Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001297559.3
Sequence Length
2050 nt
GC Content
0.6156
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-839.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -875.67
Frequency: 0.0000
Diversity: 447.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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