Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001297577.2
Sequence Length
2525 nt
GC Content
0.5152
GGCUCCGCGGGCGGAAGAGGCGGCGGCGGCGGCAGAAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGGAGCCGAGGAGGAGGUUCCGGACGCUGCUUAGGAACCGGGGACUCAGGAGUGCCCGCGCCCUGAGCGCUCAGCUCCAGAGGCGGGAUGCUCACCCCUUCCUAAUUGCAGCUCCGAAUAUUCAGAUGGGGACAGUGAAGCACAGAUCUCAGGAGUCCUAAGUAUUCAUGGCUACCACUAAGUUGGAUAGUCAUGGCUGAGUACGGGACCCUCCUGCAAGACCUGACCAACAACAUCACCCUUGAAGAUCUAGAACAGCUCAAGUCGGCCUGCAAGGAAGACAUCCCCAGCGAAAAGAGUGAGGAGAUCACUACUGGCAGUGCCUGGUUUAGCUUCCUGGAGAGCCACAACAAGCUGGACAAAGACAACCUCUCCUACAUUGAGCACAUCUUUGAGAUCUCCCGCCGUCCUGACCUACUCACUAUGGUGGUUGACUACAGAACCCGUGUGCUGAAGAUCUCUGAGGAGGAUGAGCUGGACACCAAGCUAACCCGUAUCCCCAGUGCCAAGAAGUACAAAGACAUUAUCCGGCAGCCCUCUGAGGAAGAGAUCAUCAAAUUGGCUCCCCCACCGAAGAAGGCCUGAGCAAGGGGGAGGAAGAGGAGGAAGGUUGGACCUUCAUCAGACCACUCCCUUCCCCCAUCCUCCAGGAGAGGGGGCAAGGGCAACCCACCAUCUACCCACUUACUAACCUGGUCCUAACCCCCUUACUGUGCGCGUGUGUGUGCGUGUGCGCACGCUCUGGCUGUUUGUCUAUAUGUCUAGCUCAUCUAGUUCCUCUUCUUAAGGGGAUGGGGGUCAGGGGCUAGGGGAGGGGGCUGAGUUUCCCCACUUUAGGAGGAGGUGGGGGCUAUUUCUAUGCAAAUAGAAAUCAGCACAUUCCUCCUACUUCCCUUUCCUCCACUCCCCCCAUAUCUUUAAAGUGUGGAAGCAGAAAGGACCUGCAUUUUCCUACAUUGAGGAGCUGACAUAGGGGUAAGGUAUGGGAGAGGUAGGUGGAUCCAGGGAAAAGCAGUGGGGACGGAAGGCAAAGAGACCACUCAACCCCCACCUGGAAGGGGCAAAGAAAAGCCAGAGUUCCAUGUUUGUACUCCUGUGCUGGACUGUUUCCUGAGUACCAGCAGGUCCCUUUUUGUCUCUCAUGGGCCUAGCAUAGGUAUGAGCCAGGGAUCCUUUCCUGGUCCCUAAGAUCAAACCCCAUGGAGCAGCCAGCGUUAGAUGCCCCCACCCACCUGUACUCUGGAGAGACUGUGCUGGGAACAUGUACCACUGAGCCUGAGAUGGGGAUGAGGGCAGAGAGAGGGGAGCCCCCUCUUCCACUCAGUUGUUCCUACUCAGACUGUUGCACUCUAAACCUAGGGAGGUUGAAGAAUGAGACCCUUAGGUUUUAACACGAAUCCUGACACCACCAUCUAUAGGGUCCCAACUUGGUUAUUGUAGGCAACCUUCCCUCUCUCCUUGGUGAAGAACAUCCCAAGCCAGAAAGAAGUUAACUACAGUGUUUUCCUUUGCACCGAUCCCCACCCCAAUUCAAUCCCGGAAGGGACUUACUUAGGAAACCCUUCUUUACUAGAUAUCCUGGCCCCCUGGGCUUGUGAACACCUCCUAGCCACAUCACUACAGUACAGUGAGUGACCCCAGCCUCCUGCCUACCCCAAGAUGCCCCUCCCCACCCUGACCGUGCUAACUGUGUGUACAUAUAUAUUCUACAUAUAUGUAUAUUAAAACUGCACUGCCAUGUCUGCCCUUUUUUGUGGUGUCUAGCAUUAACUUAUUGUCUAGGCCAGAGCGGGGGUGGGAGGGGAAUGCCACAGUGAAGGGAGUGGCAGAAUCAAAUUGCUACAUAGUCCAAACAAAAAAGAAGGCUUUUUCAAAAAACAUUAAAUUCACAUGCAGUCUCAGAGACUAUUUAGACAAAGUUCAAGUUAGGAGCUUUUAGGAUGUGGGAGUAAAACUUUAAUGGGAGGGGAGGGCUGGCUGCUGGAAGAAGGAAGAAGCCAGACUGGUUAGACAGUACUCUUAACUCCUAGCCCAGCCUAGCGUGCCCUGCCCCUCUGGCCACUGCUGCAGACACCUGCCUUAACACACACACCUCUAGGACUCCACAGUUUUGCCUUAAAGGACCUUCCCAAGUCUCCCUUUCCCUGUCUGGCUUCUCCCUUAAGAAGAGAGAGAUACUUGUAGAAUUGGGUGGGGGGAAUGAGCAUGAACUGUCCUUCCAUUUGGGAUAUGUUACAUUAGAGUGAGAGAGAGAAUAAGGAGCCUUUCUUAUGGAAGAAAUGGGAGAAGAGAGACAGGGUUCUUUUCAGCAGAGUCUAGUAGUUUCUCUGUAAGGCAAAAUAAUCUAAAAAGACUAACCUGCCCACCCACUCCUUAUAUUGCUGUGAGAUUGCCCCUAUCUUGUGCUCUUCUGUCUGCAGUGUGCACGGCCUUGUUCUAACCCGGAAUAAAGGUGAUUGAUUGUAUUGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-896.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -943.54
