))))).......))))..))))..(((((.(((((...((....(((((((......(((........(((((.((.(((((........))))).)).)))))........)))....)))))))....))...)))))..)))))...........(((((((.......))))))).....)))))))..)))))))))).....)))))))....(((((.(((.((((((((((((((.((((((((.......................)))).....((((((..(((...)))..)))).))..........)))).)))))))))((((((((...(((...(((((.(((...(((....)))...))).)))))...))).)))))))))))))))).)))))))).)))..))))))))))........((.((((((......)))))).)).)))))))))).((......)).......)))))))))...))))))......)))).)))))....)))))))))))........)))..))))).)))))))))))).))....)))..)))))))))........)))).))))))))(((.....))).....((((((((..(((((..........)))))..)))))))).((((((((((.......)))))))))).....))))))))((((((.....)))))).)).......)))))).))))))).)))))))))))((((.((((...(((.((....)).))).....(((((((.(((((...(((.((((((((((((((.....)))))))))))))))))))))).....(((.......)))...(((((.(((((((((..(((((.......................))))))))))))))..(((((..(((....))).)))))...))))).)))))))..)))).)))).))))))))))((......)).....))).))))))))))))).)))......))))))))).)))))).).))))))))))...((......)).((((((....))))))((((....)))).....((((((((((((((.((((((((....((((((..........))))))((((((.((((((....((((.(((((...(((.........)))...))))).))))....)).)))))))))).((...((((......)))).)).....(((((((...)))))))))))))).).)).))))))...)))))).......))).))).)))))).)))))))))))))))))......)))))).))).((((....)))).....((((((((((......))).))))))).))))).)))((((((.(......).))))))....(((((((((((.((.........)).)))))))))))..........((((......(((((.....)))))......)))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((((.......{(({.{((({..,,{(((({((((...((((........)))}..)))).........(((((((.(((((.({.....(((((((((....)))))))))..{((((((((.(,....,).))))}}}}|((((({{{{{{.||||.,|,...,||,,|},,,,}},}))))))}}}}.((({......}}}|,....((((.(((((..((((((.....))))))..)))))..)))).{{||((((((({....})))))))}})).)).))))))))))))...}}}}}},|(({.,,||||,.....,|||{.((((((.....((((((((.....,,,.....,{((((((((.(((((((((.(((.{(({{{|||.||||{,,.{{,||((({{((((((.((((.....)))).))))),..,..,,.{((((.((((((((((.(((((..((((((.........,...)))))).........{((..(((((((((.((((.(((..((((..(((.....(((((((((((.((,,...,((((.((((((........{,..{((,(((...{{{{....{({{((....(((((((,{(((.((.(((((((.(.....}.)))))))..}}.))),....)))))))....)}))}...,{|....}}|....,(((((((((.(.((((....((((........))))........(((((......)))))......)))).}.))))))))){{.{{{{((,..........}}}}||,},(((((((((...((((......)))).)))))).)))},))})}}}}},},.....,((((((((.,,..,..(((((((.((((,,.(({{(((((((..,((((((.,.....)))))),...{(((,((.,....,),)}.)))))))))))))).||,,.....(((((((.(((((.....(((......)))......))))).)))))))},......,{..(((((.((((........)))).)))))..}}....,((((.,((.....)}.,.))))...)))))))))))..........,.,.((((((((.((((.(((((((((..((.((((((....)))))).))((((((((.,((((((((..,..(((((.....((((({.(({.........))).})))))...{,{....,,,))))).,.,..)))))))|{(((.,..{{((((.,.((((.((...((((((((..(({.........)))..)))).))))...)).)))),,,).}}}}))}}))}......)))))))),(({...((.((((((((((({..,{({{{{{{{{|,,.((((((.....))))))....{((.(((....))))))}||||}}}},||,,|{{((.(({,..,,|}.,}))),.)),,,,(((((,,((((.(((((((((((.,,{((....,}}.},..,,,..(((((....(((,...(((((((.....))))))).....((((............))))((((((..(((((((((.(((((((({({{.{{,,,{{({(...{||||,(((((((.{{|.,(({{{...((((((((((((((((((((((((((,(({(((.,.,,,{{(((({((((((..{||,|||||..{{{{({{(({,.........{((.{(((.(.((((.........................))))})))}.|}}........|{{{{|,,,({{{{(,{{{((..((((,.......))))..))|((((......}))),,((((..((({...}))))))).....)).)}})))..,{(((((....)))))}|..{{,.((((.{(((,,.,{,,,,,.,|.}},||}}}.|||,..,{(((((((((....((((((.{..(.((((((.....))))))).}.)))).))...))),})))))))))))))),...)))))))))),})))).))).,,,...,({,{(({{,,,...(((((((({((.,,.....{{{{{(((((........)))))((((((......))))))......,}}}}.....}))}}))}})))).}}}},.}}})))))|),,..}})))).}}}},,,,,.,,.{{{{,,,.},)).}}}}},,,}..,{||||,||,,||{{{{{|,}},}}}}},,,,...,,},,,.}}...,{{||{{,,..))))}}...|,,(((((((.......))))))).....)))}))))))))))))))).....)))))))...,(((((.(({.((((,(((((((((.((((((((.......................}))},...,{({{(,..{{,...}}}..}})).............}))).)))))))))((((((((.,.(((...{{{{{.{{{.,,{{{....)))...}}}.}))}}...})}.))))))))))))}})).)))))))),))),.}})))))})),.},,{{,{(.((((((......)))))).))))})))))))).,,,.....)).,.....)))))))))...))))))....,,)}}}.)))))....)))))))))))..})},...,},.))))).}))))))))))).))....)}}.,)))))))))........)))).)))))))){|{.....|||.....||{{{{{{..(((((.,...,,||,)))))..)))))}}}.((((((((((.......)))))))))).....)))))))){(((((.....)))))}..},......)))))).))))))).))))))))))),,,,.,{{{...(((.((....)).))).....(((((((.(((((...(((.((((((((((((((.....))))))))))))))))))))))...{.{((.......))),..(((((.(((((((((..{((((.........,,,......,},..))))}))))))))).,(((((..(((....))).))))),..))))).)))))))..||||.||,,.....}})))}..}))..))))....))).))))))))))))).))}.....,))))))))).)))))).)}})))})))))...{{,.....,,.((((((....)))))){{{{.,,,))}},,}}.((((((((((((,|,{(((((((....((((((.(,.....,.)))))){{((((.((((((.|{.((((.{((({...(({.........)))...})))).)))}.,,.)).)))))))))).{{...{{{({,...,)))}.}}.....(((((({...,))))))))))))).}.}}.))))))...)))))).......})).))).)))))).))))))))}))))))))......)))))).||||((((....)))),,...((((((((((......))).))))))).})))),))},}||{{,{{|||||||{|{,(({{{{{{{((((((({.{((({{,..,,}}.})))))))))).....,}}}}}}....}}})}},||....,)))))),,},,,},.)))))).....
Back