Frequency: 0.0000
Diversity: 501.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((((((((((((((((.((.((.((.((....)).)).)).)).))(((....))).((((((((((..((((.((((((((((((..((((......((((((((((.(.((((((.....))).))).)))))).))))).)))))))))))..)))))))))..........(((((...(((...)))...(((((((((((((..((((((((((((((((......))).))))))....))))))))))))..)))))..)))(((((((.....((((.(((((((((((((.(..(((((...((.(((((.((.(((((......((((((...(((((((.....))))).)).....)).)))).....))))))).)).)))))....)))))..)..(((.....))).......(.(((((((.((((((.((..(((((((..(((.....)))..)))))))..)))).))))....))))))).)))))))..(((((((((((((((((((.....................((((......))))..(((((......(((((((....(((((.(((.(((......)))))).....((......))(((.....)))(((.(((((.((((...((((.((......)).)))).)))))))))))).)))))(((..(((((((..(((((.............................)))))..))))))).))).....(.((((((((....)))))))).).))))))))))))...))))))))))))))...)))))...)))))))))))..)))))))(((((((((..((((.((((((.(((((((((.....)))))))))(((((((((((....)))))))).)))....(((.(((((((((((..(((..(((((...((..(((((((.(((.((((((((.......))))...))))))).)))))))..)).....))))).)))...))).)))))))).)))....(((.......((((((((((...((((((.(((((.(((((((((....(((((((((..........((((((..((....)).))).)))(((((((((........))).)))))).)))))))))((.(((.((((((.....(.((((...((.(((((((....))))))))))))).).......)))))))))))(((((.(.((.(((..((((..(((..((.(((....))))).))).))))..))).)).).))).))(((((.((((((((((((....((((((((...)))))))))).))))....)))))))))))...(((........)))...))).))))))....((.(((((((((((........................))))).)))))).))...)))))(((((((..(((.(((..(((...(((((.((......)))))))..)))..))))))..)))))))......)))))).))).)))))))))))))))).))))(((((((.(((....)))...)))))))..........(((.(((((...))))).).))....)))))))))...(((((.((......))))))))))))))))))).)))....(((((((((((((((..(((((..(((((.......((((((((((((.......)))))))))))).......)))).((((((............))))))((((((((.........)).))))))..)..)))))..))))))))(((..(((((((((((((((((............(((....))).......((((((....))))))....................(((((....((((((((((.((((.............(((((((..(((.(((((((((...)))))....((((((((((((..((((((((....((((..(((..((((((......)))).)))))...))))...)))))..)))..))))).)))))))(((....)))((((....)))).........)))))))..))).)))).....(((((...((((((((((.....((((((.(((((((.(((..(((((......)))))..))).)....(((((..(((((((((((((..(........)..)))))))))))))......))))).....(((((((((............))))))))).........)))))).).)))))))))))))))...)))))))))))))))))))))))).((((...((.(((....))).))...))))...)))))))))...))))))))..))).....)))))))..))))))))))))).).).))...((((((((((.....))))).))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((.,.(((((((((((((((.((.((.((.((....)).)).)).)).))((.((((((({(((({{(((((.((((.((((((((((((..((((......((((({(({(,({((((((.....)))},)).)))))).))))).)))))))))))..)))))))))....(((({..(((((..,({..,..(((.(((((((((((((..((((((((((((((((......))).))))))},..,})))))))))}.,)))))..))).)))..,..}}...)).)))})))}..{{{.{..(((((...((.(((((.(,{(((((......((((((...(((((((.....))))).)).....))},))).....))))))).)).)))}}....)))))..}..}}}.))))))))))...,,.(((((((.((((((.((..(((((((..(((.....)))..)))))))..)))).))))....))))))),|,(((((((..((.(({({((((((...,}.,)))......)}}}}}}.((((......))))..........||{,,|{{.,,,))}.}},))))))).,,....}))))))))).((......))(({{,{..}||((({(({{(.(((({{{(((,.{|,,,,,.,,.,,}}.)))))))))))).,,}},|{||((((((((((((((...}}}.....,,.(((((...((({...(.(((((((|((|((((((((.((((((((((((....)))))))).,.((({{...|,|...,.|,||}}},{{{||,,.(((((((...})))))}{(((({.((((((((.(((((((((((({,,...(((((((((.....)))))))))(((((((((((....)))))))).)))....(((.(((((((((((..(((..,{{(({{.{{..(((((({.(((,((((((((.......))))...))))})),)))))))..)).....)))),.}))...))).)))))))).)))....((((.,....((((((((((...((((((.((,{{,(((((((((....(({((((((........,,{,((((..((....)).)))}.}}(((((((((........))).)))))),))}}}))}}{{.(((.((((((.....{.((((...{,{(((((((....))))))))})))).}.......))))))))))}(((((.(.((.(((..((((..(((..((.(((....))))).))).))))..))).)).).))).))(((((.((((((((((((..,.((((((((...)))))))))}.))),.,,})))))))))))...{||,.......,,},..))).))))))....,{.(((((((((({,{,.....},,.,}}}........,,,,,.)))))),||...})).|(((((((..((,{(((..(((...(((((.((......)))))))..)))..))))))..))))))))...}})))))).))).)))))))..,..,,...)))){((((((.{({....}})...))))))).....,}....,,})))))))),((((.(.((.....))).)))).,.(((((.(,.....,))))))))))))))).))))...,))))},,,,,((((((((..(((((..{((((.......((((((((((((.......)))))))))))).......)))).((((({............})))))((((((((.......,.)).))))))..}..))))),.)))))))).))))))))))}}|))).(((((({.......}))))))...,,.......,{{{{(....}}}}}}.......................{((((...})))).,,,.||,.....,...))))))).)..})))...)))))||....{({{{{{{{((((((((((((..((((((((....((((..{((..,{((((......)))).}}))}...))))...)))))..)))..))))).)))))))(((....)))((((....))))..,,,,,...,..{{,..,||{,,,.{{{{{{{{{{{,,,..((,,..}}},...{{(((({,,(({,,((({|,.((((.({{...,,))).))))..},..}))}.,.))).)))))}|.,},}}}.}}})}}),,,}}}....))},}.}))},)))}})))).,.{,,{,..((((((((.(((((,,..}})))...{(((.((((((({......)))))))).((((((...........))))))..((((...{{.(((....))).},...))))..)))})))))))).}}.)).)....)))))))).)))}.},))))))))))))).}.}{||{,.((((((((((.....)))))}))))).......,,,...}},.
Back